EP1334361A2 - Kit und verfahren zur multianalytbestimmung, mit vorkehrungen zur referenzierung der dichte immobilisierter erkennungselemente - Google Patents

Kit und verfahren zur multianalytbestimmung, mit vorkehrungen zur referenzierung der dichte immobilisierter erkennungselemente

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Publication number
EP1334361A2
EP1334361A2 EP01994637A EP01994637A EP1334361A2 EP 1334361 A2 EP1334361 A2 EP 1334361A2 EP 01994637 A EP01994637 A EP 01994637A EP 01994637 A EP01994637 A EP 01994637A EP 1334361 A2 EP1334361 A2 EP 1334361A2
Authority
EP
European Patent Office
Prior art keywords
referencing
sensor platform
kit according
analytes
detection
Prior art date
Legal status (The legal status is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the status listed.)
Withdrawn
Application number
EP01994637A
Other languages
English (en)
French (fr)
Inventor
Andreas P. Abel
Gerhard M. Kresbach
Gert L. Duveneck
Nania G. SCHÄRER-HERNANDEZ
Current Assignee (The listed assignees may be inaccurate. Google has not performed a legal analysis and makes no representation or warranty as to the accuracy of the list.)
Bayer AG
Original Assignee
Zeptosens AG
Priority date (The priority date is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the date listed.)
Filing date
Publication date
Application filed by Zeptosens AG filed Critical Zeptosens AG
Publication of EP1334361A2 publication Critical patent/EP1334361A2/de
Withdrawn legal-status Critical Current

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Classifications

    • GPHYSICS
    • G01MEASURING; TESTING
    • G01NINVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
    • G01N33/00Investigating or analysing materials by specific methods not covered by groups G01N1/00 - G01N31/00
    • G01N33/48Biological material, e.g. blood, urine; Haemocytometers
    • G01N33/50Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing
    • G01N33/53Immunoassay; Biospecific binding assay; Materials therefor
    • G01N33/543Immunoassay; Biospecific binding assay; Materials therefor with an insoluble carrier for immobilising immunochemicals

Definitions

  • the invention relates to various embodiments of a kit for the simultaneous qualitative and / or quantitative detection of a large number of analytes, which in particular makes it possible to determine the density of the biological or biochemical or synthetic recognition elements immobilized for the detection of said analytes, i.e. to refer to the occupancy density of the measuring ranges identified for these detection elements.
  • the invention also relates to analytical systems based on the kit according to the invention and methods carried out therewith for the detection of one or more analytes and their use.
  • microtiter plates For the determination of a large number of analytes, above all methods are widespread in which the detection of different analytes in so-called microtiter plates is carried out in discrete sample containers or "wells" of these plates.
  • the most widespread are plates with a grid of 8 x 12 wells on a base area of typically approx. 8 cm x 12 cm, a volume of a few hundred microliters being required to fill an individual well.
  • the immobilization for the analyte-specific recognition elements in the form of small "spots" with partially significantly less than 1 mm 2 area on solid supports is proposed to by Binding of only a small part of the analyte molecules present enables the concentration of the analyte to be determined which is dependent only on the incubation time but - in the absence of a continuous flow - essentially independent of the absolute sample volume.
  • the measurement arrangements described in the associated exemplary embodiments are based on fluorescence detections in conventional microtiter plates. Arrangements are also described in which spots of up to three different fluorescence-labeled antibodies are measured in a common microtiter plate well. Following the theoretical considerations set out in these patents, it would be desirable to minimize the spot size. However, the minimum signal level, which can be distinguished from the background signal, has a limiting effect.
  • Arrays with a very high feature density ie density of discrete measurement areas on a support with detection elements immobilized in these measurement areas for the detection of different analytes
  • Arrays with a very high feature density ie density of discrete measurement areas on a support with detection elements immobilized in these measurement areas for the detection of different analytes
  • US Pat. No. 5,445,934 (Affymax Technologies) describes and claims arrays of oligonucleotides with a density of more than 1000 features per square centimeter. The excitation and layout of such arrays is based on classic optical arrangements and methods.
  • the entire array can be illuminated simultaneously with an expanded excitation light bundle, which, however, leads to a relatively low sensitivity, since the scattered light component is relatively large and scattered light or background fluorescent light is also generated from the glass substrate in the areas in which there is no binding of the analyte immobilized oligonucleotides.
  • confocal measuring arrangements are often used and the various features are read out sequentially by means of "scanning". However, this results in a greater expenditure of time for reading out a large array and a relatively complex optical structure.
  • the measured signals are not referenced for the detection of different analytes, neither with regard to the excitation light intensity available in the measuring ranges nor with respect to the distribution or (relative) number of immobilized detection elements.
  • 2 different samples labeled with different luminescence labels e.g. emitting in the green or in the red
  • a light wave is coupled into an optical waveguide that is made of optically thinner media, i.e. Media with a lower refractive index is surrounded, it is guided by total reflection at the interfaces of the waveguiding layer.
  • a fraction of the electromagnetic energy enters the optically thinner media. This proportion is known as the evanescent or cross-damped field.
  • the strength of the evanescent field is very much dependent on the thickness of the waveguiding layer itself and on the ratio of the refractive indices of the waveguiding layer and the media surrounding it.
  • thin waveguides i.e. H. Layer thicknesses of the same or lower thickness than the wavelength to be guided can be distinguished from discrete modes of the guided light.
  • the first proposed measuring arrangements of this type were based on highly multimodal, self-supporting single-layer waveguides, such as fibers or platelets made of transparent plastic or glass, with thicknesses from a few hundred micrometers to several millimeters.
  • Planar thin-film waveguides have been proposed to improve sensitivity and, at the same time, simplify mass production.
  • a planar thin-film waveguide consists of a three-layer system: carrier material, wave-guiding layer, superstrate (or sample to be examined), the wave-guiding layer has the highest refractive index. Additional intermediate layers can improve the effect of the planar waveguide.
  • luminescence denotes the spontaneous emission of photons in the ultraviolet to infrared range after optical or non-optical, such as, for example, electrical or chemical or biochemical or thermal excitation.
  • chemiluminescence, bioluminescence, electroluminescence and in particular fluorescence and phosphorescence are included under the term “luminescence”.
  • luminescence-based methods appear to be more suitable than methods based on a change in the effective refractive index (such as grating coupler sensors or methods based on surface plasmon resonance) due to the greater selectivity of signal generation.
  • the luminescence excitation is limited to the depth of penetration of the evanescent field into the optically thinner medium, i.e. to the immediate vicinity of the wave-guiding region with a depth of penetration of the order of a few hundred nanometers into the medium. This principle is called evanescent luminescence excitation.
  • WO 95/33197 describes a method described in which the excitation light is coupled into the waveguiding film as a diffractive optical element via a relief grating.
  • the surface of the sensor platform is brought into contact with a sample containing the analyte, and the isotropically illuminated luminescence in the penetration depth of the evanescent field of luminescent substances is measured by means of suitable measuring devices, such as photodiodes, photomultipliers or CCD cameras. It is also possible to decouple and measure the portion of the evanescently excited radiation fed back into the waveguide via a diffractive optical element, for example a grating. This method is described for example in WO 95/33198.
  • US 5,525,466 and US 5,738,992 describe an optical sensor based on fluorescence excitation in the evanescent field of a self-supporting multimode waveguide, preferably of a fiber-optic type.
  • the excitation light is coupled in and the fluorescent light fed back into the multimode waveguide is coupled out via coupling in and out of the end face.
  • the fluorescence signal detected in the process for the analyte detection results from the functional principle of such multimode waveguides as a single integral value for the entire surface interacting with the sample.
  • fluorescent reference materials are co-immobilized on the sensor surface in addition to the biochemical or biological detection elements for the specific detection and binding of an analyte to be detected. Due to the underlying sensor principle, however, it is not possible to have a spatially resolved, but only a normalization that affects the individual, integral measured value. Consequently, the detection of different analytes can also only be carried out by using lab in different excitation wavelengths or sequentially, after removal of previously bound analytes. For these reasons, these arrangements, together with the referencing method described, do not appear to be suitable at all, or only slightly, for the simultaneous detection of a large number of analytes.
  • WO 97/35181 describes methods for the simultaneous determination of one or more analytes in that "well" patches formed in a waveguide are formed with different detection elements, which are contacted with a sample solution containing one or more analytes.
  • solutions with defined analyte concentrations are simultaneously added to other wells with similar patches.
  • 3 wells for measurement with calibration solutions of low and high analyte concentration as well as the current sample
  • the sandwich immunoassays are carried out with sequential addition of washing solution (buffer), sample with one or more analytes, washing solution (buffer), tracer antibody (individually or as a cocktail) and washing solution (buffer).
  • the locally measured fluorescence intensities are corrected by subtracting the background signal observed next to the measuring fields.
  • this arrangement also does not make it possible to carry out an entire series of measurements for the simultaneous determination of several analytes, together with the necessary calibrations, but instead requires either the use of several different sensor platforms or repetitive, sequential measurements on one platform with interim regeneration, which is only possible to a limited extent in many cases, especially in the case of immunoassays.
  • the invention relates to a kit for the simultaneous qualitative and / or quantitative detection of a large number of analytes, comprising - a sensor platform
  • At least one array of biological or biochemical or synthetic recognition elements immobilized in discrete measurement areas (d) directly on or via an adhesion-promoting layer on the sensor platform for the specific recognition and / or binding of said analytes and / or specific interaction with said analytes, with the purpose of " Referencing the immobilization density ", ie for the spatially resolved determination of the density of the immobilized recognition elements in the measurement areas, these recognition elements are each associated with a signal-emitting component as a label and / or said biological or biochemical or synthetic recognition elements have a specific molecular sequence or a specific molecular epitope or a specific molecular recognition group , to which a detection reagent (referencing reagent), possibly with an associated signaling component as a label, binds to determine said density of immobilized recognition elements.
  • Said specific molecular sequence or said specific molecular epitope or said specific molecular recognition group is advantageous for all different, generally in different measuring ranges of a segment from several measuring ranges, particularly preferably even for all immobilized in an array of measuring ranges biological or biochemical or synthetic recognition elements.
  • an array of measurement areas can comprise discrete measurement areas with a large number of different immobilized single-stranded nucleic acids, each of which has different partial sequences, for example 10-100 or 10-1000 different partial sequences, for the detection and binding of a corresponding number of different nucleic acids complementary to these partial sequences as analytes ,
  • these different immobilized single-stranded nucleic acids can have a different partial sequence which is common to all and which can serve the purpose of “referencing the immobilization density” as described above.
  • the problem described can be solved with the kit according to the invention and detection methods based thereon.
  • a kit according to the invention it was found that it is possible, using a kit according to the invention, in multianalyt assays for Simultaneous determination of several analytes in a sample to achieve a similarly high sensitivity and reproducibility as previously in a corresponding number of individual assays for the detection of the individual analytes.
  • a referencing reagent that may be used and any signaling components associated therewith do not have an adverse effect on analyte detection.
  • spatially separate or discrete measurement areas (d) are to be defined by the closed area, which biological or biochemical or synthetic recognition elements immobilized there assume for the detection of an analyte from a liquid sample.
  • These surfaces can have any geometry, for example the shape of points, circles, rectangles, triangles, ellipses or strips.
  • optical transparency is understood below to mean that the material characterized by this property should be largely transparent and thus absorption-free at least at one or more excitation wavelengths used to excite one or more luminescence.
  • a preferred embodiment of the kit according to the invention is characterized in that the immobilized recognition elements in the measurement areas each have a general molecular sequence or a general epitope or general molecular recognition group for the purpose of referencing the immobilization density and one or more for recognizing and / or binding different analytes, have different sequence or different epitope or different molecular recognition group.
  • Said general molecular sequence or said general epitope or said general molecular recognition group can occur adjacent to one another for purposes of “referencing the immobilization density” and a different sequence or different epitope or different molecular recognition group for recognizing and / or binding different analytes or in a recognition element To improve the accessibility for an analyte to be detected, however, it is preferred that they are sufficiently far apart from one another within a recognition element so that there is no impediment to the access of an analyte to that for its recognition specific sequence or the epitope specific for its recognition or specific molecular recognition group of the immobilized recognition element comes.
  • the general and the specific recognition section (conceptually comprising recognition sequence, epitope and molecular recognition group) of an immobilized recognition element can be separated from one another by a so-called molecular spacer (for example comprising a chain molecule with hydrocarbon groups).
  • a so-called molecular spacer for example comprising a chain molecule with hydrocarbon groups.
  • sections with a general nucleic acid sequence for the purposes of “referencing the immobilization density”, for example in a hybridization step with fluorescence-labeled oligonucleotides complementary to this general sequence, and with the general nucleic acid sequence chemically linked antibodies or antibody fragments with different, in each case epitopes specific for different analytes can be present within an immobilized biological or biochemical or synthetic recognition element.
  • the said general recognition sections are preferably to be selected such that the presence of a binding partner specific for this general recognition section in a sample to be supplied with analytes to be detected can be largely ruled out, provided that this binding partner does not additionally Sample is added.
  • kits according to the invention are characterized in that, for said purposes, the “referencing rank of the immobilizing rank density” is a referencing reagent for recognition and / or binding to said general sequence or to said general epitope or to said general molecular recognition group in the same Measuring range of immobilized biological or biochemical or synthetic detection elements on the sensor platform co- is immobilized, possibly associated with said immobilized recognition elements.
  • the “referencing rank of the immobilizing rank density” is a referencing reagent for recognition and / or binding to said general sequence or to said general epitope or to said general molecular recognition group in the same Measuring range of immobilized biological or biochemical or synthetic detection elements on the sensor platform co- is immobilized, possibly associated with said immobilized recognition elements.
  • the referencing rank of the immobilizing rank density is a referencing reagent for recognition and / or binding to said general sequence or to said general epitope or to the general molecular recognition group of the immobilized biological or biochemical or synthetic recognition elements on the sensor platform after immobilization of the biological or biochemical or synthetic recognition elements is applied to the measuring areas of the sensor platform.
  • Said "referencing of the immobilization density" i.e. the spatially resolved determination of the density of the immobilized recognition elements in the measurement areas, can be part of a quality control during or after the manufacture of a sensor platform, as part of a kit according to the invention.
  • a referencing reagent for recognition and / or binding to said general sequence or to said general epitope or to said general molecular recognition group of the immobilized biological or biochemical or synthetic recognition elements on the Sensor platform is applied to the measuring areas of the sensor platform in the course of a detection method for determining one or more analytes.
  • Said general molecular sequence or said general epitope or said general molecular recognition group (such as eg biotin) of the immobilized biological or biochemical or synthetic recognition elements can for example be selected from the group consisting of polynucleotides, polynucleotides with artificial bases, PNAs (“peptide nucleic acids” ), PNA's with artificial bases, proteins, antibodies, peptides, oligosaccharides, lectins, etc. is formed.
  • a preferred embodiment is characterized in that said general sequence of the immobilized biological or biochemical or synthetic recognition elements has a length of 5 to 500, preferably 10 to 100 bases.
  • Another preferred embodiment of the kit according to the invention is characterized in that the immobilized detection elements in the measurement areas are each associated with a signal-emitting component as a label. It can also be advantageous if said signaling component changes its signaling properties as a label when an analyte is bound to the respective detection element associated with it.
  • a characteristic common to the various embodiments of a kit according to the invention is that said different sequences or different epitopes or different molecular recognition groups of the immobilized biological or biochemical or synthetic recognition elements are selected from the group consisting of nucleic acids (for example DNA, RNA, oligonucleotides) and nucleic acid analogs (eg PNA) and their derivatives with artificial bases, mono- or polyclonal antibodies, peptides, enzymes, aptamers, synthetic peptide structures, glycopeptides, glycoproteins, oligosaccharides, lectins, soluble, membrane-bound proteins isolated from a membrane, such as For example, receptors, their ligands, antigens for antibodies (z. B.
  • Biotin for streptavidin "histidine tag components” and their complexing partners, cavities generated by chemical synthesis for receiving molecular imprints, etc. born is formed. It is also provided that whole cells, cell components, cell membranes or their fragments are applied as biological or biochemical or synthetic recognition elements.
  • a referencing reagent required for certain embodiments of the kit according to the invention comprises a label which is selected from the group consisting of, for example, luminescence labels, in particular luminescent intercalators or “molecular beacons”, absorption labels, mass labels, in particular metal colloids or plastic beads, Spin labels, such as ESR or NMR labels, radioactive labels are formed.
  • a label which is selected from the group consisting of, for example, luminescence labels, in particular luminescent intercalators or “molecular beacons”, absorption labels, mass labels, in particular metal colloids or plastic beads, Spin labels, such as ESR or NMR labels, radioactive labels are formed.
  • said referencing reagent comprises a luminescence label or absorption label.
  • said referencing reagent can also comprise an intercalator or a "molecular beacon". It is preferred that said intercalator or "molecular beacon" changes its signaling properties in the presence of the referencing reagent. Said referencing reagent can be split off before or in the course of an analytical detection method or can remain associated with the recognition elements.
  • a further advantageous embodiment of the kit according to the invention is characterized in that said referencing reagent comprises a component from the group consisting, for example, of polynucleotides, polynucleotides with artificial bases, PNAs (“peptide nucleic acids”), PNAs with artificial bases, proteins, antibodies, biotin , Streptavidin, peptides, oligosaccharides, lectins, etc. is formed.
  • the quantitative and / or qualitative detection of said large number of analytes comprises the use of one or more signaling components as labels, which can be selected from the group consisting of, for example, luminescent labels, in particular luminescent ones Intercalators or "molecular beacons", absorption labels, mass labels, in particular metal colloids or plastic beads, spin labels, such as ESR or NMR labels, radioactive labels are formed.
  • labels can be selected from the group consisting of, for example, luminescent labels, in particular luminescent ones Intercalators or "molecular beacons", absorption labels, mass labels, in particular metal colloids or plastic beads, spin labels, such as ESR or NMR labels, radioactive labels are formed.
  • the label of the referencing reagent and / or an analyte detection possibly based on absorption and / or luminescence detection is based on the use of labels with the same or different absorption and / or luminescence wavelength.
  • a special embodiment based on recognition elements immobilized in the measurement areas, each with an associated signal-emitting component as a label, is characterized in that said label also serves for an analyte detection in addition to referencing the immobilization density of the recognition elements.
  • said label can be a fluorescent intercalator, which, when bound to a single-stranded nucleic acid as the immobilized recognition element, delivers a signal that is very weak but still measurable, from which the density of the recognition elements immobilized in the corresponding measuring ranges can be determined.
  • the fluorescence intensity of the sample can be greatly increased Intercalators come, based on which the analyte in question is then detected qualitatively and / or quantitatively in this measuring range.
  • the analyte detection be based on determining the change in one or more luminescences.
  • a possible embodiment is characterized in that the excitation light is irradiated by one or more light sources for generating signals of signal-generating components for the purposes of chemical referencing and / or for the detection of one or more analytes in an incident light arrangement.
  • the material of the sensor platform that is in contact with the measurement areas is transparent or absorbent within a depth of at least 200 nm from the measurement areas with at least one excitation wavelength.
  • excitation light is irradiated by one or more light sources for generating signals of signal-generating components for the purpose of referencing the immobilization density and / or for the detection of one or more analytes in a transmission light arrangement.
  • the material of the sensor platform is transparent at at least one excitation wavelength.
  • a preferred embodiment of a kit according to the invention is characterized in that the sensor platform is designed as an optical waveguide, which is preferably essentially planar.
  • the sensor platform preferably comprises a material from the group consisting of silicates, e.g. B. glass or quartz, transparent thermoplastic or sprayable plastic, for example polycarbonate, polyimide, acrylates, in particular polymethyl methacrylate, or polystyrenes is formed.
  • a particularly preferred embodiment of a kit according to the invention is characterized in that the sensor platform has an optical thin-film waveguide with a in the case of at least one excitation wavelength, comprises a transparent layer (a) on a layer (b) with a lower refractive index than layer (a), which is likewise transparent at at least this excitation wavelength.
  • the excitation light from one or more light sources is coupled into the optical waveguide by means of a method which is selected from the group consisting of end face coupling and decoupling via attached optical fibers as light guides, Prism coupling, grating coupling or evanescent coupling by overlapping the evanescent field of said optical waveguide with the evanescent field of a further waveguide that is brought into close-field contact is formed.
  • the aim should be to avoid the generation of reflections of irradiated excitation light as much as possible, since these generally lead to an increase in background signals, essentially disadvantageously.
  • the occurrence of reflections is to be expected in principle each time the excitation light passes through optical interfaces to media with different refractive indices.
  • the excitation light from one or more light sources is coupled into the optical waveguide by means of an optical coupling element in contact therewith, which is selected from the group of optical fibers as light guides, prisms, optionally via a liquid that adjusts the refractive index, and grid couplers.
  • An embodiment of the kit according to the invention is particularly preferred, which is characterized in that the excitation light from one or more light sources is coupled into the layer (a) by means of one or more grating structures (c) modulated in the layer (a).
  • Suitable geometric arrangements of such lattice structures for a sensor platform as part of a kit according to the invention are in turn, for example, in the patents US 5,822,472, US 5,959,292 and US 6,078,705 and in the patent applications WO 96/35940, WO 97/37211, WO 98/08077, WO 99/58963 , PCT / EP 00/04869 and PCT / EP 00/07529 and are also part of the present invention as an integral part of a kit according to the invention.
  • the sensor platform comprises uniform, unmodulated regions of the layer (a), which are preferably arranged in the direction of propagation of the excitation light coupled in via a lattice structure (c) and guided in the layer (a).
  • lattice structures (c) can be used to couple excitation light to the measuring areas (d) and / or to couple luminescent light fed back into layer (a).
  • the sensor platform will therefore comprise a plurality of lattice structures (c) of the same or different periods with optionally adjoining uniform, unmodulated regions of the layer (a) on a common, continuous substrate.
  • a grating structure (c) to which an unmodulated region of the layer (a) is directed in the direction of propagation of the light that is coupled in and guided in the layer (a).
  • a grating structure to which an unmodulated region of the layer (a) is directed in the direction of propagation of the light that is coupled in and guided in the layer (a).
  • this is advantageously followed by a further lattice structure with a further array of measurement areas located behind it, etc.
  • the light guided in layer (a) is in each case coupled out again.
  • each array of measurement areas following in the direction of propagation of the coupled-in excitation light is assigned a grating structure (c) specific to this array for decoupling this excitation light, wherein the grating structures can be formed specifically for individual arrays perpendicular to the direction of propagation of the coupled-in excitation light or can also be can extend over the entire sensor platform in this direction.
  • the coupling-in grating of an array following in the direction of propagation of an excitation light guided in the layer (a) of a sensor platform serves as coupling-out grating for the excitation light coupled in on the coupling-in grating of the array preceding in said direction of propagation.
  • the sensor platform comprises a superposition of 2 or more grating structures of different periodicity with parallel or non-parallel, preferably non-parallel alignment of the grating lines , which is used for coupling excitation light of different wavelengths, the grating lines in the case of 2 superimposed grating structures preferably being oriented perpendicular to one another.
  • the subdivision of the sensor platform into areas with lattice structures and subsequent unmodulated areas means that the space required for a single array of measuring areas between successive lattice structures (including at least one assigned lattice structure) cannot fall below a certain minimum, which the current technical possibilities for generating the lattice structures and for coupling in a suitable excitation light bundle are in the order of magnitude of approximately 0.1 mm to 1 mm. It is therefore particularly advantageous for arrangements in which a large number of small-area arrays is desired if a lattice structure (c) or a superposition of a plurality of lattice structures in layer (a) is modulated essentially over the entire area of the sensor platform.
  • optically or mechanically recognizable markings on the sensor platform to facilitate the adjustment in an optical one System and / or for connection to sample containers are applied as part of an analytical system.
  • a further embodiment of the arrangement according to the invention is that between the optically transparent layers (a) and (b) and in contact with layer (a) there is another optically transparent layer (b ') with a lower refractive index than that of the layer (a ) and a thickness of 5 nm - 10000 nm, preferably of 10 nm - 1000 nm.
