CA2685262A1 - Sequences nucleotidiques issues du genome des retrovirus du type hiv-1, hiv-2 et siv, et leurs applications notamment pour l'amplification des genomes de ces retrovirus et pour lediagnostic in vitro des infections dues a ces virus - Google Patents
Sequences nucleotidiques issues du genome des retrovirus du type hiv-1, hiv-2 et siv, et leurs applications notamment pour l'amplification des genomes de ces retrovirus et pour lediagnostic in vitro des infections dues a ces virus Download PDFInfo
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Abstract
La présente invention concerne des séquences nucléotidiques dérivées des génomes des virus du type HIV-1, ou des génomes des virus du type HIV-2, ou des virus du type SIV, et leurs applications, notamment en tant qu'amorces oligonucléotidiques pour la mise en oeuvre de méthode de diagnostic in vitro de l'infection d'un individu par un virus du type HIV-1 et/ou HIV-2.
Description
SEQUENCES NIICLEOTIDIQIIEB ISSUES DU GENOME DES RETRO-VIRUS DU TYPE HIV-1, HIV-2 ET BIV, ET LEURS
APPLICATIONS NOTAMMENT POUR L'AMPLIFICATION DES
GENOMES DE CES RETROVIRIIB ET POUR LE DIAGNOSTIC IN-VITRO DES INFECTIONS DUES A CES VIRUS.
La présente invention est relative à des séquences oligonucléotidiques utilisables pour la mise en oeuvre de techniques d'amplification de séquences nucléiques spécifiques de rétrovirus d'immunodéficience humaine du type HIV ou de rétrovirus d'immunodéficience du singe du type SIV.
L'invention concerne en particulier l'application de ces séquences à des méthodes de diagnostic in vitro chez l'homme de l'infection d'un individu par un rétrovirus du type HIV (actuellement HIV-1 et/ou HIV-2).
L'isolement et la caractérisation de rétrovirus regroupés sous les désignations HIV-1 et HIV-2 ont été
décrits dans les demandes de brevet européen n' EP201540 et n' EP239425 respectivement. Ces rétrovirus ont été isolés chez plusieurs malades présentant des symptômes d'une lymphadénopathie ou d'un Syndrome d'Immunodeficience Acquise (SIDA).
Les rétrovirus du type HIV-2 comme les rétrovirus du type HIV-1, se caractérisent par un tropisme pour les lymphocytes T4 humains et par un effet cytopathogène à l'égard de ces lymphocytes lorsqu'ils s'y multiplient, pour alors causer entre autres des polyadénopathies généralisées et persistantes, ou un SIDA.
Un autre rétrovirus, dénommé SIV-1, cette dénomination remplaçant la dénomination antérieurement connue STLV-III, a été isolé chez le singe macaque rhésus (M.D. DANIEL et al. Science, 228, 1201 (1985) ;
FEJILL E GE REMPLACEMENT
~ 90/15066 PCT/FR90/00?
APPLICATIONS NOTAMMENT POUR L'AMPLIFICATION DES
GENOMES DE CES RETROVIRIIB ET POUR LE DIAGNOSTIC IN-VITRO DES INFECTIONS DUES A CES VIRUS.
La présente invention est relative à des séquences oligonucléotidiques utilisables pour la mise en oeuvre de techniques d'amplification de séquences nucléiques spécifiques de rétrovirus d'immunodéficience humaine du type HIV ou de rétrovirus d'immunodéficience du singe du type SIV.
L'invention concerne en particulier l'application de ces séquences à des méthodes de diagnostic in vitro chez l'homme de l'infection d'un individu par un rétrovirus du type HIV (actuellement HIV-1 et/ou HIV-2).
L'isolement et la caractérisation de rétrovirus regroupés sous les désignations HIV-1 et HIV-2 ont été
décrits dans les demandes de brevet européen n' EP201540 et n' EP239425 respectivement. Ces rétrovirus ont été isolés chez plusieurs malades présentant des symptômes d'une lymphadénopathie ou d'un Syndrome d'Immunodeficience Acquise (SIDA).
Les rétrovirus du type HIV-2 comme les rétrovirus du type HIV-1, se caractérisent par un tropisme pour les lymphocytes T4 humains et par un effet cytopathogène à l'égard de ces lymphocytes lorsqu'ils s'y multiplient, pour alors causer entre autres des polyadénopathies généralisées et persistantes, ou un SIDA.
Un autre rétrovirus, dénommé SIV-1, cette dénomination remplaçant la dénomination antérieurement connue STLV-III, a été isolé chez le singe macaque rhésus (M.D. DANIEL et al. Science, 228, 1201 (1985) ;
FEJILL E GE REMPLACEMENT
~ 90/15066 PCT/FR90/00?
2 N.L. LETWIN et al, Science, 230, 71 (1985) sous l'appellation "STLV-IlImac") Un autre rétrovirus, désigné 'STLV-IIIAGm", (ou SIVAa,) a été isolé chez des singes verts sauvages.
Mais contrairement aux virus présents chez le singe macaque rhésus, la présence de STLV-IIItGm ne semble pas induire une maladie du type SIDA chez le singe vert d'Afrique.
Pour la commodité du langage, ces virus ne seront plus désignés dans ce qui suit que par l'expression SIV (l'expression SIV est l'abréviation anglaise de "Simian Immunodeficency Virus" (Virus d'immunodéficience du singe) éventuellement suivie d'une abréviation désignant l'espèce de singe dont ils sont issus par exemple "MAC" pour le macaque" ou "AGM"
pour le singe vert d'Afrique (abréviation de "African Green Monkey").
Une souche du rétrovirus SIV-lMac à été déposée à
la C.N.C.M le 7 février 1986 sous le n' I-521.
La poursuite de l'étude des rétrovirus HIV-1 et HIV-2 a également conduit à l'obtention de séquences d'ADN complémentaires (ADNc) des ARN de leur génome.
La séquence nucléotidique complète d'un ADNc d'un rétrovirus représentatif de la classe HIV-2 (HIV-2 ROD) a été déposée le 21/02/1986 à la C.N.C.M. sous le n' I-522, sous le nom de référence LAV-2 ROD.
De même, la séquence nucléotidique complète d'un ADNc d'un rétrovirus représentatif de la classe HIV-1 est décrite par WAIN HOBSON, SONIGO, COLE, DANOS et ALIZON dans CE11 (janvier 1985).
Egalement pour la commodité du langage, les virus du type HIV-1 et HIV-2 seront parfois désignés dans ce qui suit par l'expression HIV.
Les méthodes de diagnostic in vitro des infections par des virus du type RIV-1 ou HIV-2 FGJULLE GE R;ECOPLQ^Er-.IENr v ?U115066 PC.'T/FR90/OU?.
F~~ ~ 12008
Mais contrairement aux virus présents chez le singe macaque rhésus, la présence de STLV-IIItGm ne semble pas induire une maladie du type SIDA chez le singe vert d'Afrique.
Pour la commodité du langage, ces virus ne seront plus désignés dans ce qui suit que par l'expression SIV (l'expression SIV est l'abréviation anglaise de "Simian Immunodeficency Virus" (Virus d'immunodéficience du singe) éventuellement suivie d'une abréviation désignant l'espèce de singe dont ils sont issus par exemple "MAC" pour le macaque" ou "AGM"
pour le singe vert d'Afrique (abréviation de "African Green Monkey").
Une souche du rétrovirus SIV-lMac à été déposée à
la C.N.C.M le 7 février 1986 sous le n' I-521.
La poursuite de l'étude des rétrovirus HIV-1 et HIV-2 a également conduit à l'obtention de séquences d'ADN complémentaires (ADNc) des ARN de leur génome.
La séquence nucléotidique complète d'un ADNc d'un rétrovirus représentatif de la classe HIV-2 (HIV-2 ROD) a été déposée le 21/02/1986 à la C.N.C.M. sous le n' I-522, sous le nom de référence LAV-2 ROD.
De même, la séquence nucléotidique complète d'un ADNc d'un rétrovirus représentatif de la classe HIV-1 est décrite par WAIN HOBSON, SONIGO, COLE, DANOS et ALIZON dans CE11 (janvier 1985).
Egalement pour la commodité du langage, les virus du type HIV-1 et HIV-2 seront parfois désignés dans ce qui suit par l'expression HIV.
Les méthodes de diagnostic in vitro des infections par des virus du type RIV-1 ou HIV-2 FGJULLE GE R;ECOPLQ^Er-.IENr v ?U115066 PC.'T/FR90/OU?.
F~~ ~ 12008
3 existant actuellement, font appel à la détection d'anticorps ANTI-HIV-1 ou anti-HIV-2 éventuellement présents dans un prélèvement biologique (biopsie) ou dans un fluide biologique, par exemple dans un sérum obtenu, à partir du patient à l'étude, par mise en contact de ce fluide biologique avec des extraits ou antigènes d'HIV-1 ou d'HIV-2, dans des conditions permettant la production d'une réaction immunologique éventuelle de ces ces extraits ou antigènes avec ces anticorps.
De telles méthodes de diagnostic risquent d'être faussement négatives, en particulier dans le cas d'une infection récente d'un individu par les virus du type HIV.
Les techniques d'amplification génique sont d'un appoint considérable pour la mise au point de méthodes de diagnostic in vitro particulièrement sensibles de maladies virales. Parmi ces techniques d'amplification génique, on peut citer la technique PCR (Polymérase Chain Reaction) telle que décrite dans les demandes de brevet européen n' EP200362 du 27/03/1986 et n' EP229701 du 09/01/1987, ou encore la technique dite "QjBreplicase" décrite dans Biotechnology, vol.6, page 1197 (octobre 1988) et celle procédant à l'aide d'une ARN polymérase (T7RNA polymérase) décrite dans la demande de brevet international n' W089/01050. Ces techniques permettent d'améliorer la sensibilité de détection des acides nucléiques des virus, et nécessitent l'utilisation d'amorces de synthèse spécifiques.
Pour la recherche des virus du type HIV, le choix des amorces est problématique. En effet, du fait de la grande variabilité des séquences de nucléotides du génome viral, une amorce conforme à la séquence connue d'un isolat donné d'un virus du type HIV peut faillir Ftü~~LE GE RENIPLA%CfEME11M
De telles méthodes de diagnostic risquent d'être faussement négatives, en particulier dans le cas d'une infection récente d'un individu par les virus du type HIV.
Les techniques d'amplification génique sont d'un appoint considérable pour la mise au point de méthodes de diagnostic in vitro particulièrement sensibles de maladies virales. Parmi ces techniques d'amplification génique, on peut citer la technique PCR (Polymérase Chain Reaction) telle que décrite dans les demandes de brevet européen n' EP200362 du 27/03/1986 et n' EP229701 du 09/01/1987, ou encore la technique dite "QjBreplicase" décrite dans Biotechnology, vol.6, page 1197 (octobre 1988) et celle procédant à l'aide d'une ARN polymérase (T7RNA polymérase) décrite dans la demande de brevet international n' W089/01050. Ces techniques permettent d'améliorer la sensibilité de détection des acides nucléiques des virus, et nécessitent l'utilisation d'amorces de synthèse spécifiques.
Pour la recherche des virus du type HIV, le choix des amorces est problématique. En effet, du fait de la grande variabilité des séquences de nucléotides du génome viral, une amorce conforme à la séquence connue d'un isolat donné d'un virus du type HIV peut faillir Ftü~~LE GE RENIPLA%CfEME11M
4 à l'amplification de certains variants viraux du type HIV. D'autre part, même si une amorce est choisie dans une région conservée du génome d'un virus HIV à un autre, son "bon fonctionnement" n'est pas pour autant assuré et peut donner lieu à de mauvais rendements d'amplification.
La présente invention fournit précisément des amorces oligonucléotidiques permettant, entre autres, l'amplification, notamment à des fins diagnostiques, du génome de tous virus du type HIV et SIV, avec des rendements considérés comme maximum dans l'état actuel de la technique et surtout évitant la présence de nombreuses bandes aspécifiques.
La présente invention concerne un procédé
d'amplification génique de séquences gag, pol ou vpr de virus HIV-1, HIV-2 et SIV comprenant la mise en oeuvre d'au moins deux amorces oligonucléotidiques, de 15 à 30 nucléotides, susceptibles d'hybrider au génome de HIV-l, HIV-2 et SIV à une température de 60 C
10C, choisies parmi (a) les séquences conservées et spécifiques des gènes gag, pol ou vpr des virus HIV-1 Bru, HIV-1 Mal, HIV-1 Eli, HIV-2 ROD et SIV Mac, et (b) les séquences complémentaires des séquences définies en (a).
La présente invention concerne aussi une méthode de synthèse d'une protéine ou d'un polypeptide codé
par un polynucléotide obtenu par l'amplification génique du génome de HIV-1, HIV-2 ou SIV comprenant - une étape d'amplification du génome de HIV-1, HIV-2 ou SIV à l'aide d'au moins deux amorces oligonucléotidiques telles que définies selon la présente invention, 4a - l'introduction du polynucléotide ainsi obtenu dans un vecteur approprié, - la transformation de cellules hôtes à
l'aide du vecteur susmentionné, - la mise en culture des cellules hôtes transformées par ledit vecteur et la récupération de la protéine ou du polypeptide produit par ces dernières.
La présente invention concerne aussi des amorces nucléotidiques, pour la mise en o?uvre de l'amplification génique d'un gène du génome de HIV-l, HIV-2 ou SIV, choisies parmi les couples d'amorces suivants .
(a) MMyl-MMy4, (b) MMy2-MMy4, (c) MMyl-Mmy3, (d) MMy4Bis-MMy28bis, (e) MMy18-MMy19, (f) MMy29-MMy3Obis, (g) MMy30-MMy3lbis et (h) MMy31-MMy32bis.
La présente invention concerne aussi l'utilisation d'au moins un couple d'amorces nucléotidiques telles que susmentionnées pour le diagnostic in vitro de l'infection d'un individu par HIV-1 ou HIV-2 ou les deux.
La présente invention concerne aussi l'utilisation d'au moins deux couples d'amorces tels que susmentionnés pour la détection croisée de 4b plusieurs types de virus du type HIV-1, HIV-2, SIV ou des combinaisons de ceux-ci.
La présente invention concerne aussi l'utilisation d'au moins deux couples d'amorces tels que susmentionnés pour la détection simultanée de plusieurs gènes d'un même virus du type HIV-l, HIV-2 ou SIV.
La présente invention concerne aussi l'utilisation d'au moins un couple d'amorces nucléotidiques telles que susmentionnées pour la mise en uvre d'un procédé d'amplification génique de séquences nucléiques de virus d'au moins un type choisi parmi HIV-1, HIV-2 et SIV.
La présente invention concerne aussi l'utilisation d'au moins un couple d'amorces nucléotidiques telles que susmentionnées pour la mise en oeuvre d'un procédé de synthèse d'une protéine ou d'un polypeptide codé par un acide nucléique appartenant au génome d'un virus du type HIV-l, HIV-2 ou SIV et amplifié à l'aide dudit au moins un couple d'amorces.
La présente invention concerne aussi une méthode de diagnostic in vitro d'une infection potentielle d'un individu par un virus du type HIV-1 ou HIV-2 ou les deux, ou d'un animal par au moins l'un des virus choisis parmi HIV-l, HIV-2 et SIV, ladite méthode étant réalisée à partir d'un échantillon biologique provenant d'un individu ou d'un animal à l'étude, et comprenant les étapes suivantes :
i. un procédé d'amplification génique tel que susmentionné, réalisé sur un acide nucléique extrait dudit échantillon biologique; et ii. une étape de détection de la présence éventuelle d'un acide nucléique 4c appartenant au génome du virus du type HIV-1 ou HIV-2 ou SIV ou de combinaisons de ceux-ci dans l'échantillon biologique.
La présente invention concerne aussi une méthode de diagnostic in vitro d'une infection potentielle d'un individu par un virus du type HIV-1 ou HIV-2 ou les deux, ou d'un animal par au moins l'un des virus choisis parmi HIV-1, HIV-2 et SIV, ladite méthode étant réalisée à partir d'un échantillon biologique provenant d'un individu ou d'un animal à l'étude, et comprenant les étapes suivantes :
i. un procédé d'amplification génique tel que susmentionné, réalisé sur un acide nucléique extrait dudit échantillon biologique; et ii. la détection de la présence éventuelle d'un produit dudit procédé d'amplification, ledit produit correspondant à une séquence d'acides nucléiques du génome du virus du type HIV-1 ou HIV-2 ou SIV ou de combinaisons de ceux-ci dans l'échantillon biologique.
La présente invention concerne aussi un kit pour la mise en aeuvre d'un procédé tel que susmentionné
comprenant :
- au moins un couple d'amorces oligonucléotidiques telles que susmentionnées ; et des réactifs appropriés à la mise en aeuvre d'un cycle d'opérations d'amplification.
La présente invention concerne aussi un oligonucléotide caractérisé en ce que sa séquence consiste en :
i) une séquence spécifique du gène gag ou du gène pol, et susceptible d'hybrider à une température de 60 C 1 C avec les génomes des virus HIV-1 F'~D 0 9 2008 4d Bru, HIV-1 Mal, HIV-1 Eli, HIV-2 Rod ou SIV Mac, ii) une séquence spécifique du gène env, et susceptible d'hybrider à une température de 60 C
1 C avec les génomes des virus HIV-1 Bru, HIV-1 Mal et HIV-1 Eli, ou iii) une séquence complémentaire d'une séquence telle que définie en i ou ii.
La présente invention concerne aussi un oligonucléotide qui comprend une conservation d'au moins 5 bases de chaque côté de l'amorce par rapport à
la séquence d'une amorce oligonucléotidique telle que susmentionnée, et qui comporte dans sa partie médiane des modifications par rapport à la séquence d'une amorce oligonucléotidique telle que susmentionnée, et garde les propriétés d'hybridation avec les génomes des virus HIV-1 Bru, HIV-1 Mal, HIV-1 Eli, HIV-2 Rod et SIV Mac.
La présente invention concerne aussi un oligonucléotide qui comprend une conservation d'au moins 5 bases de chaque côté de l'amorce par rapport à
la séquence d'une amorce oligonucléotidique telle que susmentionnée, et qui comporte dans sa partie médiane des modifications par rapport à la séquence d'une amorce oligonucléotidique telle que susmentionnée, et garde les propriétés d'hybridation avec les génomes des virus HIV-1 Bru, HIV-1 Mal et HIV-1 Eli.
La présente invention concerne aussi un oligonucléotide caractérisé en ce que sa séquence consiste en :
i) une séquence spécifique du gène gag choisie parmi :
La présente invention fournit précisément des amorces oligonucléotidiques permettant, entre autres, l'amplification, notamment à des fins diagnostiques, du génome de tous virus du type HIV et SIV, avec des rendements considérés comme maximum dans l'état actuel de la technique et surtout évitant la présence de nombreuses bandes aspécifiques.
La présente invention concerne un procédé
d'amplification génique de séquences gag, pol ou vpr de virus HIV-1, HIV-2 et SIV comprenant la mise en oeuvre d'au moins deux amorces oligonucléotidiques, de 15 à 30 nucléotides, susceptibles d'hybrider au génome de HIV-l, HIV-2 et SIV à une température de 60 C
10C, choisies parmi (a) les séquences conservées et spécifiques des gènes gag, pol ou vpr des virus HIV-1 Bru, HIV-1 Mal, HIV-1 Eli, HIV-2 ROD et SIV Mac, et (b) les séquences complémentaires des séquences définies en (a).
La présente invention concerne aussi une méthode de synthèse d'une protéine ou d'un polypeptide codé
par un polynucléotide obtenu par l'amplification génique du génome de HIV-1, HIV-2 ou SIV comprenant - une étape d'amplification du génome de HIV-1, HIV-2 ou SIV à l'aide d'au moins deux amorces oligonucléotidiques telles que définies selon la présente invention, 4a - l'introduction du polynucléotide ainsi obtenu dans un vecteur approprié, - la transformation de cellules hôtes à
l'aide du vecteur susmentionné, - la mise en culture des cellules hôtes transformées par ledit vecteur et la récupération de la protéine ou du polypeptide produit par ces dernières.
La présente invention concerne aussi des amorces nucléotidiques, pour la mise en o?uvre de l'amplification génique d'un gène du génome de HIV-l, HIV-2 ou SIV, choisies parmi les couples d'amorces suivants .
(a) MMyl-MMy4, (b) MMy2-MMy4, (c) MMyl-Mmy3, (d) MMy4Bis-MMy28bis, (e) MMy18-MMy19, (f) MMy29-MMy3Obis, (g) MMy30-MMy3lbis et (h) MMy31-MMy32bis.
La présente invention concerne aussi l'utilisation d'au moins un couple d'amorces nucléotidiques telles que susmentionnées pour le diagnostic in vitro de l'infection d'un individu par HIV-1 ou HIV-2 ou les deux.
La présente invention concerne aussi l'utilisation d'au moins deux couples d'amorces tels que susmentionnés pour la détection croisée de 4b plusieurs types de virus du type HIV-1, HIV-2, SIV ou des combinaisons de ceux-ci.