  • the simplest form of immobilization of the biological or biochemical or synthetic recognition elements consists in physical adsorption, for example as a result of hydrophobic interactions between the recognition elements and the base plate.
  • these interactions can be greatly changed in their extent by the composition of the medium and its physicochemical properties, such as polarity and ionic strength.
  • the adhesion of the recognition elements after purely adsorptive immobilization on the surface is often inadequate.
  • the adhesiveness is improved in that an adhesion-promoting layer (f) is applied to the sensor platform for immobilizing biological or biochemical or synthetic recognition elements.
  • the adhesion-promoting layer can also serve, in particular in the case of biological or biochemical recognition elements to be immobilized, to improve the "biocompatibility" of their surroundings, ie to maintain the binding capacity in comparison to their natural biological or biochemical surroundings, and in particular to avoid denaturation. It is preferred that the adhesion promoting layer (f) has a thickness of less than 200 nm, preferably less than 20 nm. A large number of materials are suitable for producing the adhesion-promoting layer.
  • adhesion promoting layer (f) comprise one or more chemical compounds from the groups that functionalized silanes Silanes, epoxides, functionalized, charged or polar polymers and "self-organized passive or functionalized mono- or multilayers" include.
  • kits according to the invention are immobilized in spatially separated measuring areas (d). These spatially separated measuring areas (d) can be generated by spatially selective application of biological or biochemical or synthetic detection elements on the sensor platform. A large number of known processes are suitable for the application.
  • one or more methods from the group of methods used by "inkjet spotting", mechanical spotting by means of pen, pen or capillary, "micro.” are used to apply the biological or biochemical or synthetic recognition elements to the sensor platform contact printing ", fluidic contacting of the measuring areas with the biological or biochemical or synthetic recognition elements by their supply in parallel or crossed microchannels under the influence of pressure differences or electrical or electromagnetic potentials" as well as photochemical and photolithographic immobilization processes.
  • kits according to the invention are that the density of the detection elements immobilized in discrete measurement areas for the detection of different analytes on different measurement areas is selected such that the luminescence signals in the detection of different analytes in a common array are of the same order of magnitude, that is to say that if necessary the associated calibration curves for the analyte determinations to be carried out simultaneously can be recorded without changing the electronic or optoelectronic system settings.
  • kits according to the invention are characterized in that arrays of measurement areas are divided into segments of one or more measurement areas for determining analytes and areas between these measurement areas or additional measurement areas for the purposes of physical referencing, such as the excitation light intensity available in the measurement areas or the influence of changes in external parameters, such as temperature, and for the purpose of referencing the influence of additional physico-chemical parameters.
  • meters such as non-specific binding to the sensor platform of components of an applied sample.
  • two or more arrays it is advantageous for two or more arrays to have a similar geometric arrangement of measurement areas and / or segments of measurement areas for the determination of similar ones Have analytes on these arrays.
  • one or more arrays comprise segments of two or more measuring ranges with biological or biochemical or synthetic recognition elements of the same type within the segment for analyte determination or referencing.
  • the kit according to the invention with a large number of measuring ranges in discrete arrays, a large number of which in turn can be arranged on a common sensor platform offers the possibility of using relatively small amounts of sample solutions, reagents or, if appropriate, calibration solutions on one and the same platform, under largely identical conditions, many types of duplications or multiple executions of the same measurements can be carried out. In this way, for example, statistical data can be generated in a single measurement, for which a large number of individual measurements with a correspondingly longer total measurement time and higher consumption of sample and reagent quantities are conventionally required. It is preferred that 2 or more identical measurement areas are provided within a segment or array for the detection of each analyte or for referencing.
  • said identical measuring ranges can be in a continuous Row or column or diagonals of an array or segment of measurement areas can be arranged.
  • the aspects of referencing can relate to physical or physico-chemical parameters of the sensor platform, such as local differences in the excitation light intensity (see also below), as well as influences of the sample, such as its pH, ionic strength, refractive index, temperature etc.
  • said identical measuring ranges are arranged statistically within an array or segment of measuring ranges.
  • the immobilized recognition elements are generally selected so that they recognize and bind the analyte to be detected with the highest possible specificity. In general, however, it is to be expected that non-specific attachment of analyte molecules to the surface of the base plate will also take place, in particular if reactive clearances are still present between the detection elements immobilized in the measurement areas. It is therefore preferred that areas between the spatially separated measurement areas are "passivated” in order to minimize non-specific binding of analytes or their detection substances, i.e.
  • “chemically neutral” compounds are applied between the spatially separated measuring areas (d) with respect to the analyte, preferably consisting, for example, of the groups derived from albumins, in particular bovine serum albumin or human serum albumin, casein, non-specific, polyclonal or monoclonal, alien or empirically for the analyte or analytes to be detected non-specific antibodies (in particular for immunoassays), detergents - such as, for example, Tween 20 -, fragmented natural or synthetic DNA that does not hybridize with the polynucleotides to be analyzed, such as, for example, an extract of herring or salmon sperm (in particular for polynucleotide hybridization assays) , or also uncharged, but hydrophilic polymers, such as polyethylene glycols or dextrans, are formed.
  • albumins in particular bovine serum albumin or human serum albumin, casein, non-specific, polyclonal or monoclonal, alien or empirically
  • kits according to the invention are advantageous for many, if not the majority, of applications in which an adhesion promoter layer was applied to the sensor platform before the immobilization of the biological or biochemical or synthetic recognition elements.
  • Preferred embodiments are those which are characterized in that the function of passivating areas between the spatially separated measurement areas for minimizing non-specific binding of analytes or their detection substances is performed by applying said adhesion-promoting layer on the sensor platform without applying additional substances.
  • the kit according to the invention can comprise a very large number of individual measuring ranges. It is preferred that up to 100,000 measuring ranges are arranged in a 2-dimensional arrangement and that a single measuring range occupies an area of 0.001-6 mm 2 . Preferably, more than 100, more preferably more than 1000, even more preferably more than 10,000 measuring ranges are arranged on a sensor platform as part of the kit according to the invention.
  • Another object of the invention is an embodiment of the kit according to the invention, in which the upper side of the sensor platform with the measurement areas generated thereon is brought together with another body above the optically transparent layer (a) in such a way that one or more are provided between the sensor platform as the base plate and said body spatial cutouts for generating one or more sample containers fluidly sealed against one another are produced, in each of which there are one or more measuring areas or segments or arrays of measuring areas.
  • sample containers are designed as flow cells that are fluidically sealed from one another, each having at least one inlet and at least one outlet, and optionally additionally leading at least one outlet of each flow cell into a reservoir that is fluidly connected to this flow cell and that emerges from the flow cell Absorbs liquid.
  • the optionally additionally available reservoir for receiving liquid emerging from the flow cell is designed as a recess in the outer wall of the body brought together with the sensor platform as the base plate.
  • spatial structures are formed on the sensor platform as the base plate in the grid of the array of the flow cells to be generated. These structures on the base plate can form, for example, the walls or parts of the walls, such as plinths, between the flow cells arranged next to and behind one another, which are produced by bringing the base plate together with a correspondingly shaped body.
  • recesses it is also possible for recesses to be formed in the sensor platform in order to generate the spatial recesses between the sensor platform as the base plate and the body brought together with it.
  • a further embodiment consists in that recesses are formed in said body in order to produce the recesses between the base plate and the body brought together therewith.
  • the base plate is essentially planar.
  • the body to be brought together with the base plate for producing the array of flow cells can consist of a single workpiece.
  • the body brought together with the base plate is composed of several parts, the assembled components of said body preferably forming an irreversibly joined unit.
  • the body brought together with the base plate comprises auxiliary measures which facilitate the joining together of said body and the base plate.
  • the arrangement preferably comprises a multiplicity, ie 2 to 2000 sample containers, preferably 2 to 400, particularly preferably 2 to 100 sample containers.
  • a multiplicity ie 2 to 2000 sample containers, preferably 2 to 400, particularly preferably 2 to 100 sample containers.
  • the sample containers are open on the side of the body which is brought together with the sensor platform as the base plate and is opposite the measurement areas.
  • the grid (sequence in rows and / or columns) of the sample containers corresponds to the grid of the wells of a standard microtiter plate.
  • Another embodiment of the arrangement of sample containers as part of the kit according to the invention is characterized in that it is closed by an additional closure, for example a film, membrane or cover plate.
  • the receptivity of the flow cells can be varied within a wide range, so that the internal volume of each sample container is typically 0.1 ⁇ l - 1000 ⁇ l, preferably 1 ⁇ l - 20 ⁇ l.
  • the internal volumes of different flow cells of an arrangement can be the same or different.
  • the depth of the recesses between the sensor platform as the base plate and the body joined therewith is 1 to 1000 ⁇ m, particularly preferably 20 to 200 ⁇ m.
  • the size of the recesses in an array can be uniform or different, and the size surfaces can have any, preferably rectangular or polygonal or other geometry.
  • the lateral dimensions of the base areas can be varied within a wide range, typically the base areas of the recesses between the base plate and the body joined therewith each being 0.1 mm 2 - 200 mm 2 , preferably 1 mm 2 - 100 mm 2 .
  • the corners of the bases are rounded. Rounded corners have a favorable effect on the flow profile and facilitate the removal of any gas bubbles that may have formed from the flow cells or prevent their formation.
  • multi-channel pipettors can be used for manual or automatic reagent application, in which the individual pipettes are arranged in one- or two-dimensional arrays, provided the arrangement of sample containers is as Part of the kit according to the invention which has inlets in the corresponding grid.
  • the grid (sequence in rows and columns) of the arrangement therefore preferably corresponds to the grid of the wells of standard microtiter plates.
  • An arrangement of 8 x 12 wells with a (centram-to-centram) spacing of approx. 9 mm has been established as an industrial standard. Smaller arrays with 3, 6, 12, 24 and 48 wells are equally compatible with this. It is also possible to combine several arrangements of sample containers according to the invention with such smaller arrays of flow cells in such a way that the individual inlets of said flow cells are arranged in an integral multiple of the distance of approximately 9 mm.
  • plates with 384 and 1536 wells, an integral multiple of 96 wells on the same footprint with a correspondingly reduced well spacing, have also been used, which are also to be referred to as standard microtiter plates.
  • the outer basic dimensions of the arrangement of sample containers, as part of the kit according to the invention preferably correspond to the grand dimensions of these standard microtiter plates.
  • a further special embodiment of the invention is an arrangement of, for example, 2 to 8 sample containers as part of the kit according to the invention, with the properties mentioned above, in one column or, for example, 2 to 12 sample containers in a row, which on the other side is supported by a carrier ("meta carrier") are joined together with the dimensions of standard microtiter plates in such a way that the grid (sequence in rows or columns) of the inflows of the sample containers corresponds to the grid of the wells of a standard microtiter plate.
  • a carrier metal carrier
  • the grid (sequence in rows or columns) of the inflows of the flow cells corresponds to the grid of the wells of a standard microtiter plate, i.e. an integral multiple of 9 mm (corresponding to 96 - Corrugated plate) or of 4.5 mm (corresponding to 384-well plate, see above) or of 2.25 mm (corresponding to 1536-well plate, see above).
  • sample containers can of course also be designed in a different grid.
  • the materials for the body brought together with the sensor platform as the base plate and any additional cover plate that may be used must meet the requirements for the planned use of the arrangement. Depending on the specific application, these requirements relate to chemical and physical resistance, for example against acidic or basic media, salts, alcohols or detergents as components of aqueous solutions, or formamide, temperature resistance (for example between -30 ° C and 100 ° C) , possible similar thermal expansion coefficients of the base plate and the body brought together, optical properties (eg freedom from fluorescence, reflectivity), machinability etc. It is preferred that the material of the body brought together with the base plate and an optional additional closure is selected from the same category as the material of the "meta carrier".
  • the components mentioned (body combined with the sensor platform as the base plate, cover plate) can each consist of a uniform material and also comprise a mixture or layer-by-layer or lateral connection of different materials, the materials being able to replace one another.
  • An essential aspect of the present invention is the possibility of spatially resolved referencing of the available excitation light intensity.
  • the available excitation light intensities of an illuminated area are essentially determined by the excitation light density in the cross section of the excitation light bundle.
  • Local variations in the properties of the illuminated area (such as a glass plate) have only a secondary influence here.
  • there are local variations in the physical parameters of the sensor platform such as the coupling efficiency of the grating structure (c) for coupling the excitation light into the optically transparent layer (a), or local variations in the propagation losses of a guided mode in the optically transparent Layer (a), vital.
  • kits according to the invention which are characterized in that the precautions for spatially resolved referencing of the excitation light intensity available in the measuring ranges include the simultaneous or sequential generation of an image of the light emitted by the sensor platform at the excitation wavelength. It is assumed that the scattered light losses are essentially proportional to the locally guided light intensity. The scattered light losses are mainly determined by the surface roughness and homogeneity of the optically transparent layer (a) and the substrate located below (optically transparent layer (b)).
  • this type of referencing enables a reduction in the locally available excitation light intensity in its direction of propagation to be taken into account if this was done, for example, by absorption of excitation light by a high local concentration in the evanescent field of layer (a) of molecules that absorb at the excitation wavelength.
  • the precautions for spatially resolved referencing of the excitation light intensity available in the measurement areas include the simultaneous or sequential generation of an image of the light emitted by the sensor platform at the luminescence wavelength. Both methods can of course also be combined with one another. When creating a reference image, different influences of the imaging optics on the acquisition of the measurement signals should be excluded. It is therefore preferred that the image of the excitation light emitted by the sensor platform is created via the same optical path as the detection of the luminescence originating from the measurement areas.
  • the precautions for spatially resolved referencing of the excitation light intensity available in the measurement areas include the simultaneous or sequential generation of an image of the light emitted by the sensor platform at an excitation wavelength other than for excitation of a luminescence. It is further preferred that the spatial resolution of the image for referencing the excitation light emitted by the sensor platform on the sensor platform is better than 100 ⁇ m, preferably better than 20 ⁇ m. Provided that such a spatial resolution is provided, it is further preferred that the precautions for spatially resolved referencing of the excitation light intensity available in the measurement areas include determining the background signal at the respective luminescence wavelength next to or between the measurement areas.
  • kits according to the invention are characterized in that the spatially resolved referencing of the excitation light intensity available in the measurement areas by means of "luminescence marker spots", i.e.
  • the luminescence intensity is determined from measurement areas with pre-immobilized (i.e., already applied in these measurement areas before adding a sample) luminescence-labeled molecules. It is preferred that the “luminescence marker spots” are applied in a grid that spans the entire sensor platform.
  • position-resolving detectors such as CCD cameras
  • CCD cameras are preferably used for the signal detection.
  • These are characterized by the fact that their photosensitive elements (pixels) have a specific (especially thermal) background signal, which determines the lower threshold of the detection of a local light signal, and also have a maximum capacity (saturation) for the detection of high light intensities.
  • the difference between these threshold values determines the dynamic range of the signal detection for a given exposure time.
  • Both the luminescence signals to be detected for analyte detection and the reference signals should move within this dynamic range. It is advantageous if both signals are of the same order of magnitude, ie differ by no more than one or two powers of ten, for example.
  • this can be achieved, for example, by selecting the density of the luminescence-labeled molecules within a "luminescence marker spot" by means of a mixture with similar, unlabeled molecules during immobilization in such a way that the luminescence intensity from the areas of the luminescence marker spots is of a similar order of magnitude as the luminescence intensity of the from the measuring ranges provided for an analyte detection.
  • the density and concentration of the luminescence-labeled molecules within the "luminescence marker spots" within an array should preferably be uniform across the entire sensor platform.
  • its spatial resolution is essentially determined by the density of the "luminescent marker spots" within an array or on the entire sensor platform.
  • the distance and / or the size of different "luminescence marker spots” are preferably matched to the desired spatial resolution when determining the luminescence intensities from the discrete measurement areas.
  • each array on the sensor platform include at least one "luminescent marker spot”. It is advantageous if there is at least one adjacent “luminescence marker spot” for each segment of measurement areas for determining an analyte. It is particularly advantageous if each measurement area is surrounded by “luminescence marker spots”.
  • each array comprises a continuous row and / or column of “luminescence marker spots” parallel and / or perpendicular to the direction of propagation of the coupled excitation light, for determining the two-dimensional distribution of the coupled excitation light in the area of said array.
  • the precautionary measures for spatially resolved referencing of the excitation light intensity available in the measuring ranges comprise averaging over several spatially resolved reference signals.
  • excitation light intensities that do not vary statistically, but systematically, in the form of a gradient that is present over certain distances it can be advantageous if the expected value of the excitation light intensity of a measurement range lying between different areas for spatially resolved referencing range is interpolated.
  • kits according to the invention relate to precautions to calibrate luminescence signals recorded in the presence of one or more analytes.
  • said precautions for calibration of luminescences generated as a result of the binding of one or more analytes or as a result of the specific interaction with one or more analytes include the addition of calibration solutions with known concentrations of the analytes to be detected to a predetermined number of arrays. For example, it is possible that 8-12 arrays of a sensor platform are provided for calibration purposes.
  • the kit according to the invention enables a further possibility of calibration that has not been described previously. This consists in the fact that it is essentially not necessary to put a large number of calibration solutions with different, known concentrations on one or more arrays, but in the measuring ranges provided for calibration purposes, the biological or biochemical or synthetic recognition elements used for analyte detection in known, but to immobilize different local concentrations.
  • a calibration curve can be generated by adding different calibration solutions of different analyte concentrations to an array with detection elements in a single constant immobilization density
  • the invention therefore furthermore relates to a kit which is characterized in that in one or more arrays there are in each case a plurality of measurement areas with biological or biochemical or synthetic recognition elements immobilized there in a different, controlled density for the detection of an analyte common to these measurement areas. It is particularly preferred that with known concentration dependence of the binding signals between an analyte and its biological or biochemical or synthetic recognition elements and a sufficiently large "variation" of these in different controlled densities in different Measuring areas of an array of immobilized detection elements can be created by adding a single calibration solution to this array, a calibration curve for this analyte.
  • Another object of the invention is the use of a kit according to one of the abovementioned embodiments in an analytical system for determining one or more luminescences.
  • Another object of the invention is an analytical system with any embodiment of the kit according to the invention, characterized in that it additionally comprises at least one detector for detecting one or more luminescences.
  • Another object of the invention is an analytical system for determining one or more luminescence, with
  • At least one detector for detecting the light emanating from one or more measuring ranges (d) on the sensor platform.
  • a possible embodiment of the analytical system is characterized in that the excitation light is irradiated to the measurement areas in an incident light or transmission light arrangement.
  • a preferred embodiment of the analytical system according to the invention is characterized in that the excitation light emitted by the at least one excitation light source is essentially parallel and at the resonance angle for coupling into the optically transparent layer (a) onto a grating structure (c) modulated in layer (a) ) is irradiated.
  • the excitation light is expanded by at least one light source with an expansion optic to form an essentially parallel beam and at the resonance angle for coupling into the optically transparent one Layer (a) is irradiated onto a large-area lattice structure (c) modulated in layer (a).
  • the detection of the luminescent light takes place in such a way that the luminescent light coupled out from a lattice structure (c) or (c ') is also detected by the detector.
  • the analytical system according to the invention additionally comprises feed access means in order to bring the one or more samples into contact with the measurement areas on the sensor platform.
  • Another object of the invention is a method for the simultaneous qualitative and / or quantitative detection of a large number of analytes with a kit according to the invention according to one of the aforementioned embodiments and / or using an analytical system according to the invention according to one of the aforementioned embodiments, characterized in that for the purposes of "referencing the immobilization density", ie for the spatially resolved determination of the density of the immobilized biological or biochemical or synthetic recognition elements in the measurement areas, these recognition elements are each associated with a signaling component as a label and / or said recognition elements have a specific molecular sequence or a specific one have a molecular epitope or a specific molecular recognition group, followed by a detection reagent (referencing reagent), optionally with a associated signaling component as a label, for determining said density of immobilized recognition elements, and that the signals of said signaling components are recorded in a spatially resolved manner.
  • referencing the immobilization density ie for the spatially resolved determination of the density of the im
  • the determination of the immobilization density of the biological or biochemical or synthetic recognition elements on the sensor platform and the detection of said plurality of analytes can be carried out independently of one another.
  • the determination of the immobilization density of the biological or biochemical or synthetic recognition elements on the sensor platform can be part of the quality control during or after the production of said sensor platform.
  • a preferred embodiment of the method according to the invention is characterized in that the immobilized recognition elements in the measurement areas each have a general molecular sequence or a general epitope or a general molecular recognition group for the purpose of referencing the immobilization density and one for recognizing and / or binding different analytes Sequence or different epitope or different molecular recognition group.
  • Said general molecular sequence or said general epitope or said general molecular recognition group can be used for the purposes of referencing the immobilization density and a different sequence or different epitope or different molecular recognition group for the recognition and / or binding of different analytes can occur in a recognition element.
  • an analyte to be detected it is preferred that they are sufficiently far apart from one another within a recognition element so that there is no impediment to the access of an analyte to the sequence specific for its recognition or the epitope or molecular recognition group specific for its recognition of the immobilized recognition element comes.
  • the general and the specific recognition section (conceptually comprising recognition sequence and epitope) of an immobilized recognition element can be separated from one another by a so-called molecular spacer (for example comprising a chain molecule with hydrocarbon groups).
  • sections with a general nucleic acid sequence can also be used for the purposes of "referencing the immobilization density", for example in a hybridization step with fluorescence-labeled oligonucleotides complementary to this general sequence, and with the general one Nucleic acid sequence include chemically linked antibodies or antibody fragments with different recognition epitopes, each of which is specific for different analytes.
  • Nucleic acid sequence include chemically linked antibodies or antibody fragments with different recognition epitopes, each of which is specific for different analytes.
  • a possible cross-reactivity between the (specific) binding of an analyte to be detected to the specific recognition section intended for it and a possible (non-specific) binding to the general recognition section of an analyte should ideally be zero, ideally zero.
  • the said general recognition sections are preferably to be selected such that the occurrence of a binding partner specific for this general recognition section in a sample to be supplied with analytes to be detected therein can be largely ruled out, provided that this binding partner does not additionally Sample is added.
  • the referencing rank of the immobilizing density is a referencing reagent for recognition and / or binding to said general sequence or to said general epitope or to said general molecular recognition group of those immobilized in the same measuring range biological or biochemical or synthetic recognition elements is co-immobilized on the sensor platform, possibly associated with said immobilized recognition elements.
  • a referencing reagent for recognition and / or binding to said general sequence or to said general epitope or to the general molecular recognition group of the immobilized biological or biochemical or synthetic recognition elements on the sensor platform after immobilization of the biological or biochemical or synthetic recognition elements is applied to the measuring areas of the sensor platform.
  • Said "referencing of the immobilization density”, ie the spatially resolved determination of the density of the immobilized recognition elements in the measurement areas can be part of a quality control during or after the manufacture of a sensor platform, as part of a method according to the invention.
  • a referencing reagent for recognition and / or binding to said general sequence or to said general epitope of the immobilized biological or biochemical or synthetic recognition elements on the sensor platform in the course of a detection method for the determination one or more analytes is applied to the measuring areas of the sensor platform.
  • Said general molecular sequence or said general epitope or said general molecular recognition group (such as, for example, biotin) of the immobilized biological or biochemical or synthetic recognition elements can be selected, for example, from the group of polynucleotides, polynucleotides with artificial bases, PNAs (“peptide nucleic acids”) ), PNA's with artificial bases, proteins, antibodies, peptides, oligosaccharides, lectins, etc. is formed.
  • a preferred embodiment is characterized in that said general sequence of the immobilized biological or biochemical or synthetic recognition elements has a length of 5 to 500, preferably 10 to 100 bases
  • Another preferred embodiment of the method according to the invention is characterized in that the immobilized detection elements in the measurement areas are each associated with a signal-emitting component as a label. It can also be advantageous if said signaling component changes its signaling properties as a label when an analyte is bound to the respective detection element associated with it.
  • a characteristic common to the various embodiments of a method according to the invention mentioned is that said different sequences or different epitopes of the immobilized biological or biochemical or synthetic recognition elements are selected from the Grappe, which are derived from nucleic acids (for example DNA, RNA, oligonucleotides) and nucleic acid analogs (e.g. .