La présente invention concerne aussi l'utilisation d'au moins deux couples d'amorces tels que susmentionnés pour la détection simultanée de plusieurs gènes d'un même virus du type HIV-l, HIV-2 ou SIV.
La présente invention concerne aussi l'utilisation d'au moins un couple d'amorces nucléotidiques telles que susmentionnées pour la mise en uvre d'un procédé d'amplification génique de séquences nucléiques de virus d'au moins un type choisi parmi HIV-1, HIV-2 et SIV.
La présente invention concerne aussi l'utilisation d'au moins un couple d'amorces nucléotidiques telles que susmentionnées pour la mise en oeuvre d'un procédé de synthèse d'une protéine ou d'un polypeptide codé par un acide nucléique appartenant au génome d'un virus du type HIV-l, HIV-2 ou SIV et amplifié à l'aide dudit au moins un couple d'amorces.
La présente invention concerne aussi une méthode de diagnostic in vitro d'une infection potentielle d'un individu par un virus du type HIV-1 ou HIV-2 ou les deux, ou d'un animal par au moins l'un des virus choisis parmi HIV-l, HIV-2 et SIV, ladite méthode étant réalisée à partir d'un échantillon biologique provenant d'un individu ou d'un animal à l'étude, et comprenant les étapes suivantes :
i. un procédé d'amplification génique tel que susmentionné, réalisé sur un acide nucléique extrait dudit échantillon biologique; et ii. une étape de détection de la présence éventuelle d'un acide nucléique 4c appartenant au génome du virus du type HIV-1 ou HIV-2 ou SIV ou de combinaisons de ceux-ci dans l'échantillon biologique.
La présente invention concerne aussi une méthode de diagnostic in vitro d'une infection potentielle d'un individu par un virus du type HIV-1 ou HIV-2 ou les deux, ou d'un animal par au moins l'un des virus choisis parmi HIV-1, HIV-2 et SIV, ladite méthode étant réalisée à partir d'un échantillon biologique provenant d'un individu ou d'un animal à l'étude, et comprenant les étapes suivantes :
i. un procédé d'amplification génique tel que susmentionné, réalisé sur un acide nucléique extrait dudit échantillon biologique; et ii. la détection de la présence éventuelle d'un produit dudit procédé d'amplification, ledit produit correspondant à une séquence d'acides nucléiques du génome du virus du type HIV-1 ou HIV-2 ou SIV ou de combinaisons de ceux-ci dans l'échantillon biologique.
La présente invention concerne aussi un kit pour la mise en aeuvre d'un procédé tel que susmentionné
comprenant :
- au moins un couple d'amorces oligonucléotidiques telles que susmentionnées ; et des réactifs appropriés à la mise en aeuvre d'un cycle d'opérations d'amplification.
La présente invention concerne aussi un oligonucléotide caractérisé en ce que sa séquence consiste en :
i) une séquence spécifique du gène gag ou du gène pol, et susceptible d'hybrider à une température de 60 C 1 C avec les génomes des virus HIV-1 F'~D 0 9 2008 4d Bru, HIV-1 Mal, HIV-1 Eli, HIV-2 Rod ou SIV Mac, ii) une séquence spécifique du gène env, et susceptible d'hybrider à une température de 60 C
1 C avec les génomes des virus HIV-1 Bru, HIV-1 Mal et HIV-1 Eli, ou iii) une séquence complémentaire d'une séquence telle que définie en i ou ii.
La présente invention concerne aussi un oligonucléotide qui comprend une conservation d'au moins 5 bases de chaque côté de l'amorce par rapport à
la séquence d'une amorce oligonucléotidique telle que susmentionnée, et qui comporte dans sa partie médiane des modifications par rapport à la séquence d'une amorce oligonucléotidique telle que susmentionnée, et garde les propriétés d'hybridation avec les génomes des virus HIV-1 Bru, HIV-1 Mal, HIV-1 Eli, HIV-2 Rod et SIV Mac.
La présente invention concerne aussi un oligonucléotide qui comprend une conservation d'au moins 5 bases de chaque côté de l'amorce par rapport à
la séquence d'une amorce oligonucléotidique telle que susmentionnée, et qui comporte dans sa partie médiane des modifications par rapport à la séquence d'une amorce oligonucléotidique telle que susmentionnée, et garde les propriétés d'hybridation avec les génomes des virus HIV-1 Bru, HIV-1 Mal et HIV-1 Eli.
La présente invention concerne aussi un oligonucléotide caractérisé en ce que sa séquence consiste en :
i) une séquence spécifique du gène gag choisie parmi :
- 5'-TGG CGC CCG AAC AGG GAC-3' - 5'-TGG CGC CTG AAC AGG GAC-3' - 5'-GGC CAG GGG GAA AGA AAA A-3' - 5'-GGC CCG GCG GAA AGA AAA A-3' . r,? ... :~.~.
4e - 5'-GGC CAG GAG GAA AGA AAA A-3' - 5'-CAT CAA GCA GCC ATG CAA AG-3' - 5'-CAC CAG GCA GCT ATG CAG AG-3' - 5'-AGG GCT GTT GGA AAT GTG G-3' - 5'-AGG GCT GTT GGA AAG GTG G-3' - 3'-TGC CCA TAC AAA ATG TTT TA-5"
- 3'-TGC CCA CAC TAT ATG TTT TA-5' - 3'-TGC ATG GCT GCT TGA TG-5' - 3'-TGC ATA GCT GCC TGG TG-5' - 3'-CTT TGC ATG GCT GCT TGA TG-5' - 3'-CTC TGC ATA GCT GCC TGG TG-5' - 3'-CCA CAT TTC CAG CAT CCC T-5' - 3'-CCA CAT TTC CAG CAG CCC T-5' ; et - 3'-CCA CAT TTC CAG CAC CCC T-5', ii) une séquence spécifique du gène pol, susceptible d'hybrider à une température de 60 C
1 C avec les génomes des virus HIV-1 Bru, HIV-1 Mal, HIV-1 Eli, HIV-2 Rod et SIV Mac, iii) une séquence spécifique du gène env, et susceptible d'hybrider à une température de 60 C
1 C avec les génomes des virus HIV-1 Bru, HIV-1 Mal et HIV-1 Eli, ou iv) une séquence complémentaire d'une séquence telle que définie en i, ii ou iii.
La présente invention concerne aussi un oligonucléotide caractérisé en ce que sa séquence nucléotidique est modifiée par rapport à la séquence de l'oligonucléotide spécifique du gène gag ou du gène po1 tel que susmentionné et garde les propriétés d'hybridation avec les génomes des virus HIV-1 Bru, HIV-1 Mal, HIV-1 Eli, HIV-2 Rod et SIV Mac à une température de 60 C 1 C.
La présente invention concerne aussi un oligonucléotide caractérisé en ce que sa séquence FEB 0 i 2008 4f nucléotidique est modifiée par rapport à la séquence de l'oligonucléotide spécifique du gène env tel que susmentionné, et garde les propriétés d'hybridation avec les génomes des virus HIV-1 Bru, HIV-1 Mal et HIV-1 Eli à une température de 60 C 10C.
La présente invention concerne aussi un couple d'amorces oligonucléotidiques, pour la mise en oeuvre d'une amplification génique du gène gag ou du gène po1 de virus de type HIV-1, HIV-2 et SIV, les amorces consistant chacune en i) une séquence spécifique du gène gag ou du gène pol, et susceptible d'hybrider à une température de 60 C 1 C avec les génomes des virus HIV-1 Bru, HIV-1 Mal, HIV-1 Eli, HIV-2 Rod et SIV Mac ; ou ii) une séquence complémentaire d'une séquence telle que définie en i).
La présente invention concerne aussi un couple d'amorces, caractérisé en ce que la séquence d'au moins une amorce oligonucléotidique d'un couple d'amorces tel que susmentionné, est modifiée par rapport à la séquence du gène gag ou du gène pol des virus HIV-1 Bru, HIV-1 Mal, HIV-1 Eli, HIV-2 Rod ou SIV Mac, et garde les propriétés d'hybridation avec les génomes des virus HIV-1 Bru, HIV-1 Mal, HIV-1 Eli, HIV-2 Rod et SIV Mac à une température de 60 C 1 C.
La présente invention concerne aussi un couple d'amorces oligonucléotidiques, pour la mise en oeuvre d'une amplification génique du gène env de virus de type HIV-1, les amorces consistant chacune en :
i) une séquence spécifique du gène env, et susceptible d'hybrider à une température de 60 C
1 C avec les génomes des virus HIV-1 Bru, HIV-1 Mal et HIV-1 Eli ; ou ii) une séquence complémentaire d'une séquence CA 02685262 2009-11-13 ~~~~
~~~ ~ 1 é2008 4g telle que définie en i).
La présente invention concerne aussi un couple d'amorces caractérisé en ce que la séquence d'au moins une amorce oligonucléotidique d'un couple d'amorces tel que susmentionné est modifiée par rapport à la séquence du gène env des virus HIV-1 Bru, HIV-1 Mal ou HIV-1 Eli, et garde les propriétés d'hybridation avec les génomes des virus HIV-1 Bru, HIV-1 Mal et HIV-1 Eli, à une température de 60 C 10C.
La présente invention concerne aussi un kit pour la mise en oeuvre d'une méthode de diagnostic d'une infection par un virus HIV par amplification génique comprenant :
i) au moins une amorce ou un couple d'amorces oligonucléotidiques tels que susmentionnés, ii) des réactifs appropriés à la mise en oeuvre du cycle d'opérations d'amplification, notamment de l'ADN polymérase, quatre nucléotides triphosphate différents, et le tampon 10 x tel que susmentionné, iii) une (ou plusieurs) sonde(s), pouvant être marquée(s), capable(s) de s'hybrider avec la (ou les) séquence(s) d'acide nucléique amplifiée(s) à
détecter.
La présente invention concerne aussi l'utilisation d'au moins une amorce ou d'un couple d'amorces tels que susmentionnés pour l'amplification génique de séquences nucléiques du gène gag ou du gène pol de virus du type HIV-1 et/ou HIV-2, et/ou SIV.
La présente invention concerne aussi un procédé
d'amplification génique de séquences nucléiques du gène env de virus du type HIV-1, réalisé à partir d'un échantillon biologique, ce procédé comprenant principalement les étapes suivantes:
FED
4h a) une étape d'extraction de l'acide nucléique à
détecter appartenant au génome du virus du type HIV-l éventuellement présent dans l'échantillon biologique sus-mentionné, et, le cas échéant, une étape de traitement à l'aide d'une transcriptase inverse dudit acide nucléique si ce dernier est sous forme d'ARN, b) un cycle comprenant les étapes suivantes dénaturation de l'acide nucléique double brin à détecter, ce qui conduit à la formation d'un acide nucléique simple brin, . hybridation de chacun des brins d'acide nucléique, obtenus lors de l'étape de dénaturation précédente, avec au moins une amorce ou un couple d'amorces tels que susmentionnés, par mise en contact des brins susmentionnés avec au moins un couple d'amorces susmentionnées, . formation à partir des amorces des ADN
complémentaires aux brins sur lesquels elles sont hybridées en présence d'une ADN
polymérase et de quatre nucléosides triphosphate (dNTP) différents, ce qui conduit à la formation d'un plus grand nombre d'acides nucléiques double brin à
détecter qu'à l'étape de dénaturation précédente, ce cycle étant répété un nombre de fois déterminé pour obtenir ladite séquence nucléique à détecter éventuellement présente dans l'échantillon biologique dans une proportion suffisante pour permettre sa détection, et c) une étape de détection de la présence éventuelle de l'acide nucléique appartenant au 4i génome du virus du type HIV-1 dans l'échantillon biologique.
La présente invention concerne aussi une application du procédé tel que susmentionné au diagnostic in vitro de l'infection d'un individu par un virus du type HIV-1.
La présente invention concerne aussi une application du procédé tel que susmentionné à la synthèse d'une protéine ou d'un polypeptide codé(é) par un polynucléotide obtenu par ladite amplification génique.
La présente invention concerne aussi une méthode de synthèse d'une protéine ou d'un polypeptide codé(e) par un polynucléotide obtenu par l'amplification génique du génome de HIV-1 comprenant :
- une étape d'amplification du génome de HIV-1, à
l'aide d'au moins deux amorces oligonucléotidiques telles que susmentionnées, - l'introduction du polynucléotide ainsi obtenu dans un vecteur approprié, - la transformation de cellules hôtes à l'aide du vecteur susmentionné, et - la mise en culture des cellules hôtes transformées par ledit vecteur et la récupération de la protéine ou du polypeptide produit par ces dernières.
Les amorces de la présente invention sont à la fois spécifiques des virus du groupe HIV-1 et/ou des virus des groupes HIV-2 et SIV, et sont insensibles aux variations du génome de ces virus.
La présente invention a pour objet des amorces oligonucléotidiques, d'environ 15 à 30 nucléotides, utilisables pour l'amplification génomique des virus du type HIV-1 et/ou du type HIV-2 et SIV.
4j L'invention concerne toute séquence nucléotidique caractérisée en ce que sa séquence :
- soit est choisie parmi celles qui sont contenues dans l'une des séquences nucléotidiques comprises dans les gènes gag, vpr et pol des virus HIV-1 Bru, HIV-1 Mal, HIV-1 Eli, HIV-2 ROD et SIV MAC, ou dans les gènes nef2, vif2 et vpx des virus HIV-2 ROD, et SIV MAC, ou dans les gènes env, nefL, vifl et vpr des virus HIV-1 Bru, HIV-1 Mal, et HIV-1 Eli, et plus particulièrement parmi celles qui sont contenues dans les enchaînements nucléotidiques définis ci-après, - soit (notamment pour les séquences les plus longues) contient l'une des séquences nucléotidiques susdites issues de HIV-1 Bru, ou HIV-1 Mal, ou HIV-1.
L'invention concerne également une amorce oligonucléotidique caractérisée en ce que sa séquence consiste en :
i) une séquence spécifique du gène gag, et susceptible d'hybrider à une température de 60 C 1 C avec les génomes des virus HIV-1 Bru, HIV-1 Mal, HIV-1 Eli, HIV-2 Rod et SIV Mac ; ou ii) une séquence complémentaire d'une séquence telle que définie en i.
L'invention concerne également un procédé
d'amplification génique de séquences nucléiques du gène gag de virus du type HIV-1 et/ou HIV-2, et/ou SIV, réalisé à partir d'un échantillon biologique, ce procédé comprenant principalement les étapes suivantes:
a) une étape d'extraction de l'acide nucléique à
détecter appartenant au génome du virus du type HIV-1, HIV-2, ou SIV éventuellement présent dans l'échantillon biologique susmentionné ;
b) un cycle comprenant les étapes suivantes 4k - dénaturation de l'acide nucléique double brin à
détecter, ce qui conduit à la formation d'un acide nucléique simple brin ;
- hybridation de chacun des brins d'acide nucléique, obtenus lors de l'étape de dénaturation précédente, avec au moins une amorce oligonucléotidique telle que précédemment définie, par mise en contact des brins susmentionnés avec au moins un couple d'amorces susmentionnées ; et - formation à partir des amorces, des ADN
complémentaires aux brins sur lesquels elles sont hybridées, en présence d'une ADN polymérase et de quatre nucléosides triphosphate (dNTP) différents, ce qui conduit à la formation d'un plus grand nombre d'acides nucléiques double brin à détecter qu'à
l'étape de dénaturation précédente ;
ce cycle étant répété un nombre de fois déterminé pour obtenir ladite séquence nucléique à détecter éventuellement présente dans l'échantillon biologique dans une proportion suffisante pour permettre sa détection ; et c) une étape de détection de la présence éventuelle de l'acide nucléique appartenant au génome du virus du type HIV-1 et/ou HIV-2 et/ou SIV dans l'échantillon biologique.
L'invention concerne également une application du procédé précédemment défini au diagnostic in vitro de l'infection d'un individu par un virus du type HIV-1 et/ou HIV-2, ou d'un animal par au moins l'un des trois virus (HIV-1, HIV-2, SIV).
L'invention concerne également un kit pour la mise en oeuvre du procédé précédemment défini comprenant :
i) au moins une amorce oligonucléotidique telle que précédemment définie ;
ii) des réactifs appropriés à la mise en oeuvre du cycle d'opérations d'amplification ; et iii) une (ou plusieurs) sonde, pouvant être marquée(s), capable(s) de s'hybrider avec la (ou les) séquence(s) d'acide nucléique amplifiée(s) à détecter.
L'invention concerne également l'utilisation d'au moins une amorce oligonucléotidique telle que précédemment définie pour l'amplification génique de séquences nucléiques du gène gag de virus du type HIV-1 et/ou HIV-2, et/ou SIV.
L'invention concerne également une amorce oligonucléotidique caractérisée en ce que sa séquence consiste en :
i) une séquence spécifique du gène vpr, et susceptible d'hybrider à une température de 60 C 1 C avec les génomes des virus HIV-1 Bru, HIV-1 Mal, HIV-1 Eli, HIV-2 Rod et SIV Mac ; ou ii) une séquence complémentaire d'une séquence telle que définie en i.
L'invention concerne également un couple d'amorces oligonucléotidiques, pour la mise en oeuvre d'une amplification génique du gène vpr de virus de type HIV-1, HIV-2 et SIV, les amorces consistant chacune en i) une séquence spécifique du gène vpr, et susceptible d'hybrider à une température de 60 C 1 C avec les génomes des virus HIV-1 Bru, HIV-1 Mal, HIV-1 Eli, HIV-2 Rod et SIV Mac ; ou ii) une séquence complémentaire d'une séquence telle que définie en i).
L'invention concerne également un procédé
d'amplification génique de séquences nucléiques du gène vpr de virus du type HIV-1 et/ou HIV-2, et/ou SIV, réalisé à partir d'un échantillon biologique, ce 4m procédé comprenant principalement les étapes suivantes:
a) une étape d'extraction de l'acide nucléique à
détecter appartenant au génome du virus du type HIV-1, HIV-2, ou SIV éventuellement présent dans l'échantillon biologique susmentionné ;
b) un cycle comprenant les étapes suivantes - dénaturation de l'acide nucléique double brin à
détecter, ce qui conduit à la formation d'un acide nucléique simple brin ;
- hybridation de chacun des brins d'acide nucléique, obtenus lors de l'étape de dénaturation précédente, avec au moins une amorce oligonucléotidique telle que précédemment définie ou avec un couple d'amorces oligonucléotidiques telle que précédemment défini, par mise en contact des brins susmentionnés avec au moins un couple d'amorces oligonucléotidiques susmentionnées et - formation à partir des amorces, des ADN
complémentaires aux brins sur lesquels elles sont hybridées, en présence d'une ADN polymérase et de quatre nucléosides triphosphate (dNTP) différents, ce qui conduit à la formation d'un plus grand nombre d'acides nucléiques double brin à détecter qu'à
l'étape de dénaturation précédente ;
ce cycle étant répété un nombre de fois déterminé pour obtenir ladite séquence nucléique à détecter éventuellement présente dans l'échantillon biologique dans une proportion suffisante pour permettre sa détection ; et c) une étape de détection de la présence éventuelle de l'acide nucléique appartenant au génome du virus du type HIV-1 et/ou HIV-2 et/ou SIV dans l'échantillon biologique.
4n L'invention concerne également une application du procédé défini précédemment au diagnostic in vitro de l'infection d'un individu par un virus du type HIV-1 et/ou HIV-2, ou d'un animal par au moins l'un des trois virus (HIV-1, HIV-2, SIV).
L'invention concerne également un kit pour la mise en oeuvre d'un procédé tel que précédemment défini .
i) au moins une amorce oligonucléotidique telle que précédemment définie ou un couple d'amorces oligonucléotidiques tel que précédemment défini ;
ii) des réactifs appropriés à la mise en oeuvre du cycle d'opérations d'amplification ; et iii) une (ou plusieurs) sonde, pouvant être marquée, capable de s'hybrider avec la (ou les) séquence d'acide nucléique amplifiée à détecter.
L'invention concerne également une utilisation d'au moins une amorce oligonucléotidique telle que précédemment définie ou un couple d'amorces oligonucléotidiques tel que précédemment défini pour l'amplification génique de séquences nucléiques du gène vpr de virus du type HIV-1 et/ou HIV-2, et/ou SIV.
~i 10/15066 PCT/FR90/003P~
Eli ou HIV-2 ROD ou SIVMac , ou contient une séquence nucléotidique complémentaire de l'une de ces dernières séquences, étant entendu que les nucléotides supplémentaires éventuels qui "débordent" la séquence nucléotidique du genre en question, du côté des extrémités 3' ou 5', coïncident de préférence avec ceux qui se trouvent placés en deçà des extrémités 5' ou 3' correspondant au sein même de la séquence complète des virus du type HIV-1, HIV-2 ou de SIV
MAC, sus-mentionnés, - soit, si cette séquence nucléotidique n'est pas identique à l'une des séquences nucléotidiques susdites, ou n'est pas complémentaire de l'une de ces séquences, est néanmoins susceptible de s'hybrider avec une séquence nucléotidique issue des virus HIV-1 Bru,HIV-1 Mal, HIV-1 Eli, et/ou avec une séquence nucléotidique issue du virus HIV-2 ROD ou SIV MAC
sus-mentionnée. L'hybridation peut s'effectuer à une température de 60'C l'C (de préférence 60'C t 0,5'C), préconisée pour un optimum de rendement.
La numérotation des nucléotides mentionnés ci-dessous correspond à celle utilisée dans le manuel de référence "Human Retrovirus and AIDS-1989" édité par le "Los Alamos National Laboratory- New Mexico - USA".
(Les séquences des virus HIV-1 Mal, HIV-1 Eli ont été décrites par MONTAGNIER, SONIGO, WAIN-HOBSON et ALIZON dans la demande de brevet européen n' 86.401380 du 23/06/86).
Les séquences de l'invention sont synthétisées sur synthétiseur commercialisé par Applied Biosystems (méthode phosphoro-amidites, ou sur tout autre appareil utilisant une méthode semblable.
L'invention concerne plus particulièrement les séquences oligonucléotidiques caractérisées par les enchainements nucléotidiques suivants (représentés FttJ'i=L : DE REMPLACEMENti
4e - 5'-GGC CAG GAG GAA AGA AAA A-3' - 5'-CAT CAA GCA GCC ATG CAA AG-3' - 5'-CAC CAG GCA GCT ATG CAG AG-3' - 5'-AGG GCT GTT GGA AAT GTG G-3' - 5'-AGG GCT GTT GGA AAG GTG G-3' - 3'-TGC CCA TAC AAA ATG TTT TA-5"
- 3'-TGC CCA CAC TAT ATG TTT TA-5' - 3'-TGC ATG GCT GCT TGA TG-5' - 3'-TGC ATA GCT GCC TGG TG-5' - 3'-CTT TGC ATG GCT GCT TGA TG-5' - 3'-CTC TGC ATA GCT GCC TGG TG-5' - 3'-CCA CAT TTC CAG CAT CCC T-5' - 3'-CCA CAT TTC CAG CAG CCC T-5' ; et - 3'-CCA CAT TTC CAG CAC CCC T-5', ii) une séquence spécifique du gène pol, susceptible d'hybrider à une température de 60 C
1 C avec les génomes des virus HIV-1 Bru, HIV-1 Mal, HIV-1 Eli, HIV-2 Rod et SIV Mac, iii) une séquence spécifique du gène env, et susceptible d'hybrider à une température de 60 C
1 C avec les génomes des virus HIV-1 Bru, HIV-1 Mal et HIV-1 Eli, ou iv) une séquence complémentaire d'une séquence telle que définie en i, ii ou iii.
La présente invention concerne aussi un oligonucléotide caractérisé en ce que sa séquence nucléotidique est modifiée par rapport à la séquence de l'oligonucléotide spécifique du gène gag ou du gène po1 tel que susmentionné et garde les propriétés d'hybridation avec les génomes des virus HIV-1 Bru, HIV-1 Mal, HIV-1 Eli, HIV-2 Rod et SIV Mac à une température de 60 C 1 C.
La présente invention concerne aussi un oligonucléotide caractérisé en ce que sa séquence FEB 0 i 2008 4f nucléotidique est modifiée par rapport à la séquence de l'oligonucléotide spécifique du gène env tel que susmentionné, et garde les propriétés d'hybridation avec les génomes des virus HIV-1 Bru, HIV-1 Mal et HIV-1 Eli à une température de 60 C 10C.
La présente invention concerne aussi un couple d'amorces oligonucléotidiques, pour la mise en oeuvre d'une amplification génique du gène gag ou du gène po1 de virus de type HIV-1, HIV-2 et SIV, les amorces consistant chacune en i) une séquence spécifique du gène gag ou du gène pol, et susceptible d'hybrider à une température de 60 C 1 C avec les génomes des virus HIV-1 Bru, HIV-1 Mal, HIV-1 Eli, HIV-2 Rod et SIV Mac ; ou ii) une séquence complémentaire d'une séquence telle que définie en i).
La présente invention concerne aussi un couple d'amorces, caractérisé en ce que la séquence d'au moins une amorce oligonucléotidique d'un couple d'amorces tel que susmentionné, est modifiée par rapport à la séquence du gène gag ou du gène pol des virus HIV-1 Bru, HIV-1 Mal, HIV-1 Eli, HIV-2 Rod ou SIV Mac, et garde les propriétés d'hybridation avec les génomes des virus HIV-1 Bru, HIV-1 Mal, HIV-1 Eli, HIV-2 Rod et SIV Mac à une température de 60 C 1 C.
La présente invention concerne aussi un couple d'amorces oligonucléotidiques, pour la mise en oeuvre d'une amplification génique du gène env de virus de type HIV-1, les amorces consistant chacune en :
i) une séquence spécifique du gène env, et susceptible d'hybrider à une température de 60 C
1 C avec les génomes des virus HIV-1 Bru, HIV-1 Mal et HIV-1 Eli ; ou ii) une séquence complémentaire d'une séquence CA 02685262 2009-11-13 ~~~~
~~~ ~ 1 é2008 4g telle que définie en i).
La présente invention concerne aussi un couple d'amorces caractérisé en ce que la séquence d'au moins une amorce oligonucléotidique d'un couple d'amorces tel que susmentionné est modifiée par rapport à la séquence du gène env des virus HIV-1 Bru, HIV-1 Mal ou HIV-1 Eli, et garde les propriétés d'hybridation avec les génomes des virus HIV-1 Bru, HIV-1 Mal et HIV-1 Eli, à une température de 60 C 10C.
La présente invention concerne aussi un kit pour la mise en oeuvre d'une méthode de diagnostic d'une infection par un virus HIV par amplification génique comprenant :
i) au moins une amorce ou un couple d'amorces oligonucléotidiques tels que susmentionnés, ii) des réactifs appropriés à la mise en oeuvre du cycle d'opérations d'amplification, notamment de l'ADN polymérase, quatre nucléotides triphosphate différents, et le tampon 10 x tel que susmentionné, iii) une (ou plusieurs) sonde(s), pouvant être marquée(s), capable(s) de s'hybrider avec la (ou les) séquence(s) d'acide nucléique amplifiée(s) à
détecter.
La présente invention concerne aussi l'utilisation d'au moins une amorce ou d'un couple d'amorces tels que susmentionnés pour l'amplification génique de séquences nucléiques du gène gag ou du gène pol de virus du type HIV-1 et/ou HIV-2, et/ou SIV.
La présente invention concerne aussi un procédé
d'amplification génique de séquences nucléiques du gène env de virus du type HIV-1, réalisé à partir d'un échantillon biologique, ce procédé comprenant principalement les étapes suivantes:
FED
4h a) une étape d'extraction de l'acide nucléique à
détecter appartenant au génome du virus du type HIV-l éventuellement présent dans l'échantillon biologique sus-mentionné, et, le cas échéant, une étape de traitement à l'aide d'une transcriptase inverse dudit acide nucléique si ce dernier est sous forme d'ARN, b) un cycle comprenant les étapes suivantes dénaturation de l'acide nucléique double brin à détecter, ce qui conduit à la formation d'un acide nucléique simple brin, . hybridation de chacun des brins d'acide nucléique, obtenus lors de l'étape de dénaturation précédente, avec au moins une amorce ou un couple d'amorces tels que susmentionnés, par mise en contact des brins susmentionnés avec au moins un couple d'amorces susmentionnées, . formation à partir des amorces des ADN
complémentaires aux brins sur lesquels elles sont hybridées en présence d'une ADN
polymérase et de quatre nucléosides triphosphate (dNTP) différents, ce qui conduit à la formation d'un plus grand nombre d'acides nucléiques double brin à
détecter qu'à l'étape de dénaturation précédente, ce cycle étant répété un nombre de fois déterminé pour obtenir ladite séquence nucléique à détecter éventuellement présente dans l'échantillon biologique dans une proportion suffisante pour permettre sa détection, et c) une étape de détection de la présence éventuelle de l'acide nucléique appartenant au 4i génome du virus du type HIV-1 dans l'échantillon biologique.
La présente invention concerne aussi une application du procédé tel que susmentionné au diagnostic in vitro de l'infection d'un individu par un virus du type HIV-1.
La présente invention concerne aussi une application du procédé tel que susmentionné à la synthèse d'une protéine ou d'un polypeptide codé(é) par un polynucléotide obtenu par ladite amplification génique.
La présente invention concerne aussi une méthode de synthèse d'une protéine ou d'un polypeptide codé(e) par un polynucléotide obtenu par l'amplification génique du génome de HIV-1 comprenant :
- une étape d'amplification du génome de HIV-1, à
l'aide d'au moins deux amorces oligonucléotidiques telles que susmentionnées, - l'introduction du polynucléotide ainsi obtenu dans un vecteur approprié, - la transformation de cellules hôtes à l'aide du vecteur susmentionné, et - la mise en culture des cellules hôtes transformées par ledit vecteur et la récupération de la protéine ou du polypeptide produit par ces dernières.
Les amorces de la présente invention sont à la fois spécifiques des virus du groupe HIV-1 et/ou des virus des groupes HIV-2 et SIV, et sont insensibles aux variations du génome de ces virus.
La présente invention a pour objet des amorces oligonucléotidiques, d'environ 15 à 30 nucléotides, utilisables pour l'amplification génomique des virus du type HIV-1 et/ou du type HIV-2 et SIV.
4j L'invention concerne toute séquence nucléotidique caractérisée en ce que sa séquence :
- soit est choisie parmi celles qui sont contenues dans l'une des séquences nucléotidiques comprises dans les gènes gag, vpr et pol des virus HIV-1 Bru, HIV-1 Mal, HIV-1 Eli, HIV-2 ROD et SIV MAC, ou dans les gènes nef2, vif2 et vpx des virus HIV-2 ROD, et SIV MAC, ou dans les gènes env, nefL, vifl et vpr des virus HIV-1 Bru, HIV-1 Mal, et HIV-1 Eli, et plus particulièrement parmi celles qui sont contenues dans les enchaînements nucléotidiques définis ci-après, - soit (notamment pour les séquences les plus longues) contient l'une des séquences nucléotidiques susdites issues de HIV-1 Bru, ou HIV-1 Mal, ou HIV-1.
L'invention concerne également une amorce oligonucléotidique caractérisée en ce que sa séquence consiste en :
i) une séquence spécifique du gène gag, et susceptible d'hybrider à une température de 60 C 1 C avec les génomes des virus HIV-1 Bru, HIV-1 Mal, HIV-1 Eli, HIV-2 Rod et SIV Mac ; ou ii) une séquence complémentaire d'une séquence telle que définie en i.
L'invention concerne également un procédé
d'amplification génique de séquences nucléiques du gène gag de virus du type HIV-1 et/ou HIV-2, et/ou SIV, réalisé à partir d'un échantillon biologique, ce procédé comprenant principalement les étapes suivantes:
a) une étape d'extraction de l'acide nucléique à
détecter appartenant au génome du virus du type HIV-1, HIV-2, ou SIV éventuellement présent dans l'échantillon biologique susmentionné ;
b) un cycle comprenant les étapes suivantes 4k - dénaturation de l'acide nucléique double brin à
détecter, ce qui conduit à la formation d'un acide nucléique simple brin ;
- hybridation de chacun des brins d'acide nucléique, obtenus lors de l'étape de dénaturation précédente, avec au moins une amorce oligonucléotidique telle que précédemment définie, par mise en contact des brins susmentionnés avec au moins un couple d'amorces susmentionnées ; et - formation à partir des amorces, des ADN
complémentaires aux brins sur lesquels elles sont hybridées, en présence d'une ADN polymérase et de quatre nucléosides triphosphate (dNTP) différents, ce qui conduit à la formation d'un plus grand nombre d'acides nucléiques double brin à détecter qu'à
l'étape de dénaturation précédente ;
ce cycle étant répété un nombre de fois déterminé pour obtenir ladite séquence nucléique à détecter éventuellement présente dans l'échantillon biologique dans une proportion suffisante pour permettre sa détection ; et c) une étape de détection de la présence éventuelle de l'acide nucléique appartenant au génome du virus du type HIV-1 et/ou HIV-2 et/ou SIV dans l'échantillon biologique.
L'invention concerne également une application du procédé précédemment défini au diagnostic in vitro de l'infection d'un individu par un virus du type HIV-1 et/ou HIV-2, ou d'un animal par au moins l'un des trois virus (HIV-1, HIV-2, SIV).
L'invention concerne également un kit pour la mise en oeuvre du procédé précédemment défini comprenant :
i) au moins une amorce oligonucléotidique telle que précédemment définie ;
ii) des réactifs appropriés à la mise en oeuvre du cycle d'opérations d'amplification ; et iii) une (ou plusieurs) sonde, pouvant être marquée(s), capable(s) de s'hybrider avec la (ou les) séquence(s) d'acide nucléique amplifiée(s) à détecter.
L'invention concerne également l'utilisation d'au moins une amorce oligonucléotidique telle que précédemment définie pour l'amplification génique de séquences nucléiques du gène gag de virus du type HIV-1 et/ou HIV-2, et/ou SIV.
L'invention concerne également une amorce oligonucléotidique caractérisée en ce que sa séquence consiste en :
i) une séquence spécifique du gène vpr, et susceptible d'hybrider à une température de 60 C 1 C avec les génomes des virus HIV-1 Bru, HIV-1 Mal, HIV-1 Eli, HIV-2 Rod et SIV Mac ; ou ii) une séquence complémentaire d'une séquence telle que définie en i.
L'invention concerne également un couple d'amorces oligonucléotidiques, pour la mise en oeuvre d'une amplification génique du gène vpr de virus de type HIV-1, HIV-2 et SIV, les amorces consistant chacune en i) une séquence spécifique du gène vpr, et susceptible d'hybrider à une température de 60 C 1 C avec les génomes des virus HIV-1 Bru, HIV-1 Mal, HIV-1 Eli, HIV-2 Rod et SIV Mac ; ou ii) une séquence complémentaire d'une séquence telle que définie en i).
L'invention concerne également un procédé
d'amplification génique de séquences nucléiques du gène vpr de virus du type HIV-1 et/ou HIV-2, et/ou SIV, réalisé à partir d'un échantillon biologique, ce 4m procédé comprenant principalement les étapes suivantes:
a) une étape d'extraction de l'acide nucléique à
détecter appartenant au génome du virus du type HIV-1, HIV-2, ou SIV éventuellement présent dans l'échantillon biologique susmentionné ;
b) un cycle comprenant les étapes suivantes - dénaturation de l'acide nucléique double brin à
détecter, ce qui conduit à la formation d'un acide nucléique simple brin ;
- hybridation de chacun des brins d'acide nucléique, obtenus lors de l'étape de dénaturation précédente, avec au moins une amorce oligonucléotidique telle que précédemment définie ou avec un couple d'amorces oligonucléotidiques telle que précédemment défini, par mise en contact des brins susmentionnés avec au moins un couple d'amorces oligonucléotidiques susmentionnées et - formation à partir des amorces, des ADN
complémentaires aux brins sur lesquels elles sont hybridées, en présence d'une ADN polymérase et de quatre nucléosides triphosphate (dNTP) différents, ce qui conduit à la formation d'un plus grand nombre d'acides nucléiques double brin à détecter qu'à
l'étape de dénaturation précédente ;
ce cycle étant répété un nombre de fois déterminé pour obtenir ladite séquence nucléique à détecter éventuellement présente dans l'échantillon biologique dans une proportion suffisante pour permettre sa détection ; et c) une étape de détection de la présence éventuelle de l'acide nucléique appartenant au génome du virus du type HIV-1 et/ou HIV-2 et/ou SIV dans l'échantillon biologique.
4n L'invention concerne également une application du procédé défini précédemment au diagnostic in vitro de l'infection d'un individu par un virus du type HIV-1 et/ou HIV-2, ou d'un animal par au moins l'un des trois virus (HIV-1, HIV-2, SIV).
L'invention concerne également un kit pour la mise en oeuvre d'un procédé tel que précédemment défini .
i) au moins une amorce oligonucléotidique telle que précédemment définie ou un couple d'amorces oligonucléotidiques tel que précédemment défini ;
ii) des réactifs appropriés à la mise en oeuvre du cycle d'opérations d'amplification ; et iii) une (ou plusieurs) sonde, pouvant être marquée, capable de s'hybrider avec la (ou les) séquence d'acide nucléique amplifiée à détecter.
L'invention concerne également une utilisation d'au moins une amorce oligonucléotidique telle que précédemment définie ou un couple d'amorces oligonucléotidiques tel que précédemment défini pour l'amplification génique de séquences nucléiques du gène vpr de virus du type HIV-1 et/ou HIV-2, et/ou SIV.
~i 10/15066 PCT/FR90/003P~
Eli ou HIV-2 ROD ou SIVMac , ou contient une séquence nucléotidique complémentaire de l'une de ces dernières séquences, étant entendu que les nucléotides supplémentaires éventuels qui "débordent" la séquence nucléotidique du genre en question, du côté des extrémités 3' ou 5', coïncident de préférence avec ceux qui se trouvent placés en deçà des extrémités 5' ou 3' correspondant au sein même de la séquence complète des virus du type HIV-1, HIV-2 ou de SIV
MAC, sus-mentionnés, - soit, si cette séquence nucléotidique n'est pas identique à l'une des séquences nucléotidiques susdites, ou n'est pas complémentaire de l'une de ces séquences, est néanmoins susceptible de s'hybrider avec une séquence nucléotidique issue des virus HIV-1 Bru,HIV-1 Mal, HIV-1 Eli, et/ou avec une séquence nucléotidique issue du virus HIV-2 ROD ou SIV MAC
sus-mentionnée. L'hybridation peut s'effectuer à une température de 60'C l'C (de préférence 60'C t 0,5'C), préconisée pour un optimum de rendement.
La numérotation des nucléotides mentionnés ci-dessous correspond à celle utilisée dans le manuel de référence "Human Retrovirus and AIDS-1989" édité par le "Los Alamos National Laboratory- New Mexico - USA".
(Les séquences des virus HIV-1 Mal, HIV-1 Eli ont été décrites par MONTAGNIER, SONIGO, WAIN-HOBSON et ALIZON dans la demande de brevet européen n' 86.401380 du 23/06/86).
Les séquences de l'invention sont synthétisées sur synthétiseur commercialisé par Applied Biosystems (méthode phosphoro-amidites, ou sur tout autre appareil utilisant une méthode semblable.
L'invention concerne plus particulièrement les séquences oligonucléotidiques caractérisées par les enchainements nucléotidiques suivants (représentés FttJ'i=L : DE REMPLACEMENti
6 dans le sens 5' - 3'; les initiales "S" et "AS"
indiquent si l'oligonucléotide est sens ou antisens, c'est-à-dire si l'oligonucléotide est orienté
respectivement dans le sens 5'o- 3' ou dans le sens 3' o- 51) .
l') séquences communes aux génomes des virus HIV-1, HIV-2 et SIV (les séries de chiffres espacées d'un trait indiquent la position des nucléotides sur les génomes correspondant respectivement aux virus HIV-1 Bru, HIV-1 Mal, HIV-1 Eli, HIV-2 ROD et SIV) :
. séquences spécifiques du gène gag du génome des virus sus-mentionnés (gène codant pour un groupe d'antigènes spécifiques du nucléaide de ces virus).
Certaines variantes peuvent être apportées sur certaines positions des séquences nucléotidiques indiquées ci-dessous, sans que les propriétés d'hybridation de ces séquences nucléotidiques avec les gènes des virus du type HIV et/ou SIV soient affectées. Les séquences nucléotidiques comportant ces variantes sont représentées en-dessous des séquences nucléotidiques initiales dont elles dérivent par remplacement d'une ou plusieurs bases. Les bases modifiées par rapport à celles des séquences nucléotidiques initiales sont indiquées en toute lettre à la verticale des positions correspondant aux bases qui ont été remplacées dans ces séquences initiales = tandis que les bases des séquences initiales qui n'ont pas été remplacées dans les séquences comportant ces variantes sont indiquées à
l'aide de pointillés.
La synthèse des amorces se fait en utilisant toutes les variantes simultanément. C'est le mélange de toutes les variantes pour une séquence donnée qui est utilisé dans les tests.
Fr~~LLE Gt REC~~ipLA~EP.~1~S`~
90/15066 PC T/FR90/O('
indiquent si l'oligonucléotide est sens ou antisens, c'est-à-dire si l'oligonucléotide est orienté
respectivement dans le sens 5'o- 3' ou dans le sens 3' o- 51) .
l') séquences communes aux génomes des virus HIV-1, HIV-2 et SIV (les séries de chiffres espacées d'un trait indiquent la position des nucléotides sur les génomes correspondant respectivement aux virus HIV-1 Bru, HIV-1 Mal, HIV-1 Eli, HIV-2 ROD et SIV) :
. séquences spécifiques du gène gag du génome des virus sus-mentionnés (gène codant pour un groupe d'antigènes spécifiques du nucléaide de ces virus).