  • PNA PNA
  • PNA protein-binding protein
  • enzymes aptamers
  • synthetic peptide structures glycopeptides, glycoproteins, oligosaccharides, lectins, soluble, membrane-bound proteins isolated from a membrane, such as receptors, their ligands, Antigens for Antibodies, "histidine tag components" and their complex formation partners, cavities generated by chemical synthesis for the absorption of molecular imprints, etc. are formed. It is also provided that whole cells, cell components, cell membranes or their fragments are applied as biological or biochemical or synthetic recognition elements.
  • a referencing reagent required for certain embodiments of the method according to the invention comprises a label which is selected from the grappa, which is used, for example, by luminescence labels, in particular luminescent intercalators or “molecular beacons”, absorption labels, mass labels, in particular metal colloids or plastic beads, spin- Labels, such as ESR or NMR labels, radioactive labels are formed.
  • luminescence labels in particular luminescent intercalators or “molecular beacons”
  • absorption labels mass labels, in particular metal colloids or plastic beads
  • spin- Labels such as ESR or NMR labels
  • said referencing reagent comprises a luminescence label or absorption label.
  • said referencing reagent can also comprise an intercalator or a "molecular beacon". It is preferred that said intercalator or "molecular beacon" changes its signaling properties in the presence of the referencing reagent.
  • Said referencing reagent can be split off before or in the course of an analytical detection method or can remain associated with the recognition elements.
  • a further advantageous embodiment of the method according to the invention is characterized in that said referencing reagent comprises a component from the Grappe, of polynucleotides, polynucleotides with artificial bases, PNAs (“peptide nucleic acids”), PNAs with artificial bases, proteins, antibodies, biotin, streptavidin , Peptides, oligosaccharides, lectins, etc. is formed
  • the quantitative and / or qualitative detection of said multitude of analytes comprises the use of one or more signaling components as labels, which can be selected from the grapple, for example luminescent labels, in particular luminescent ones Intercalators or "molecular beacons", absorption labels, mass labels, in particular metal colloids or plastic beads, spin labels, such as ESR or NMR labels, radioactive labels are formed.
  • labels which can be selected from the grapple, for example luminescent labels, in particular luminescent ones Intercalators or "molecular beacons", absorption labels, mass labels, in particular metal colloids or plastic beads, spin labels, such as ESR or NMR labels, radioactive labels are formed.
  • the label of the referencing reagent and / or an analyte detection possibly based on absorption and / or luminescence detection is based on the use of labels with the same or different absorption and / or luminescence wavelength.
  • a special embodiment based on recognition elements immobilized in the measurement areas, each with an associated signal-emitting component as a label, is characterized in that said label also serves for an analyte detection in addition to referencing the immobilization density of the recognition elements.
  • said label can be a fluorescent intercalator, which, when bound to a single-stranded nucleic acid as the immobilized recognition element, delivers a signal that is very weak but still measurable, from which the density of the recognition elements immobilized in the corresponding measuring ranges can be determined.
  • the analyte detection be based on determining the change in one or more luminescences.
  • a possible embodiment is characterized in that the excitation light is irradiated by one or more light sources for generating signals of signal-generating components for the purpose of referencing the immobilization density and / or for detecting one or more analytes in an incident light arrangement.
  • AusNewangsformen are characterized in that the excitation light from one or more light sources for generating signals of signal-generating components for the purpose of Referenzierang the Immobilisierangs Why and / or for the detection of one or more analytes is irradiated in a transmitted light arrangement.
  • a preferred object of the invention is an embodiment of the method according to the invention, which is characterized in that the sensor platform is designed as an optical waveguide, which is preferably essentially planar, and in that the excitation light is coupled into the optical waveguide by means of one or more light sources a method which is selected from the group consisting of end face coupling, coupling via attached optical fibers as light guides, prism coupling, grating coupling or evanescent coupling by overlapping the evanescent field of said optical waveguide with the evanescent field of a further waveguide which is brought into near-field contact ,
  • the excitation light from one or more light sources is coupled into the optical waveguide by means of an optical coupling element that is in contact therewith, which is selected from the group of optical fibers as light guides, prisms, optionally via a refractive index-adjusting liquid, and grating couplers ,
  • Such an embodiment of the method according to the invention is particularly preferred, which is characterized in that the sensor platform has an optical thin-film waveguide with a layer (a) transparent at at least one excitation wavelength on a layer (b) which is also transparent at at least this excitation wavelength and has a lower refractive index than layer ( a) and that the excitation light from one or more light sources is coupled into the layer (a) by means of one or more grating structures (c) modulated in the layer (a).
  • This embodiment of the method can be carried out in such a way that one or more liquid samples to be examined for said analytes are brought into contact with the measurement areas on the sensor platform, one or more luminescences generated in the near field of layer (a) from those with said sample or said Samples brought into contact with measurement areas, as a result of the binding of one or more analytes to the biological or biochemical or synthetic recognition elements immobilized in said measurement areas or the interaction between said analytes and said immobilized recognition elements, and if necessary additionally in a spatially resolved manner those available in said measurement areas Excitation light intensity is referenced. It is preferred that (1) the isotropically emitted luminescence or (2) the luminescence or luminescence of both components (1) and (2) coupled into the optically transparent layer (a) and coupled out via lattice structures (c) are measured simultaneously.
  • a luminescent dye or luminescent nanoparticle is used as the luminescent label to generate the luminescence, which can be excited and emitted at a wavelength between 300 nm and 1100 nm.
  • the luminescence label be bound to the analyte or in a competitive assay to an analog of the analyte or in a multi-stage assay to one of the binding partners of the immobilized biological or biochemical or synthetic recognition elements or to the biological or biochemical or synthetic recognition elements.
  • Another embodiment of the method is characterized in that a second or even further luminescence label with the same or different excitation wavelength as the first luminescence label and the same or different emission wavelength is used.
  • the second or even more luminescent label can be excited at the same wavelength as the first luminescent dye, but emit at other wavelengths.
  • a variant of the method consists in that charge or optical energy transfer from a first luminescent dye serving as donor to a second luminescent dye serving as acceptor is used to detect the analyte.
  • Another possible embodiment of the method is that the extent of the quenching of one or more luminescences is determined. Another embodiment of the method is characterized in that, in addition to the determination of one or more luminescences, changes in the effective refractive index on the measurement areas are determined.
  • a further development of the method is characterized in that the one or more luminescences and / or determinations of light signals are carried out polarization-selectively at the excitation wavelength.
  • the one or more luminescences are measured with a different polarization than that of the excitation light.
  • a preferred embodiment of the method according to the invention is characterized in that the density of the detection elements immobilized in discrete measurement areas for the detection of different analytes on different measurement areas is selected such that the luminescence signals when detecting different analytes in a common array are of the same order of magnitude, that is to say that the associated calibration curves for the analyte determinations to be carried out simultaneously without changing the electronic or optoelectronic system settings.
  • a further development of the method is characterized in that arrays of measuring ranges are divided into segments of one or more measuring ranges for the determination of analytes and ranges between these measuring ranges or additional measuring ranges for purposes of physical referencing, such as the excitation light intensity or available in the measuring ranges the influence of changes in external parameters, such as temperature, and for the purpose of referencing the influence of additional physico-chemical parameters, such as non-specific binding to the sensor platform of components of an applied sample.
  • Non-specific binding components of an applied sample can be, for example, the one or more analytes themselves, detection reagents added to the sample for analyte detection, for example secondary, luminescence-labeled antibodies in a sandwich immunoassay, or components of the sample matrix, especially if the sample medium is, for example is a body fluid and the sample has not been subjected to any further cleaning steps.
  • the areas provided for this purpose can, for example, have been “passivated” on a sensor platform, ie coated with a compound “chemically neutral” with respect to the analyte, as described above as a measure to reduce non-specific binding.
  • Such an embodiment of the method according to the invention is advantageous for such applications, in which one or more measuring ranges of a segment or an array are assigned to the determination of the same analyte and whose immobilized biological or biochemical recognition elements have different affinities for said analyte.
  • the recognition elements are expediently selected such that their affinities for different, (bio) chemically similar analytes change in different, characteristic ways.
  • the identity of the analyte can then be determined from the entirety of the signals from different measurement areas with different detection elements for a single analyte, in a manner comparable to a fingerprint.
  • two or more arrays have a similar geometric arrangement of measuring ranges and / or segments of measuring ranges for the determination have similar analytes on these arrays.
  • one or more arrays comprise segments of two or more measurement areas with biological or biochemical or synthetic recognition elements of the same type within the segment for the determination of analyte or reference.
  • the method according to the invention with a kit according to the invention with a large number of measuring ranges in discrete arrays, of which in turn a large number can be arranged on a common sensor platform offers the possibility of using one and the same using relatively small amounts of sample solutions, reagents or calibration solutions Platform, under largely identical conditions, many types of duplications or multiple executions of similar measurements can be carried out. In this way, for example, statistical data can be generated in a single measurement, for which a large number of individual measurements with a correspondingly longer overall measurement time and a higher consumption of sample and reagent quantities are conventionally required. It is preferred that two or more identical measuring ranges are provided within a segment or array for the detection of each analyte or for the reference range.
  • said identical measurement areas can be arranged in a continuous row or column or diagonals of an array or segment of measurement areas.
  • the aspects of referencing can relate to physical or chemical parameters of the sensor platform, such as local differences in the excitation light intensity (see also below), as well as influences of the sample, such as its pH, ionic strength, refractive index, temperature etc.
  • said identical measuring ranges are arranged statistically within an array or segment of measuring ranges.
  • a further essential aspect of the present invention is that additional precautionary measures for the locally resolved referencing range of the excitation light intensity available in the measuring ranges are taken.
  • Excitation light intensity includes the simultaneous or sequential creation of an image of the light emitted by the sensor platform at the excitation wavelength. It is preferred that the image of the excitation light emitted by the sensor platform is created via the same optical path as the detection of the luminescence originating from the measurement areas.
  • the spatially resolved referencing range of the excitation light intensity available in the measurement areas includes the simultaneous or sequential generation of an image of the light emitted by the sensor platform at the luminescence wavelength.
  • a further embodiment is characterized in that the precautions for spatially resolved referencing of the excitation light intensity available in the measurement areas comprise the simultaneous or sequential creation of an image of the light emitted by the sensor platform at an excitation wavelength other than for excitation of a luminescence.
  • the spatial resolution of the image of the excitation light emitted by the sensor platform on the sensor platform is better than 100 ⁇ m, preferably better than 20 ⁇ m.
  • Another object of the method according to the invention is that the spatially resolved referencing range of the excitation light intensity available in the measuring ranges is achieved by means of "luminescence marker spots", i.e.
  • the luminescence intensity is determined from measurement areas with pre-immobilized (i.e., already applied in these measurement areas before adding a sample) luminescence-labeled molecules.
  • the “luminescence marker spots” are applied in a grid that spans the entire sensor platform.
  • a further development of the method according to the invention is that the density of the luminescence-labeled molecules is selected by means of a mixture with similar, unlabeled molecules during immobilization in such a way that the luminescence intensity the areas of the luminescence marker spots are of a similar order of magnitude as the luminescence intensity of the measurement areas provided for an analyte detection.
  • a preferred embodiment of the method is characterized in that the density and concentration of the luminescence-labeled molecules within the "luminescence marker spots" are uniform within an array, preferably on the entire sensor platform.
  • the spatially resolved referencing range of the excitation light intensity available in the measurement areas comprises averaging over a plurality of spatially resolved reference signals.
  • excitation light intensities that do not vary statistically, but systematically, in the form of a gradient that is present over certain distances, it can be advantageous if the expected value of the excitation light intensity of a measurement range lying between different areas for spatially resolved referencing range is interpolated.
  • the one or more samples and the detection reagents to be used in the detection method can be added sequentially in several steps. It is preferred that the one or more samples are pre-incubated with a mixture of the various detection reagents for determining the analytes to be detected in said samples and these mixtures are then fed to the arrays provided on the sensor platform in a single addition step.
  • a preferred embodiment of the method according to the invention is characterized in that the concentration of the detection reagents, such as, for example, secondary detection antibodies and / or luminescence labels and optionally additional luminescence-labeled detection reagents in a sandwich immunoassay, is selected such that the luminescence signals when detecting different analytes in a common one Arrays are of the same order of magnitude, which means that the associated calibration curves for the analyte determinations to be carried out simultaneously can be recorded without changing the optoelectronic system settings.
  • the concentration of the detection reagents such as, for example, secondary detection antibodies and / or luminescence labels and optionally additional luminescence-labeled detection reagents in a sandwich immunoassay
  • Another object of an embodiment of the method according to the invention is that the calibration of due to the binding of one or more analytes or due to the specific interaction with one or more analytes generated luminescence includes the addition of one or more calibration solutions with known concentrations of said analytes to be determined to the same or different measuring ranges or segments of measuring ranges or arrays of measuring ranges on a sensor platform, to which in the same or a separate addition step one or more samples to be examined are supplied.
  • Another preferred embodiment of the method is characterized in that the calibration of luminescence generated as a result of the binding of one or more analytes or as a result of the specific interaction with one or more analytes, the comparison of the luminescence intensities after the addition of an unknown and a control sample, such as, for example "wild type” DNA sample and a "mutant DNA” sample. It is possible that the unknown sample and the control sample are added to different arrays.
  • Another variant of this method is characterized in that the unknown sample and the control sample are added sequentially to the same array.
  • a regeneration step is generally necessary between the addition of the unknown sample and the control sample, i.e. the dissociation of recognition element-analyte complexes formed after the addition of the first sample, followed by the removal of the dissociated analyte molecules from the sample containers before the addition of the second sample can take place.
  • several samples on an array of measurement areas can be examined for their analytes in sequential form.
  • Another possible embodiment of the method is that the unknown sample and the control sample are mixed and then the mixture is fed to one or more arrays of a sensor platform.
  • a further development of the method according to the invention is characterized in that the analytes to be detected in the unknown and the control sample are detected by means of luminescence labels of different excitation and / or luminescence wavelength for the unknown and the control sample.
  • the detection is carried out using two or more luminescence labels with different excitation and / or luminescence wavelengths.
  • the kit according to the invention with the large number of measuring ranges on a sensor platform opens up the possibility of a simplified form of calibration for the qualitative and / or quantitative determination of one or more analytes on one or more arrays.
  • this new form of calibration of the signals from a sensor platform according to the invention the addition of only a single calibration solution is required.
  • Part of the invention is a method according to one of the abovementioned embodiments for the simultaneous or sequential, quantitative or qualitative determination of one or more analytes from the Grappe of antibodies or antigens, receptors or ligands, chelators or "histidine tag components", oligonucleotides, DNA or RNA strands, DNA or RNA analogs, enzymes, enzyme cofactors or inhibitors, lectins and carbohydrates.
  • Possible embodiments of the method are also characterized in that the samples to be examined naturally occurring body fluids such as blood, serum, plasma, lymph or urine or egg yolk or optically cloudy liquids or tissue fluids or surface water or soil or plant extracts or bio or Synthesis process broths or from biological tissue parts or from cell cultures or extracts.
  • body fluids such as blood, serum, plasma, lymph or urine or egg yolk or optically cloudy liquids or tissue fluids or surface water or soil or plant extracts or bio or Synthesis process broths or from biological tissue parts or from cell cultures or extracts.
  • the invention furthermore relates to the use of a kit according to the invention and / or an analytical system according to the invention and / or a method according to the invention for quantitative or qualitative analyzes for determining chemical, biochemical or biological analytes in screening processes in pharmaceutical research, combinatorial chemistry, clinical and preclinical Development, real-time binding studies and the determination of kinetic parameters in affinity screening and research, qualitative and quantitative analyte determinations, in particular for DNA and RNA analysis, for the preparation of toxicity studies and for the determination of gene or protein expression profiles as well as for the detection of antibodies, antigens, pathogens or bacteria in pharmaceutical product development and research, human and veterinary diagnostics, agrochemical product development and research, symptomatic and presymptomatic plant diagnostics, for patient stratification in pharmaceutical product development and for therapeutic drug selection, for the detection of pathogens, pollutants and pathogens, especially of salmonella, prions, viruses and bacteria, in food and environmental analysis.
  • DNA fragments (inserts) of the organism to be examined are incorporated into plasmid DNA (circular DNA sequences in bacteria or other microorganisms) with the aid of restriction endonucleases and ligases in order to produce a so-called recombinant DNA.
  • both the vectors plasmids without built-in foreign DNA
  • the DNA fragments to be amplified are “cut” in a defined and suitable manner and joined together using ligases.
  • These vehicles are used in bacterial host cells, mostly Ecoli cells, for example using From all of the cells subjected to the method, those host cells which have taken up the “vehicle” are selected by means of an antibiotic resistance method and applied to a suitable solid nutrient medium and cultivated or also cultivated in a liquid nutrient medium. The “vehicles” are multiplied by the natural growth of these bacterial cultures.
  • linear DNA contracts so-called bacteriophages, viruses that are able to infect bacterial cells can be used as vehicles.
  • 2 vectors contain a gene for tetracycline resistance: if a recombinant DNA was introduced into the bacterial cell, the cell is resistant to the antibiotic.
  • the bacterial cells which contain the desired recombinant DNA are identified by means of replica plating and labeling by means of suitable radioactively labeled - complementary - nucleic acid probes.
  • the recombinant DNA is isolated and purified using established methods: lysis of the cell wall, removal of cellular fragments via centrifugation, further purification via phenol extraction, ethanol precipitation. Alternatively, commercially available DNA isolation kits can be used.
  • a cloning ranking method can also be used using so-called “T vectors” [J. Sambrock and DW Russell, “Molecular Cloning - A Laboratory Manual”, Vol. 2 (2001), section 8.35, Cold Spring Harbor Laboratory Press, Cold Spring Harbor, New York].
  • each recognition element which is applied to a carrier surface bears next to the specific recognition region one or two general DNA sequences that can be used for referencing:
  • Recombinant DNA is prepared as a plasmid or bacteriophage using the procedures listed above.
  • PCR polymerase chain reaction
  • primers oligonucleotides, which serve as starting molecules for the DNA polymerase
  • the base sequences of these primers are selected such that the amplified (amplified) DNA pieces contain both the special originally introduced DNA sequence and parts of the vector sequences at the 3 'and 5' ends.
  • additional DNA sequences are typically about 10 to 40 bases long.
  • the so-called “forward primer”, the “reverse primer” or both primers contain instead of native (unmodified) nucleotides those which are derivatized on the nucleobase with fluorescent dyes such as Cy3 or Cy5
  • the labeling step is preferably carried out during the oligonucleotide synthesis by incorporating fluorescently labeled uracil or cytosine.
  • primers each having 15 to 25 base pairs are used.
  • the primers are chosen such that an extension of preferably more than 5 nucleotides plus the length of the primer on the 5th 'and at the 3' end of the original DNA built into the vector is formed.
  • the polymerization reaction itself is carried out using commercially available Taq polymerase kits.
  • fully synthetic recognition elements with comparable properties can be used.
  • those nucleobases which are themselves derivatized with fluorescent dyes those nucleobases which are derivatized with a reactive group, for example an amino group, can also be used.
  • the fluorescent dye to be used as the fluorescent label is only covalently bound to the reactive grappa of the modified nucleotides after the amplification has been completed, in an additional step, and excess fluorescent dye is subsequently separated off.
  • sample molecules are applied to the chemically activated surface of the carrier in the same way as that of unlabelled sample molecules, by means of mechanical pin or pen spotting methods or an ink jet application.
  • the fluorescence signals measured during analyte detection can then be corrected (by division by the respective reference signal) in order to obtain the relative binding signal, based on the detection elements available for each measuring range. Since the fluorescence labels used are installed covalently, no impairment of the hybridization ability (due to steric disabilities) is to be expected. When selecting the fluorescence labels for the “reference range of the immobilization density” and for the analyte detection, it is generally preferred that the excitation and emission spectra of the different luminescence labels used overlap only slightly or not at all.
  • Recombinant DNA is prepared as a plasmid or bacteriophage using the procedures listed above.
  • PCR polymerase chain reaction
  • the base sequences of these primers are selected in such a way that the amplified DNA pieces contain both the special originally introduced DNA sequence and parts of the known vector sequences at the 3 'and 5' ends. These additional DNA sequences are typically about 10 to 40 bases long. Typically, primers with 15 to 25 bases each are used. The primers are chosen so that an extension of preferably more than 5 nucleotides plus the length of the primer at the 5 'and at the 3' end of the DNA originally incorporated into the vector is produced.
  • the polymerization reaction itself is carried out using commercially available Taq polymerase kits. Alternatively, fully synthetic recognition elements with comparable properties can be used.
  • sample molecules are applied to the chemically activated surface of the carrier in the same way as that of unlabeled sample molecules by means of mechanical pin or pen spotting methods or ink jet analog application.
  • a hybridization step fluorescence-labeled oligonucleotide sequences, the sequences of which are complementary to a general DNA part defined by the vector, are applied.
  • a fluorescence intensity can be measured from each measurement area, the height of which essentially corresponds to the immobilized sample DNA amount. If necessary, the resulting hybrid can be broken up and the fluorescence introduced by the probe can be flushed out by means of thermal or ion-induced dehybridization.
  • This method is particularly suitable for the representative quality control of production lots, since - with the exception of knowledge of the sequences of the DNA regions originating from the plasmid vector - no information about the recognition part of the DNA fragment is necessary and the measurement - if all recognition DNA about the identical one Cloning rank method was produced - only one type of nucleic acid probe was required.
  • shorter polymer sequences (or oligonucleotide sequences) ( ⁇ 100 bases) can be synthesized under inexpensive framework conditions. It is possible to construct polynucleotides from two separate building blocks - a general sequence and a specific sequence suitable for the recognition of individually expressed genes.
  • the bases of the general sequence can consist of native nucleobases or partially or completely of fluorescence-labeled bases.
  • the recognition elements can be analogous to method 2.1. and 2.2. be used.
  • Example 3 Kit according to the invention with immobilized antibodies with an associated fluorescence label as signaling component for purposes of referencing the immobilization density and method according to the invention for analyte detection
  • a sensor platform with the outer dimensions of 57 mm width (parallel to the grid lines of a grid structure (c) modulated in layer (a) of the sensor platform) x 14 mm length (perpendicular to the grid structures) x 0.7 mm thickness is used on its surface by combining with a plate made of polycarbonate with recesses open in the direction of the sensor platform with the internal dimensions 5 mm width x 7 mm length x 0.15 mm height, 6 microflow cells in the grid of a partial column of a classic microtiter plate (grid 9 mm) can be generated.
  • the polycarbonate plate can be glued to the sensor platform in such a way that the recesses are then sealed against one another.
  • This polycarbonate plate is constructed in such a way that it can be combined with a carrier ("meta carrier”) with the grand dimensions of standard microtiter plates in such a way that the grid (sequence in rows or columns) of the inflows of the flow cells corresponds to the grid of the wells of a standard microtiter plate.
  • a carrier metal carrier
  • n 1.52 at 633 nm.
  • the substrate is a pair of coupling-in and coupling-out gratings with grating lines running parallel to the width of the sensor platform (318 nm period) of 12 + / - 3 nm grating depth, the grating lines being formed over the entire width of the sensor platform.
  • the distance between the two successive grids is 9 mm, the length of the individual grating structures (parallel to the length of the sensor platform) shape) 0.5 mm.
  • the distance between the coupling-in and coupling-out gratings of a pair of gratings is selected so that the coupling of the excitation light can take place within the area of the sample containers after combining the sensor platform with the polycarbonate plate described above, while the coupling-out takes place outside the area of the sample containers.
  • the wave-guiding, optically transparent layer (a) made of Ta 2 Ü 5 on the optically transparent layer (b) has a refractive index of 2.15 at 633 nm (layer thickness 150 nm).
  • sample containers formed by the sensor platform and the combined polycarbonate plate have conically drilled openings on the boundary surfaces opposite the sensor platform, so that the sample containers can be filled or emptied by pressing in standardized, commercially available pipette tips made of polypropylene.