Certaines variantes peuvent être apportées sur certaines positions des séquences nucléotidiques indiquées ci-dessous, sans que les propriétés d'hybridation de ces séquences nucléotidiques avec les gènes des virus du type HIV et/ou SIV soient affectées. Les séquences nucléotidiques comportant ces variantes sont représentées en-dessous des séquences nucléotidiques initiales dont elles dérivent par remplacement d'une ou plusieurs bases. Les bases modifiées par rapport à celles des séquences nucléotidiques initiales sont indiquées en toute lettre à la verticale des positions correspondant aux bases qui ont été remplacées dans ces séquences initiales = tandis que les bases des séquences initiales qui n'ont pas été remplacées dans les séquences comportant ces variantes sont indiquées à
l'aide de pointillés.
La synthèse des amorces se fait en utilisant toutes les variantes simultanément. C'est le mélange de toutes les variantes pour une séquence donnée qui est utilisé dans les tests.
Fr~~LLE Gt REC~~ipLA~EP.~1~S`~
90/15066 PC T/FR90/O('
7 MMyl : TGG CGC CCG AAC AGG GAC
... ... T. ... ... ...
S, 636-653, 635-652, 636-653, 859-876, 834-851 MMy2 : GGC CAG GGG GAA AGA AAA A
... C. C. ... ... ... .
... ... .A. ... ... ... .
5,854-872,864-888,848-872,1160-1184, 1124-1148 MMy3 : TGC CCA TAC AAA ATG TTT TA
... ... C.. T.T ... ... ..
AS,900-881,916-897,900-881,1212-1193,1176-1157 MMy4 : TGC ATG GCT GCT TGA TG
... ..A ... ..C ..G ..
AS,1385-1369,1419-1403,1385-1369,1703-1687,1667-1651 MMy4B : CTT TGC ATG GCT GCT TGA TG
..C ... ..A ... ..C ..G ..
AS, 1388-1369, 1421-1403, 1388-1369, 1706-1687, 1670-1651, MMy4Bbis : CAT CAA GCA GCC ATG CAA AG
..C ..G ... ..T ... ..G ..
S, 1369-1388, 1403-1421, 1369-1388, 1687-1706, 1651-1670, MMy28 : AGG GCT GTT GGA AAT GTG G
... ... ... ... .. G
... .
S, 2021-2039, 2055-2073, 2024-2042, 2329-2349, 2299-2318, A4iy28bi5 : CCA CAT TTC CAG CAT CCC T
... ... ... ... .. G
... .
... ... ... ... ..C ... .
AS, 2039-2021, 2073-2055, 2042-2024, 2349-2329, séquences spécifiques du gène vpr MMy18 : GAT AGA TGG AAC AAG CCC CAG
S, 5590-5610, 5585-5605, 5554-5574, 6233-6296, 6147-6170, FcU:=LE GE REMPLAC-0Et'.ICIi V 90/15066 PCI'/FR90/00"
... ... T. ... ... ...
S, 636-653, 635-652, 636-653, 859-876, 834-851 MMy2 : GGC CAG GGG GAA AGA AAA A
... C. C. ... ... ... .
... ... .A. ... ... ... .
5,854-872,864-888,848-872,1160-1184, 1124-1148 MMy3 : TGC CCA TAC AAA ATG TTT TA
... ... C.. T.T ... ... ..
AS,900-881,916-897,900-881,1212-1193,1176-1157 MMy4 : TGC ATG GCT GCT TGA TG
... ..A ... ..C ..G ..
AS,1385-1369,1419-1403,1385-1369,1703-1687,1667-1651 MMy4B : CTT TGC ATG GCT GCT TGA TG
..C ... ..A ... ..C ..G ..
AS, 1388-1369, 1421-1403, 1388-1369, 1706-1687, 1670-1651, MMy4Bbis : CAT CAA GCA GCC ATG CAA AG
..C ..G ... ..T ... ..G ..
S, 1369-1388, 1403-1421, 1369-1388, 1687-1706, 1651-1670, MMy28 : AGG GCT GTT GGA AAT GTG G
... ... ... ... .. G
... .
S, 2021-2039, 2055-2073, 2024-2042, 2329-2349, 2299-2318, A4iy28bi5 : CCA CAT TTC CAG CAT CCC T
... ... ... ... .. G
... .
... ... ... ... ..C ... .
AS, 2039-2021, 2073-2055, 2042-2024, 2349-2329, séquences spécifiques du gène vpr MMy18 : GAT AGA TGG AAC AAG CCC CAG
S, 5590-5610, 5585-5605, 5554-5574, 6233-6296, 6147-6170, FcU:=LE GE REMPLAC-0Et'.ICIi V 90/15066 PCI'/FR90/00"
8 MMy19 : TCC ATT TCT TGC TCT CCT CTG T
AS, 5870-5849, 5865-5844, 5834-5813, 6551-6531, 6454-6431, séquences spécifiques du gène pol MMy29 TAA AGC CAG GAA TGG ATG GCC CAA
... ... ... ... ... ... .A. ...
S, 2620-2643, 2615-2638, 2584-2607, 2971-2994, MMy29bis : TTG GGC CAT CCA TTC CTG GCT '-"TA
... T . ... ... ... ... ... ...
AS, 2643-2620, 2638-2615, 2607-2584, 2994-2971, 3010-2887, MMy30 : TGG ACT GTC AAT GAC ATA CAG AA
... ... ..
... ... ... ... .. T
S, 3339-3361, 3334-3356, 3303-3325, 3690-3712, 3606-3628, rMy30bis TTC TGT ATG TCA TTG ACA GTC CA
... ..
... ... ... ... ... .. T
AS, 3361-3339, 3356-3334, 3325-3303, 3712-3690, 3628-3606, MMy31 : CAT GGG TAC CAG CAC ACA AAG G
S, 4186-4207, 4181-4202, 4150-4171, 4534-4555, 4450-4471, MMy31bis CCT TTG TGT GCT GGT ACC CAT G
AS, 4207-4186, 4202-4181, 4171-4150, 4555-4534, 4471-4450, MMy32 : TGG AAA GGT GAA GGG GCA GT
... ... ... ... ..A ... ..
S, 4992-5011, 4987-5006, 4956-4975, 5340-5359, 5256-5275, MMy32bis ACT GCC CCT TCA CCT TTC CA
... ... ... ..T ... ... ..
... ... ... ..C ... ... ..
AS, 5011-4992, 5006-4987, 4975-4956, 5359-5340, FGUI:LE DE REMPLA~EMENt 1' 90/15066 PCT/FR90/00'
AS, 5870-5849, 5865-5844, 5834-5813, 6551-6531, 6454-6431, séquences spécifiques du gène pol MMy29 TAA AGC CAG GAA TGG ATG GCC CAA
... ... ... ... ... ... .A. ...
S, 2620-2643, 2615-2638, 2584-2607, 2971-2994, MMy29bis : TTG GGC CAT CCA TTC CTG GCT '-"TA
... T . ... ... ... ... ... ...
AS, 2643-2620, 2638-2615, 2607-2584, 2994-2971, 3010-2887, MMy30 : TGG ACT GTC AAT GAC ATA CAG AA
... ... ..
... ... ... ... .. T
S, 3339-3361, 3334-3356, 3303-3325, 3690-3712, 3606-3628, rMy30bis TTC TGT ATG TCA TTG ACA GTC CA
... ..
... ... ... ... ... .. T
AS, 3361-3339, 3356-3334, 3325-3303, 3712-3690, 3628-3606, MMy31 : CAT GGG TAC CAG CAC ACA AAG G
S, 4186-4207, 4181-4202, 4150-4171, 4534-4555, 4450-4471, MMy31bis CCT TTG TGT GCT GGT ACC CAT G
AS, 4207-4186, 4202-4181, 4171-4150, 4555-4534, 4471-4450, MMy32 : TGG AAA GGT GAA GGG GCA GT
... ... ... ... ..A ... ..
S, 4992-5011, 4987-5006, 4956-4975, 5340-5359, 5256-5275, MMy32bis ACT GCC CCT TCA CCT TTC CA
... ... ... ..T ... ... ..
... ... ... ..C ... ... ..
AS, 5011-4992, 5006-4987, 4975-4956, 5359-5340, FGUI:LE DE REMPLA~EMENt 1' 90/15066 PCT/FR90/00'
9 2') séquences communes aux génomes des virus HIV-2 et SIV (les séries de chiffres espacées d'un trait indiquent la position des nucléotides sur les génomes correspondant respectivement aux virus HIV-2 ROD, et SIV-MAC).
. séquences spécifiques du gène nef2 (codant pour un facteur négatif de 27 kD) MMy12 : AGA GAC TCT TGC GGG CGC GTG
S, 9165-9185, 9139-9159, MMy13 : ATA TAC TTA GAA AAG GAA GAA GG
S, 9542-9564, 9516-9538, MMyl3bis : CCT TCT TCC TTT TCT AAG TAT AT
AS, 9564-9542, 9538-9516, MMyl4 : AGC TGA GAC AGC AGG GAC TTT CCA
AS, 9956-9933, 9893-9870, séquences spécifiques du gène vif2 (codant pour un facteur d'infectiosité de 23 kD) MMy20 : TAT GGA GGA GGA AAA GAG ATG GAT AGT
S, 5424-5450, 5340-5366, MMy21 : TAG CAC TTA TTT CCC TTG CTT T
S, 5754-5775, 5670-5691, MMy2lbis : AAA GCA AGG GAA ATA AGT GCT A
AS, 5775-5754, 5691-5670, MMy22 : CCC TTG TTC ATC ATG CCA GTA T
AS, 6082-6061, 5995-5974, séquences spécifiques du gène vpx (codant pour une protéine de 12 kD) MMy23 : ATG TCA GAT CCC AGG GAG A
S, 5900-5918, 5813-5831, MMy24 : CCT GGA GGG GGA GGA GGA GGA
AS, 6228-6208, 6141-6121, 3') Séquences communes aux génomes des virus HIV-1 Bru, HIV-1 Mal, et HIV-1 Eli (les séries de chiffres espacées d'un trait indiquent la position des FrUie-,'i.ï Gé- REMPLAC.WEMIENt
. séquences spécifiques du gène nef2 (codant pour un facteur négatif de 27 kD) MMy12 : AGA GAC TCT TGC GGG CGC GTG
S, 9165-9185, 9139-9159, MMy13 : ATA TAC TTA GAA AAG GAA GAA GG
S, 9542-9564, 9516-9538, MMyl3bis : CCT TCT TCC TTT TCT AAG TAT AT
AS, 9564-9542, 9538-9516, MMyl4 : AGC TGA GAC AGC AGG GAC TTT CCA
AS, 9956-9933, 9893-9870, séquences spécifiques du gène vif2 (codant pour un facteur d'infectiosité de 23 kD) MMy20 : TAT GGA GGA GGA AAA GAG ATG GAT AGT
S, 5424-5450, 5340-5366, MMy21 : TAG CAC TTA TTT CCC TTG CTT T
S, 5754-5775, 5670-5691, MMy2lbis : AAA GCA AGG GAA ATA AGT GCT A
AS, 5775-5754, 5691-5670, MMy22 : CCC TTG TTC ATC ATG CCA GTA T
AS, 6082-6061, 5995-5974, séquences spécifiques du gène vpx (codant pour une protéine de 12 kD) MMy23 : ATG TCA GAT CCC AGG GAG A
S, 5900-5918, 5813-5831, MMy24 : CCT GGA GGG GGA GGA GGA GGA
AS, 6228-6208, 6141-6121, 3') Séquences communes aux génomes des virus HIV-1 Bru, HIV-1 Mal, et HIV-1 Eli (les séries de chiffres espacées d'un trait indiquent la position des FrUie-,'i.ï Gé- REMPLAC.WEMIENt
10/15066 PCT/FR90/003"
nucléotides sur les génomes correspondant respectivement aux virus HIV-1 Bru, HIV-1 MAl et HIV-1 Eli).
. séquences spécifiques du gène env (codant pour les protéines d'enveloppe) MMy5 : CCA ATT CCC ATA CAT TAT TGT GCC CC
S,6905-6930,6903-6928,6860-6885 MMy5bis : GGG GCA CAA TAA TGT ATG GGA ATT GG
AS, 6930-6905, 6928-6903, 6885-6860, MMy6 : AAT GGC AGT CTA GCA GAA GAA GA
S,7055-7077,7053-7075,7010-7032 MMy7 : ATC CTC AGG AGG GGA CCC AGA AAT T
S, 7360-7384, 7349-7373,7306-7330 MMy7bis : AAT TTC TGG GTC CCC TCC TGA GGA T
AS, 7384-7360,7373-7349,7330-7306 MMy8 : GTG CTT CCT GCT GCT CCC AAG AAC CC
AS, 7857-7832,7846-7821,7800-7775 MMy8bis : GGG TTC TTG GGA GCA GCA GGA AGC AC
S, 7832-7857, 7821-7846, 7775-7800, MMy9 : ATG GGT GGC AAG TGG TCA AAA AGT AG
... ... ... ..A ... ... ... ... ..
S,8844-8869, 8836-8861, 8787-8812, MMy9bis : CTA CTT TTT GAC CAC TTG CCA CCC AT
AS, 8869-8844, 8861-8836, 8812-8787, MMy78 : TAT TAA CAA GAG ATG GTG G
S, 7629-7647, 7612-7630, 7572-7590, MMy89 : CCA GCA AGA AAA GAA TGA A
S, 8224-8242, 8213-8231, 8167-8185, MMy89bis : TTC ATT CTT TTC TTG CTG G
AS, 8242-8224, 8231-8213, 8185-8167, . séquences spécifiques du gène nefl MMy10 : AAA AGA AAA GGG GGG ACT GGA
S, 9116-9136, 9117-9137, 9062-9082, M4rSylObis : TCC AGT CCC CCC TTT TCT TTT
AS,9136-9116, 9137-9117, 9082-9062, FtUILLi DE REMPLACEMENM
-V 90/15066 PCT/FR90/00"
nucléotides sur les génomes correspondant respectivement aux virus HIV-1 Bru, HIV-1 MAl et HIV-1 Eli).
. séquences spécifiques du gène env (codant pour les protéines d'enveloppe) MMy5 : CCA ATT CCC ATA CAT TAT TGT GCC CC
S,6905-6930,6903-6928,6860-6885 MMy5bis : GGG GCA CAA TAA TGT ATG GGA ATT GG
AS, 6930-6905, 6928-6903, 6885-6860, MMy6 : AAT GGC AGT CTA GCA GAA GAA GA
S,7055-7077,7053-7075,7010-7032 MMy7 : ATC CTC AGG AGG GGA CCC AGA AAT T
S, 7360-7384, 7349-7373,7306-7330 MMy7bis : AAT TTC TGG GTC CCC TCC TGA GGA T
AS, 7384-7360,7373-7349,7330-7306 MMy8 : GTG CTT CCT GCT GCT CCC AAG AAC CC
AS, 7857-7832,7846-7821,7800-7775 MMy8bis : GGG TTC TTG GGA GCA GCA GGA AGC AC
S, 7832-7857, 7821-7846, 7775-7800, MMy9 : ATG GGT GGC AAG TGG TCA AAA AGT AG
... ... ... ..A ... ... ... ... ..
S,8844-8869, 8836-8861, 8787-8812, MMy9bis : CTA CTT TTT GAC CAC TTG CCA CCC AT
AS, 8869-8844, 8861-8836, 8812-8787, MMy78 : TAT TAA CAA GAG ATG GTG G
S, 7629-7647, 7612-7630, 7572-7590, MMy89 : CCA GCA AGA AAA GAA TGA A
S, 8224-8242, 8213-8231, 8167-8185, MMy89bis : TTC ATT CTT TTC TTG CTG G
AS, 8242-8224, 8231-8213, 8185-8167, . séquences spécifiques du gène nefl MMy10 : AAA AGA AAA GGG GGG ACT GGA
S, 9116-9136, 9117-9137, 9062-9082, M4rSylObis : TCC AGT CCC CCC TTT TCT TTT
AS,9136-9116, 9137-9117, 9082-9062, FtUILLi DE REMPLACEMENM
-V 90/15066 PCT/FR90/00"
11 MMy11 : AAA GTC CCC AGC GGA AAG TCC C
AS,9503-9483, 9505-9484, 9449-9428, séquences spécifiques du gène vif 1 MMy15 : GAT TAT GGA AAA CAG ATG GCA GGT GAT
S, 5073-5099, 5068-5094, 5037-5063, MMy16 : GCA GAC CAA CTA ATT CAT CTG TA
S, 5383-5405, 5378-5400, 5347-5369, MMyl6bis : TAC AGA TGA ATT AGT TGG TCT GC
AS, 5405-5383, 5400-5378, 5369-5347, MMy17 : CTT AAG CTC CTC TAA AAG CTC TA
AS, 5675-5653, 5670-5648, 5639-5617, séquences spécifiques du gène vpu MMy25 : GTA AGT AGT ACA TGT AAT GCA ACC T
S, 6081-6105, 6076-6100, 6045-6069, MMy26 AGC AGA AGA CAG TGG CCA TGA GAG
S, 6240-6263, 6238-6261, 6207-6230, MMy27 : ACT ACA GAT CAT CAA TAT CCC AA
AS, 6343-6321, 6338-6316, 6307-6285, L'invention a également pour objet les séquences (ou amorces) possédant une structure nucléotidique complémentaire de celles des amorces définies ci-dessus.
Elle concerne également les séquences nucléotidiques présentant certaines mutations par rapport à celles définies ci-dessus sans que les propriétés d'hybridation, telles que définies ci-dessus, de ces séquences soient modifiées. Le pourcentage de nucléotides différents de ceux constituant les séquences décrites ci-dessus, sans pour autant affecter les propriétés d'hybridation des séquences de l'invention, peut atteindre 40 %.
D'une manière générale, dans le cas d'une amorce (primer) sens (S), un plus grand nombre de mutations seront tolérées du côté 5' que du côté 3' de l'amorce, le côté 3' devant s'hybrider parfaitement avec un brin FEJ&=LE GE REMPLA~ar-r~.IE1M
J 90/ 15066 FED 0 12008 PC, T/FR90/00.
AS,9503-9483, 9505-9484, 9449-9428, séquences spécifiques du gène vif 1 MMy15 : GAT TAT GGA AAA CAG ATG GCA GGT GAT
S, 5073-5099, 5068-5094, 5037-5063, MMy16 : GCA GAC CAA CTA ATT CAT CTG TA
S, 5383-5405, 5378-5400, 5347-5369, MMyl6bis : TAC AGA TGA ATT AGT TGG TCT GC
AS, 5405-5383, 5400-5378, 5369-5347, MMy17 : CTT AAG CTC CTC TAA AAG CTC TA
AS, 5675-5653, 5670-5648, 5639-5617, séquences spécifiques du gène vpu MMy25 : GTA AGT AGT ACA TGT AAT GCA ACC T
S, 6081-6105, 6076-6100, 6045-6069, MMy26 AGC AGA AGA CAG TGG CCA TGA GAG
S, 6240-6263, 6238-6261, 6207-6230, MMy27 : ACT ACA GAT CAT CAA TAT CCC AA
AS, 6343-6321, 6338-6316, 6307-6285, L'invention a également pour objet les séquences (ou amorces) possédant une structure nucléotidique complémentaire de celles des amorces définies ci-dessus.
Elle concerne également les séquences nucléotidiques présentant certaines mutations par rapport à celles définies ci-dessus sans que les propriétés d'hybridation, telles que définies ci-dessus, de ces séquences soient modifiées. Le pourcentage de nucléotides différents de ceux constituant les séquences décrites ci-dessus, sans pour autant affecter les propriétés d'hybridation des séquences de l'invention, peut atteindre 40 %.
D'une manière générale, dans le cas d'une amorce (primer) sens (S), un plus grand nombre de mutations seront tolérées du côté 5' que du côté 3' de l'amorce, le côté 3' devant s'hybrider parfaitement avec un brin FEJ&=LE GE REMPLA~ar-r~.IE1M
J 90/ 15066 FED 0 12008 PC, T/FR90/00.
12 déterminé d'une séquence nucléique pour permettre l'amplification de cette séquence. Cans le cas d'une amorce anti-sens(AS), la tolérance es: permise du côté
3'.
L'invention a également pour objet les amorces telles que définies ci-dessus et comportant une conservation d'au moins 5 bases de chaque côté, la partie médiane comportant des modifications, sans que les propriétés d'hybridation ci-dessus soient modifiées.
Une des caractéristiques des amorces oligonucléotidiques de l'invention est de donner une bande d'amplification nette, dépourvue généralement de bandes aspécifiques lorsque les indications techniques d'utilisation décrites dans la présente invention sont mises en oeuvre. Ce fait est dù à la longueur des amorces pouvant atteindre 27 bases ce qui accroit la spécificité d'hybridation, ainsi qu'aux conditions d'utilisation drastiques qui permettent d'éliminer les associations parasites. La spécificité pour chaque type de virus est fonction, outre du pourcentage d'homologie avec la matrice de référence, de la longueur des amorces, qui peuvent atteindre, pour un rendement acceptable, jusqu'à 40 bases.