  • the sensor platforms are first cleaned with isopropanol, then with concentrated H 2 SO 4 , 2.5% ammonium peroxodisulfate in an ultrasound device and then incubated with 0.5 mM dodecyl monophosphate (ammonium salt) for 2 hours at room temperature, whereby the solution is constantly stirred.
  • a self-assembly forms a homogeneous, hydrophobic surface.
  • Monoclonal antibodies in the specific example against the 8 interleukins IL # 1 to EL # 8, are fluorescently labeled with Cy3 using a standard method.
  • the antibody to be labeled is dissolved at a concentration of approx. 1 mg / ml in 0.1M carbonate buffer pH 9.2, so that the primary amines of, for example, lysine side chains of the protein are in a completely deprotonated state.
  • To this solution is added a portion of a Cy3-NHS ester previously dissolved in DMSO and incubated for one hour in the dark at room temperature with gentle stirring.
  • the concentration of DMSO in the total solution must not be higher than 1% in order to denature and thus the Avoid loss of function of the antibody to be labeled.
  • the portion of the dye which has not reacted with the protein is separated off chromatographically.
  • the molar ratio of antibodies and fluorescent labels (Cy3) is selected during the reaction in such a way that not every but, for example, only about every tenth antibody molecule is covalently labeled.
  • the ratio between Cy3-labeled and unlabeled antibodies can be checked using the absorption spectrum in accordance with common methods.
  • the fluorescence-labeled 8 different (primary) antibodies against interleukins IL # 1 to IL # 8 are in a concentration of 50-150 ⁇ g / ml in phosphate-buffered saline (pH 7.4) , which additionally contains suitable additives for maintaining the functionality of the immobilized proteins, applied by means of an inkjet spotter and dried.
  • the diameter of the spots, with a distance (centram to centram) of 0.35 mm, is on average 0.15 mm.
  • Eight different antibodies for the detection of cytokines, in particular different interleukins are used in 20 rows of a single array with a total of 160 spots. In order to obtain statistical assay reproducibility data from each individual measurement for each sample to be supplied, 20 measurement areas with the same liter leukin antibodies as biological recognition elements are generated for each array.
  • the polycarbonate plate described is applied to the sensor platform prepared in such a way that the individual sample containers are fluid-tightly sealed off from one another and the protein microarrays with the associated coupling grids (c) are each located within one of the 6 sample containers.
  • the format of a sandwich assay is selected for the specific detection of the cytokines to be detected.
  • cytokines Interleukins EL # 1 to D. # 8
  • each of the 6 individual calibration solutions are filled into one of the 6 flow cells on the sensor platform and incubated for a further 2 hours at 37 ° C with the respective array on the sensor platform, so that the complexes formed in the pre-incubation step from the respective interleukins are specific secondary, biotinylated anti-interleukin antibodies and Cy-5 labeled streptavidin can bind to the primary anti-interleukin antibodies immobilized in the discrete measurement areas (spots).
  • the flow cells are washed with buffer (phosphate-buffered saline with an addition of 0.1% seramalbumin and 0.05% Tween20).
  • buffer phosphate-buffered saline with an addition of 0.1% seramalbumin and 0.05% Tween20.
  • the sensor platform with the polycarbonate plate joined to it is then inserted into a “meta carrier” as described above (Example 3.1) and, after a further 15-minute incubation period (for equilibration at room temperature) in buffer, inserted and measured in an analytical system according to the invention.
  • the "referencing rank of the immobilizing density" can be carried out in such a way that after the end of the assay the detection in an inventive according to the analytical system, for example with commercial two-color scanners or also an optical system as described in PCT / EP 01/10012, and the first color can be used for the reference, the second color for the measurement of the specific assay signal.
  • This method makes it possible to determine the relative number of immobilized antibodies as immobilized recognition elements in each measuring range. Based on this measurement, the fluorescence signals measured during analyte detection can then be corrected (by division by the respective reference signal) in order to obtain the relative binding signal, based on the detection elements available for each measuring range. Since the fluorescence labels used for the referencing of the immobilization density are incorporated covalently, there is no impairment of the functionality (as a result of steric disabilities from the fluorescence label), that is, the ability of the fluorescence-labeled immobilized antibody to specifically recognize and bind the antigen. When selecting the fluorescence labels for the “reference range of the immobilization density” and for the analyte detection, it is generally preferred that the excitation and emission spectra of the different luminescence labels used overlap only slightly or not at all.

Abstract

Die Erfindung betrifft verschiedene Ausführungsformen eines Kits zum gleichzeitigen qualitativen und/oder quantitativen Nachweis einer Vielzahl von Analyten, welcher es insbesondere ermöglicht, die Dichte der zum Nachweis besagter Analyten immobilisierten biologischen oder biochemischen oder synthetischen Erkennungselemente, d.h. die Belegungsdichte der für diese Erkennungselemente ausgewiesenen Messbereiche, zu referenzieren. Die Erfindung betrifft auch auf dem erfindungsgemässen Kit basierende analytische Systeme sowie damit durchgeführte Verfahren zum Nachweis eines oder mehrerer Analyten und deren Verwendung.

Description

Kit und Verfahren zur Multianalytbestimmung, mit Vorkehrungen zur Referenzierung der Dichte immobilisierter Erkennungselemente
Die Erfindung betrifft verschiedene Ausführungsformen eines Kits zum gleichzeitigen qualitativen und / oder quantitativen Nachweis einer Vielzahl von Analyten, welcher es insbesondere ermöglicht, die Dichte der zum Nachweis besagter Analyten immobilisierten biologischen oder biochemischen oder synthetischen Erkennungselemente, d.h. die Belegungsdichte der für diese Erkennungselemente ausgewiesenen Messbereiche, zu referenzieren. Die Erfindung betrifft auch auf dem erfindungsgemässen Kit basierende analytische Systeme sowie damit durchgeführte Verfahren zum Nachweis eines oder mehrerer Analyten und deren Verwendung.
Zur Bestimmung einer Vielzahl von Analyten sind gegenwärtig vor allem Verfahren verbreitet, in denen in sogenannten Mikrotiterplatten der Nachweis unterschiedlicher Analyten in diskreten Probenbehältnissen oder "Wells" dieser Platten erfolgt. Am weitesten verbreitet sind dabei Platten mit einem Raster von 8 x 12 Wells auf einer Grundfläche von typischerweise ca. 8 cm x 12 cm, wobei zur Füllung eines einzelnen Wells ein Volumen von einigen hundert Mikrolitern erforderlich ist. Für zahlreiche Anwendungen wäre es jedoch wünschenswert, mehrere Analyten in einem einzigen Probenbehältnis, unter Einsatz eines möglichst kleinen Probenvolumens gleichzeitig zu bestimmen.
In der US-P 5,747,274 werden Messanordnungen und Verfahren zur Früherkennung eines Herzinfarkts durch die Bestimmung mehrerer von mindestens drei Herzinfarktmarkern beschrieben, wobei die Bestimmung dieser Marker in individuellen oder in einem gemeinsamen Probenbehältnis erfolgen kann, wobei im letzteren Falle, der gegebenen Beschreibung folgend, ein einziges Probenbehältnis als ein durchgehender Flusskanal ausgebildet ist, dessen eine Begrenzungsfläche beispielsweise eine Membran bildet, auf der Antikörper für die drei verschiedenen Marker immobilisert sind. Es gibt jedoch keine Hinweise auf eine Bereitstellung von mehreren derartigen Probenbehältnissen oder Flusskanälen auf einem gemeinsamen Träger. Ausserdem werden keine geometrischen Angaben über die Grossen der Messflächen gegeben. In den WO 84/01031, US-P 5,807,755, US-P 5,837,551 und US-P 5,432,099 wird die Immobilisierung für den Analyten spezifischer Erkennungselemente in Form kleiner "Spots" mit teilweise deutlich unter 1 mm2 Fläche auf festen Trägern vorgeschlagen, um durch Bindung eines nur kleinen Teils vorhandener Analytmoleküle eine nur von der Inkubationszeit abhängige, aber - in Abwesenheit eines kontinuierlichen Flusses - vom absoluten Probenvolumen im wesentlichen unabhängige Konzentrationsbestimmung des Analyten vornehmen zu können. Die in den zugehörigen Ausführungsbeispielen beschriebenen Messanordnungen beruhen auf Fluoreszenznachweisen in konventionellen Mikrotiterplatten. Dabei werden auch Anordnungen beschrieben, in denen Spots von bis zu drei unterschiedlichen fluoreszenzmarkierten Antikörpern in einem gemeinsamen Mikrotiter- plattenwell ausgemessen werden. Den in diesen Patentschriften dargelegten theoretischen Überlegungen folgend, wäre eine Minimierung der Spotgrösse wünschenswert. Limitierend wirke jedoch die minimale Signalhöhe, die vom Untergrundsignal unterschieden werden könne.
Basierend auf einfachen Glas- oder Mikroskop-Plättchen sind Arrays mit einer sehr hohen Feature-Dichte (d.h. Dichte diskreter Messbereiche auf einem Träger, mit in diesen Messbereichen immobilisierten Erkennungselementen zum Nachweis unterschiedlicher Analyten) bekannt. Beispielsweise werden in der US 5,445,934 (Affymax Technologies) Arrays von Oligonukleotiden mit einer Dichte von mehr als 1000 Features pro Quadratzentimeter beschrieben und beanspracht. Die Anregung und das Auslegen solcher Arrays beruht auf klassischen optischen Anordnungen und Methoden. Es kann das ganze Array gleichzeitig mit einem aufgeweiteten Anregungslichtbündel beleuchtet werden, was jedoch zu einer relativ geringen Empfindlichkeit führt, da der Streulichtanteil relativ gross ist und Streulicht oder Untergrundfluoreszenzlicht aus dem Glassubstrat auch in den Bereichen erzeugt wird, in denen sich keine zur Bindung des Analyten immobilisierten Oligonukleotide befinden. Um die Anregung und Detektion auf die Bereiche der immobilisierten Features zu beschränken und Lichterzeugung in den Nachbarbereichen zu unterdrücken, werden vielfach konfokale Messanordnungen eingesetzt und die verschiedenen Features sequentiell mittels "Scannen" ausgelesen. Dieses hat jedoch einen grösseren Zeitaufwand zum Auslesen eines grossen Arrays und einen relativ komplexen optischen Aufbau zur Folge. Eine Referenzierung der gemessenen Signale für den Nachweis unterschiedlicher Analyten findet nicht statt, weder bezüglich der in den Messbereichen verfügbaren Anregungslichtintensität noch bzgl. der Verteilung oder (relativen) Anzahl immobilisierter Erkennungselemente. Stattdessen werden beispielsweise für eine Expressionsanalyse 2 unterschiedliche und mit unterschiedlichen Lumineszenzlabeln (z. B. Im Grünen bzw. im Roten emittierenden) markierte Proben sequentiell auf ein- und dasselbe Array gegeben, um damit das möglichweise unterschiedliche Bindungsverhalten von Analyten aus unterschiedlichen Proben zu ein- und demselben Array zu vergleichen.
Zur Erreichung tieferer Nachweisgrenzen sind in den vergangenen Jahren zahlreiche Messanordnungen entwickelt worden, in denen der Nachweis des Analyten auf dessen Wechselwirkung mit dem evaneszenten Feld beruht, welches mit der Lichtleitung in einem optischen Wellenleiter verbunden ist, wobei auf der Oberfläche des Wellenleiters biochemische oder biologische Erkennungselemente zur spezifischen Erkennung und Bindung der Analyt- moleküle immobilisiert sind.
Koppelt man eine Lichtwelle in einen optischen Wellenleiter ein, der von optisch dünneren Medien, d.h. Medien mit niedrigerem Brechungsindex umgeben ist, so wird sie durch Totalreflexion an den Grenzflächen der wellenleitenden Schicht geführt. In die optisch dünneren Medien tritt dabei ein Bruchteil der elektromagnetischen Energie ein. Diesen Anteil bezeichnet man als evaneszentes oder quergedämpftes Feld. Die Stärke des evaneszenten Feldes ist sehr stark abhängig von der Dicke der wellenleitenden Schicht selbst sowie vom Verhältnis der Brechungsindices der wellenleitenden Schicht und der sie umgebenden Medien. Bei dünnen Wellenleitern, d. h. Schichtdicken von derselben oder niedrigerer Dicke als der zu führenden Wellenlänge, können diskrete Moden des geleiteten Lichts unterschieden werden. Derartige Verfahren haben den Vorteil, dass die Wechselwirkung mit dem Analyten auf die Eindringtiefe des evaneszenten Feldes ins angrenzende Medium, in der Grössenordnung von einigen hundert Nanometern, beschränkt ist und Störsignale aus der Tiefe des Mediums weitgehend vermieden werden können. Die ersten vorgeschlagenen derartigen Messanordnungen beruhten auf hochmultimodalen, selbsttragenden Einschichtwellenleitern, wie beispielsweise Fasern oder Plättchen aus transparentem Kunststoff oder Glas, mit Stärken von einigen hundert Mikrometern bis zu mehreren Millimetern.
Zur Verbesserung der Empfindlichkeit und gleichzeitig einfacheren Herstellung in Massenfabrikation wurden planare Dünnschichtwellenleiter vorgeschlagen. Ein planarer Dünnschichtwellenleiter besteht im einfachsten Fall aus einem Dreischichtsystem: Trägermaterial, wellenleitende Schicht, Superstrat ( bzw. zu untersuchende Probe), wobei die wellenleitende Schicht den höchsten Brechungsindex besitzt. Zusätzliche Zwischenschichten können die Wirkung des planaren Wellenleiters noch verbessern.
Es sind verschiedene Verfahren für die Entkopplung von Anregungslicht in einen planaren Wellenleiter bekannt. Die am frühesten benutzten Verfahren beruhten auf Stirnflächenkopplung oder Prismenkopplung, wobei zur Verminderung von Reflexionen infolge von Luftspalten im allgemeinen eine Flüssigkeit zwischen Prisma und Wellenleiter aufgebracht wird. Diese beiden Methoden sind vor allem in Verbindung mit Wellenleitern relativ grosser Schichtdicke, d. h. insbesondere selbsttragenden Wellenleitern, sowie bei einem Brechungsindex des Wellenleiters von deutlich unter 2 geeignet. Zur Einkopplung von Anregungslicht in sehr dünne, hochbrechende wellenleitende Schichten ist demgegenüber die Verwendung von Koppelgittern eine wesentlich elegantere Methode.
Mit dem Begriff "Lumineszenz" wird in dieser Anmeldung die spontane Emission von Photonen im ultravioletten bis infraroten Bereich nach optischer oder nichtoptischer, wie beispielsweise elektrischer oder chemischer oder biochemischer oder thermischer Anregung, bezeichnet. Beispielsweise sind Chemilumineszenz, Biolumineszenz, Elektro- lumineszenz und insbesondere Fluoreszenz und Phosphoreszenz unter dem Begriff "Lumineszenz" mit eingeschlossen.
Zur Erreichung sehr tiefer Nachweisgrenzen erscheinen lumineszenz-basierende Methoden aufgrund grösserer Selektivität der Signalerzeugung besser geeignet als solche Methoden, welche auf einer Änderung des effektiven Brechungsindex beruhen (wie beispielsweise Gitterkoppler-Sensoren oder Verfahren basierend auf Oberflächenplasmonenresonanz). Dabei ist die Lumineszenzanregung auf die Eindringtiefe des evaneszenten Feldes in das optisch dünnere Medium, also auf die unmittelbare Umgebung des wellenleitenden Bereichs mit einer Emdringtiefe in der Grössenordnung von einigen hundert Nanometern ins Medium beschränkt. Dieses Prinzip wird evaneszente Lumineszenzanregung genannt.
Mittels hochbrechender Dünnschichtwellenleiter, in Kombination mit Lumineszenz- detektion, basierend auf einem nur einige hundert Nanometer dünnen wellenleitenden Film auf einem transparenten Trägermaterial, konnte in den letzten Jahren die Empfindlichkeit deutlich gesteigert werden. Beispielsweise wird in der WO 95/33197 eine Methode beschrieben, in der das Anregungslicht über ein Reliefgitter als diffraktives optisches Element in den wellenleitenden Film eingekoppelt wird. Die Oberfläche der Sensorplattform wird mit einer den Analyten enthaltenden Probe in Kontakt gebracht, und die isotrop angestrahlte Lumineszenz in der Eindringtiefe des evaneszenten Feldes befindlicher lumineszenzfähiger Substanzen wird mittels geeigneter Messvorrichtungen, wie zum Beispiel Photodioden, Photomultiplier oder CCD-Kameras, gemessen. Es ist auch möglich, den in den Wellenleiter rückgekoppelten Anteil der evaneszent angeregten Strahlung über ein diffraktives optisches Element, zum Beispiel ein Gitter, auszukoppeln und zu messen. Diese Methode ist zum Beispiel in der WO 95/33198 beschrieben.
Ein Nachteil aller oben im Stand der Technik, insbesondere in der WO 95/33197 und der WO 95/33198, beschriebenen Verfahren zur Detektion evaneszent angeregter Lumineszenz mit Dünnschichtwellenleitern liegt jedoch darin, dass auf der als homogener Film ausgebildeten Sensorplattform jeweils nur eine Probe analysiert werden kann. Um weitere Messungen auf derselben Sensorplattform durchführen zu können, sind jedesmal aufwendige Wasch- bzw. Reinigungsschritte notwendig. Dies gilt insbesonders, wenn ein von der ersten Messung verschiedener Analyt detektiert werden soll. Im Falle eines Immunoassays bedeutet dies im allgemeinen, dass die gesamte immobilisierte Schicht auf der Sensorplattform ausgetauscht oder gleich eine neue Sensorplattform als ganzes verwendet werden muss. Insbesondere können also keine gleichzeitigen Bestimmungen mehrerer Analyten durchgeführt werden.
Zur gleichzeitigen oder aufeinanderfolgenden Durchführung von ausschliesslich lumineszenzbasierenden Mehrfachmessungen mit im wesentlichen monomodalen, planaren anorganischen Wellenleitern sind, z. B. in der WO 96/35940, Vorrichtungen (Arrays) bekannt geworden, in denen auf einer Sensorplattform wenigstens zwei getrennte wellenleitende Bereiche angeordnet sind, die getrennt mit Anregungslicht beaufschlagt werden. Die Aufteilung der Sensorplattform in getrennte wellenleitende Bereiche hat allerdings nachteilig zur Folge, dass der Platzbedarf für diskrete Messbereiche, in diskreten wellenleitenden Bereichen auf der gemeinsamen Sensorplattform relativ gross ist und daher nur eine verhältnismässig geringe Dichte unterschiedlicher Messbereiche (oder sogenannter "features") erreicht werden kann. Die Verwendung des Begriffs "räumlich getrennter Messbereiche" oder "diskreter Messbereiche" im Sinne der vorliegenden Erfindung wird im nachfolgenden Abschnitt zur genauen Beschreibung der Erfindung genauer definiert.
In der US 5,525,466 und US 5,738,992 wird ein optischer Sensor, basierend auf Fluoreszenzanregung im evaneszenten Feld eines selbstragender Multimode- Wellenleiters, vorzugsweise faseroptischer Art, beschrieben. Einkopplung von Anregungslicht und Auskopplung von in den Multimode- Wellenleiter rückgekoppeltem Fluoreszenzlicht erfolgen über Stirnflächenein- und -auskopplung. Das dabei detektierte Fluoreszenzsignal zum Analytnachweis ergibt sich aufgrund des Funktionsprinzips solcher Multimode- Wellenleiter als ein einziger integraler Wert für die ganze mit der Probe wechselwirkende Fläche. Vorwiegend zur Normalisierung der Signale, beispielweise zur Berücksichtigung von signalverändernden Oberflächendefekten, sind auf der Sensoroberfläche neben den biochemischen oder biologischen Erkennungselementen zur spezifischen Erkennung und Bindung eines nachzuweisenden Analyten fluoreszente Referenzmaterialien co-immobilisiert. Aufgrund des zugrunde liegenden Sensorprinzips ist jedoch keine ortsaufgelöste, sondern nur eine auf den einzelnen, integralen Messwert wirkende Normalisierung möglich. Folglich kann auch der Nachweis unterschiedlicher Analyten nur mittels Verwendung von Labein unterschiedlicher Anregungswellenlängen oder sequentiell, nach Entfernung vorangehend gebundener Analyten erfolgen. Aus diesen Gründen erscheinen diese Anordnungen, zusammen mit dem beschriebenen Referenzierungsverfahren, für den gleichzeitigen Nachweis einer Vielzahl von Analyten gar nicht oder nur wenig geeignet.
In der WO 97/35181 werden Verfahren zur gleichzeitigen Bestimmung einer oder mehrerer Analyten beschrieben, indem in einem Wellenleiter ausgebildeten "Well" Patches mit unterschiedlichen Erkennungselementen ausgebildet sind, welche mit einer einen oder mehreren Analyten enthaltenden Probenlösung kontaktiert werden. Zu Kalibrationszwecken werden gleichzeitig Lösungen mit definierten Analytkonzentrationen in weitere Wells mit gleichartigen Patches gegeben. Als Beispiel werden je 3 Wells (zur Messung mit Kalibrations- lösungen niedriger und hoher Analytkonzentration sowie der aktuellen Probe) mit diskreten und von Patch zu Patch verschiedenen immobilisierten Erkennungselementen zur gleichzeitigen Bestimmung mehrerer Analyten vorgestellt. Hinweise auf ortsaufgelöste Referen- zierungen werden nicht gegeben. In Analytical Chemistry, Vol. 71 (1999), 4344 - 4352 wird ein Multianalyt-Immunoassay auf einem Silicium-Nitrid- Wellenleiter vorgestellt. Es werden bis zu drei Analyten gleichzeitig, auf drei kanalförmig ausgebildeten Erkennungsbereichen (Messbereichen) mit jeweils unterschiedlichen biologischen Erkennungselementen, beschrieben. Analyten und Tracer- Antikörper werden als Mischung in eine die drei Messfelder überdeckende Probenzelle gegeben. Der Background wird jeweils zuvor mit einer spezifisch dafür hergestellten Lösung ohne Analyt gemessen. Aus der Beschreibung ist nicht ersichtlich, ob die Back- ground-Bestimmung ortsaufgelöst oder summarisch für die verschiedenen Messbereiche durchgeführt wird. Da eine Regenerierung der Sensorplattform nicht vorgenommen wird, müssen zur Erstellung einer Kalibrationskurve eine Vielzahl von Einzelmessungen mit immer wieder neuen Sensorplattformen durchgeführt werden. Dieses, durch die nur geringe Anzahl von Messfeldern auf einer Sensorplattform sowie durch das Assay-Design bedingte Vorgehen, ist als nachteilig anzusehen, da die Genauigkeit durch die Verwendung unterschiedlicher Sensorplattformen verringert wird und die Dauer des Verfahrens sich deutlich verlängert.
In Analytical Chemistry , Vol. 71 (1999), 3846 - 3852 wird ebenfalls ein Multianalyt-Assay zur gleichzeitigen Bestimmung dreier verschiedener Analyten vorgestellt. Als Beispiel gleichzeitig zu bestimmender Analyten aus den Gruppen Bakterien, Viren und Proteine werden Bacillus globigii, MS2-Bakteriophagen und "Staphylococcal enderotoxin B" benutzt, wobei in jeweils zwei zueinander parallelen Reihen (Kanälen) Antikörper gegen diese Analyten auf einem als (selbstragendem Multimode-) Wellenleiter dienendem Glasplättchen immobilisiert wurden. In dem nachfolgend beschriebenen Multianalyt-Assay wird eine Flusszelle mit zu den immobilisierten Reihen von Erkennungselementen gekreuzten Fliesskanälen auf das Glasplättchen aufgesetzt. Die Sandwich-Immunoassays werden unter sequentieller Zugabe von Waschlösung (Puffer), Probe mit einem oder mehreren Analyten, Waschlösung (Puffer), Tracer- Antikörper (einzeln oder als Cocktail) und Waschlösung (Puffer) durchgeführt. Die lokal gemessenen Fluoreszenzintensitäten werden korrigiert mittels Subtraktion des neben den Messfeldern beobachteten Hintergrandsignals. Hinweise auf eine Berücksichtigung lokaler Variationen der Anregungslichtintensität werden auch hier nicht gegeben. Auch diese Anordnung ermöglicht jedoch nicht, eine ganze Messreihe zur gleichzeitigen Bestimmung mehrerer Analyten, zusammen mit den notwendigen Kalibrationen, durchzuführen, sondern erfordert dafür entweder die Verwendung mehrerer verschiedener Sensorplattformen oder repetitive, sequentielle Messungen auf einer Plattform mit zwischenzeitlicher Regenerierung, was besonders im Falle von Immunoassays in vielen Fällen nur in begrenztem Umfang möglich ist.