L'invention s'étend également aux amorces telles que décrites ci-dessus liées au niveau de leur extrémité 5' à un promoteur pour la mise en oeuvre d'une méthode d'amplification génomique par synthèse de multiple copies d'ADN ou d'ARN telle que décrite dans la demande de brevet européenne n' EP310229 du 01/08/1988.
L'invention a notamment pour objet l'utilisation des amorces décrites ci-dessus pour la mise en oeuvre d'un procédé d'amplification génique de séquences nucléiques de virus du type HIV-1 et/ou HIV-2, et/ou FG~lI=Li Gz REâIPLAt%'%OW,-hV.Ni
3'.
L'invention a également pour objet les amorces telles que définies ci-dessus et comportant une conservation d'au moins 5 bases de chaque côté, la partie médiane comportant des modifications, sans que les propriétés d'hybridation ci-dessus soient modifiées.
Une des caractéristiques des amorces oligonucléotidiques de l'invention est de donner une bande d'amplification nette, dépourvue généralement de bandes aspécifiques lorsque les indications techniques d'utilisation décrites dans la présente invention sont mises en oeuvre. Ce fait est dù à la longueur des amorces pouvant atteindre 27 bases ce qui accroit la spécificité d'hybridation, ainsi qu'aux conditions d'utilisation drastiques qui permettent d'éliminer les associations parasites. La spécificité pour chaque type de virus est fonction, outre du pourcentage d'homologie avec la matrice de référence, de la longueur des amorces, qui peuvent atteindre, pour un rendement acceptable, jusqu'à 40 bases.
L'invention s'étend également aux amorces telles que décrites ci-dessus liées au niveau de leur extrémité 5' à un promoteur pour la mise en oeuvre d'une méthode d'amplification génomique par synthèse de multiple copies d'ADN ou d'ARN telle que décrite dans la demande de brevet européenne n' EP310229 du 01/08/1988.
L'invention a notamment pour objet l'utilisation des amorces décrites ci-dessus pour la mise en oeuvre d'un procédé d'amplification génique de séquences nucléiques de virus du type HIV-1 et/ou HIV-2, et/ou FG~lI=Li Gz REâIPLAt%'%OW,-hV.Ni
13 SIV, ce procédé étant applicable au diaqnostic in vitro de l'infection potentielle d'un individu par un virus du type HIV-1 et/ou HIV-2 ou d'un animal par au moins l'un des trois virus (HIV-1, HIV-2, SIV).
Cette méthode de diagnostic in vitro de l'invention est réalisée à partir d'un échantillon biologique (par exemple un fluide biologique tel que le sérum, les lymphocytes du sang circulant) obtenu à
partir d'un patient à l'étude, et comprend principalement les étapes suivantes :
- une étape d'extraction de l'acide nucléique à
détecter appartenant au génome du virus du type HIV-1 et/ou iiIV-2 et/ou SIV éventuellement présent dans l'échantillon biologique sus-mentionné, et,le cas échéant, une étape de traitement à l'aide d'une transcriptase inverse dudit acide nucléique si ce dernier est sous forme d'ARN afin d'obtenir un acide nucléique double brin (cette dernière étape étant encore désignée ci-dessous par étape de rétro-transcription de l'ARN viral), - un cycle comprenant les étapes suivantes :
. dénaturation de l'acide nucléique double brin à
détecter , ce qui conduit à la formation d'un acide nucléique simple brin, . hybridation de chacun des brins d'acide nucléique, obtenus lors de l'étape de dénaturation précédente, avec au moins une amorce selon l'invention, par mise en contact des brins sus-mentionnés avec au moins un couple d'amorces selon l'invention dans les conditions d'hybridation définies ci-dessous, . formation à partir des amorces des ADN
complémentaires aux brins sur lesquels elles sont hybridées en présence d'un agent de polymérisation (ADN
polymérase) et de quatre nucléosides triphosphate (dNTP) différents, ce qui conduit à la formation d'un FtU:=LE GE REMPLA :EMZENT
1' 90/15066 PCT/FR90/0Ü3"
Cette méthode de diagnostic in vitro de l'invention est réalisée à partir d'un échantillon biologique (par exemple un fluide biologique tel que le sérum, les lymphocytes du sang circulant) obtenu à
partir d'un patient à l'étude, et comprend principalement les étapes suivantes :
- une étape d'extraction de l'acide nucléique à
détecter appartenant au génome du virus du type HIV-1 et/ou iiIV-2 et/ou SIV éventuellement présent dans l'échantillon biologique sus-mentionné, et,le cas échéant, une étape de traitement à l'aide d'une transcriptase inverse dudit acide nucléique si ce dernier est sous forme d'ARN afin d'obtenir un acide nucléique double brin (cette dernière étape étant encore désignée ci-dessous par étape de rétro-transcription de l'ARN viral), - un cycle comprenant les étapes suivantes :
. dénaturation de l'acide nucléique double brin à
détecter , ce qui conduit à la formation d'un acide nucléique simple brin, . hybridation de chacun des brins d'acide nucléique, obtenus lors de l'étape de dénaturation précédente, avec au moins une amorce selon l'invention, par mise en contact des brins sus-mentionnés avec au moins un couple d'amorces selon l'invention dans les conditions d'hybridation définies ci-dessous, . formation à partir des amorces des ADN
complémentaires aux brins sur lesquels elles sont hybridées en présence d'un agent de polymérisation (ADN
polymérase) et de quatre nucléosides triphosphate (dNTP) différents, ce qui conduit à la formation d'un FtU:=LE GE REMPLA :EMZENT
1' 90/15066 PCT/FR90/0Ü3"
14 plus grand nombre d'acides nucléiques double brin à
détecter qu'à l'étape de dénaturation précédente, ce cycle étant répété un nombre de fois déterminé pour obtenir ladite séquence nucléique à détecter éventuel-lement présente dans l'échantillon biologique dans une proportion suffisante pour permettre sa détection, - une étape de détection de la présence éventuelle de l'acide nucléique appartenant au génome du virus du type HIV-1 et/ou HIV-2 et/ou SIV dans l'échantillon biologique.
L'étape d'hybridation décrite ci-dessus est avantageusement réalisée à 60'C pendant 1 minute 30 secondes dans le tampon "10 X buffer" dont la composition (en concentration finale d'utilisation) est indiquée ci-dessous.
La méthode de diagnostic in vitro de l'invention peut étre réalisée soit à partir de l'ARN viral, soit à
partir de l'ADN complémentaire, épisomial ou intégré.
En effet, les génomes des virus HIV et SIV se présentent sous forme d'ARN ou d'ADN en fonction de la localisation du virus dans l'organisme.
Lorsque le virus est situé à l'intérieur des cellules de l'organisme, notamment à l'intérieur des cellules sanguines, son ARN est recopié en ADN par une transcriptase inverse. En revanche, le génome des virus du type HIV en milieu extracellulaire, notamment dans le sang, demeure sous forme d'ARN.
L'étape d'extraction selon l'invention de l'ADN
viral contenu dans les cellules de l'échantillon biologique préconisée par les inventeurs - outre la méthode classique au phénol chloroforme - présente les étapes suivantes :
. suspension du culot cellulaire dans 0,5 ml d'eau pyrolisée dans un Potter gros piston, broyage des cellules dit par "aller et retour", FtJ~LLE GE REMPLACEMTE~Si 90/15066 PCr/FR90/00.' . adjonction Triton X100 * pour 1 concentration finale de 0,1 $, . dénaturation à la chaleur durant 15 à 25 minutes à
100'C, . centrifugation courte pour n'éliminer que les débris cellulaires, . pr-écipitation de l'ADN durant la nuit à-20'C par adjonction de 2,5 volumes d'éthanol absolu et de 10 %
du volume final d'acétate de sodium 3 Molaires. L'ADN
est ensuite récupéré puis resuspendu dans l'eau pyrolysée après avoir été lavé 2 fois par de l'éthanol à 70'. Il est à noter que cette méthode permet la précipitation conjointe des ADN et des ARN, ce qui autorise la détection du message génomique des virus de types HIV ou SIV par utilisation de la méthode dite "PCR directe ADN" ou par celle dite de "PCR-ARN".
L'étape d'extraction de l'ARN viral est généralement effectuée de manière classique connue de l'homme de l'Art.
Après extraction de l'ARN, une étape supplémentaire de transformation de l'ARN, monobrin en ADN double brin est nécessaire à effectuer lorsque le diagnostic in vitro de l'invention est réalisé à partir d'échantillons biologiques contenant les virus du type HIV-1 et/ou HIV-2 et/ou SIV dont les génomes sont sous forme d'ARN.
Cette transformation de l'ARN en ADN est réalisée par traitement de l'ARN obtenu après extraction de l'échantillon biologique, notamment du sérum, dans un milieu approprié à l'aide d'une transcriptase inverse.
L'invention a plus particulièrement entre autres pour objet une méthode de diagnostic in vitro telle que définie ci-dessus, dans laquelle l'étape de rétro-transcription de l'ARN viral est réalisée de la manière suivante * Trademark FEUj=LE Gz REMPLACEr.REn 90/15066 PCT/FR90/00"
- 10 g d'ARN extrait resuspendu dans de l'eau est mis en présence du couple d'amorces à la concentration de 40 M chacun, dans un volume final de 40 l. L'ensemble est dénaturé à 100'C durant 10 minutes puis plongé dans de l'eau glacée, - l'on rajoute 10 l du mélange suivant . 5 l du tampon "10 X buffer" décrit ci-dessous + 1 unité de reverse-transcriptase (d'AMV (Avian Myeloblastosis Virus) ou de MuMLV (Moloney Leukemia Virus) )+ 1 unité
de Taq-polymérase + 1 ul du mélange des 4 dNTP à 25 mM
chacun + de l'eau Q.S.P. 10 l. Le volume final est donc de 50 l.
Cette réaction s'effectue en deux étapes - a) lère étape : fabrication de l'ADNc par action de la réverse transcriptase à 42'C durant 13 minutes, - b) 2ème étape : amplification génique classique: on chauffe à 95'C durant 3 minutes pour détruire la réverse-transcriptase et permettre l'étape de déshybridation/hybridation, puis on démarre le cycle décrit précédemment pour l'amplification génique.
L'invention a plus particulièrement pour objet une méthode de diagnostic in vitro telle que décrite ci-dessus, dans laquelle l'étape de dénaturation est réalisée en présence du (ou des) couple(s) d'amorces (ou de primers) de l'invention. En effet, comme il a été précisé ci-dessus, une des caractéristiques des oligonucléotides (ou primers), de l'invention est de donner une bande d'amplification nette, dépourvue généralement de bandes aspécifiques, lorsqu'ils sont utilisés dans les conditions qui suivent :
- hybridation : les primers (141 d'une solution à 40 molaire (40 M) de chaque primer) sont mis en présence de l'ADN-matrice (100 à 300 ng) pour la première étape de dénaturation-réassociation ; on chauffe, durant 10 minutes à 100'C puis on plonge les tubes contenant ce FGUs=Lï DE REE'%qPLAe%.*EP.IEXi"
90/15066 PCT/FR90/00"
mélange d'ADN-matrice et de primers dans de l'eau contenant de la glace afin d'augmenter le taux de réassociation ADN-matrice/primers. Les primers doivent être utilisés à une concentration finale dans l'étape d'amplification qui suit de 0,8 M chaque.
- amplification : on ajoute au milieu précédent les 4 A
dNTP chacun étant utilisé à 0,5 molaire en solution finale (50 l), et une unité de Taq-polymérase pour un milieu réactionnel de 50 l ; cette étape est réalisée dans un tampon d'amplification de la présente invention, généralement désigné sous le nom de "10 X
buffer" dont la composition (lorsqu'il est dilué au 1/10') est la suivante : Tris-HC1, pH 8,9 : 50 mM ;
(NH4)2 S04 : 15 mM ; MgC12 : 5 mM ;A-mercapto-éthanol :
mM ; gélatine 0,25 mg/ml. On additionne 5 41 de ce tampon et de l'eau q.s.p. 50 41 au milieu précédent.
Les cycles d'amplification sont réalisés de la manière suivante : 30 à 40 cycles composés de = 94'C durant 10 secondes (dénaturation), . 600C durant 1 minute 30 (hybridation), = 78'C durant 1 minute 30 (élongation).
Le tout sera suivi par un cycle unique à 78=C
durant 15 minutes.
La précision des températures indiquées à 0,36C
près, ainsi que leur stabilité durant les différents cycles, représentent des conditions essentielles pour l'obtention des rendements maximum ainsi que l'absence de bandes aspécifiques.
La concentration optimale d'ADN est de 100 à 300 ng pour de l'ADN génomique extrait de cellules (de patients ou en culture, de mammifères ou autres).
Il va de soi que les conditions qui précèdent représentent des conditions optimales pour un milieu réactionnel final de 50 l, et que ces conditions :~LE
FEJ GE REMPLAC.Elb7EN'T
>0/15066 PCT/FR90/0039' peuvent être modifiées en fonction du volume final du milieu réactionnel.
L'utilisation de plusieurs couples d'amorces différents (ou coktails de couples) de l'invention permet soit la détection croisée de plusieurs types de virus du type HIV et/ou SIV, soit la détection simultanée de plusieurs gènes d'un méme virus du type HIV et/ou SIV.
A titre d'exemple de couples d'amorces préférés utilisables dans le cadre de la présente invention, on peut citer les couples d'amorces suivants :
-MMyl-MMy4, MMy2-MMy4, MMyl-MMy3, MMy18-MMy19, MMy4bis-MMy28bis, MMy28-MMy29bis, MMy29-A4Sy30bis, MMy31-MMy32bis, notamment pour le diagnostic in vitro de l'infection d'un individu par HIV-1 et/ou HIV-2 - MMy5-MMy8, A4rSy6-24iy8, MMy7-MMyB, MMy5-MMy7bis, MMy6-MMy7bis, MMy9-Ir4riy11, MMy10-Myll, MMy9-r4iylObis, MMy26-Mmy5bis, MMy8bis-r4iy9bis, MMyBbis-MMy89, MMy89bis-MMy9bis, MMy15-MMy17, MMyl5-MMyl6bis, MMy16-MMy17, MMy25-MMy27, MMy26-MMy27, notamment pour le diagnostic in vitro de l'infection d'un individu par HIV-1, - MMy20-MMy22, MMy20-MMy2lbis, MMy21-MMy22, MMy23-MMy24, MMy12-MMy14, MMy12-MMyl3bis, pour le diagnostic in vitro de l'infection d'un individu par HIV-2.
L'agent de polymérisation utilisé dans l'étape d'élongation du cycle est une ADN polymérase thermostable, notamment la Taq polymérase, l'amplifiose de la firme Appligène ou toute ADN-polymérase thermostable pouvant étre commercialisée.
D'une manière générale, le cycle de la méthode de diagnostic in vitro de l'invention est répété entre 30 et 40 fois.
La méthode de diagnostic in vitro de l'invention permet également, en fonction des couples d'amorces nucléotidiques utilisés, de détecter sélectivement les FEUtLUE GE E?EMPLa#N.00*EC.ZENi W~ 0/15066 PC T'/FR90/0030"
gènes des virus du type HIV et/ou SIV présents dans l'échantillon biologique.
Les couples d'amorces utilisables, à titre d'exemples, pour la méthode de diagnostic gène par gène sus-mentionnée de l'invention, sont les suivants :
- MMy 1- MMy 4, r4iy 2-MMy 4, Mriy 1-A4My 3, M4iy 4 b i s-t 4riy 2 8 b i s pour le gène gag, - MMy18-MMy19 pour le gène vpr, - MMy5-MMy8, MMy6-MMy8, MMy7-*iMy8, MMy5-MMy7bis, MMy6-MMy7bis, Myiy26-'4~Sv5bis, MMy8bis-IyMy9bis, r4iy8bis-2Y4riy89, MMy89bis-MMy9bis pour le gène env, - MMy9-r4YSy11, MMy9-MMylObis, MMy10-MIIMyll pour le gène nefl, - MrSy 15 -b4riy l 7, bQriy 15 -1rMy 16 b i s, r4My 16 -M4iy l 7, p o u r le gène vifl, - MMy20-Z4Sy22, r4My20-M4ty21bis, MMy21-MMy22 pour vif 2, - MMy23-MMy24 pour vpx, - 1r4riy12-MMy14, MMy12-IrRZyl3bis, MMy13-MMy14 pour nef2, - MMy25-IrIIriy27, ?giY26-MMy27 pour le gène vpu, - MMy28-MMy29bis, MMy29-MMy30bis, M4iy30-A4My31bis, IrIIrIy31-MMy32bis pour le gène pol.
Toutefois, les combinaisons entre primers "S" et "AS" décrites ci-dessus ne sont par limitatives et peuvent être variées selon le désir de l'utilisateur.
Les tailles des fragments nucléotidiques synthétisés à l'aide des couples d'amorces sus-mentionnés à titre d'exemples, sont indiquées sur les tableaux I à XI suivants :
(les chiffres indiqués dans les tableaux ci-dessous représentent le nombre de nucléotides des fragments synthétisés, et les "tirets" indiquent que les couples d'amorces testés ne permettent pas de caractériser les souches virales correspondantes).
FtUI=LE GE REC%IPLQe,...V-P.IENi v0 90/1506c PCT/FR90/0P'13 Tableau I
----------------------------------------------------gag . gag ----------------------------------------------------:MMy1-*-LMy3 :MMy1-MMy4:r4=Sy2-MMy4 :I-Qiy4bis-M4iy28bis:
-----------------------------------------------------HI' _-SRU: 2:5 . 750 . 532 . 671 ----------------------------------------------------HI- MJ~L: 22c2 785 . 556 671 ----------------------------------------------------HI'=-_LI: 2E: . 750 538 . 674 -- - -----------------------------------------------HI",-:-=OD: 35; : 845 544 . 663 -- - ------------------------------------------------_=~ . 34-- . 844 . 544 . 668 -- - ------------------------------------------------Tableau II
-- - -----------------------------------------------env . env ---------------------------------------------------: A4My5-*^!y7bis : r4My5-MMy8 : MMy6-.M4Sy7bis : hMy6-MMy8 .
-----------------------------------------------------HIV_-=RU: 480 953 . 330 803 --- - -----------------------------------------------HI` _-~~AL: 47: 944 . 321 . 794 ----------------------------------------------------HIV :-=LI : 47: . 941 . 321 791 .
---------------------------------------------------------------------------------------------------------- : - = - --= . . . .
----------------------------------------------------F=~:~L~ Gc REr~~PLA~~r.iE1Vi WQ /15066 PCT/FR90/0039"
Tableau III
-------------------------------------------------------env . env -------------------------------------------------------:MMy7-Mdy8:MMy26-MMy5bis:MMy8bis-.My9bis ------------------------------------------------------HIV1-BRU: 498 . 691 . 1038 ------------------------------------------------------HIV1-MAL: 498 . 691 1C41 ------------------------------------------------------HIV1-ELI: 495 . 679 . 1C38 ------------------------------------------------------HIV2-ROD:
------------------------------------------------------SIV : - - . ------------------------------------------------------FEUs=LE- GE RENI PLAC%wEP.I[E.N'i W\, 0/15066 PCT/FR90/003F
Tableau IV
-------------------------------------------------------env env -------------------------------------------------------:MMy8bis-r4Sy89: MMy89bis-MMy9bis -------------------------------------------------------HIV1-BRU: 411 . 646 ------------------------------------------------------HIV1-MAL: 411 . 649 ------------------------------------------------------HIV1-ELI: 411 . 646 ------------------------------------------------------HIV2-ROD:
------------------------------------------------------SIV . - . -------------------------------------------------------Tableau V
------------------------------------------------------nefl . nefi ------------------------------------------------------: P44y9-igiylObis : MMy9-MMy11: Mriy10-Mr1y11 ------------------------------------------------------HIV1-BRU: 293 . 660 . 388 ------------------------------------------------------HIV1-MAL: 302 . 660 388 -----------------------------------------------------HIVl-ELI: 296 . 663 . 388 -----------------------------------------------------HIV2-ROD:
------------------------------------------------------SIV : - . - . -------------------------------------------------------FGUI:.LE GE. REt'tïPLAe,..EPe.lM
v 90/15066 PCT/FR90/00?"l Tableau VI
------------------------------------------------------nef2 . nef2 -------------------------------------------------------MMy12 -MMyl3bis : MMy12-MMy14 : M4iy13 -MMy14 -------------------------------------------------------HIV1-BRU:
------------------------------------------------------HIV1-MAL:
------------------------------------------------------HIV1-ELI: - . -------------------------------------------------------HIV2-ROD: 400 . 792 . 415 ------------------------------------------------------SIV : 400 755 . 378 ------------------------------------------------------Tableau VII
------------------------------------------------------vifl vifl -------------------------------------------------------: MMy 15 -MMy 16 b i s: trIIriy 15 -MSiy 17 : P4Y.y16 -M4iy 17 -------------------------------------------------------HIV1-BRU: 333 : 603 . 293 ------------------------------------------------------HIV1-MAL: 333 . 603 . 293 ------------------------------------------------------HIV1-ELI: 333 . 603 . 293 ------------------------------------------------------HIV2-ROD: - . - : - .