In BioTechniques 27 (1999), 778 - 788 wird eine Anordnung von 96 Wells mit jeweils 4 Arrays aus 36 Spots (d.h. insgesamt 144 Spots pro Well) auf der Grundfläche einer Stan- dard-Mikrotiterplatte (ca. 8 cm x 12 cm), zur Entwicklung von ELISA's (Enzyme-Linked Immunosorbent Assays) basierend auf Mikroarrays, vorgestellt. Für Zwecke der Positionierung sowie der Kontrolle der Wirksamkeit der eingesetzten Reagentien beim enzymati- schen Detektionsschritt des Assays mittels Zugabe von fluoreszentem "Alkaline phospha- tase Substrate" (ELF®) werden von den 6x6 Arrays jeweils eine Reihe und eine Spalte für "biotinylierte B SA-Marker" reserviert. - Diese Anordnung deutet zwar eine Möglichkeit zu einer deutlichen Erhöhung des Durchsatzes mit klassischen Assays (ELISA's) an, die demonstrierte Empfindlichkeit (13.4 ng/ml rabbit IgG) erscheint jedoch unbefriedigend.
In keinem der vorangehend diskutierten Dokumente werden Hinweise darauf gegeben, wie die Immobilisierungsdichte, d.h. die Anzahl der auf einer Sensorplattform aufgebrachten biologischen oder biochemischen oder synthetischen Erkennungselemente pro Flächeneinheit, referenziert werden könnte. Sowohl für eine verlässliche Herstellung von Sensorplattformen als auch für eine genaue, quantitative Analytbestimmung ist jedoch die Kenntnis der auf einer Sensorplattform tatsächlich vorhandenen relativen (im Vergleich zwischen verschiedenen Messbereichen) oder absoluten Anzahl von Erkennungselementen für einen bestimmten Analyten von grosser Bedeutung. Insbesondere im Falle einer Vielzahl unterschiedlicher Erkennungselemente auf einer gemeinsamen Sensorplattform ist zu erwarten, dass diese sich in ihrem Adsorptions- oder Bindungsverhalten voneinander unterscheiden. Bereits kleine Unterschiede der Oberfläche, welche beispielsweise in Batch- Verfahren chemisch modifiziert wird, oder beim Schritt der Aufbringung der Erkennungselemente für den Analytnachweis, können zu deutlichen Variationen der Immobilisierungsdichte führen. Daher ist beispielsweise für eine kommerzielle Herstellung von Sensorplattformen die Verfügbarkeit einer zuverlässigen, nicht destruktiven Methode der Qualitätssicherung, mittels Kontrolle der Dichte aufgebrachter Erkennungselemente, äusserst wünschenswert.
Gegenstand der Erfindung ist ein Kit zum gleichzeitigen qualitativen und / oder quantitativen Nachweis einer Vielzahl von Analyten, umfassend - eine Sensorplattform
- mindestens ein Array von in diskreten Messbereichen (d) direkt auf oder über eine Haftvermittlungsschicht auf der Sensorplattform immobilisierten biologischen oder biochemischen oder synthetischen Erkennungselementen zur spezifischen Erkennung und / oder Bindung besagter Analyten und / oder spezifischen Wechselwirkung mit besagten Analyten, wobei zu Zwecken der "Referenzierung der Immobilisierungsdichte", d.h. zur ortsaufgelösten Bestimmung der Dichte der immobilisierten Erkennungselemente in den Messbereichen, diese Erkennungselemente jeweils mit einer signalgebenden Komponente als Label assoziiert sind oder / und besagte biologische oder biochemische oder synthetische Erkennungselemente eine bestimmte molekulare Sequenz oder ein bestimmtes molekulares Epi- top oder eine bestimmte molekulare Erkennungsgruppe aufweisen, woran ein Nachweisreagens (Referenzierungsreagens), gegebenenfalls mit einer damit assoziierten signalgebenden Komponente als Label, zur Bestimmung besagter Dichte immobiliserter Erkennungselemente, bindet.
Vorteilhaft wird besagte bestimmte molekulare Sequenz oder besagtes bestimmtes molekulares Epitop oder besagte bestimmte molekulare Erkennungsgruppe (wie z. B. Biotin) für alle verschiedenen, im allgemeinen in unterschiedlichen Messbereichen eines Segments aus mehreren Messbereichen, besonders bevorzugt sogar für alle in einem Array von Messbereichen immobilisierten biologischen oder biochemischen oder synthetischen Erkennungselemente einheitlich sein. Beispielsweise kann ein Array von Messbereichen diskrete Messbereiche mit einer Vielzahl unterschiedlicher immobilisierter einzelsträngiger Nukleinsäuren umfassen, welche jeweils unterschiedliche Teilsequenzen, beispielsweise 10 - 100 oder 10 - 1000 unterschiedliche Teilsequenzen aufweisen, zur Erkennung und Bindung einer entsprechenden Anzahl unterschiedlicher, zu diesen Teilsequenzen komplementärer Nukleinsäuren als Analyten. Zugleich können diese unterschiedlichen immobilisierten ein- zelsträngigen Nukleinsäuren eine andere, allen gemeinsame Teilsequenz besitzen, welche dem Zweck der „Referenzierang der Immobilisierungsdichte" wie oben beschrieben dienen kann.
Mit dem erfindungsgemässen Kit und darauf basierenden Nachweisverfahren kann die beschriebene Problemstellung gelöst werden. Überraschend wurde dabei festgestellt, dass es, unter Verwendung eines erfindungsgemässen Kits, möglich ist, in Multianalyt- Assays, zur gleichzeitigen Bestimmung mehrerer Analyten in einer Probe, eine ähnlich hohe Empfindlichkeit und Reproduzierbarkeit zu erzielen wie bisher in einer entsprechenden Anzahl von Einzelassays zum Nachweis der individuellen Analyten. Zugleich wurde überraschend festgestellt, dass ein gegebenenfalls eingesetztes Referenzierungsreagens und damit gegebenenfalls assoziierte signalgebende Komponenten sich nicht beeinträchtigend auf einen Analytnachweis auswirken.
Im Sinne der vorliegenden Erfindung sollen räumlich getrennte oder diskrete Messbereiche (d) durch die geschlossene Fläche definiert werden, die dort immobilisierte biologische oder biochemische oder synthetische Erkennungselementen zur Erkennung eines Analyten aus einer flüssigen Probe einnehmen. Diese Flächen können dabei eine beliebige Geometrie, beispielsweise die Form von Punkten, Kreisen, Rechtecken, Dreiecken, Ellipsen oder Streifen, haben.
Unter dem Begriff "optische Transparenz" wird nachfolgend verstanden, dass das durch diese Eigenschaft gekennzeichnete Material zumindest bei einer oder mehreren zur Anregung einer oder mehrerer Lumineszenzen benutzten Anregungswellenlängen weitgehend transparent und damit absorptionsfrei sein sollte.
Eine bevorzugte Ausführungsform des erfindungsgemässen Kits ist dadurch gekennzeichnet, dass die immobilisierten Erkennungselemente in den Messbereichen jeweils eine generelle molekulare Sequenz oder ein generelles Epitop oder generelle molekulare Erkennungsgruppe zu Zwecken der Referenzierung der Immobilisierungsdichte und eine oder mehrere, zur Erkennung und / oder Bindung verschiedener Analyten, unterschiedliche Sequenz oder unterschiedliches Epitop oder unterschiedliche molekulare Erkennungsgruppe aufweisen. Dabei können besagte generelle molekulare Sequenz oder besagtes generelles Epitop oder besagte generelle molekulare Erkennungsgruppe zu Zwecken der „Referenzierung der Immobilisierungsdichte" und eine, zur Erkennung und / oder Bindung verschiedener Analyten, unterschiedliche Sequenz oder unterschiedliches Epitop oder unterschiedliche molekulare Erkennungsgrappe in einem Erkennungselement zueinander benachbart auftreten. Zur Verbesserung der Zugänglichkeit für einen nachzuweisenden Analyten wird jedoch bevorzugt, dass sie innerhalb eines Erkennungselements ausreichend weit voneinander entfernt sind, so dass es zu keiner Behinderung des Zugangs eines Analyten zu der für seine Erkennung spezifischen Sequenz oder dem für seine Erkennung spezifischen Epitop oder spezifischen molekularen Erkennungsgrappe des immobilisierten Erkennungselements kommt. Beispielsweise können der generelle und der spezifische Erkennungsabschnitt (begrifflich umfassend Erkennungssequenz, -epitop und molekulare Erkennungsgruppe) eines immobilisierten Erkennungselements durch einen sogenannten molekularen Spacer (z.B. umfassend ein Kettenmolekül mit Kohlenwassserstoffgruppen) voneinander getrennt sein. Beispielsweise können in einem erfindungsgemässen Kit Erkennungselemente auch Abschnitte mit einer generellen Nukleinsäurequenz zu Zwecken der „Referenzierung der Immobilisierungsdichte", beispielsweise in einem Hybridisierungsschritt mit fluoreszenzmarkierten, zu dieser generellen Sequenz komplementären Oligonukleotiden, und mit der generellen Nukleinsäuresequenz chemisch verknüpfte Antikörper oder Antikörperfragmente mit unterschiedlichen, jeweils für verschiedene Analyten spezifischen Erkennungsepitopen, umfassen. Innerhalb eines immobilisierten biologischen oder biochemischen oder synthetischen Erkennungselements können mehrere spezifische Erkennungsabschnitte (gemäss vorangehender Definition) zur Erkennung und Bindung meherer (unterschiedlicher) Analyten, vorhanden sein. Dabei können diese spezifischen Erkennungsabschnitte, als Teil des immobilisierten Erkennungselement, aufeinander folgend oder durch molekulare Spacer voneinander getrennt angeordnet sein. Grundsätzlich sollte eine mögliche Kreuzreaktivität zwischen der (spezifischen) Bindung eines nachzuweisenden Analyten an den für ihn vorgesehenen, spezifischen Erkennungsabschnitt und einer möglichen (unspezifischen) Bindung an den generellen Erkennungsabschnitt eines Analyten so gering wie möglich, im Idealfall gleich Null sein. Vorzugsweise sind die besagten generellen Erkennungsabschnitte (generelle molekulare Sequenz oder generelles Epitop oder generelle molekulare Erkennungsgruppe) so auszuwählen, dass das Vorkommen eines für diesen generellen Erkennungsabschnitt spezifischen Bindungspartners in einer zuzuführenden Probe mit darin nachzuweisenden Analyten weitestgehend ausgeschlossen werden kann, sofern dieser Bindungspartner nicht zusätzlich der Probe hinzugefügt wird.
Eine andere mögliche Ausführungsform des erfindungsgemässen Kits ist dadurch gekennzeichnet, dass zu besagten Zwecken der „Referenzierang der Immobilisierangsdichte" ein Referenzierungsreagens zur Erkennung und / oder Bindung an die besagte generelle Sequenz oder an das besagte generelle Epitop oder an die besagte generelle molekulare Erkennungsgruppe der im gleichen Messbereich immobilisierten biologischen oder biochemischen oder synthetischen Erkennungselemente auf der Sensorplattform co- immobilisiert ist, gegebenfalls assoziiert mit besagten immobilisierten Erkennungselementen.
Für die eine bereits vorangehend genannte bevorzugte Ausführungsform eines erfindungsgemässen Kits wird weiterhin bevorzugt, dass zu besagten Zwecken der Referenzierang der Immobilisierangsdichte ein Referenzierungsreagens zur Erkennung und / oder Bindung an die besagte generelle Sequenz oder an das besagte generelle Epitop oder an die generelle molekulare Erkennungsgruppe der immobilisierten biologischen oder biochemischen oder synthetischen Erkennungselemente auf der Sensorplattform nach Immobilisierung der biologischen oder biochemischen oder synthetischen Erkennungselemente auf die Messbereiche der Sensorplattform aufgebracht wird. Dabei kann besagte „Referenzierung der Immobilisierangsdichte", d.h. die ortsaufgelöste Bestimmung der Dichte der immobilisierten Erkennungselemente in den Messbereichen, Bestandteil einer Qualitätskontrolle bei oder nach der Herstellung einer Sensorplattform, als Teil eines erfindungsgemässen Kits, sein.
Eine andere Möglichkeit besteht darin, dass zu besagten Zwecken der Referenzierung der Immobilisierungsdichte ein Referenzierungsreagens zur Erkennung und / oder Bindung an die besagte generelle Sequenz oder an das besagte generelle Epitop oder an die besagte generelle molekulare Erkennungsgruppe der immobilisierten biologischen oder biochemischen oder synthetischen Erkennungselemente auf der Sensorplattform im Laufe eines Nachweisverfahrens zur Bestimmung eines oder mehrerer Analyten auf die Messbereiche der Sensorplattform aufgebracht wird.
Besagte generelle molekulare Sequenz oder besagtes generelles Epitop oder besagte generelle molekulare Erkennungsgrappe (wie z.B. Biotin) der immobilisierten biologischen oder biochemischen oder synthetischen Erkennungselemente kann beispielsweise ausgewählt sein aus der Gruppe, die von Polynukleotiden, Polynukleotiden mit künstlichen Basen, PNAs („peptide nucleic acids"), PNA's mit künstlichen Basen, Proteinen. Antikörpern, Peptiden, Oligosacchariden, Lektinen, etc. gebildet wird.
Eine bevorzugte Ausführungsform ist dabei dadurch gekennzeichnet, dass besagte generelle Sequenz der immobilisierten biologischen oder biochemischen oder synthetischen Erkennungselemente eine Länge von 5 - 500, bevorzugt von 10 -100 Basen hat. Eine andere bevorzugte Ausführungsform des erfindungsgemässen Kits ist dadurch gekennzeichnet, dass die immobilisierten Erkennungselemente in den Messbereichen jeweils mit einer signalgebenden Komponente als Label assoziiert sind. Dabei kann weiterhin vorteilhaft sein, wenn besagte signalgebende Komponente als Label bei Bindung eines Analyten an das jeweilige damit assoziierte Erkennungselement ihre signalgebenden Eigenschaften ändert.
Ein den verschiedenen genannten Ausführungsformen eines erfindungsgemässen Kits gemeinsames Kennzeichen ist, dass besagte unterschiedliche Sequenzen oder unterschiedliche Epitope oder unterschiedliche molekulare Erkennungsgruppen der immobilisierten biologischen oder biochemischen oder synthetischen Erkennungselemente ausgewählt sind aus der Gruppe, die von Nukleinsäuren (beispielsweise DNA, RNA, Oligonukleotiden) und Nukleinsäureanalogen (z. B. PNA) sowie deren Derivaten mit künstlichen Basen, mono- oder polyklonalen Antikörpern, Peptiden, Enzymen, Aptameren, synthetischen Peptid- strukturen, Glycopeptiden, Glycoproteinen, Oligosacchariden, Lektinen, löslichen, membrangebundenen und aus einer Membran isolierten Proteinen, wie beispielsweise Rezeptoren, deren Liganden, Antigenen für Antikörper (z. B. Biotin für Streptavidin), "Histidin- Tag-Komponenten" und deren Komplexbildungspartnem, durch chemische Synthese erzeugten Kavitäten zur Aufnahme molekularer Imprints, etc. gebildet wird. Es ist auch vorgesehen, dass als biologische oder biochemische oder synthetische Erkennungselemente ganze Zellen, Zellbestandteile, Zellmembranen oder deren Fragmente aufgebracht werden.
Es wird bevorzugt, dass ein für bestimmte Ausführungsformen des erfindungsgemässen Kits erforderliches Referenzierungsreagens ein Label umfasst, welches ausgewählt ist aus der Gruppe, die von beispielsweise Lumineszenzlabeln, insbesondere lumineszenten Inter- kalatoren oder "molecular beacons", Absorptionslabeln, Massenlabeln, insbesondere Metallkolloiden oder Plastikbeads, Spin-Labeln, wie ESR- oder NMR-Labeln, radioaktiven Labein gebildet wird.
Bevorzugt wird, dass besagtes Referenzierungsreagens ein Lumineszenzlabel oder Absorptionslabel umfasst. Insbesondere kann besagtes Referenzierungsreagens auch einen Interkalator oder einen "molecular beacon" umfassen. Dabei wird bevorzugt, dass besagter Interkalator oder „molecular beacon" in Anwesenheit des Referenzierungsreagens seine signalgebenden Eigenschaften ändert. Besagtes Referenzierungsreagens kann vor oder im Laufe eines analytischen Nachweisverfahrens abgespalten werden oder mit den Erkennungselementen assoziiert bleiben.
Eine weitere vorteilhafte Ausführangsform des erfindungsgemässen Kits ist dadurch gekennzeichnet, dass besagtes Referenzierungsreagens eine Komponente aus der Gruppe umfasst, die beispielsweise von Polynukleotiden, Polynukleotiden mit künstlichen Basen, PNAs („peptide nucleic acids"), PNA's mit künstlichen Basen, Proteinen, Antikörpern, Biotin, Streptavidin, Peptiden, Oligosacchariden, Lektinen, etc. gebildet wird.
Ein weiteres gemeinsames Kennzeichen der genannten Ausführungsformen eines erfindungsgemässen Kits ist, dass der quantitative und / oder qualitative Nachweis besagter Vielzahl von Analyten die Verwendung einer oder mehrerer signalgebender Komponenten als Label umfasst, welche ausgewählt sein können aus der Gruppe, die von beispielsweise Lumineszenzlabeln, insbesondere lumineszenten Interkalatoren oder "molecular beacons", Absorptionslabeln, Massenlabeln, insbesondere Metallkolloiden oder Plastikbeads, Spin- Labeln, wie ESR- oder NMR-Labeln, radioaktiven Labein gebildet wird.
Es wird bevorzugt, dass das Label des Referenzierungsreagens und / oder ein gegebenfalls auf Absorptions- und / oder Lumineszenznachweis beruhender Analytnachweis auf Einsatz von Labels mit gleicher oder unterschiedlicher Absorptions- und / oder Lumineszenzwellenlänge beruhen.
Eine besondere Ausführangsform, basierend auf in den Messebereichen immobilisierten Erkennungselementen mit jeweils einer assoziierten signalgebenden Komponente als Label, ist dadurch gekennzeichnet, dass besagtes Label zusätzlich zur Referenzierung der Immobilisierungsdichte der Erkennungselemente auch zu einem Analytnachweis dient. Beispielsweise kann es sich bei besagtem Label um einen fluoreszenzen Interkalator handeln, welcher gebunden an eine einzelsträngige Nukleinsäure als immobilisertes Erkennungselement ein zwar sehr schwaches, aber noch messbares Signal liefert, woraus die Dichte der in den entsprechenden Messbereichen immobilisierten Erkennunsgelemente bestimmt werden kann. Bei Hybridisierung mit einer zumindest teilweise, insbesondere in der Region des immobiliserten Interkalators, komplementären (einzelsträngigen) Nukleinsäure als Analyt in einer zugeführten Probe kann es zu einer starken Erhöhung der Fluoreszenzintenität dieses Interkalators kommen, worauf basierend dann qualitativ und / oder quantitativ der betreffende Analyt auf diesem Messbereich nachgewiesen wird.
Es wird bevorzugt, dass der Analytnachweis auf der Bestimmung der Änderung einer oder mehrerer Lumineszenzen beruht.
Eine mögliche Ausführangsform ist dadurch gekennzeichnet, dass das Anregungslicht von einer oder mehreren Lichtquellen zur Erzeugung von Signalen signalerzeugender Komponenten für Zwecke der chemischen Referenzierung und / oder für den Nachweis eines oder mehrerer Analyten in einer Auflichtanordnung eingestrahlt wird.
Für zahlreiche Ausführungsformen wird bevorzugt, dass das mit den Messbereichen in Kontakt stehende Material der Sensorplattform innerhalb einer Tiefe von mindestens 200 nm von den Messbereichen bei mindestens einer Anregungswellenlänge transparent oder absorbierend ist.
Andere Ausführungsformen sind dadurch gekennzeichnet, dass das Anregungslicht von einer oder mehreren Lichtquellen zur Erzeugung von Signalen signalerzeugender Komponenten für Zwecke der Referenzierung der Immobilisierungsdichte und / oder für den Nachweis eines oder mehrerer Analyten in einer Transmissionslichtanordnung eingestrahlt wird.
Vielfach ist es von Vorteil, wenn das Material der Sensorplattform bei mindestens einer Anregungswellenlänge transparent ist.
Eine bevorzugte Ausführangsform eines erfindungsgemässen Kits ist dadurch gekennzeichnet, dass die Sensorplattform als ein optischer Wellenleiter ausgebildet ist, welcher vorzugsweise im wesentlichen planar ist. Dabei umfasst die Sensorplattform vorzugsweise ein Material aus der Gruppe, die von Silikaten, z. B. Glas oder Quarz, transparenten thermoplastischen oder spritzbaren Kunststoff, beispielsweise Polycarbonat, Polyimid, Acrylaten, insbesondere Polymethylmethacrylat, oder Polystyrolen gebildet wird.
Eine besonders bevorzugte Ausführangsform eines erfindungsgemässen Kits ist dadurch gekennzeichnet, dass die Sensorplattform einen optischen Dünnschichtwellenleiter mit einer bei mindestens einer Anregungswellenlänge transparenten Schicht (a) auf einer bei mindestens dieser Anregungswellenlänge ebenfalls transparenten Schicht (b) mit niedrigerem Brechungsindex als Schicht (a) umfasst.
Verschiedene Ausführungsformen derartiger Sensorplattformen und Verfahren zum Nachweis einer oder mehrerer Analyten unter Verwendung solcher Sensorplattformen sind ausführlich beispielsweise in den Patenten US 5,822,472, US 5,959,292 und US 6,078,705 sowie in den Patentanmeldungen WO 96/35940, WO 97/37211, WO 98/08077, WO 99/58963, PCT/EP 00/04869 und PCT/EP 00/07529 beschrieben. Ausführungsformen eines erfindungsgemässen Kits mit den in diesen Patenten oder Patentanmeldungen beschriebenen Ausführangsformen von Sensorplattformen, als integralem Bestandteil eines erfindungsgemässen Kits, und Verfahren zum Nachweis einer oder mehrerer Analyten unter Verwendung eines erfindungsgemässen Kits mit derartigen Sensorplattformen sind ebenfalls Gegenstand der vorliegenden Erfindung.
Für einen erfindungsgemässen Kit mit einem optischen Wellenleiter als Sensorplattform wird bevorzugt, dass das Anregungslicht von einer oder mehrerer Lichtquellen eingekoppelt wird in den optischen Wellenleiter mittels eines Verfahrens, welches ausgewählt ist aus der Gruppe, die von Stirnflächenkopplung, Entkopplung über angebrachte optische Fasern als Lichtleiter, Prismenkopplung, Gitterkopplung oder evaneszenter Kopplung durch Überlappung des evaneszenten Feldes besagten optischen Wellenleiters mit dem evaneszenten Feld eines weiteren, damit in Nahfeldkontakt gebrachten Wellenleiters gebildet wird.