------------------------------------------------------SIV
------------------------------------------------------FtJ!=Li DE RErtIPLAr%w-Et:IV.N7 V 90/ 15066 PCr/FR90/00?r Tableau VIII
------------------------------------------------------vpr : vif2 -------------------------------------------------------:MMy18-M.My19: A4riy20-2giy21bis: M4Sy20-Mriy22 -------------------------------------------------------HIV1-BRU: 281 ------------------------------------------------------HIV1-MAL: 281 ------------------------------------------------------HIV1-ELI: 281 ------------------------------------------------------HIV2-ROD: 319 352 . 659 ------------------------------------------------------SIV : 308 . 352 . 656 ------------------------------------------------------Tableau IX
------------------------------------------------------vif2 . vpx -------------------------------------------------------MMy21-MMy22 MMy23-MMy24 -------------------------------------------------------HIV1-BRU:
------------------------------------------------------HIV1-MAL:
------------------------------------------------------HIV1-ELI:
------------------------------------------------------HIV2-ROD: 329 . 329 ------------------------------------------------------SIV : 326 . 329 ------------------------------------------------------FG~l~:LE Gz REMPLACEMENT
90/15066 PCTIFR90/00"
Tableau X
------------------------------------------------------vpu . pol -------------------------------------------------------:r4=Sy25-MMy27:MMy26-Mriy27: MMy28-tr4riy29bis -------------------------------------------------------HIV1-BRU: 263 . 104 . 623 ------------------------------------------------------HIV1-MAL: 263 . 101 . 584 ------------------------------------------------------HIV1-ELI: 263 . 101 . 584 ------------------------------------------------------HIV2-ROD: 666 ------------------------------------------------------SIV . - . - . 712 ------------------------------------------------------Tableau XI
------------------------------------------------------pol . pol -------------------------------------------------------: MMy 2 9-M4Sy 3 0 b i s: A4My 3 0-2=My 31b i s: r-My 31-MMy 3 2 b i s -------------------------------------------------------HIV1-BRU: 742 . 869 . 826 ------------------------------------------------------HIV1-MAL: 742 . 869 . 826 :
------------------------------------------------------HIV1-ELI: 742 . 869 . 826 ------------------------------------------------------HIV2-ROD: 742 . 866 . 826 ------------------------------------------------------SIV : 742 . 866 . 826 ------------------------------------------------------FtUs:.LE GE RENIPLAr%oEPe.~M
" 90/15066 PCT/FR90/003 "
Il est à noter que grâce à leur disposition sur le génome, les primers servant à l'amplification peuvent étre combinés de telle façon qu'ils peuvent étre utilisés comme sonde, soit après marquage au 32p par kination, soit pour l'utilisation dans la technique des sondes froides pour vérifier la spécificité de la bande d'amplification observée lors d'une analyse par "Southern transfert". En plus de la combinaison classique des amorces pour qu'un troisième oligonucléotide puisse servir de sonde interne spécifique, il est à noter le cas particulier des gènes vifl/vpr et vif2/vpx dû au chevauchement de ces gènes, ce qui permet une détection croisée. En outre, lors d'une analyse par séquençage de l'ADN amplifié, ces oligonucléotides peuvent étre utilisés comme amorce spécifique pour la DNA-polymérase permettant un double séquençage dans chaque sens, donc une double lecture des séquences, levant ainsi des ambiguïtés éventuelles d'interprétation.
L'invention a également pour objet les amorces, telles que définies ci-dessus, marquées, notamment de manière radioactive ou enzymatique, ainsi que leur utilisation en tant que sondes nucléotidiques, notamment dans le cadre de la méthode de diagnostic in vitro telle que décrite ci-dessus.
L'invention a également pour objet des oligonucléotides tels que décrits ci-dessus et comportant des sucres en conformation a. De tels oligonucléotides présentent la caractéristique d'inverser le sens de la double hélice formée avec la matrice (brin du génome du virus), cette double hélice passant ainsi de l'état "S" à l'état "AS".
L'invention concerne aussi les oligonucléotides décrits ci-dessus dont certains nucléotides sont méthylés et/ou comportent un ou plusieurs atomes de Fr-JIs LE Gc REMPLACEA.Mti V 90/15066 PCf'/FR90/00?", soufre notamment sur les adénines. De tels oligonucléotides présentent la caractéristique d'augmenter la stabilité de la double hélice, et par conséquent de mieux s'hybrider avec le brin d'ADN à
amplifier.
L'invention concerne également les oligonucléotides tels que décrits ci-dessus et se présentant sous la forme dite "de bases modifiées"
comportant des nucléotides sur lesquels sont greffés de façon covalente des agents chromophores (molécules aromatiques planes telles que l'acridine orange), notamment selon la méthode décrite dans l'article de C.
Hélène paru dans "la Vie des Sciences", compte-rendus, série générale, tome 4, n'1, p. 17-37. De tels oligonucléotides présentent la caractéristique d'être facilement détectables, notamment par fluorescence.
Les oligonucléotides de l'invention sont également utilisables pour la mise en oeuvre d'une méthode de diagnostic in vitro de l'infection de singes (macaque, singe de mangabeys ou singe vert) par le virus du type SIV, cette méthode reprenant les principales caractéristiques de celle décrite ci-dessus.
L'invention a également pour objet des kits de diagnostic pour la mise en oeuvre des méthodes de diagnostic in vitro sus-mentionnées. A titre d'exemple, un kit de diagnostic de la présente invention comprend :
- au moins un couple d'amorces oligonucléotidiques selon l'invention, chaque couple comprenant une amorce s'hybridant à l'un des brins de la séquence d'acide nucléique à détecter, et une amorce s'hybridant avec le brin complémentaire de ce dernier dans les conditions définies ci-dessus, FEUiLLE GE REMPLACEMENT
V ' 90/1506b PCT/FR90/003 ' - des réactifs appropriés à la mise en oeuvre du cycle d'opérations d'amplification, notamment de l'ADN
polymérase, et quatre nucléotides triphosphate différents, et le milieu réactionnel dénommé "10 X
buffer" décrit ci-dessus.
- une (ou plusieurs) sonde pouvant étre marquée, notamment par radioactivité ou par la technique des sondes froides, capable de s'hybrider spécifiquement avec la (ou les) séquence(s) d'acides nucléiques amplifiée(s) à détecter.
L'invention concerne aussi l'utilisation des amorces de l'invention indiquées ci-dessus pour la mise en oeuvre d'un procédé de synthèse de protéines codées par les séquences nucléotidiques amplifiées à l'aide de ces amorces.
A titre illustratif, ce procédé de synthèse de protéines comprend l'amplification de séquences nucléotidiques des génomes des virus du type HIV ou SIV
(codant pour une protéine déterminée et ayant subi, le cas échant, certaines modifications de leurs nucléotides) par mise en contact desdites séquences avec au moins un couple d'amorces selon l'invention dans les conditions décrites ci-dessus, suivie de la traduction de ces séquences ainsi amplifiées en protéines ; cette dernière étape est réalisée notamment par transformation de cellules hdtes appropiées à
l'aide de vecteurs contenant lesdites séquences amplifiées, et récupération des protéines produites dans ces cellules hbtes.
L'invention concerne également les polypeptides issus de la traduction des séquences (ou amorces) nucléotidiques de l'invention.
L'invention a également pour objet l'utilisation des amorces oligonucléotidiques anti-sens en tant qu'agents antiviraux en général, notamment dans la FEUi=LE Gc REM PLACOEhIENT
90/15066 P('T/FR90/00'^z lutte contre le SIDA, ainsi que des compositions pharmaceutiques contenant ces amorces anti-sens" en association avec un véhicule pharmaceutiquement acceptable.
L'invention concerne également les compositions immunogènes comprenant un ou plusieurs produits de traduction des séquences nucléotidiques selon l'invention, et/ou un ou plusieurs produits de traduction des séquences nucléotidiques amplifiées selon les procédés décrits ci-dessus à partir des amorces définies selon l'invention, ces produits de traduction étant associés à un véhicule pharmaceutiquement acceptable.
L'invention concerne les anticorps dirigés contre l'un ou plusieurs des produits de traduction décrits ci-dessus (ou en d'autres termes, susceptibles de former une réaction immunologique avec un ou plusieurs produits de traduction des séquences nucléotidiques selon l'invention, ou encore un ou plusieurs produits de traduction des séquences nucléotidiques amplifiées à partir des amorces définies selon l'invention) et leur utilisation pour la mise en oeuvre de méthodes de diagnostic in vitro de l'infection d'un individu par un virus du type HIV-1 et/ou HIV-2, ou d'un animal par au moins l'un des trois virus (HIV-1, HIV-2, SIV) selon les procédés connus de l'homme de l'Art.
A titre illustratif, une telle méthode de diagnostic in vitro selon l'invention comprend la mise en contact d'un échantillon biologique (notamment de sérum) prélevé chez un patient à l'étude, avec des anticorps selon l'invention, et la détection à l'aide de tout procédé approprié (notamment à l'aide d'anti-immunoglobulines marquées) des complexes immunologiques formés entre les antigènes des virus du type HIV ou SIV
FEU:=LL DE REMPLACEMENT
W1~ 10/15066 PCT/FR90/0039' éventuellement présents dans l'échantillon biologique et lesdits anticorps.
L'invention a également pour objet des kits de diagnostic in vitro comprenant des anticorps selon l'invention et, le cas échéant, des réactifs appropriés à la mise en évidence de la réaction immunologique formée entre lesdits anticorps et les antigènes des virus HIV ou SIV.
L'invention vise également un procédé de préparation des polypeptides mentionnés ci-dessus, notamment ceux correspondant selon le code génétique universel aux séquences (ou amorces) ncûléotidiques décrites ci-dessus, ce procédé étant caractérisé en ce que, partant de préférence de l'aminoacide C-terminal, l'on condense successivement deux à deux les aminoacyles successifs dans l'ordre requis, ou des aminoacyles et des fragments préalablement formés et contenant déjà plusieurs résidus aminoacyles dans l'ordre approprié, ou encore plusieurs fragments préalablement ainsi préparés, étant entendu que l'on aura eu soin de protéger au préalable toutes les fonctions réactives portées par ces aminoacyles ou fragment à l'exception des fonctions amine de l'un et carboxyle de l'autre ou vice-versa, qui doivent normalement intervenir dans la formation des liaisons peptidiques, notamment après activation de la fonction carboxyle, selon les méthodes connues dans la synthèse des peptides et ainsi de suite, de proche en proche, jusqu'à l'acide aminé N-terminal.
Par exemple, on aura recours à la technique de synthèse peptidique en solution homogène décrite par Houbenweyl dans "Meuthode der Organischen Chemie"
(Méthode de la Chimie Organique) édité par E. Wunsch, vol. 15-I et II, THIEME, STUTTGART, 1974, ou à celle de synthèse peptidique en phase solide décrite par R.D.
FEJILLE GE REMPLA~Er-JENi Merrifield dans "Solid Phase Peptide Synthesis" (J. AM.
CHEM. SOC., 45, 2149-2154).
L'invention concerne également un procédé de préparation des séquences (ou amorces) nucléotidiques décrites ci-dessus, ce procédé comprenant les étapes suivantes - incubation de l'ADN génomique, isolé à partir d'un des virus du type HIV ou SIV sus-mentionnés, avec de 1'ADNase I, puis addition d'EDTA et purification par extraction au mélange phenol/chloroforme/alcool isoamylique (25/24/ 1) puis par l'éther, - traitement de l'ADN ainsi extrait par de 1'Eco R1 méthylase en présence de DTT, et purification par extraction telle que décrite ci-dessus, - incubation de l'ADN ainsi purifié avec les 4 désoxynucléotides triphosphates dATP, dCTP, dGTP, et dTTP en présence de T4 ADN polymérase et d'ADN ligase de E. coli, puis purification selon la méthode décrite ci-dessus, - le clonage des acides nucléiques ainsi obtenus dans un vecteur approprié et la récupération de l'acide nucléique recherché à l'aide d'une sonde appropriée.
Un procédé de préparation particuliérement avantageux des séquences nucléotidiques de l'invention comprend les étapes suivantes :
- la synthèse d'ADN en utilisant la méthode automatisée des P-cyanethyl phosphoramidite décrite dans Bioorganic Chemistry 4; 274-325 (1986), - le clonage des acides nucléiques ainsi obtenus dans un vecteur approprié et la récupération de l'acide nucléique par hybridation avec une sonde appropriée.
Un autre procédé de préparation des séquences nucléotidiques de l'invention comprend les étapes suivantes FEW=LL DE REMPLaCOMMVi ' ~0/15066 PCT/FR90/00391 - l'assemblage d'oligonucléotides synthétisés chimiquement, pourvus à leurs extrémités de sites de restriction différents, dont les séquences sont compatibles avec l'enchaînement en acides aminés du polypeptide naturel selon le principe décrit dans Proc.
Natl. Acad. Sci. USA, 80; 7461-7465, (1983), - le clonage des acides nucléiques ainsi obtenus dans un vecteur approprié et la récupération de l'acide nucléique recherché par hybridation avec une sonde appropriée.
FrUs:.LE DE REMPLACENIENi
détecter qu'à l'étape de dénaturation précédente, ce cycle étant répété un nombre de fois déterminé pour obtenir ladite séquence nucléique à détecter éventuel-lement présente dans l'échantillon biologique dans une proportion suffisante pour permettre sa détection, - une étape de détection de la présence éventuelle de l'acide nucléique appartenant au génome du virus du type HIV-1 et/ou HIV-2 et/ou SIV dans l'échantillon biologique.
L'étape d'hybridation décrite ci-dessus est avantageusement réalisée à 60'C pendant 1 minute 30 secondes dans le tampon "10 X buffer" dont la composition (en concentration finale d'utilisation) est indiquée ci-dessous.
La méthode de diagnostic in vitro de l'invention peut étre réalisée soit à partir de l'ARN viral, soit à
partir de l'ADN complémentaire, épisomial ou intégré.
En effet, les génomes des virus HIV et SIV se présentent sous forme d'ARN ou d'ADN en fonction de la localisation du virus dans l'organisme.
Lorsque le virus est situé à l'intérieur des cellules de l'organisme, notamment à l'intérieur des cellules sanguines, son ARN est recopié en ADN par une transcriptase inverse. En revanche, le génome des virus du type HIV en milieu extracellulaire, notamment dans le sang, demeure sous forme d'ARN.
L'étape d'extraction selon l'invention de l'ADN
viral contenu dans les cellules de l'échantillon biologique préconisée par les inventeurs - outre la méthode classique au phénol chloroforme - présente les étapes suivantes :
. suspension du culot cellulaire dans 0,5 ml d'eau pyrolisée dans un Potter gros piston, broyage des cellules dit par "aller et retour", FtJ~LLE GE REMPLACEMTE~Si 90/15066 PCr/FR90/00.' . adjonction Triton X100 * pour 1 concentration finale de 0,1 $, . dénaturation à la chaleur durant 15 à 25 minutes à
100'C, . centrifugation courte pour n'éliminer que les débris cellulaires, . pr-écipitation de l'ADN durant la nuit à-20'C par adjonction de 2,5 volumes d'éthanol absolu et de 10 %
du volume final d'acétate de sodium 3 Molaires. L'ADN
est ensuite récupéré puis resuspendu dans l'eau pyrolysée après avoir été lavé 2 fois par de l'éthanol à 70'. Il est à noter que cette méthode permet la précipitation conjointe des ADN et des ARN, ce qui autorise la détection du message génomique des virus de types HIV ou SIV par utilisation de la méthode dite "PCR directe ADN" ou par celle dite de "PCR-ARN".
L'étape d'extraction de l'ARN viral est généralement effectuée de manière classique connue de l'homme de l'Art.
Après extraction de l'ARN, une étape supplémentaire de transformation de l'ARN, monobrin en ADN double brin est nécessaire à effectuer lorsque le diagnostic in vitro de l'invention est réalisé à partir d'échantillons biologiques contenant les virus du type HIV-1 et/ou HIV-2 et/ou SIV dont les génomes sont sous forme d'ARN.
Cette transformation de l'ARN en ADN est réalisée par traitement de l'ARN obtenu après extraction de l'échantillon biologique, notamment du sérum, dans un milieu approprié à l'aide d'une transcriptase inverse.
L'invention a plus particulièrement entre autres pour objet une méthode de diagnostic in vitro telle que définie ci-dessus, dans laquelle l'étape de rétro-transcription de l'ARN viral est réalisée de la manière suivante * Trademark FEUj=LE Gz REMPLACEr.REn 90/15066 PCT/FR90/00"
- 10 g d'ARN extrait resuspendu dans de l'eau est mis en présence du couple d'amorces à la concentration de 40 M chacun, dans un volume final de 40 l. L'ensemble est dénaturé à 100'C durant 10 minutes puis plongé dans de l'eau glacée, - l'on rajoute 10 l du mélange suivant . 5 l du tampon "10 X buffer" décrit ci-dessous + 1 unité de reverse-transcriptase (d'AMV (Avian Myeloblastosis Virus) ou de MuMLV (Moloney Leukemia Virus) )+ 1 unité
de Taq-polymérase + 1 ul du mélange des 4 dNTP à 25 mM
chacun + de l'eau Q.S.P. 10 l. Le volume final est donc de 50 l.
Cette réaction s'effectue en deux étapes - a) lère étape : fabrication de l'ADNc par action de la réverse transcriptase à 42'C durant 13 minutes, - b) 2ème étape : amplification génique classique: on chauffe à 95'C durant 3 minutes pour détruire la réverse-transcriptase et permettre l'étape de déshybridation/hybridation, puis on démarre le cycle décrit précédemment pour l'amplification génique.
L'invention a plus particulièrement pour objet une méthode de diagnostic in vitro telle que décrite ci-dessus, dans laquelle l'étape de dénaturation est réalisée en présence du (ou des) couple(s) d'amorces (ou de primers) de l'invention. En effet, comme il a été précisé ci-dessus, une des caractéristiques des oligonucléotides (ou primers), de l'invention est de donner une bande d'amplification nette, dépourvue généralement de bandes aspécifiques, lorsqu'ils sont utilisés dans les conditions qui suivent :
- hybridation : les primers (141 d'une solution à 40 molaire (40 M) de chaque primer) sont mis en présence de l'ADN-matrice (100 à 300 ng) pour la première étape de dénaturation-réassociation ; on chauffe, durant 10 minutes à 100'C puis on plonge les tubes contenant ce FGUs=Lï DE REE'%qPLAe%.*EP.IEXi"
90/15066 PCT/FR90/00"
mélange d'ADN-matrice et de primers dans de l'eau contenant de la glace afin d'augmenter le taux de réassociation ADN-matrice/primers. Les primers doivent être utilisés à une concentration finale dans l'étape d'amplification qui suit de 0,8 M chaque.
- amplification : on ajoute au milieu précédent les 4 A
dNTP chacun étant utilisé à 0,5 molaire en solution finale (50 l), et une unité de Taq-polymérase pour un milieu réactionnel de 50 l ; cette étape est réalisée dans un tampon d'amplification de la présente invention, généralement désigné sous le nom de "10 X
buffer" dont la composition (lorsqu'il est dilué au 1/10') est la suivante : Tris-HC1, pH 8,9 : 50 mM ;
(NH4)2 S04 : 15 mM ; MgC12 : 5 mM ;A-mercapto-éthanol :
mM ; gélatine 0,25 mg/ml. On additionne 5 41 de ce tampon et de l'eau q.s.p. 50 41 au milieu précédent.
Les cycles d'amplification sont réalisés de la manière suivante : 30 à 40 cycles composés de = 94'C durant 10 secondes (dénaturation), . 600C durant 1 minute 30 (hybridation), = 78'C durant 1 minute 30 (élongation).
Le tout sera suivi par un cycle unique à 78=C
durant 15 minutes.
La précision des températures indiquées à 0,36C
près, ainsi que leur stabilité durant les différents cycles, représentent des conditions essentielles pour l'obtention des rendements maximum ainsi que l'absence de bandes aspécifiques.
La concentration optimale d'ADN est de 100 à 300 ng pour de l'ADN génomique extrait de cellules (de patients ou en culture, de mammifères ou autres).
Il va de soi que les conditions qui précèdent représentent des conditions optimales pour un milieu réactionnel final de 50 l, et que ces conditions :~LE
FEJ GE REMPLAC.Elb7EN'T
>0/15066 PCT/FR90/0039' peuvent être modifiées en fonction du volume final du milieu réactionnel.
L'utilisation de plusieurs couples d'amorces différents (ou coktails de couples) de l'invention permet soit la détection croisée de plusieurs types de virus du type HIV et/ou SIV, soit la détection simultanée de plusieurs gènes d'un méme virus du type HIV et/ou SIV.
A titre d'exemple de couples d'amorces préférés utilisables dans le cadre de la présente invention, on peut citer les couples d'amorces suivants :
-MMyl-MMy4, MMy2-MMy4, MMyl-MMy3, MMy18-MMy19, MMy4bis-MMy28bis, MMy28-MMy29bis, MMy29-A4Sy30bis, MMy31-MMy32bis, notamment pour le diagnostic in vitro de l'infection d'un individu par HIV-1 et/ou HIV-2 - MMy5-MMy8, A4rSy6-24iy8, MMy7-MMyB, MMy5-MMy7bis, MMy6-MMy7bis, MMy9-Ir4riy11, MMy10-Myll, MMy9-r4iylObis, MMy26-Mmy5bis, MMy8bis-r4iy9bis, MMyBbis-MMy89, MMy89bis-MMy9bis, MMy15-MMy17, MMyl5-MMyl6bis, MMy16-MMy17, MMy25-MMy27, MMy26-MMy27, notamment pour le diagnostic in vitro de l'infection d'un individu par HIV-1, - MMy20-MMy22, MMy20-MMy2lbis, MMy21-MMy22, MMy23-MMy24, MMy12-MMy14, MMy12-MMyl3bis, pour le diagnostic in vitro de l'infection d'un individu par HIV-2.
L'agent de polymérisation utilisé dans l'étape d'élongation du cycle est une ADN polymérase thermostable, notamment la Taq polymérase, l'amplifiose de la firme Appligène ou toute ADN-polymérase thermostable pouvant étre commercialisée.
D'une manière générale, le cycle de la méthode de diagnostic in vitro de l'invention est répété entre 30 et 40 fois.
La méthode de diagnostic in vitro de l'invention permet également, en fonction des couples d'amorces nucléotidiques utilisés, de détecter sélectivement les FEUtLUE GE E?EMPLa#N.00*EC.ZENi W~ 0/15066 PC T'/FR90/0030"
gènes des virus du type HIV et/ou SIV présents dans l'échantillon biologique.
Les couples d'amorces utilisables, à titre d'exemples, pour la méthode de diagnostic gène par gène sus-mentionnée de l'invention, sont les suivants :
- MMy 1- MMy 4, r4iy 2-MMy 4, Mriy 1-A4My 3, M4iy 4 b i s-t 4riy 2 8 b i s pour le gène gag, - MMy18-MMy19 pour le gène vpr, - MMy5-MMy8, MMy6-MMy8, MMy7-*iMy8, MMy5-MMy7bis, MMy6-MMy7bis, Myiy26-'4~Sv5bis, MMy8bis-IyMy9bis, r4iy8bis-2Y4riy89, MMy89bis-MMy9bis pour le gène env, - MMy9-r4YSy11, MMy9-MMylObis, MMy10-MIIMyll pour le gène nefl, - MrSy 15 -b4riy l 7, bQriy 15 -1rMy 16 b i s, r4My 16 -M4iy l 7, p o u r le gène vifl, - MMy20-Z4Sy22, r4My20-M4ty21bis, MMy21-MMy22 pour vif 2, - MMy23-MMy24 pour vpx, - 1r4riy12-MMy14, MMy12-IrRZyl3bis, MMy13-MMy14 pour nef2, - MMy25-IrIIriy27, ?giY26-MMy27 pour le gène vpu, - MMy28-MMy29bis, MMy29-MMy30bis, M4iy30-A4My31bis, IrIIrIy31-MMy32bis pour le gène pol.
Toutefois, les combinaisons entre primers "S" et "AS" décrites ci-dessus ne sont par limitatives et peuvent être variées selon le désir de l'utilisateur.
Les tailles des fragments nucléotidiques synthétisés à l'aide des couples d'amorces sus-mentionnés à titre d'exemples, sont indiquées sur les tableaux I à XI suivants :
(les chiffres indiqués dans les tableaux ci-dessous représentent le nombre de nucléotides des fragments synthétisés, et les "tirets" indiquent que les couples d'amorces testés ne permettent pas de caractériser les souches virales correspondantes).
FtUI=LE GE REC%IPLQe,...V-P.IENi v0 90/1506c PCT/FR90/0P'13 Tableau I
----------------------------------------------------gag . gag ----------------------------------------------------:MMy1-*-LMy3 :MMy1-MMy4:r4=Sy2-MMy4 :I-Qiy4bis-M4iy28bis:
-----------------------------------------------------HI' _-SRU: 2:5 . 750 . 532 . 671 ----------------------------------------------------HI- MJ~L: 22c2 785 . 556 671 ----------------------------------------------------HI'=-_LI: 2E: . 750 538 . 674 -- - -----------------------------------------------HI",-:-=OD: 35; : 845 544 . 663 -- - ------------------------------------------------_=~ . 34-- . 844 . 544 . 668 -- - ------------------------------------------------Tableau II
-- - -----------------------------------------------env . env ---------------------------------------------------: A4My5-*^!y7bis : r4My5-MMy8 : MMy6-.M4Sy7bis : hMy6-MMy8 .
-----------------------------------------------------HIV_-=RU: 480 953 . 330 803 --- - -----------------------------------------------HI` _-~~AL: 47: 944 . 321 . 794 ----------------------------------------------------HIV :-=LI : 47: . 941 . 321 791 .
---------------------------------------------------------------------------------------------------------- : - = - --= . . . .
----------------------------------------------------F=~:~L~ Gc REr~~PLA~~r.iE1Vi WQ /15066 PCT/FR90/0039"
Tableau III
-------------------------------------------------------env . env -------------------------------------------------------:MMy7-Mdy8:MMy26-MMy5bis:MMy8bis-.My9bis ------------------------------------------------------HIV1-BRU: 498 . 691 . 1038 ------------------------------------------------------HIV1-MAL: 498 . 691 1C41 ------------------------------------------------------HIV1-ELI: 495 . 679 . 1C38 ------------------------------------------------------HIV2-ROD:
------------------------------------------------------SIV : - - . ------------------------------------------------------FEUs=LE- GE RENI PLAC%wEP.I[E.N'i W\, 0/15066 PCT/FR90/003F
Tableau IV
-------------------------------------------------------env env -------------------------------------------------------:MMy8bis-r4Sy89: MMy89bis-MMy9bis -------------------------------------------------------HIV1-BRU: 411 . 646 ------------------------------------------------------HIV1-MAL: 411 . 649 ------------------------------------------------------HIV1-ELI: 411 . 646 ------------------------------------------------------HIV2-ROD:
------------------------------------------------------SIV . - . -------------------------------------------------------Tableau V
------------------------------------------------------nefl . nefi ------------------------------------------------------: P44y9-igiylObis : MMy9-MMy11: Mriy10-Mr1y11 ------------------------------------------------------HIV1-BRU: 293 . 660 . 388 ------------------------------------------------------HIV1-MAL: 302 . 660 388 -----------------------------------------------------HIVl-ELI: 296 . 663 . 388 -----------------------------------------------------HIV2-ROD:
------------------------------------------------------SIV : - . - . -------------------------------------------------------FGUI:.LE GE. REt'tïPLAe,..EPe.lM
v 90/15066 PCT/FR90/00?"l Tableau VI
------------------------------------------------------nef2 . nef2 -------------------------------------------------------MMy12 -MMyl3bis : MMy12-MMy14 : M4iy13 -MMy14 -------------------------------------------------------HIV1-BRU:
------------------------------------------------------HIV1-MAL:
------------------------------------------------------HIV1-ELI: - . -------------------------------------------------------HIV2-ROD: 400 . 792 . 415 ------------------------------------------------------SIV : 400 755 . 378 ------------------------------------------------------Tableau VII
------------------------------------------------------vifl vifl -------------------------------------------------------: MMy 15 -MMy 16 b i s: trIIriy 15 -MSiy 17 : P4Y.y16 -M4iy 17 -------------------------------------------------------HIV1-BRU: 333 : 603 . 293 ------------------------------------------------------HIV1-MAL: 333 . 603 . 293 ------------------------------------------------------HIV1-ELI: 333 . 603 . 293 ------------------------------------------------------HIV2-ROD: - . - : - .
------------------------------------------------------SIV
------------------------------------------------------FtJ!=Li DE RErtIPLAr%w-Et:IV.N7 V 90/ 15066 PCr/FR90/00?r Tableau VIII
------------------------------------------------------vpr : vif2 -------------------------------------------------------:MMy18-M.My19: A4riy20-2giy21bis: M4Sy20-Mriy22 -------------------------------------------------------HIV1-BRU: 281 ------------------------------------------------------HIV1-MAL: 281 ------------------------------------------------------HIV1-ELI: 281 ------------------------------------------------------HIV2-ROD: 319 352 . 659 ------------------------------------------------------SIV : 308 . 352 . 656 ------------------------------------------------------Tableau IX
------------------------------------------------------vif2 . vpx -------------------------------------------------------MMy21-MMy22 MMy23-MMy24 -------------------------------------------------------HIV1-BRU:
------------------------------------------------------HIV1-MAL:
------------------------------------------------------HIV1-ELI:
------------------------------------------------------HIV2-ROD: 329 . 329 ------------------------------------------------------SIV : 326 . 329 ------------------------------------------------------FG~l~:LE Gz REMPLACEMENT
90/15066 PCTIFR90/00"
Tableau X
------------------------------------------------------vpu . pol -------------------------------------------------------:r4=Sy25-MMy27:MMy26-Mriy27: MMy28-tr4riy29bis -------------------------------------------------------HIV1-BRU: 263 . 104 . 623 ------------------------------------------------------HIV1-MAL: 263 . 101 . 584 ------------------------------------------------------HIV1-ELI: 263 . 101 . 584 ------------------------------------------------------HIV2-ROD: 666 ------------------------------------------------------SIV . - . - . 712 ------------------------------------------------------Tableau XI
------------------------------------------------------pol . pol -------------------------------------------------------: MMy 2 9-M4Sy 3 0 b i s: A4My 3 0-2=My 31b i s: r-My 31-MMy 3 2 b i s -------------------------------------------------------HIV1-BRU: 742 . 869 . 826 ------------------------------------------------------HIV1-MAL: 742 . 869 . 826 :
------------------------------------------------------HIV1-ELI: 742 . 869 . 826 ------------------------------------------------------HIV2-ROD: 742 . 866 . 826 ------------------------------------------------------SIV : 742 . 866 . 826 ------------------------------------------------------FtUs:.LE GE RENIPLAr%oEPe.~M
" 90/15066 PCT/FR90/003 "
Il est à noter que grâce à leur disposition sur le génome, les primers servant à l'amplification peuvent étre combinés de telle façon qu'ils peuvent étre utilisés comme sonde, soit après marquage au 32p par kination, soit pour l'utilisation dans la technique des sondes froides pour vérifier la spécificité de la bande d'amplification observée lors d'une analyse par "Southern transfert". En plus de la combinaison classique des amorces pour qu'un troisième oligonucléotide puisse servir de sonde interne spécifique, il est à noter le cas particulier des gènes vifl/vpr et vif2/vpx dû au chevauchement de ces gènes, ce qui permet une détection croisée. En outre, lors d'une analyse par séquençage de l'ADN amplifié, ces oligonucléotides peuvent étre utilisés comme amorce spécifique pour la DNA-polymérase permettant un double séquençage dans chaque sens, donc une double lecture des séquences, levant ainsi des ambiguïtés éventuelles d'interprétation.
L'invention a également pour objet les amorces, telles que définies ci-dessus, marquées, notamment de manière radioactive ou enzymatique, ainsi que leur utilisation en tant que sondes nucléotidiques, notamment dans le cadre de la méthode de diagnostic in vitro telle que décrite ci-dessus.
L'invention a également pour objet des oligonucléotides tels que décrits ci-dessus et comportant des sucres en conformation a. De tels oligonucléotides présentent la caractéristique d'inverser le sens de la double hélice formée avec la matrice (brin du génome du virus), cette double hélice passant ainsi de l'état "S" à l'état "AS".
L'invention concerne aussi les oligonucléotides décrits ci-dessus dont certains nucléotides sont méthylés et/ou comportent un ou plusieurs atomes de Fr-JIs LE Gc REMPLACEA.Mti V 90/15066 PCf'/FR90/00?", soufre notamment sur les adénines. De tels oligonucléotides présentent la caractéristique d'augmenter la stabilité de la double hélice, et par conséquent de mieux s'hybrider avec le brin d'ADN à
amplifier.
L'invention concerne également les oligonucléotides tels que décrits ci-dessus et se présentant sous la forme dite "de bases modifiées"
comportant des nucléotides sur lesquels sont greffés de façon covalente des agents chromophores (molécules aromatiques planes telles que l'acridine orange), notamment selon la méthode décrite dans l'article de C.
Hélène paru dans "la Vie des Sciences", compte-rendus, série générale, tome 4, n'1, p. 17-37. De tels oligonucléotides présentent la caractéristique d'être facilement détectables, notamment par fluorescence.
Les oligonucléotides de l'invention sont également utilisables pour la mise en oeuvre d'une méthode de diagnostic in vitro de l'infection de singes (macaque, singe de mangabeys ou singe vert) par le virus du type SIV, cette méthode reprenant les principales caractéristiques de celle décrite ci-dessus.
L'invention a également pour objet des kits de diagnostic pour la mise en oeuvre des méthodes de diagnostic in vitro sus-mentionnées. A titre d'exemple, un kit de diagnostic de la présente invention comprend :
- au moins un couple d'amorces oligonucléotidiques selon l'invention, chaque couple comprenant une amorce s'hybridant à l'un des brins de la séquence d'acide nucléique à détecter, et une amorce s'hybridant avec le brin complémentaire de ce dernier dans les conditions définies ci-dessus, FEUiLLE GE REMPLACEMENT
V ' 90/1506b PCT/FR90/003 ' - des réactifs appropriés à la mise en oeuvre du cycle d'opérations d'amplification, notamment de l'ADN
polymérase, et quatre nucléotides triphosphate différents, et le milieu réactionnel dénommé "10 X
buffer" décrit ci-dessus.
- une (ou plusieurs) sonde pouvant étre marquée, notamment par radioactivité ou par la technique des sondes froides, capable de s'hybrider spécifiquement avec la (ou les) séquence(s) d'acides nucléiques amplifiée(s) à détecter.
L'invention concerne aussi l'utilisation des amorces de l'invention indiquées ci-dessus pour la mise en oeuvre d'un procédé de synthèse de protéines codées par les séquences nucléotidiques amplifiées à l'aide de ces amorces.
A titre illustratif, ce procédé de synthèse de protéines comprend l'amplification de séquences nucléotidiques des génomes des virus du type HIV ou SIV
(codant pour une protéine déterminée et ayant subi, le cas échant, certaines modifications de leurs nucléotides) par mise en contact desdites séquences avec au moins un couple d'amorces selon l'invention dans les conditions décrites ci-dessus, suivie de la traduction de ces séquences ainsi amplifiées en protéines ; cette dernière étape est réalisée notamment par transformation de cellules hdtes appropiées à
l'aide de vecteurs contenant lesdites séquences amplifiées, et récupération des protéines produites dans ces cellules hbtes.
L'invention concerne également les polypeptides issus de la traduction des séquences (ou amorces) nucléotidiques de l'invention.
L'invention a également pour objet l'utilisation des amorces oligonucléotidiques anti-sens en tant qu'agents antiviraux en général, notamment dans la FEUi=LE Gc REM PLACOEhIENT
90/15066 P('T/FR90/00'^z lutte contre le SIDA, ainsi que des compositions pharmaceutiques contenant ces amorces anti-sens" en association avec un véhicule pharmaceutiquement acceptable.
L'invention concerne également les compositions immunogènes comprenant un ou plusieurs produits de traduction des séquences nucléotidiques selon l'invention, et/ou un ou plusieurs produits de traduction des séquences nucléotidiques amplifiées selon les procédés décrits ci-dessus à partir des amorces définies selon l'invention, ces produits de traduction étant associés à un véhicule pharmaceutiquement acceptable.
L'invention concerne les anticorps dirigés contre l'un ou plusieurs des produits de traduction décrits ci-dessus (ou en d'autres termes, susceptibles de former une réaction immunologique avec un ou plusieurs produits de traduction des séquences nucléotidiques selon l'invention, ou encore un ou plusieurs produits de traduction des séquences nucléotidiques amplifiées à partir des amorces définies selon l'invention) et leur utilisation pour la mise en oeuvre de méthodes de diagnostic in vitro de l'infection d'un individu par un virus du type HIV-1 et/ou HIV-2, ou d'un animal par au moins l'un des trois virus (HIV-1, HIV-2, SIV) selon les procédés connus de l'homme de l'Art.
A titre illustratif, une telle méthode de diagnostic in vitro selon l'invention comprend la mise en contact d'un échantillon biologique (notamment de sérum) prélevé chez un patient à l'étude, avec des anticorps selon l'invention, et la détection à l'aide de tout procédé approprié (notamment à l'aide d'anti-immunoglobulines marquées) des complexes immunologiques formés entre les antigènes des virus du type HIV ou SIV
FEU:=LL DE REMPLACEMENT
W1~ 10/15066 PCT/FR90/0039' éventuellement présents dans l'échantillon biologique et lesdits anticorps.
L'invention a également pour objet des kits de diagnostic in vitro comprenant des anticorps selon l'invention et, le cas échéant, des réactifs appropriés à la mise en évidence de la réaction immunologique formée entre lesdits anticorps et les antigènes des virus HIV ou SIV.
L'invention vise également un procédé de préparation des polypeptides mentionnés ci-dessus, notamment ceux correspondant selon le code génétique universel aux séquences (ou amorces) ncûléotidiques décrites ci-dessus, ce procédé étant caractérisé en ce que, partant de préférence de l'aminoacide C-terminal, l'on condense successivement deux à deux les aminoacyles successifs dans l'ordre requis, ou des aminoacyles et des fragments préalablement formés et contenant déjà plusieurs résidus aminoacyles dans l'ordre approprié, ou encore plusieurs fragments préalablement ainsi préparés, étant entendu que l'on aura eu soin de protéger au préalable toutes les fonctions réactives portées par ces aminoacyles ou fragment à l'exception des fonctions amine de l'un et carboxyle de l'autre ou vice-versa, qui doivent normalement intervenir dans la formation des liaisons peptidiques, notamment après activation de la fonction carboxyle, selon les méthodes connues dans la synthèse des peptides et ainsi de suite, de proche en proche, jusqu'à l'acide aminé N-terminal.
Par exemple, on aura recours à la technique de synthèse peptidique en solution homogène décrite par Houbenweyl dans "Meuthode der Organischen Chemie"
(Méthode de la Chimie Organique) édité par E. Wunsch, vol. 15-I et II, THIEME, STUTTGART, 1974, ou à celle de synthèse peptidique en phase solide décrite par R.D.
FEJILLE GE REMPLA~Er-JENi Merrifield dans "Solid Phase Peptide Synthesis" (J. AM.
CHEM. SOC., 45, 2149-2154).
L'invention concerne également un procédé de préparation des séquences (ou amorces) nucléotidiques décrites ci-dessus, ce procédé comprenant les étapes suivantes - incubation de l'ADN génomique, isolé à partir d'un des virus du type HIV ou SIV sus-mentionnés, avec de 1'ADNase I, puis addition d'EDTA et purification par extraction au mélange phenol/chloroforme/alcool isoamylique (25/24/ 1) puis par l'éther, - traitement de l'ADN ainsi extrait par de 1'Eco R1 méthylase en présence de DTT, et purification par extraction telle que décrite ci-dessus, - incubation de l'ADN ainsi purifié avec les 4 désoxynucléotides triphosphates dATP, dCTP, dGTP, et dTTP en présence de T4 ADN polymérase et d'ADN ligase de E. coli, puis purification selon la méthode décrite ci-dessus, - le clonage des acides nucléiques ainsi obtenus dans un vecteur approprié et la récupération de l'acide nucléique recherché à l'aide d'une sonde appropriée.
Un procédé de préparation particuliérement avantageux des séquences nucléotidiques de l'invention comprend les étapes suivantes :
- la synthèse d'ADN en utilisant la méthode automatisée des P-cyanethyl phosphoramidite décrite dans Bioorganic Chemistry 4; 274-325 (1986), - le clonage des acides nucléiques ainsi obtenus dans un vecteur approprié et la récupération de l'acide nucléique par hybridation avec une sonde appropriée.
Un autre procédé de préparation des séquences nucléotidiques de l'invention comprend les étapes suivantes FEW=LL DE REMPLaCOMMVi ' ~0/15066 PCT/FR90/00391 - l'assemblage d'oligonucléotides synthétisés chimiquement, pourvus à leurs extrémités de sites de restriction différents, dont les séquences sont compatibles avec l'enchaînement en acides aminés du polypeptide naturel selon le principe décrit dans Proc.
Natl. Acad. Sci. USA, 80; 7461-7465, (1983), - le clonage des acides nucléiques ainsi obtenus dans un vecteur approprié et la récupération de l'acide nucléique recherché par hybridation avec une sonde appropriée.
FrUs:.LE DE REMPLACENIENi
Claims (30)
1. Amorce oligonucléotidique caractérisée en ce que sa séquence consiste en :
i) une séquence spécifique du gène gag, et susceptible d'hybrider à une température de 60°C ~ 1°C avec les génomes des virus HIV-1 Bru, Mal, HIV-1 Eli, HIV-2 Rod et SIV Mac ; ou ii) une séquence complémentaire d'une séquence telle que définie en i.
i) une séquence spécifique du gène gag, et susceptible d'hybrider à une température de 60°C ~ 1°C avec les génomes des virus HIV-1 Bru, Mal, HIV-1 Eli, HIV-2 Rod et SIV Mac ; ou ii) une séquence complémentaire d'une séquence telle que définie en i.