Generell ist es anzustreben, die Erzeugung von Reflexionen eingestrahlten Anregungslichts weitestmöglich zu vermeiden, da diese im allgemeinen im wesentlichen nachteilig zu einer Erhöhung von Hintergrundsignalen fuhren. Beispielsweise ist mit dem Auftreten von Reflexionen prinzipiell jeweils beim Durchgang des Anregungslichts durch optische Grenzflächen zu Medien mit unterschiedlichen Brechungsindices zu rechnen. Daher ist es von Vorteil, wenn die Einkopplung des Anregungslichts von einer oder mehreren Lichtquellen in den optischen Wellenleiter mittels eines damit in Kontakt stehenden optischen Koppelelements erfolgt, welches ausgewählt ist aus der Gruppe von optischen Fasern als Lichtleiter, Prismen, gegebenenfalls über eine brechungsindexanpassende Flüssigkeit, und Gitter- kopplern. Besonders bevorzugt wird eine Ausführungsform des erfindungsgemässen Kits, welche dadurch gekennzeichnet ist, dass das Anregungslicht von einer oder mehreren Lichtquellen in die Schicht (a) mittels einer oder mehrerer in der Schicht (a) modulierten Gitterstrakturen (c) eingekoppelt wird.
Geeignete geometrische Anordnungen solcher Gitterstrukturen für eine Sensorplattform als Teil eines erfindungsgemässen Kits sind wiederum beispielsweise in den Patenten US 5,822,472, US 5,959,292 und US 6,078,705 sowie in den Patentanmeldungen WO 96/35940, WO 97/37211, WO 98/08077, WO 99/58963, PCT/EP 00/04869 und PCT/EP 00/07529 beschrieben und sind als integraler Bestandteil eines erfindungsgemässen Kits ebenfalls Gegenstand der vorliegenden Erfindung.
Für eine Vielzahl von Ausführungsformen wird bevorzugt, dass die Sensorplattform gleichförmige, unmodulierte Bereiche der Schicht (a) umfasst, welche vorzugsweise in Ausbreitungsrichtung des über eine Gitterstraktur (c) eingekoppelten und in der Schicht (a) geführten Anregungslichts angeordnet sind.
Generell gilt, dass Gitterstrukturen (c) der Einkopplung von Anregungslicht zu den Messbereichen (d) und / oder der Auskopplung von in die Schicht (a) rückgekoppeltem Lumineszenzlicht dienen können. In genereller Form wird die Sensorplattform daher eine Vielzahl von Gitterstrukturen (c) gleicher oder unterschiedlicher Periode mit optional daran an- schliessenden gleichförmigen, unmodulierten Bereichen der Schicht (a) auf einem gemeinsamen, durchgehenden Substrat umfassen.
In den Assay-Applikationen mit einem erfindungsgemässen Kit ist es im allgemeinen vorteilhaft, ein geeignetes Anregungslicht über eine Gitterstruktur (c) einzukoppeln, an welche sich in Ausbreitungsrichtung des eingekoppelten und in der Schicht (a) geführten Lichts ein unmodulierter Bereich der Schicht (a) mit einer darauf befindlichen Vielzahl von Messbereichen in einem Array anschliesst, auf denen der Nachweis der verschiedenen Analyten erfolgt. Daran wird sich in der Ausbreitungsrichtung des geführten Lichts vorteilhaft eine weitere Gitterstruktur mit einem dahinter befindlichen weiteren Array von Messbereichen anschliesst etc. Nach Durchlaufen eines unmodulierten Bereichs wird das in der Schicht (a) geführte Licht jeweils wieder ausgekoppelt. In der zur Ausbreitungsrichtung des geführten Lichts senkrechten Richtung (d.h. parallel zu den Gitterlinien) werden sich weitere Arrays von Messbereichen anschliessen. Daher wird bevorzugt, dass jedem in Ausbreitungsrichtung des eingekoppelten Anregungslichts nachfolgenden Array von Messbereichen eine für dieses Array spezifische Gitterstruktur (c) zur Auskopplung dieses Anregungslichts zugeordnet ist, wobei senkrecht zur Ausbreitungsrichtung des eingekoppelten Anregungslichts die Gitterstrakturen spezifisch für einzelne Arrays ausgebildet sein können oder sich auch über die ganze Sensorplattform in dieser Richtung erstrecken können. Dieses bedeutet also, dass das Einkoppelgitter eines in Ausbreitungsrichtung eines in der Schicht (a) einer Sensorplattform geführten Anregungslichts nachfolgenden Arrays als Auskoppelgitter für das am Einkoppelgitter des in besagter Ausbreitungsrichtung vorangehenden Arrays eingekoppelte Anregungslicht dient.
Für bestimmte Anwendungen, beispielsweise für den Einsatz von 2 oder mehr Lumines- zenzlabeln mit unterschiedlichen Anregungswellenlängen, ist es von Vorteil, wenn die Sensorplattform eine Überlagerung von 2 oder mehreren Gitterstrukturen unterschiedlicher Periodizität mit zueinander paralleler oder nicht paralleler, vorzugsweise nicht paralleler Ausrichtung der Gitterlinien umfasst, welche der Einkopplung von Anregungslicht unterschiedlicher Wellenlänge dient, wobei im Falle von 2 überlagerten Gitterstrukturen deren Gitterlinien vorzugsweise senkrecht zueinander ausgerichtet sind.
Die Unterteilung der Sensorplattform in Bereiche mit darin ausgebildeten Gitterstrukturen und sich darin anschliessenden unmodulierten Bereichen bedeutet für die Anwendung, dass der Platzbedarf für ein einzelnes Array von Messbereichen zwischen aufeinander folgenden Gitterstrakturen (einschliesslich von mindestens einer zugeordneten Gitterstruktur) ein gewisses Minimum nicht unterschreiten kann, welches bei den gegenwärtigen technischen Möglichkeiten zur Erzeugung der Gitterstrakturen sowie zur Einkopplung eines geeigneten Anregungslichtbündels in der Grössenordnung von etwa 0.1 mm bis 1 mm liegt. Daher ist es insbesondere für Anordnungen, in denen eine Vielzahl jeweils kleinflächiger Arrays erwünscht ist, von Vorteil, wenn eine Gitterstruktur (c) oder eine Überlagerung mehrerer Gitterstrakturen in der Schicht (a) im wesentlichen über die gesamte Fläche der Sensorplattform moduliert ist.
In einer Weiterentwicklung wird bevorzugt, dass auf der Sensorplattform optisch oder mechanisch erkennbare Markierungen zur Erleichterung der Justierung in einem optischen System und / oder zur Verbindung mit Probenbehältnissen als Teil eines analytischen Systems aufgebracht sind.
Sofern eine Eigenfluoreszenz der Schicht (b) nicht auszuschliessen ist, insbesondere wenn diese aus einem Kunststoff wie beispielsweise Polycarbonat besteht, oder auch um den Ein- fluss der Oberflächenrauhigkeit der Schicht (b) auf die Lichtleitung in der Schicht (a) zu vermindern, kann es von Vorteil sein, wenn zwischen den Schichten (a) und (b) eine Zwischenschicht aufgebracht ist. Daher besteht eine weitere Ausführangsform der erfindungsgemässen Anordnung darin, dass sich zwischen den optisch transparenten Schichten (a) und (b) und in Kontakt mit Schicht (a) eine weitere optisch transparente Schicht (b') mit niedrigerem Brechungsindex als dem der Schicht (a) und einer Stärke von 5 nm - 10000 nm, vorzugsweise von 10 nm - 1000 nm, befindet.
Die einfachste Form der Immobilisierung der biologischen oder biochemischen oder synthetischen Erkennungselemente besteht in physikalischer Adsorption, beispielsweise infolge hydrophober Wechselwirkungen zwischen den Erkennungselementen und der Grundplatte. Diese Wechselwirkungen können jedoch durch die Zusammensetzung des Mediums und dessen physikalisch-chemische Eigenschaften, wie beispielsweise Polarität und Ionenstärke, in ihrem Ausmass stark verändert werden. Insbesondere im Falle sequentieller Zugabe verschiedener Reagentien in einem mehrstufigen Assay ist das Haftvermögen der Erkennungselemente nach rein adsorptiver Immobilisierung auf der Oberfläche oft unzureichend. In einer bevorzugten Form des erfindungsgemässen Kits wird das Haftvermögen dadurch verbessert, dass zur Immobilisierung biologischer oder biochemischer oder synthetischer Erkennungselemente auf der Sensorplattform eine Haftvermittlungsschicht (f) aufgebracht ist. Die Haftvermittlungsschicht kann dabei auch, insbesondere im Falle zu immobilisierender biologischer oder biochemischer Erkennungselemente, der Verbesserung der "Biokompatibilität" von deren Umgebung dienen, d.h. der Erhaltung der Bindungsfähigkeit, im Vergleich zu deren natürlicher biologischer oder biochemischer Umgebung, und insbesondere der Vermeidung einer Denaturierang. Es wird bevorzugt, dass die Haftvermittlungsschicht (f) eine Stärke von weniger als 200 nm, vorzugsweise von weniger als 20 nm, hat. Für die Herstellung der Haftvermittlungsschicht eignen sich eine Vielzahl von Materialien. Ohne jegliche Einschränkung wird bevorzugt, dass die Haftvermittlungsschicht (f) eine oder mehrere chemische Verbindungen aus den Gruppen umfasst, die Silane, funktionalisierte Silane, Epoxide, funktionalisierte, geladene oder polare Polymere und "selbstorganisierte passive oder funktionalisierte Mono- oder Mehrfachschichten" umfassen.
Ein weiterer wesentlicher Aspekt des erfindungsgemässen Kits ist, dass die biologischen oder biochemischen oder synthetischen Erkennungselemente in räumlich getrennten Messbereichen (d) immobilisiert sind. Diese räumlich getrennten Messbereiche (d) können durch räumlich selektive Aufbringung von biologischen oder biochemischen oder synthetischen Erkennungselementen auf der Sensorplattform erzeugt werden. Für die Aufbringung eignen sich eine Vielzahl bekannter Verfahren. Ohne Beschränkung der Allgemeinheit wird bevorzugt, dass zur Aufbringung der biologischen oder biochemischen oder synthetischen Erkennungselemente auf der Sensorplattform eines oder mehrere Verfahren verwendet werden aus der Gruppe von Verfahren, die von "InkJet spotting", mechanischem Spotting mittels Stift, Feder oder Kapillare, "micro contact printing", fluidischer Kontaktierung der Messbereiche mit den biologischen oder biochemischen oder synthetischen Erkennungselementen durch deren Zufuhr in parallelen oder gekreuzten Mikrokanälen, unter Einwirkung von Druckunterschieden oder elektrischen oder elektromagnetischen Potentialen" sowie photochemischen und photolithographischen Immobilisierungsverfahren gebildet werden.
Eine weitere spezielle Ausführangsform des erfindungsgemässen Kits besteht darin, dass die Dichte der in diskreten Messbereichen immobilisierten Erkennungselemente zum Nachweis unterschiedlicher Analyten auf unterschiedlichen Messbereichen so ausgewählt ist, dass die Lumineszenzsignale beim Nachweis verschiedener Analyten in einem gemeinsamen Array von gleicher Grössenordnung sind, d.h., dass gegebenenfalls die zugehörigen Kalibrationskurven für die gleichzeitig durchzuführenden Analytbestimmungen ohne eine Änderung der elektronischen oder optoelektronischen Systemeinstellungen aufgenommen werden können.
Eine andere vorteilhafte Variante des erfindungsgemässen Kits ist dadurch gekenzeichnet, dass Arrays von Messbreichen aufgeteilt sind in Segmente von ein oder mehrereren Messbereichen zur Bestimmung von Analyten und Bereichen zwischen diesen Messbereichen oder zusätzlichen Messbereichen zu Zwecken der physikalischen Referenzierung, wie beispielsweise der in den Messbereichen verfügbaren Anregungslichtintensität oder des Einflusses von Änderungen äusserer Parameter, wie beispielsweise der Temperatur, sowie zu Zwecken der Referenzierang des Einflusses zusätzlicher physikalisch-chemischer Para- meter, wie beispielsweise unspezifischer Bindung an die Sensorplattform von Bestandteilen einer aufgebrachten Probe.
Für bestimmte Anwendungen, in denen beispielsweise Fragen der Reproduzierbarkeit der Ergebnisse mit einer Vielzahl von Arrays auf einer gemeinsamen Sensorplattform im Vordergrund stehen, ist es vorteilhaft, dass zwei oder mehr Arrays eine gleichartige geometrische Anordnung von Messbereichen und / oder Segmenten von Messbereichen für die Bestimmung gleichartiger Analyten auf diesen Arrays aufweisen.
Ebenfalls vor allem zur Untersuchung der Reproduzierbarkeit von Messungen auf verschiedenen Messbereichen kann es vorteilhaft sein, wenn ein oder mehrere Arrays Segmente von zwei oder mehr Messbereichen mit innerhalb des Segments gleichartigen biologischen oder biochemischen oder synthetischen Erkennungselementen zur Analytbestimmung oder Referenzierang umfassen.
In anderen Applikationen ist es wesentlich, die Einflüsse systematischer Fehler auf die Ergebnisse zu minimieren, wie sich diese beispielsweise durch eine Replikation gleichartiger Strukturen auf einer gemeinsamen Sensorplattform ergeben können. Beispielsweise hierfür kann es von Vorteil sein, dass zwei oder mehr Arrays eine unterschiedliche geometrische Anordnung von Messbereichen und / oder Segmenten von Messbereichen für die Bestimmung gleichartiger Analyten auf diesen Arrays aufweisen.
Der erfindungsgemässe Kit mit einer Vielzahl von Messbereichen in diskreten Arrays, von denen ihrerseits eine Vielzahl auf einer gemeinsamen Sensorplattform angeordnet sein kann, bietet die Möglichkeit, dass unter Einsatz relativ geringer Mengen von Probelösungen, Reagentien oder gegebenenfalls Kalibrationslösungen auf ein- und derselben Plattform, unter weitestgehend identischen Bedingungen, auch viele Arten von Duplikationen oder Mehrfachausführungen gleichartiger Messungen durchgeführt werden können. Damit können beispielsweise in einer einzigen Messung statistische Daten erzeugt werden, wofür herkömmlicherweise eine Vielzahl von Einzelmessungen mit entsprechend längerer Gesamt- Messzeit und höherem Verbrauch an Proben- und Reagentienmengen erforderlich sind. Es wird bevorzugt, dass für den Nachweis jedes Analyten oder zur Referenzierung jeweils 2 oder mehr identische Messbereiche innerhalb eines Segments oder Arrays vorgesehen sind. Dabei können beispielsweise besagte identische Messbereiche in einer durchgehenden Reihe oder Spalte oder Diagonalen eines Arrays oder Segments von Messbereichen angeordnet sein. Die Aspekte der Referenzierang können physikalische oder physikalischchemische Parameter der Sensorplattform betreffen, wie beispielsweise lokale Unterschiede der Anregungslichtintensität (siehe hierzu auch weiter unten), als auch Einflüsse der Probe, wie beispielsweise deren pH, Ionenstärke, Brechungsindex, Temperatur etc.
Für andere Applikationen kann es aber auch vorteilhaft sein, wenn besagte identische Messbereiche statistisch innerhalb eines Arrays oder Segments von Messbereichen angeordnet sind.
Die immobilisierten Erkennungselemente sind im allgemeinen so ausgewählt, dass sie mit möglichst hoher Spezifiziät den nachzuweisenden Analyten erkennen und binden. Im allgemeinen ist jedoch zu erwarten, dass auch eine unspezifische Anlagerung von Analyt- molekülen an die Oberfläche der Grundplatte stattfindet, insbesondere wenn zwischen den in den Messbereichen immobiliserten Erkennungselemente noch reaktive Freistellen vorhanden sind. Es wird daher bevorzugt, dass Bereiche zwischen den räumlich getrennten Messbereichen zur Minimerung unspezifischer Bindung von Analyten oder deren Nachweissubstanzen "passiviert werden", d.h. dass zwischen den räumlich getrennten Messbereichen (d) gegenüber dem Analyten "chemisch neutrale" Verbindungen aufgebracht sind, vorzugsweise beispielsweise bestehend aus den Gruppen, die von Albuminen, insbesondere Rinderserumalbumin oder Humanseramalbumin, Casein, unspezifischen, poly- klonalen oder monoklonalen, artfremden oder empirisch für den oder die nachzweisenden Analyten unspezifischen Antikörpern (insbesondere für Immunoassays), Detergentien - wie beispielsweise Tween 20 -, nicht mit zu analysierenden Polynukleotiden hybridisierender, fragmentierter natürlicher oder synthetischer DNA, wie beispielsweise ein Extrakt von Herings- oder Lachssperma (insbesondere für Polynukleotid-Hybridisierungsassays), oder auch ungeladenen, aber hydrophilen Polymeren, wie beispielsweise Polyethylenglycole oder Dextrane, gebildet werden.
Es ist auch möglich eine (zur Immobilisierung der biologischen oder biochemischen oder synthetischen Erkennungselemente) aktivierte Oberfläche (beispielsweise umfassend Poly- L-Lysin oder funktionalisierte Silane, beispielsweise mit Aldehyd- oder Epoxygrappen) zu passivieren mittels Zugabe von reduzierenden Reagentien, wie beispielsweise Natriumborhydrat. Wie vorangehend beschrieben, ist für viele, wenn nicht sogar die Mehrzahl von Applikationen eine solche Ausführungsform des erfindungsgemässen Kits von Vorteil, in denen eine Haftvermittlungsschicht vor der Immobilisierung der biologischen oder biochemischen oder synthetischen Erkennunsgelemente auf der Sensorplattform aufgebracht wurde. Dabei werden solche Ausführangsformen bevorzugt, welche dadurch gekennzeichnet sind, dass die Funktion der Passivierung von Bereichen zwischen den räumlich getrennten Messbereichen zur Minimerang unspezifischer Bindung von Analyten oder deren Nachweissubstanzen durch die Aufbringung besagter Haftvermittlungsschicht auf der Sensorplattform, ohne Aufbringung zusätzlicher Substanzen, erfüllt wird.
Der erfindungsgemässe Kit kann eine sehr grosse Anzahl einzelner Messbereiche umfassen. Es wird bevorzugt, dass in einer 2-dimensionalen Anordnung bis zu 100000 Messbereiche angeordnet sind und ein einzelner Messbereich eine Fläche von 0.001 - 6 mm2 einnimmt. Bevorzugt sind auf einer Sensorplattform als Bestandteil des erfindungsgemässen Kits mehr als 100, stärker bevorzugt mehr als 1000, noch mehr bevorzugt mehr als 10000 Messbereiche angeordnet.
Weiterer Gegenstand der Erfindung ist eine Ausführangsform des erfindungsgemässen Kits, in der die Oberseite der Sensorplattform mit den darauf erzeugten Messbereichen über der optisch transparenten Schicht (a) mit einem weiteren Körper derart zusammengebracht ist, dass zwischen der Sensorplattform als Grundplatte und besagtem Körper eine oder mehrere räumliche Aussparungen zur Erzeugung eines oder mehrerer gegeneinander fluidisch abgedichteter Probenbehältnisse erzeugt werden, in denen jeweils ein oder mehrere Messbereiche oder Segmente oder Arrays von Messbereichen liegen.
Eine dabei bevorzugte Ausführangsform ist dadurch gekennzeichnet, dass die Probenbehältnisse als gegeneinander fluidisch abgedichtete Flusszellen mit jeweils mindestens einem Zulauf und mindestens einem Ablauf ausgebildet sind und gegebenenfalls zusätzlich mindestens ein Ablauf jeder Flusszelle in ein mit dieser Flusszelle fluidisch verbundenes Reservoir führt, welches aus der Flusszelle austretende Flüssigkeit aufnimmt. Vorteilhafterweise ist dabei das gegebenenfalls zusätzlich vorhandene Reservoir zur Aufnahme aus der Flusszelle austretender Flüssigkeit als eine Vertiefung in der Aussenwand des mit der Sensorplattform als Grundplatte zusammengebrachten Körpers ausgebildet.
Für die Erzeugung der räumlichen Aussparungen zwischen der Sensorplattform als Grundplatte und dem damit zusammengebrachten Körper gibt es dabei verschiedene technische Möglichkeiten. In einer möglichen Anordnung sind auf der Sensorplattform als Grundplatte räumliche Strukturen im Raster des Arrays der zu erzeugenden Flusszellen ausgebildet. Diese Strukturen auf der Grundplatte können beispielsweise die Wände oder Teile der Wände, wie beispielsweise Sockel, zwischen den neben- und hintereinander angeordneten Flusszellen bilden, welche durch Zusammenbringen der Grundplatte mit einem entsprechend geformten Körper erzeugt werden. Um das Array von Flusszellen zu erzeugen, ist es auch möglich, dass zur Erzeugung der räumlichen Aussparungen zwischen der Sensorplattform als Grundplatte und dem damit zusammengebrachten Körper Ausnehmungen in der Sensorplattform ausgebildet sind.
Eine weitere Ausführangsform besteht darin, dass zur Erzeugung der Aussparungen zwischen der Grundplatte und dem damit zusammengebrachten Körper Ausnehmungen in besagtem Körper ausgebildet sind. Für diese Ausführangsform wird bevorzugt, dass die Grundplatte im wesentlichen planar ist.
Der mit der Gundplatte zusammenzubringende Körper zur Erzeugung des Arrays von Flusszellen kann aus einem einzigen Werkstück bestehen. Eine andere Ausführangsform besteht darin, dass der mit der Grundplatte zusammengebrachte Körper aus mehreren Teilen zusammengesetzt ist, wobei die zusammengefügten Bestandteile besagten Körpers vorzugsweise eine irreversibel zusammengefügte Einheit bilden.
Es wird bevorzugt, dass der mit der Grundplatte zusammengebrachte Körper hilfswei- seVorkehrungen umfasst, welche das Zusammenfügen besagten Körpers und der Grundplatte erleichtern.
Die Anordnung umfasst vorzugsweise eine Vielzahl, d. h. 2 - 2000 Probenbehältnissen, bevorzugt 2 - 400, besonders bevorzugt 2 - 100 Probenbehältnissen. Beispielsweise für Anwendungen, in denen die Zugabe der Proben und / oder zusätzlicher Reagentien direkt durch einen Dispenser erfolgen soll, wird bevorzugt, dass die Probenbehältnisse auf der den Messbereichen gegenüberliegenden Seite des mit der Sensorplattform als Grundplatte zusammengebrachten Körpers offen sind.
Bevorzugt wird, dass das Raster (Aufeinanderfolge in Zeilen und / oder Spalten) der Probenbehältnisse dem Raster der Wells einer Standardmikrotiterplatte entspricht.
Eine weitere Ausführangsform der Anordnung von Probenbehältnissen als Teil des erfindungsgemässen Kits ist dadurch gekennzeichnet, dass sie durch einen zusätzlichen Abschluss, beispielsweise eine Folie, Membran oder eine Deckplatte, abgeschlossen wird.
Durch Variation der Grundflächen und der Tiefe der Ausnehmungen kann die Aufnahmefähigkeit der Flusszellen in einem weiten Bereich variiert werden, so dass das Innenvolumen jedes Probenbehältnisses typischerweise 0.1 μl - 1000 μl, bevorzugt 1 μl - 20 μl beträgt. Dabei können die Innenvolumina verschiedener Flusszellen einer Anordnung gleich oder unterschiedlich sein.
Es wird bevorzugt, dass die Tiefe der Ausnehmungen zwischen der Sensorplattform als Grundplatte und dem damit zusammengefügten Körper 1 - 1000 μm, besonders bevorzugt 20 - 200 μm beträgt. Die Grosse der Ausnehmungen eines Arrays kann einheitlich oder unterschiedlich sein und die Grandfllächen können beliebige, vorzugsweise rechteck- oder polygonförmige oder auch andere Geometrie haben. Ebenso können die lateralen Abmessungen der Grundflächen in einem weiten Bereich variiert werden, wobei typischerweise die Grundflächen der Ausnehmungen zwischen der Grundplatte und dem damit zusammengefügten Körpers jeweils 0.1 mm2 - 200 mm2, bevorzugt 1 mm2 - 100 mm2 betragen. Es wird bevorzugt, dass die Ecken der Grundflächen abgerundet sind. Abgerundete Ecken wirken sich günstig auf das Strömungsprofil aus und erleichtern die Entfernung eventuell gebildeter Gasblasen aus den Flusszellen bzw. verhindern deren Entstehen.
Für die gleichzeitige Proben- oder Reagentienzugabe zu einer Vielzahl von Probenbehältnissen können Multikanalpipettoren für manuelle oder automatische Reagentien- applikation verwendet werden, bei denen die individuellen Pipetten in ein- oder zwei- dimensionalen Arrays angeordnet sind, sofern die Anordnung von Probenbehältnissen als Teil des erfindungsgemässen Kits die Zuläufe in dem entsprechenden Raster aufweist. Bevorzugt entspricht daher das Raster (Aufeinanderfolge in Zeilen und Spalten) der Anordnung dem Raster der Wells von Standardmikrotiterplatten. Als industrieller Standard ist dabei eine Anordnung von 8 x 12 Wells mit einem (Zentram-zu-Zentram) Abstand von ca. 9 mm etabliert. Hiermit kompatibel sind kleinere Arrays mit beispielsweise 3, 6, 12, 24 und 48 Wells in gleichem Abstand. Es können auch mehrere erfindungsgemässe Anordnungen von Probenbehältnissen mit solchen kleineren Arrays von Flusszellen derart zusammengefügt werden, dass die einzelnen Zuläufe besagter Flusszellen in einem ganzzahligen Vielfachen des Abstands von ca. 9 mm angeordnet sind.
Seit einiger Zeit werden auch Platten mit 384 und 1536 Wells, als ganzzahligem Vielfachen von 96 Wells auf gleicher Grundfläche mit ensprechend reduziertem Wellabstand, verwendet, welche ebenfalls als Standardmikrotiterplatten bezeichnet werden sollen. Durch die Anpassung des Rasters der Probenbehältnisse der erfindungsgemässen Anordnung, mit den Zu- und Abläufen jedes Probenbehältnisses, an diese Standards können eine Vielzahl kommerziell eingeführter und erhältlicher Labor-Pipettoren und -Roboter für die Probenzugabe verwendet werden.
Bevorzugt entsprechen die äusseren Grundabmessungen der Anordnung von Probenbehältnissen, als Teil des erfindungsgemässen Kits, den Grandabmessungen dieser Standard- Mikrotiterplatten.
Eine weitere spezielle Ausführangsform der Erfindung ist eine Anordnung von beispielsweise 2 bis 8 Probenbehältnissen als Teil des erfindungsgemässen Kits, mit den vorgängig genannten Eigenschaften, in einer Spalte oder beispielsweise 2 bis 12 Probenbehältnissen in einer Zeile, welche ihrereseits mit einem Träger ("Metaträger") mit den Abmessungen von Standardmikrotiterplatten derart zusammengefügt werden, dass das Raster (Aufeinanderfolge in Zeilen oder Spalten) der Zuläufe der Probenbehältnisse dem Raster der Wells einer Standardmikrotiterplatte entspricht.
Es können auch mehrere solche Spalten oder Zeilen von Probenbehältnissen mit einem einzigen derartigen Metaträger so zusammengefügt werden, dass das Raster (Aufeinanderfolge in Zeilen oder Spalten) der Zuläufe der Flusszellen dem Raster der Wells einer Standardmikrotiterplatte, d. h. einem ganzzahligen Vielfachen von 9 mm (entsprechend 96- Well-Platte) oder von 4.5 mm (entsprechend 384-Well-Platte, siehe oben) oder von 2.25 mm (entsprechend 1536-Well-Platte, siehe oben) entspricht.
Die Anordnung von Probenbehältnissen kann jedoch selbstverständlich auch in einem anderen Raster ausgebildet sein.
Die Materialien für den mit der Sensorplattform als Grundplatte zusammengebrachten Körper und einer gegebenenfalls verwendeten zusätzlichen Deckplatte müssen den Anforderungen für den jeweils geplanten Einsatz der Anordnung genügen. In Abhängigkeit von der spezifischen Applikation betreffen diese Anforderungen chemische und physikalische Beständigkeit, zum Beispiel gegen saure oder basische Medien, Salze, Alkohole oder Detergentien als Bestandteile von wässrigen Lösungen, oder Formamid, Temperaturbeständigkeit (zum Beispiel zwischen -30°C und 100°C), möglichst ähnliche thermische Ausdehnungskoeffizienten von Grundplatte und damit zusammengebrachtem Körper, optische Eigenschaften (z. B. Fluoreszenzfreiheit, Reflexionsvermögen), mechanische Bearbeit- barkeit etc. Es wird bevorzugt, dass das Material des mit der Grundplatte zusammgebrach- ten Körpers sowie eines optionalen zusätzlichen Abschlusses aus derselben Grappe wie das Material des "Metaträgers" ausgewählt ist. Dabei können die genannten Komponenten (mit der Sensorplattform als Grundplatte zusammengefügter Körper, Deckplatte) jeweils aus einem einheitlichen Material bestehen als auch eine Mischung oder schichtweise oder laterale Zusammenfügung verschiedener Materialien umfassen, wobei die Materialien sich gegenseitig ersetzen können.
Ein wesentlicher Aspekt der vorliegenden Erfindung kommt den Möglichkeiten zur ortsaufgelösten Referenzierbarkeit der verfügbaren Anregungslichtintensität zu. In herkömmlichen Anordnungen, mit Einstrahlung eines Anregungslichts in einer Auflicht- oder Transmissionsbeleuchtung, werden die verfügbaren Anregungslichtintensitäten einer beleuchteten Fläche im wesentlichen durch die Anregungslichtdichte im Querschnitt des Anregungslichtbündels bestimmt. Lokale Variationen in den Eigenschaften der beleuchteten Fläche (wie beispielsweise einem Glasplättchen) haben hier nur einen zweitrangigen Einfluss. In der Anordnung des erfindungsgemässen Kits jedoch sind lokale Variationen der physikalischen Parameter der Sensorplattform, wie beispielsweise die Einkoppeleffizienz der Gitterstraktur (c) zur Einkopplung des Anregungslichts in die optisch transparente Schicht (a), oder lokale Variationen der Ausbreitungsverluste eines geführten Modes in der optisch transparenten Schicht (a), von entscheidender Bedeutung. Ein weiterer wichtiger Gegenstand der Erfindung sind daher Ausführangsformen des erfindungsgemässen Kits, welche dadurch gekennzeichnet sind, dass die Vorkehrungen zur ortsaufgelösten Referenzierung der in den Messbereichen verfügbaren Anregungslichtintensität die gleichzeitige oder sequentielle Erstellung eines Bildes des von der Sensorplattform abgestrahlten Lichts bei der Anregungswellenlänge umfassen. Hierbei wird vorausgesetzt, dass die Streulichtverluste im wesentlichen proportional zur lokal geführten Lichtintensität sind. Die Streulichtverluste werden vorwiegend bestimmt durch die Oberflächenrauhigkeit und Homogenität der optisch transparenten Schicht (a) und des darunter befindlichen Substrats (optisch transparente Schicht (b)). Insbesondere ermöglicht diese Art der Referenzierang, eine Reduzierung der lokal verfügbaren Anregungslichtintensität in dessen Ausbreitungsrichtung zu berücksichtigen, wenn diese beispielsweise durch eine Absorption von Anregungslicht durch eine hohe lokale Konzentration im evaneszenten Feld der Schicht (a) befindlicher, bei der Anregungswellenlänge absorbierender Moleküle erfolgte.
Die Annahme der Proportionalität des abgestrahlten Streulichts zur Intensität des geführten Lichts gilt jedoch nicht an den Stellen, in denen eine Abstrahlung / Auskopplung durch lokale, in Kontakt mit der Schicht (a) stehende makroskopische Streuzentren erfolgt. An diesen Stellen ist das abgestrahlte Streulicht deutlich überproportional im Verhältnis zum geführten Licht. Daher ist es auch vorteilhaft, wenn die Vorkehrungen zur ortsaufgelösten Referenzierang der in den Messbereichen verfügbaren Anregungslichtintensität die gleichzeitige oder sequentielle Erstellung eines Bildes des von der Sensorplattform abgestrahlten Lichts bei der Lumineszenzwellenlänge umfassen. Beide Methoden können selbstverständlich auch miteinander kombiniert werden. Bei der Erstellung eines Referenzbildes sollten unterschiedliche Einflüsse der Abbildungsoptik auf die Erfassung der Messsignale ausgeschlossen werden. Daher wird bevorzugt, dass die Erstellung des Bildes des von der Sensorplattform abgestrahlten Anregungslichts über denselben optischen Weg wie die Erfassung der von den Messbereichen ausgehenden Lumineszenzen erfolgt.
Eine andere Ausführungsform ist dadurch gekennzeichnet, dass die Vorkehrungen zur ortsaufgelösten Referenzierang der in den Messbereichen verfügbaren Anregungslichtintensität die gleichzeitige oder sequentielle Erstellung eines Bildes des von der Sensorplattform abgestrahlten Lichts bei einer anderen Anregungswellenlänge als zur Anregung einer Lumineszenz umfassen. Weiterhin wird bevorzugt, dass die Ortsauflösung des Bildes zur Referenzierung des von der Sensoplattform abgestrahlten Anregungslichts auf der Sensorplattform besser als 100 μm, bevorzugt besser als 20 μm beträgt. Unter der Voraussetzung einer solchen Ortsauflösung wird weiterhin bevorzugt, dass die Vorkehrungen zur ortsaufgelösten Referenzierang der in den Messbereichen verfügbaren Anregungslichtintensität die Bestimmung des Hintergrandsignals bei der jeweiligen Lumineszenzwellenlänge neben oder zwischen den Messbereichen umfassen.
Eine bevorzugte Ausführangsform des erfindungsgemässen Kits ist dadurch gekennzeichnet, dass die ortsaufgelöste Referenzierung der in den Messbereichen verfügbaren Anregungslichtintensität mittels "Lumineszenzmarker-Spots", d.h. Bestimmung der Lumineszenzintensität aus Messbereichen mit präimmobilisierten (d.h. vor der Zugabe einer Probe bereits in diesen Messbereichen aufgebrachten) lumineszenzmarkierten Molekülen, erfolgt. Dabei wird bevorzugt, dass die "Lumineszenzmarker-Spots" in einem Raster aufgebracht sind, das die ganze Sensorplattform überspannt.
Für die Signaldetektion werden, wie nachfolgend noch genauer ausgeführt, bevorzugt orts- auflösende Detektoren, wie beispielsweise CCD-Kameras verwendet. Diese sind dadurch gekennzeichnet, dass ihre photosensitiven Elemente (Pixels) ein bestimmtes (vor allem thermisch bedingtes) Hintergrandsignal aufweisen, was die untere Schwelle der Detektion eines lokalen Lichtsignals bestimmt, und auch eine Maximalkapazität (Sättigung) zur Detektion hoher Lichtintensitäten besitzen. Die Differenz zwischen diesen Schwellwerten bestimmt, bei einer vorgegebenen Belichtungsdauer, den dynamischen Bereich der Signaldetektion. Innerhalb dieses dynamischen Bereichs sollten sich sowohl die zu erfassenden Lumineszenzsignale zur Analytdetektion als auch die Referenzsignale bewegen. Vorteilhaft ist dabei, wenn beide Signale von gleicher Grössenordnung sind, d.h. sich beispielsweise um nicht mehr als ein oder zwei Zehnerpotenzen unterscheiden. Erfindungsgemäss kann dieses beispielsweise dadurch erreicht werden, dass die Dichte der lumineszenzmarkierten Moleküle innerhalb eines "Lumineszenzmarker-Spots" mittels Mischung mit gleichartigen, unmarkierten Molekülen bei der Immobilisierung so ausgewählt ist, dass die Lumineszenzintensität aus den Bereichen der Lumineszenzmarkerspots von ähnlicher Grössenordnung wie die Lumineszenzintensität der aus den für einen Analytnachweis vorgesehenen Messbereiche ist. Die Dichte und Konzentration der lumineszenzmarkierten Moleküle innerhalb der "Lumineszenzmarker-Spots" innerhalb eines Arrays sollen bevorzugt auf der gesamtem Sensorplattform einheitlich sein.
Bei dieser Art der Referenzierang wird ihre Ortsauflösung wesentlich von der Dichte der "Lumineszenzmarker-Spots" innerhalb eines Arrays bzw. auf der ganzen Sensorplattform bestimmt. Der Abstand und / oder die Grosse verschiedener "Lumineszenzmarker-Spots" werden vorzugsweise auf die erwünschte Ortsauflösung bei der Bestimmung der Lumineszenzintensitäten aus den diskreten Messbereichen abgestimmt.
Es ist erwünscht, dass jedes Array auf der Sensorplattform mindestens einen "Lumineszenzmarker-Spot" umfasst. Vorteilhaft ist, wenn es zu jedem Segment von Messbereichen zur Bestimmung eines Analyten mindestens einen benachbarten "Lumineszenzmarker-Spot" gibt. Besonders vorteilhaft ist, wenn jeder Messbereich von „Lumineszenzmarker-Spots" umgeben ist.
Für die geometrische Anordnung der "Lumineszenzmarker-Spots" innerhalb eines Arrays bzw. auf der Sensorplattform gibt es eine Vielzahl von Möglichkeiten. Beispielsweise besteht eine mögliche Anordnung darin, dass jedes Array eine durchgehende Reihe und / oder Spalte von "Lumineszenzmarker-Spots" parallel und / oder senkrecht zur Ausbreitungsrichtung des eingekoppelten Anregungslichts, zur Bestimmung der zweidimensionalen Verteilung des eingekoppelten Anregungslichts im Bereich besagten Arrays, umfasst.
Es ist vorgesehen, dass die Vorkehrangen zur ortsaufgelösten Referenzierung der in den Messbereichen verfügbaren Anregungslichtintensität eine Durchschnittsbildung über mehrere ortsaufgelöste Referenzsignale umfassen. Im Falle von nicht statistisch, sondern systematisch variierender Anregungslichtintensitäten in Form eines über bestimmte Entfernungen vorliegenden Gradienten kann es vorteilhaft sein, wenn auf den zu erwartenden Wert der Anregungslichtintensität eines zwischen verschiedenen Bereichen zur ortsaufgelösten Referenzierang liegenden Messbereichs interpoliert wird.
Ein weiteres wesentliches Merkmal des erfindungsgemässen Kits betrifft Vorkehrungen, um in Anwesenheit einer oder mehrerer Analyten erfasste Lumineszenzsignale zu kalibrieren. Eine mögliche Ausführangsform besteht darin, dass besagte Vorkehrungen zur Kalibration von infolge der Bindung eines oder mehrerer Analyten oder infolge der spezifischen Wechselwirkung mit einem oder mehreren Analyten erzeugten Lumineszenzen die Zugabe von Kalibrationslösungen mit bekannten Konzentrationen der nachzuweisenden Analyten auf eine vorbestimmte Anzahl von Arrays umfassen. Beispielsweise ist es möglich, dass 8 - 12 Arrays einer Sensorplattform für Kalibrationszwecke vorgesehen sind.
Mit der Vielzahl von Messbereichen auf einer Sensorplattform ermöglicht der erfindungs- gemässe Kit eine weitere, bislang nicht beschriebene Möglichkeit der Kalibration. Diese besteht darin, dass es im wesentlichen nicht notwendig ist, eine Vielzahl von Kalibrationslösungen mit unterschiedlichen, bekannten Konzentrationen auf ein oder mehrere Arrays zu geben, sondern in den für Kalibrationszwecke vorgesehenen Messbereichen die zum Analytnachweis eingesetzten biologischen oder biochemischen oder synthetischen Erkennungselemente in bekannter, aber unterschiedlicher lokaler Konzentration zu immobilisieren. Ebenso wie durch Zugabe verschiedener Kalibrationslösungen unterschiedlicher Analytkonzentrationen auf ein Array mit Erkennungselementen in einer einzelnen konstanten Immobilisierangsdichte eine Kalibrationskurve generiert werden kann, ist es prinzipiell möglich, eine solche Standardkurve, welche die Bindungsaktivität und Häufigkeit der Bindungsereignisse zwischen einem Analyten und seinen Nachweiselementen widerspiegelt, durch Zugabe einer einzigen Kalibrationslösung auf ein Array mit Erkennungselementen in einer unterschiedlichen Immobilisierangsdichte zu erzeugen. Wesentlich für die Durchführbarkeit dieser, vereinfachten Art der Kalibration ist, dass das Bindungsverhalten zwischen einem Analyten und seinen Erkennungselementen genau bekannt ist, und dass die Variation, d.h. die Spannbreite zwischen niedrigster und höchster Immobilisierungsdichte in den für einen Analyten vorgesehenen Messbereichen zur Kalibration ausreichend ist, um den gesamten für die Analytdetektion vorgesehenen Arbeitsbereich eines Assays abzudecken.
Daher ist weiterer Gegenstand der Erfindung ein Kit, welcher dadurch gekennzeichnet ist, dass in einem oder mehreren Arrays jeweils mehrere Messbereiche mit dort in einer unterschiedlichen, kontrollierten Dichte immobilisierten biologischen oder biochemischen oder synthetischen Erkennungselementen zum Nachweis eines für diese Messbereiche gemeinsamen Analyten vorgesehen sind. Dabei wird besonders bevorzugt, dass bei bekannter Konzentrationsabhängigkeit der Bindungssignale zwischen einem Analyten und seinen biologischen oder biochemischen oder synthetischen Erkennungselementen und einer ausreichend grossen "Variation" dieser in unterschiedlicher kontrollierter Dichte in verschiedenen Messbereichen eines Arrays immobilisierten Erkennungselemente bereits mittels Zugabe einer einzigen Kalibrationslösung zu diesem Array eine Kalibrationskurve für diesen Analyten erstellt werden kann.
Ein weiterer Gegenstand der Erfindung ist die Verwendung eines Kits nach einer der genannten Ausführangsformen in einem analytischen System zur Bestimmung einer oder mehrerer Lumineszenzen.
Ein weiterer Gegenstand der Erfindung ist ein analytisches System mit einer beliebigen Ausfuhrungsform des erfindungsgemässen Kits, dadurch gekennzeichnet, dass es zusätzlich mindestens einen Detektor zur Erfassung einer oder mehrerer Lumineszenzen umfasst.
Weiterer Gegenstand der Erfindung ist ein analytisches System zur Bestimmung einer oder mehrerer Lumineszenzen, mit
- mindestens einer Anregungslichtquelle
- einem erfindugsgemässen Kit sowie
- mindestens einem Detektor zur Erfassung des von einem oder mehreren Messbereichen (d) auf der Sensorplattform ausgehenden Lichts.
Eine mögliche Ausführangsform des analytisches System ist dadurch gekennzeichnet, dass das Anregungslicht in einer Auflicht- oder Transmissionslichtanordnung zu den Messbereichen eingestrahlt wird.
Eine bevorzugte Ausführangsform des erfindungsgemässen analytischen Systems ist dadurch gekennzeichnet, dass das von der mindestens einen Anregungslichtquelle ausgesandte Anregungslicht im wesentlichen parallel ist und unter dem Resonanzwinkel zur Einkopplung in die optisch transparente Schicht (a) auf eine in der Schicht (a) modulierte Gitterstruktur (c) eingestrahlt wird.
Eine Möglichkeit besteht darin, dass das Anregungslicht von mindestens einer Lichtquelle mit einer Aufweitungsoptik zu einem im wesentlichen parallelen Strahlenbündel aufgeweitet wird und unter dem Resonanzwinkel zur Einkopplung in die optisch transparente Schicht (a) auf eine grossflächige in der Schicht (a) modulierte Gitterstraktur (c) eingestrahlt wird.
Es wird bevorzugt, dass die Detektion des Lumineszenzlichts derart erfolgt, dass das von einer Gitterstraktur (c) oder (c') ausgekoppelte Lumineszenzlicht vom Detektor mit erfasst wird.
Eine Vielzahl weiterer geeigneter analytischer Systeme mit einem erfindungsgemässen Kit als deren Bestandteil sind beispielsweise in den Patenten US 5,822,472, US 5,959,292 und US 6,078,705 sowie in den Patentanmeldungen WO 96/35940, WO 97/37211, WO 98/08077, WO 99/58963, PCT/EP 00/04869 und PCT/EP 00/07529 beschrieben und bei Verwendung eines erfindungsgemässen Kits ebenfalls Gegenstand der vorliegenden Erfindung.
Es wird weiterhin bevorzugt, dass das erfindungsgemässe analytische System zusätzlich Zuführangsmittel umfasst, um die eine oder mehrere Proben mit den Messbereichen auf der Sensorplattform in Kontakt zu bringen.
Eine Weiterentwicklung des analytischen Systems ist dadurch gekennzeichnet, dass Behältnisse für Reagentien vorgesehen sind, welche während des Verfahrens zum Nachweis des einen oder mehrerer Analyten benetzt und mit den Messbereichen in Kontakt gebracht werden
Ein weiterer Gegenstand der Erfindung ist ein Verfahren zum gleichzeitigen qualitativen und / oder quantitativen Nachweis einer Vielzahl von Analyten mit einem erfindungsgemässen Kit nach einer der genannten Ausführangsformen und / oder unter Verwendung eines erfindungsgemässen analytischen Systems nach einer der genannten Ausführungs- formen, dadurch gekennzeichnet, dass zu Zwecken der "Referenzierang der Immobilisierangsdichte", d.h. zur ortsaufgelösten Bestimmung der Dichte der immobilisierten biologischen oder biochemischen oder synthetischen Erkennungselemente in den Messbereichen, diese Erkennungselemente jeweils mit einer signalgebenden Komponente als Label assoziiert sind oder / und besagte Erkennungselemente eine bestimmte molekulare Sequenz oder ein bestimmtes molekulares Epitop oder eine bestimmte molekulare Erkennungsgrappe aufweisen, woran ein Nachweisreagens (Referenzierungsreagens), gegebenenfalls mit einer damit assoziierten signalgebenden Komponente als Label, zur Bestimmung besagter Dichte immobiliserter Erkennungselemente, bindet, und dass die Signale besagter signalgebender Komponenten ortsaufgelöst aufgenommen werden. Dabei können die Bestimmung der Immobilisierangsdichte der biologischen oder biochemischen oder synthetischen Erkennungselemente auf der Sensorplattform und der Nachweis besagter Vielzahl von Analyten unabhängig voneinander durchgeführt werden. Insbesondere kann die Bestimmung der Immobilisierangsdichte der biologischen oder biochemischen oder synthetischen Erkennungselemente auf der Sensorplattform ein Bestandteil der Qualitätskontrolle bei oder nach Herstellung besagter Sensorplattform sein.
Eine bevorzugte Ausführangsform des erfindungsgemässen Verfahrens ist dadurch gekennzeichnet, dass die immobilisierten Erkennungselemente in den Messbereichen jeweils eine generelle molekulare Sequenz oder ein generelles Epitop oder eine generelle molekulare Erkennungsgrappe zu Zwecken der Referenzierang der Immobilisierungsdichte und eine, zur Erkennung und / oder Bindung verschiedener Analyten, unterschiedliche Sequenz oder unterschiedliches Epitop oder unterschiedliche molekulare Erkennungsgruppe aufweisen. Dabei können besagte generelle molekulare Sequenz oder besagtes generelles Epitop oder besagte generelle molekulare Erkennungsgrappe zu Zwecken der Referenzierung der Immobilisierungsdichte und eine, zur Erkennung und / oder Bindung verschiedener Analyten, unterschiedliche Sequenz oder unterschiedliches Epitop oder unterschiedliche molekulare Erkennungsgrappe in einem Erkennungselement zueinander benachbart auftreten. Zur Verbesserung der Zugänglichkeit für einen nachzuweisenden Analyten wird jedoch bevorzugt, dass sie innerhalb eines Erkennungselements ausreichend weit voneinander entfernt sind, so dass es zu keiner Behinderung des Zugangs eines Analyten zu der für seine Erkennung spezifischen Sequenz oder dem für seine Erkennung spezifischen Epitop oder molekularen Erkennungsgruppe des immobilisierten Erkennungselements kommt. Beispielsweise können der generelle und der spezifische Erkennungsabschnitt (begrifflich umfassend Erkennungssequenz und -epitop) eines immobilisierten Erkennungselements durch einen sogenannten molekularen Spacer (z.B. umfassend ein Kettenmolekül mit Kohlenwassserstoff- grappen) voneinander getrennt sein. Beispielsweise können in einem erfindungsgemässen Verfahren mit einem erfindungsgemässen Kit Erkennungselemente auch Abschnitte mit einer generellen Nukleinsäurequenz zu Zwecken der „Referenzierang der Immobilisierangsdichte", beispielsweise in einem Hybridisierangsschritt mit fluoreszenzmarkierten, zu dieser generellen Sequenz komplementären Oligonukleotiden, und mit der generellen Nukleinsäuresequenz chemisch verknüpfte Antikörper oder Antikörperfragmente mit unterschiedlichen, jeweils für verschiedene Analyten spezifischen Erkennungsepitopen, umfassen. Grundsätzlich sollte eine mögliche Kreuzreaktivität zwischen der (spezifischen) Bindung eines nachzuweisenden Analyten an den für ihn vorgesehenen, spezifischen Erkennungsabschnitt und einer möglichen (unspezifischen) Bindung an den generellen Erkennungsabschnitt eines Analyten so gering wie möglich, im Idealfall gleich Null sein. Vorzugsweise sind die besagten generellen Erkennungsabschnitte (generelle molekulare Sequenz oder generelles Epitop oder generelle molekulare Erkennungsgrappe) so auszuwählen, dass das Vorkommen eines für diesen generellen Erkennungsabschnitt spezifischen Bindungspartners in einer zuzuführenden Probe mit darin nachzuweisenden Analyten weitestgehend ausgeschlossen werden kann, sofern dieser Bindungspartner nicht zusätzlich der Probe hinzugefügt wird.