2. Amorce oligonucléotidique selon la revendication 1, caractérisée en ce qu'elle a une taille de 15 à 30 nucléotides.
3. Amorce oligonucléotidique selon la revendication 1 caractérisée en ce que sa séquence nucléotidique a au moins 60% d'identité avec la séquence du gène gag des virus HIV-1 Bru, HIV-1 Mal, HIV-1 Eli, HIV-2 Rod ou SIV Mac, et garde les propriétés d'hybridation avec les génomes des virus HIV-1 Bru, HIV-1 Mal, HIV-1 Eli, HIV-2 Rod et SIV Mac.
4. Amorce oligonucléotidique selon la revendication 3 dont les 5 bases de chaque extrémité sont conservées par rapport à la séquence du gène gag des virus HIV-1 Bru, HIV-1 Mal, HIV-1 Eli, HIV-2 Rod ou SIV Mac, et qui comporte dans sa partie médiane des modifications par rapport à cette même séquence gag, et garde les propriétés d'hybridation des amorces oligonucléotidiques définies aux revendications 1 à 3, à une température de 60 °C ~ 1°C, avec les génomes des virus HIV-1 Bru, HIV-1 Mal, HIV-1 Eli, HIV-2 Rod et SIV Mac.
5. Amorce oligonucléotidique selon l'une quelconque des revendications 1 à 4, susceptible d'hybrider avec les génomes des virus HIV-1 Bru, HIV-1 Mal, HIV-1 Eli, HIV-2 Rod et SIV Mac dans un tampon de composition Tris-HCl, pH 8,9: 50 mM ;(NH4)2 SO4: 15 mM ; MgCl2 : 5mM ; .beta.-mercapto-éthanol : 10 mM;
gélatine : 0,25 mg/ml.
gélatine : 0,25 mg/ml.
6. Procédé d'amplification génique de séquences nucléiques du gène gag de virus du type HIV-1 et/ou HIV-2, et/ou SIV, réalisé à partir d'un échantillon biologique, ce procédé comprenant principalement les étapes suivantes:
a) une étape d'extraction de l'acide nucléique à détecter appartenant au génome du virus du type HIV-1, HIV-2, ou SIV éventuellement présent dans l'échantillon biologique susmentionné ;
b) un cycle comprenant les étapes suivantes :
. dénaturation de l'acide nucléique double brin à détecter, ce qui conduit à la formation d'un acide nucléique simple brin ;
. hybridation de chacun des brins d'acide nucléique, obtenus lors de l'étape de dénaturation précédente, avec au moins une amorce oligonucléotidique selon l'une quelconque des revendications 1 à 5, par mise en contact des brins susmentionnés avec au moins un couple d'amorces susmentionnées ; et . formation à partir des amorces, des ADN complémentaires aux brins sur lesquels elles sont hybridées, en présence d'une ADN polymérase et de quatre nucléosides triphosphate (dNTP) différents, ce qui conduit à la formation d'un plus grand nombre d'acides nucléiques double brin à détecter qu'à l'étape de dénaturation précédente ;
ce cycle étant répété un nombre de fois déterminé pour obtenir ladite séquence nucléique à détecter éventuellement présente dans l'échantillon biologique dans une proportion suffisante pour permettre sa détection ; et c) une étape de détection de la présence éventuelle de l'acide nucléique appartenant au génome du virus du type HIV-1 et/ou HIV-2 et/ou SIV dans l'échantillon biologique.
a) une étape d'extraction de l'acide nucléique à détecter appartenant au génome du virus du type HIV-1, HIV-2, ou SIV éventuellement présent dans l'échantillon biologique susmentionné ;
b) un cycle comprenant les étapes suivantes :
. dénaturation de l'acide nucléique double brin à détecter, ce qui conduit à la formation d'un acide nucléique simple brin ;
. hybridation de chacun des brins d'acide nucléique, obtenus lors de l'étape de dénaturation précédente, avec au moins une amorce oligonucléotidique selon l'une quelconque des revendications 1 à 5, par mise en contact des brins susmentionnés avec au moins un couple d'amorces susmentionnées ; et . formation à partir des amorces, des ADN complémentaires aux brins sur lesquels elles sont hybridées, en présence d'une ADN polymérase et de quatre nucléosides triphosphate (dNTP) différents, ce qui conduit à la formation d'un plus grand nombre d'acides nucléiques double brin à détecter qu'à l'étape de dénaturation précédente ;
ce cycle étant répété un nombre de fois déterminé pour obtenir ladite séquence nucléique à détecter éventuellement présente dans l'échantillon biologique dans une proportion suffisante pour permettre sa détection ; et c) une étape de détection de la présence éventuelle de l'acide nucléique appartenant au génome du virus du type HIV-1 et/ou HIV-2 et/ou SIV dans l'échantillon biologique.
7. Procédé selon la revendication 6, caractérisé en ce que l'étape b) est précédée d'une étape de traitement à l'aide d'une transcriptase inverse dudit acide nucléique si ce dernier est sous forme d'ARN.
8. Procédé selon la revendication 6 ou 7, caractérisé en ce que l'étape de dénaturation est réalisée en présence d'au moins une amorce oligonucléotidique selon l'une quelconque des revendications 1 à 5.
9. Procédé selon la revendication 8, caractérisé en ce qu'il est réalisé dans les conditions suivantes :
a) les amorces oligonucléotidiques (1 µl d'une solution à 40 µmolaire de chaque amorce) sont mises en présence de l'ADN-matrice (100 à 300 ng) pour la première étape de dénaturation-réassociation ; on chauffe, durant minutes à 100 °C puis on plonge les tubes contenant ce mélange d'ADN-matrice et d'amorces oligonucléotidiques dans de l'eau contenant de la glace, les amorces oligonucléotidiques étant utilisées à une concentration finale de 0,8 µM chaque dans l'étape d'amplification qui suit;
et b) on ajoute au milieu précédent les 4 dNTP chacun étant utilisé à 0,5 µmolaire en solution finale (50 µl), et une unité de Taq-polymérase pour un milieu réactionnel de 50 µl;
a) les amorces oligonucléotidiques (1 µl d'une solution à 40 µmolaire de chaque amorce) sont mises en présence de l'ADN-matrice (100 à 300 ng) pour la première étape de dénaturation-réassociation ; on chauffe, durant minutes à 100 °C puis on plonge les tubes contenant ce mélange d'ADN-matrice et d'amorces oligonucléotidiques dans de l'eau contenant de la glace, les amorces oligonucléotidiques étant utilisées à une concentration finale de 0,8 µM chaque dans l'étape d'amplification qui suit;
et b) on ajoute au milieu précédent les 4 dNTP chacun étant utilisé à 0,5 µmolaire en solution finale (50 µl), et une unité de Taq-polymérase pour un milieu réactionnel de 50 µl;
10. Application du procédé selon l'une quelconque des revendications 6 à 9 au diagnostic in vitro de l'infection d'un individu par un virus du type HIV-1 et/ou HIV-2, ou d'un animal par au moins l'un des trois virus (HIV-1, HIV-2, SIV).
11. Kit pour la mise en oeuvre d'un procédé selon l'une des revendications 6 à
comprenant:
i) au moins une amorce oligonucléotidique selon l'une quelconque des revendications 1 à 5 ;
ii) des réactifs appropriés à la mise en oeuvre du cycle d'opérations d'amplification ; et iii) une (ou plusieurs) sonde, pouvant être marquée(s), capable(s) de s'hybrider avec la (ou les) séquence(s) d'acide nucléique amplifiée(s) à
détecter.
comprenant:
i) au moins une amorce oligonucléotidique selon l'une quelconque des revendications 1 à 5 ;
ii) des réactifs appropriés à la mise en oeuvre du cycle d'opérations d'amplification ; et iii) une (ou plusieurs) sonde, pouvant être marquée(s), capable(s) de s'hybrider avec la (ou les) séquence(s) d'acide nucléique amplifiée(s) à
détecter.
12. Kit selon la revendication 11, caractérisé en ce que les réactifs sont de l'ADN
polymérase, quatre nucléotides triphosphate différents, et le tampon 10 x buffer tel que décrit dans la revendication 5.
polymérase, quatre nucléotides triphosphate différents, et le tampon 10 x buffer tel que décrit dans la revendication 5.
13. Utilisation d'au moins une amorce oligonucléotidique selon l'une quelconque des revendications 1 à 5 pour l'amplification génique de séquences nucléiques du gène gag de virus du type HIV-1 et/ou HIV-2, et/ou SIV.
14. Amorce oligonucléotidique caractérisée en ce que sa séquence consiste en :
i) une séquence spécifique du gène vpr, et susceptible d'hybrider à une température de 60°C ~ 1°C avec les génomes des virus HIV-1 Bru, Mal, HIV-1 Eli, HIV-2 Rod et SIV Mac ; ou ii) une séquence complémentaire d'une séquence telle que définie en i.
i) une séquence spécifique du gène vpr, et susceptible d'hybrider à une température de 60°C ~ 1°C avec les génomes des virus HIV-1 Bru, Mal, HIV-1 Eli, HIV-2 Rod et SIV Mac ; ou ii) une séquence complémentaire d'une séquence telle que définie en i.
15. Amorce oligonucléotidique selon la revendication 14, caractérisée en ce qu'elle a une taille de 15 à 30 nucléotides.
16. Amorce oligonucléotidique selon la revendication 14 ou 15 caractérisée en ce que sa séquence nucléotidique est modifiée par rapport à la séquence du gène vpr des virus HIV-1 Bru, HIV-1 Mal, HIV-1 Eli, HIV-2 Rod ou SIV Mac, et garde les propriétés d'hybridation avec les génomes des virus HIV-1 Bru, HIV-1 Mal, HIV-1 Eli, HIV-2 Rod et SIV Mac.
17. Amorce oligonucléotidique selon la revendication 16 dont les 5 bases de chaque extrémité sont conservées par rapport à la séquence du gène vpr des virus HIV-1 Bru, HIV-1 Mal, HIV-1 Eli, HIV-2 Rod ou SIV Mac, et qui comporte dans sa partie médiane des modifications par rapport à cette même séquence vpr, et garde les propriétés d'hybridation des amorces oligonucléotidiques définies aux revendications 14 à 16, à une température de 60 °C ~ 1°C, avec les génomes des virus HIV-1 Bru, HIV-1 Mal, HIV-1 Eli, HIV-2 Rod et SIV Mac.
18. Amorce oligonucléotidique spécifique du gène vpr selon la revendication 14 choisie parmi :
- 5'-GATAGATGGAACAAGCCCCAG-3' ; et - 3'-TCCATTTCTTGCTCTCCTCTGT-5'.
- 5'-GATAGATGGAACAAGCCCCAG-3' ; et - 3'-TCCATTTCTTGCTCTCCTCTGT-5'.
19. Couple d'amorces oligonucléotidiques, pour la mise en oeuvre d'une amplification génique du gène vpr de virus de type HIV-1, HIV-2 et SIV, les amorces consistant chacune en :
i) une séquence spécifique du gène vpr, et susceptible d'hybrider à une température de 60°C ~ 1°C avec les génomes des virus HIV-1 Bru, Mal, HIV-1 Eli, HIV-2 Rod et SIV Mac ; ou ii) une séquence complémentaire d'une séquence telle que définie en i).
i) une séquence spécifique du gène vpr, et susceptible d'hybrider à une température de 60°C ~ 1°C avec les génomes des virus HIV-1 Bru, Mal, HIV-1 Eli, HIV-2 Rod et SIV Mac ; ou ii) une séquence complémentaire d'une séquence telle que définie en i).
20. Couple d'amorces oligonucléotidiques selon la revendication 19 caractérisé
en ce que la séquence d'au moins une amorce oligonucléotidique est modifiée par rapport à la séquence du gène vpr des virus HIV-1 Bru, HIV-1 Mal, HIV-1 Eli, HIV-2 Rod ou SIV Mac, et garde les propriétés d'hybridation avec les génomes des virus HIV-1 Bru, HIV-1 Mal, HIV-1 Eli, HIV-2 Rod et SIV Mac.
en ce que la séquence d'au moins une amorce oligonucléotidique est modifiée par rapport à la séquence du gène vpr des virus HIV-1 Bru, HIV-1 Mal, HIV-1 Eli, HIV-2 Rod ou SIV Mac, et garde les propriétés d'hybridation avec les génomes des virus HIV-1 Bru, HIV-1 Mal, HIV-1 Eli, HIV-2 Rod et SIV Mac.
21. Couple d'amorces oligonucléotidiques selon la revendication 19 consistant en 5'-GATAGATGGAACAAGCCCCAG -3' (MMy18) et 3'-TCCATTTCTTGCTCTCCTCTGT -5' (MMy19).
22. Amorce oligonucléotidique selon l'une quelconque des revendications 14 à
18 ou couple d'amorces oligonucléotidiques selon l'une quelconque des revendications 19 à 21 susceptible d'hybrider avec les génomes des virus HIV-1 Bru, HIV-1 Mal, HIV-1 Eli, HIV-2 Rod et SIV Mac dans un tampon 10X buffer de composition Tris-HCl, pH 8,9: 50 mM ;(NH4)2 SO4 : 15 mM ; MgCl2 : 5mM ; .beta.-mercapto-éthanol : 10 mM ; gélatine : 0,25 mg/ml.
18 ou couple d'amorces oligonucléotidiques selon l'une quelconque des revendications 19 à 21 susceptible d'hybrider avec les génomes des virus HIV-1 Bru, HIV-1 Mal, HIV-1 Eli, HIV-2 Rod et SIV Mac dans un tampon 10X buffer de composition Tris-HCl, pH 8,9: 50 mM ;(NH4)2 SO4 : 15 mM ; MgCl2 : 5mM ; .beta.-mercapto-éthanol : 10 mM ; gélatine : 0,25 mg/ml.
23. Procédé d'amplification génique de séquences nucléiques du gène vpr de virus du type HIV-1 et/ou HIV-2, et/ou SIV, réalisé à partir d'un échantillon biologique, ce procédé comprenant principalement les étapes suivantes:
a) une étape d'extraction de l'acide nucléique à détecter appartenant au génome du virus du type HIV-1, HIV-2, ou SIV éventuellement présent dans l'échantillon biologique susmentionné ;
b) un cycle comprenant les étapes suivantes :
.cndot. dénaturation de l'acide nucléique double brin à détecter, ce qui conduit à la formation d'un acide nucléique simple brin ;
hybridation de chacun des brins d'acide nucléique, obtenus lors de l'étape de dénaturation précédente, avec au moins une amorce oligonucléotidique selon l'une quelconque des revendications 14 à 18 ou avec un couple d'amorces oligonucléotidiques selon l'une quelconque des revendications 19 à 21, par mise en contact des brins susmentionnés avec au moins un couple d'amorces oligonucléotidiques susmentionnées ; et .cndot. formation à partir des amorces, des ADN complémentaires aux brins sur lesquels elles sont hybridées, en présence d'une ADN polymérase et de quatre nucléosides triphosphate (dNTP) différents, ce qui conduit à la formation d'un plus grand nombre d'acides nucléiques double brin à détecter qu'à l'étape de dénaturation précédente ;
ce cycle étant répété un nombre de fois déterminé pour obtenir ladite séquence nucléique à détecter éventuellement présente dans l'échantillon biologique dans une proportion suffisante pour permettre sa détection ; et c) une étape de détection de la présence éventuelle de l'acide nucléique appartenant au génome du virus du type HIV-1 et/ou HIV-2 et/ou SIV dans l'échantillon biologique.
a) une étape d'extraction de l'acide nucléique à détecter appartenant au génome du virus du type HIV-1, HIV-2, ou SIV éventuellement présent dans l'échantillon biologique susmentionné ;
b) un cycle comprenant les étapes suivantes :
.cndot. dénaturation de l'acide nucléique double brin à détecter, ce qui conduit à la formation d'un acide nucléique simple brin ;
hybridation de chacun des brins d'acide nucléique, obtenus lors de l'étape de dénaturation précédente, avec au moins une amorce oligonucléotidique selon l'une quelconque des revendications 14 à 18 ou avec un couple d'amorces oligonucléotidiques selon l'une quelconque des revendications 19 à 21, par mise en contact des brins susmentionnés avec au moins un couple d'amorces oligonucléotidiques susmentionnées ; et .cndot. formation à partir des amorces, des ADN complémentaires aux brins sur lesquels elles sont hybridées, en présence d'une ADN polymérase et de quatre nucléosides triphosphate (dNTP) différents, ce qui conduit à la formation d'un plus grand nombre d'acides nucléiques double brin à détecter qu'à l'étape de dénaturation précédente ;
ce cycle étant répété un nombre de fois déterminé pour obtenir ladite séquence nucléique à détecter éventuellement présente dans l'échantillon biologique dans une proportion suffisante pour permettre sa détection ; et c) une étape de détection de la présence éventuelle de l'acide nucléique appartenant au génome du virus du type HIV-1 et/ou HIV-2 et/ou SIV dans l'échantillon biologique.
24. Procédé selon la revendication 23, caractérisé en ce que l'étape b) est précédée d'une étape de traitement à l'aide d'une transcriptase inverse dudit acide nucléique si ce dernier est sous forme d'ARN.
25. Procédé selon la revendication 23 ou 24, caractérisé en ce que l'étape de dénaturation est réalisée en présence du (ou des) couple(s) d'amorces oligonucléotidiques selon l'une des revendications 19 à 21.
26. Procédé selon la revendication 25, caractérisé en ce qu'il est réalisé
dans les conditions suivantes :
a) les amorces oligonucléotidiques (1 µl d'une solution à 40 µmolaire de chaque amorce) sont mises en présence de l'ADN-matrice (100 à 300 ng) pour la première étape de dénaturation-réassociation ; on chauffe, durant minutes à 100 °C puis on plonge les tubes contenant ce mélange d'ADN-matrice et d'amorces oligonucléotidiques dans de l'eau contenant de la glace, les amorces oligonucléotidiques étant utilisées à une concentration finale de 0,8 µM chaque, dans l'étape d'amplification qui suit ; et b) on ajoute au milieu précédent les 4 dNTP chacun étant utilisé à 0,5 µmolaire en solution finale (50 µl), et une unité de Taq-polymérase pour un milieu réactionnel de 50 µl ;
dans les conditions suivantes :
a) les amorces oligonucléotidiques (1 µl d'une solution à 40 µmolaire de chaque amorce) sont mises en présence de l'ADN-matrice (100 à 300 ng) pour la première étape de dénaturation-réassociation ; on chauffe, durant minutes à 100 °C puis on plonge les tubes contenant ce mélange d'ADN-matrice et d'amorces oligonucléotidiques dans de l'eau contenant de la glace, les amorces oligonucléotidiques étant utilisées à une concentration finale de 0,8 µM chaque, dans l'étape d'amplification qui suit ; et b) on ajoute au milieu précédent les 4 dNTP chacun étant utilisé à 0,5 µmolaire en solution finale (50 µl), et une unité de Taq-polymérase pour un milieu réactionnel de 50 µl ;
27. Application du procédé selon l'une quelconque des revendications 23 à 26 au diagnostic in vitro de l'infection d'un individu par un virus du type HIV-1 et/ou HIV-2, ou d'un animal par au moins l'un des trois virus (HIV-1, HIV-2, SIV).
28. Kit pour la mise en oeuvre d'un procédé selon l'une des revendications 23 à 26 comprenant :
i) au moins une amorce oligonucléotidique selon l'une quelconque des revendications 14 à 18 ou un couple d'amorces oligonucléotidiques selon l'une quelconque des revendications 19 à 21 ;
ii) des réactifs appropriés à la mise en oeuvre du cycle d'opérations d'amplification ; et iii) une (ou plusieurs) sonde, pouvant être marquée, capable de s'hybrider avec la (ou les) séquence d'acide nucléique amplifiée à détecter.
i) au moins une amorce oligonucléotidique selon l'une quelconque des revendications 14 à 18 ou un couple d'amorces oligonucléotidiques selon l'une quelconque des revendications 19 à 21 ;
ii) des réactifs appropriés à la mise en oeuvre du cycle d'opérations d'amplification ; et iii) une (ou plusieurs) sonde, pouvant être marquée, capable de s'hybrider avec la (ou les) séquence d'acide nucléique amplifiée à détecter.
29. Kit selon la revendication 28, caractérisé en ce que les réactifs sont de l'ADN
polymérase, quatre nucléotides triphosphate différents, et le tampon 10 x buffer tel que décrit dans la revendication 22.
polymérase, quatre nucléotides triphosphate différents, et le tampon 10 x buffer tel que décrit dans la revendication 22.
30. Utilisation d'au moins une amorce oligonucléotidique selon l'une quelconque des revendications 14 à 18 ou un couple d'amorces oligonucléotidiques selon l'une quelconque des revendications 19 à 21 pour l'amplification génique de séquences nucléiques du gène vpr de virus du type HIV-1 et/ou HIV-2, et/ou SIV.
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