Eine andere mögliche Ausführangsform des erfindungsgemässen Verfahrens ist dadurch gekennzeichnet, dass zu besagten Zwecken der Referenzierang der Immobilisierangsdichte ein Referenzierungsreagens zur Erkennung und / oder Bindung an die besagte generelle Sequenz oder an das besagte generelle Epitop oder an die besagte generelle molekulare Erkennungsgrappe der im gleichen Messbereich immobilisierten biologischen oder biochemischen oder synthetischen Erkennungselemente auf der Sensorplattform co-immobilisiert ist, gegebenfalls assoziiert mit besagten immobilisierten Erkennungselementen.
Für die eine bereits vorangehend genannte bevorzugte Ausführangsform eines erfindungsgemässen Verfahrens wird weiterhin bevorzugt, dass zu besagten Zwecken der Referenzierung der Immobilisierangsdichte ein Referenzierungsreagens zur Erkennung und / oder Bindung an die besagte generelle Sequenz oder an das besagte generelle Epitop oder an die generelle molekulare Erkennungsgrappe der immobilisierten biologischen oder biochemischen oder synthetischen Erkennungselemente auf der Sensorplattform nach Immobilisierung der biologischen oder biochemischen oder synthetischen Erkennungselemente auf die Messbereiche der Sensorplattform aufgebracht wird. Dabei kann besagte „Referenzierung der Immobilisierangsdichte", d.h. die ortsaufgelöste Bestimmung der Dichte der immobilisierten Erkennungselemente in den Messbereichen, Bestandteil einer Qualitätskontrolle bei oder nach der Herstellung einer Sensorplattform, als Teil eines erfindungsgemässen Verfahrens, sein. Eine andere Möglichkeit besteht darin, dass zu besagten Zwecken der Referenzierang der Immobilisierangsdichte ein Referenzierungsreagens zur Erkennung und / oder Bindung an die besagte generelle Sequenz oder an das besagte generelle Epitop der immobilisierten biologischen oder biochemischen oder synthetischen Erkennungselemente auf der Sensorplattform im Laufe eines Nachweisverfahrens zur Bestimmung eines oder mehrerer Analyten auf die Messbereiche der Sensorplattform aufgebracht wird.
Besagte generelle molekulare Sequenz oder besagtes generelles Epitop oder besagte generelle molekulare Erkennungsgrappe (wie z.B. Biotin) der immobilisierten biologischen oder biochemischen oder synthetischen Erkennungselemente kann beispielsweise ausgewählt sein aus der Grappe, die von Polynukleotiden, Polynukleotiden mit künstlichen Basen, PNAs („peptide nucleic acids"), PNA's mit künstlichen Basen, Proteinen. Antikörpern, Peptiden, Oligosacchariden, Lektinen, etc. gebildet wird.
Eine bevorzugte Ausführangsform ist dabei dadurch gekennzeichnet, dass besagte generelle Sequenz der immobilisierten biologischen oder biochemischen oder synthetischen Erkennungselemente eine Länge von 5 - 500, bevorzugt von 10 - 100 Basen hat
Eine andere bevorzugte Ausführangsform des erfindungsgemässen Verfahrens ist dadurch gekennzeichnet, dass die immobilisierten Erkennungselemente in den Messbereichen jeweils mit einer signalgebenden Komponente als Label assoziiert sind. Dabei kann weiterhin vorteilhaft sein, wenn besagte signalgebende Komponente als Label bei Bindung eines Analyten an das jeweilige damit assoziierte Erkennungselement ihre signalgebenden Eigenschaften ändert.
Ein den verschiedenen genannten Ausführangsformen eines erfindungsgemässen Verfahrens gemeinsames Kennzeichen ist, dass besagte unterschiedliche Sequenzen oder unterschiedliche Epitope der immobilisierten biologischen oder biochemischen oder synthetischen Erkennungselemente ausgewählt sind aus der Grappe, die von Nukleinsäuren (beispielsweise DNA, RNA, Oligonukleotiden) und Nukleinsäureanalogen (z. B. PNA) sowie deren Derivaten mit künstlichen Basen, mono- oder polyklonalen Antikörpern, Peptiden, Enzymen, Aptameren, synthetischen Peptidstrakturen, Glycopeptiden, Glycoproteinen, Oligosacchariden, Lektinen, löslichen, membrangebundenen und aus einer Membran isolierten Proteinen, wie beispielsweise Rezeptoren, deren Liganden, Antigenen für Antikörper, "Histidin-Tag-Komponenten" und deren Komplexbildungspartnern, durch chemische Synthese erzeugten Kavitäten zur Aufnahme molekularer Imprints, etc. gebildet wird. Es ist auch vorgesehen, dass als biologische oder biochemische oder synthetische Erkennungselemente ganze Zellen, Zellbestandteile, Zellmembranen oder deren Fragmente aufgebracht werden.
Es wird bevorzugt, dass ein für bestimmte Ausführangsformen des erfindungsgemässen Verfahrens erforderliches Referenzierungsreagens ein Label umfasst, welches ausgewählt ist aus der Grappe, die von beispielsweise Lumineszenzlabeln, insbesondere lumineszenten Interkalatoren oder "molecular beacons", Absorptionslabeln, Massenlabeln, insbesondere Metallkolloiden oder Plastikbeads, Spin-Labeln, wie ESR- oder NMR-Labeln, radioaktiven Labein gebildet wird.
Bevorzugt wird, dass besagtes Referenzierungsreagens ein Lumineszenzlabel oder Absorptionslabel umfasst. Insbesondere kann besagtes Referenzierungsreagens auch einen Interkalator oder einen "molecular beacon" umfassen. Dabei wird bevorzugt, dass besagter Interkalator oder „molecular beacon" in Anwesenheit des Referenzierungsreagens seine signalgebenden Eigenschaften ändert.
Besagtes Referenzierungsreagens kann vor oder im Laufe eines analytischen Nachweisverfahrens abgespalten werden oder mit den Erkennungselementen assoziiert bleiben.
Eine weitere vorteilhafte Ausführangsform des erfindungsgemässen Verfahrens ist dadurch gekennzeichnet, dass besagtes Referenzierungsreagens eine Komponente aus der Grappe umfasst, von Polynukleotiden, Polynukleotiden mit künstlichen Basen, PNAs („peptide nucleic acids"), PNA's mit künstlichen Basen, Proteinen. Antikörpern, Biotin, Streptavidin, Peptiden, Oligosacchariden, Lektinen, etc. gebildet wird
Ein weiteres gemeinsames Kennzeichen der genannten Ausführangsformen eines erfindungsgemässen Verfahrens ist, dass der quantitative und / oder qualitative Nachweis besagter Vielzahl von Analyten die Verwendung einer oder mehrerer signalgebender Komponenten als Label umfasst, welche ausgewählt sein können aus der Grappe, die von beispielsweise Lumineszenzlabeln, insbesondere lumineszenten Interkalatoren oder "molecular beacons", Absorptionslabeln, Massenlabeln, insbesondere Metallkolloiden oder Plastikbeads, Spin-Labeln, wie ESR- oder NMR-Labeln, radioaktiven Labein gebildet wird.
Es wird bevorzugt, dass das Label des Referenzierungsreagens und / oder ein gegebenfalls auf Absorptions- und / oder Lumineszenznachweis beruhender Analytnachweis auf Einsatz von Labels mit gleicher oder unterschiedlicher Absorptions- und / oder Lumineszenzwellenlänge beruhen.
Eine besondere Ausführangsform, basierend auf in den Messebereichen immobilisierten Erkennungselementen mit jeweils einer assoziierten signalgebenden Komponente als Label, ist dadurch gekennzeichnet, dass besagtes Label zusätzlich zur Referenzierung der Immobilisierungsdichte der Erkennungselemente auch zu einem Analytnachweis dient. Beispielsweise kann es sich bei besagtem Label um einen fluoreszenzen Interkalator handeln, welcher gebunden an eine einzelsträngige Nukleinsäure als immobilisertes Erkennungselement ein zwar sehr schwaches, aber noch messbares Signal liefert, woraus die Dichte der in den entsprechenden Messbereichen immobilisierten Erkennunsgelemente bestimmt werden kann. Bei Hybridisierang mit einer zumindest teilweise, insbesondere in der Region des immobiliserten Interkalators, komplementären (einzelsträngigen) Nukleinsäure als Analyt in einer zugeführten Probe kann es zu einer starken Erhöhung der Fluoreszenzintenität dieses Interkalators kommen, worauf basierend dann qualitativ und / oder quantitativ der betreffende Analyt auf diesem Messbereich nachgewiesen wird.
Es wird bevorzugt, dass der Analytnachweis auf der Bestimmung der Änderung einer oder mehrerer Lumineszenzen beruht.
Eine mögliche Ausführangsform ist dadurch gekennzeichnet, dass das Anregungslicht von einer oder mehreren Lichtquellen zur Erzeugung von Signalen signalerzeugender Komponenten für Zwecke der Referenzierang der Immobilisierungsdichte und / oder für den Nachweis eines oder mehrerer Analyten in einer Auflichtanordnung eingestrahlt wird.
Andere Ausführangsformen sind dadurch gekennzeichnet, dass das Anregungslicht von einer oder mehreren Lichtquellen zur Erzeugung von Signalen signalerzeugender Komponenten für Zwecke der Referenzierang der Immobilisierangsdichte und / oder für den Nachweis, eines oder mehrerer Analyten in einer Transmissionslichtanordnung eingestrahlt wird. Ein bevorzugter Gegenstand der Erfindung ist eine Ausführangsform des erfindungsgemässen Verfahrens, welche dadurch gekennzeichnet ist, dass die Sensorplattform als ein optischer Wellenleiter ausgebildet ist, welcher vorzugsweise im wesentlichen planar ist, und dass das Anregungslicht von einer oder mehrerer Lichtquellen eingekoppelt wird in den optischen Wellenleiter mittels eines Verfahrens, welches ausgewählt ist aus der Gruppe, die von Stirnflächenkopplung, Einkopplung über angebrachte optische Fasern als Lichtleiter, Prismenkopplung, Gitterkopplung oder evaneszenter Kopplung durch Überlappung des evaneszenten Feldes besagten optischen Wellenleiters mit dem evaneszenten Feld eines weiteren, damit in Nahfeldkontakt gebrachten Wellenleiters gebildet wird.
Bevorzugt wird dabei, dass die Einkopplung des Anregungslichts von einer oder mehreren Lichtquellen in den optischen Wellenleiter mittels eines damit in Kontakt stehenden optischen Koppelelements erfolgt, welches ausgewählt ist aus der Grappe von optischen Fasern als Lichtleiter, Prismen, gegebenenfalls über eine brechungsindexanpassende Flüssigkeit, und Gitterkopplern.
Besonders bevorzugt wird eine solche Ausführangsform des erfindungsgemässen Verfahrens, welche dadurch gekennzeichnet ist, dass die Sensorplattform einen optischen Dünnschichtwellenleiter mit einer bei mindestens einer Anregungswellenlänge transparenten Schicht (a) auf einer bei mindestens dieser Anregungswellenlänge ebenfalls transparenten Schicht (b) mit niedrigerem Brechungsindex als Schicht (a) umfasst und dass das Anregungslicht von einer oder mehreren Lichtquellen in die Schicht (a) mittels einer oder mehrerer in der Schicht (a) modulierten Gitterstrakturen (c) eingekoppelt wird.
Diese Ausführangsform des Verfahrens kann derart durchgeführt werden, dass eine oder mehrere auf besagte Analyten zu untersuchende flüssige Proben mit den Messbereichen auf der Sensorplattform in Kontakt gebracht werden, eine oder mehrere im Nahfeld der Schicht (a) erzeugte Lumineszenzen aus den mit besagter Probe oder besagten Proben in Kontakt gebrachten Messbereichen, als Folge der Bindung eines oder mehrerer Analyten an die in besagten Messbereichen immobilisierten biologischen oder biochemischen oder synthetischen Erkennungselemente oder der Wechselwirkung zwischen besagten Analyten und besagten immobilisierten Erkennungselementen, gemessen werden und gegebenenfalls zusätzlich in ortsaufgelöster Weise die in besagten Messbereichen verfügbare Anregungslichtintensität referenziert wird. Es wird bevorzugt, dass (1) die isotrop abgestrahlte Lumineszenz oder (2) in die optisch transparente Schicht (a) eingekoppelte und über Gitterstrakturen (c) ausgekoppelte Lumineszenz oder Lumineszenzen beider Anteile (1) und (2) gleichzeitig gemessen werden.
Bestandteil des erfindungsgemässen Verfahrens ist, dass zur Erzeugung der Lumineszenz ein Lumineszenzfarbstoff oder lumineszentes Nanopartikel als Lumineszenzlabel verwendet wird, das bei einer Wellenlänge zwischen 300 nm und 1100 nm angeregt werden kann und emittiert.
Es wird bevorzugt, dass das Lumineszenzlabel an den Analyten oder in einem kompetitiven Assay an einen Analogen des Analyten oder in einem mehrstufigen Assay an einen der Bindungspartner der immobilisierten biologischen oder biochemischen oder synthetischen Erkennungselemente oder an die biologischen oder biochemischen oder synthetischen Erkennungselemente gebunden ist.
Eine andere Ausführangsform des Verfahrens ist dadurch gekennzeichnet, dass ein zweites oder noch weitere Lumineszenzlabel mit gleicher oder unterschiedlicher Anregungswellenlänge wie das erste Lumineszenzlabel und gleicher oder unterschiedlicher Emissionswellenlänge verwendet werden.
Dabei wird bevorzugt, dass das zweite oder noch weitere Lumineszenzlabel bei der gleichen Wellenlänge wie der erste Lumineszenzfarbstoff angeregt werden kann, aber bei anderen Wellenlängen emittieren.
Insbesondere ist von Vorteil, wenn die Anregungsspektren und Emissionsspektren der eingesetzten Lumineszenzfarbstoffe nur wenig oder gar nicht überlappen.
Eine Variante des Verfahrens besteht darin, dass zum Nachweis des Analyten Ladungsoder optischer Energietransfer von einem als Donor dienenden ersten Lumineszenzfarbstoff zu einem als Akzeptor dienenden zweiten Lumineszenzfarbstoff verwendet wird.
Eine andere mögliche Ausführangsform des Verfahrens besteht darin, dass das Ausmass der Löschung ("Quenching") einer oder mehrerer Lumineszenzen bestimmt wird. Eine weitere Ausführangsform des Verfahrens ist dadurch gekennzeichnet, dass neben der Bestimmung einer oder mehrerer Lumineszenzen Änderungen des effektiven Brechungsindex auf den Messbereichen bestimmt werden.
Eine Weiterentwicklung des Verfahrens ist dadurch gekennzeichnet, dass die einen oder mehreren Lumineszenzen und / oder Bestimmungen von Lichtsignalen bei der Anregungswellenlänge polarisationsselektiv vorgenommen werden.
Es wird bevorzugt, dass die einen oder mehreren Lumineszenzen bei einer anderen Polarisation als der des Anregungslichts gemessen werden.
Eine bevorzugte Ausführangsform des erfindungsgemässen Verfahrens ist dadurch gekennzeichnet, dass die Dichte der in diskreten Messbereichen immobilisierten Erkennungselemente zum Nachweis unterschiedlicher Analyten auf unterschiedlichen Messbereichen so ausgewählt ist, dass die Lumineszenzsignale beim Nachweis verschiedener Analyten in einem gemeinsamen Array von gleicher Grössenordnung sind, d.h., dass die zugehörigen Kalibrationskurven für die gleichzeitig durchzuführenden Analytbestimmungen ohne eine Änderung der elektronischen oder optoelektronischen Systemeinstellungen aufgenommen werden können.
Eine Weiterentwicklung des Verfahrens ist dadurch gekennzeichnet, dass Arrays von Mess- breichen aufgeteilt sind in Segmente von ein oder mehrereren Messbereichen zur Bestimmung von Analyten und Bereichen zwischen diesen Messbereichen oder zusätzlichen Messbereichen zu Zwecken der physikalischen Referenzierang, wie beispielsweise der in den Messbereichen verfügbaren Anregungslichtintensität oder des Einflusses von Änderungen äusserer Parameter, wie beispielsweise der Temperatur, sowie zu Zwecken der Referenzierung des Einflusses zusätzlicher physikalisch- chemischer Parameter, wie beispielsweise unspezifischer Bindung an die Sensorplattform von Bestandteilen einer aufgebrachten Probe. Unspezifische bindende Bestandteile einer aufgebrachten Probe können dabei beispielsweise die einen oder mehreren Analyten selbst, zum Analytnachweis zur Probe hinzugefügte Nachweisreagentien, z.B. sekundäre, lumineszenzmarkierte Antikörper in einem Sandwich-Immunoassay, oder auch Bestandteile der Probenmatrix sein, insbesondere wenn es sich bei dem Probenmedium beispielsweise um eine Körperflüssigkeit handelt und die Probe keinen weiteren Reinigungsschritten unterzogen wurde. Zur Bestimmung der unspezifischen Bindung können die dafür vorgesehenen Bereiche auf einer Sensorplattform beispielsweise „passiviert worden" sein, d.h. mit einer gegenüber dem Analyten „chemisch neutralen" Verbindungen beschichtet sein, wie vorangehend beschrieben als Massnahme zur Herabsetzung unspezifischer Bindung.
Für bestimmte Anwendungen, beispielsweise beim Nachweis niedermolekularer Verbindungen in der Immunoanalytik oder beim Nachweis von Einzelpunktmutationen in der Nukleinsäurenanalytik, ist eine Kreuzreaktivität zu den (bio)chemisch ähnlichsten Verwandten des betreffenden Analyten kaum auszuschliessen. Für derartige Anwendungen ist eine solche Ausführangsform des erfindungsgemässen Verfahrens vorteilhaft, in der ein oder mehrere Messbereiche eines Segments oder eines Arrays der Bestimmung desselben Analyten zugeordnet sind und deren immobiliserte biologische oder biochemische Erkennungselemente unterschiedlich hohe Affinitäten zu besagtem Analyten aufweisen. Die Erkennungselemente sind dabei zweckmässigerweise so ausgewählt, dass sich ihre Affinitäten zu verschiedenen, einander (bio)chemisch ähnlichen Analyten in unterschiedlicher, charakteristischer Weise ändern. Aus der Gesamtheit der Signale von verschiedenen Messbereichen mit unterschiedlichen Erkennungselementen für einen einzelnen Analyten lässt sich dann, in vergleichbarer Weise zu einem Fingerabdruck, die Identität des Analyten bestimmen.
Für andere spezifische Anwendungen, in denen beispielsweise Fragen der Reproduzierbarkeit der Ergebnisse mit einer Vielzahl von Arrays auf einer gemeinsamen Sensorplattform im Vordergrund stehen, ist es vorteilhaft, dass zwei oder mehr Arrays eine gleichartige geometrische Anordnung von Messbereichen und / oder Segmenten von Messbereichen für die Bestimmung gleichartiger Analyten auf diesen Arrays aufweisen.
Ebenfalls vor allem zur Untersuchung der Reproduzierbarkeit von Messungen auf verschiedenen Messbereichen kann es vorteilhaft sein, wenn ein oder mehrere Arrays Segmente von zwei oder mehr Messbereichen mit innerhalb des Segments gleichartigen biologischen oder biochemischen oder synthetischen Erkennungselementen zur Analytbe- stimmung oder Referenzierang umfassen.
In anderen Applikationen ist es wesentlich, die Einflüsse systematischer Fehler auf die Ergebnisse zu minimieren, wie sich diese beispielsweise durch eine Replikation gleichartiger Strukturen auf einer gemeinsamen Sensorplattform ergeben können. Beispielsweise hierfür kann es von Vorteil sein, dass zwei oder mehr Arrays eine unterschiedliche geometrische Anordnung von Messbereichen und / oder Segmenten von Messbereichen für die Bestimmung gleichartiger Analyten auf diesen Arrays aufweisen.
Das erfindungsgemässe Verfahren mit einem erfindungsgemässem Kit mit einer Vielzahl von Messbereichen in diskreten Arrays, von denen ihrerseits eine Vielzahl auf einer gemeinsamen Sensorplattform angeordnet sein kann, bietet die Möglichkeit, dass unter Einsatz relativ geringer Mengen von Probelösungen, Reagentien oder Kalibrationslösungen auf ein- und derselben Plattform, unter weitestgehend identischen Bedingungen, auch viele Arten von Duplikationen oder Mehrfachausführangen gleichartiger Messungen durchgeführt werden können. Damit können beispielsweise in einer einzigen Messung statistische Daten erzeugt werden, wofür herkömmlicherweise eine Vielzahl von Einzelmessungen mit entsprechend längerer Gesamt-Messzeit und höherem Verbrauch an Proben- und Reagentienmengen erforderlich sind. Es wird bevorzugt, dass für den Nachweis jedes Analyten oder zur Referenzierang jeweils 2 oder mehr identische Messbereiche innerhalb eines Segments oder Arrays vorgesehen sind. Dabei können beispielsweise besagte identische Messbereiche in einer durchgehenden Reihe oder Spalte oder Diagonalen eines Arrays oder Segments von Messbereichen angeordnet sein. Die Aspekte der Referenzierang können physikalische oder chemische Parameter der Sensorplattform betreffen, wie beispielsweise lokale Unterschiede der Anregungslichtintensität (siehe hierzu auch weiter unten), als auch Einflüsse der Probe, wie beispielsweise deren pH, Ionenstärke, Brechungsindex, Temperatur etc.
Für andere Applikationen kann es aber auch vorteilhaft sein, wenn besagte identische Messbereiche statistisch innerhalb eines Arrays oder Segments von Messbereichen angeordnet sind.
Wie vorangehend ausführlicher beschrieben, besteht ein weiterer wesentlicher Aspekt der vorliegenden Erfindung darin, dass zusätzliche Vorkehrangen zur ortaufgelösten Referenzierang der in den Messbereichen verfügbaren Anregungslichtintensität getroffen sind.
Eine mögliche Ausführangsform des erfindungsgemässen Verfahrens ist dadurch gekennzeichnet, dass die ortsaufgelöste Referenzierang der in den Messbereichen verfügbaren Anregungslichtintensität die gleichzeitige oder sequentielle Erstellung eines Bildes des von der Sensorplattform abgestrahlten Lichts bei der Anregungswellenlänge umfasst. Bevorzugt wird dabei, dass die Erstellung des Bildes des von der Sensorplattform abgestrahlten Anregunglichts über denselben optischen Weg wie die Erfassung der von den Messbereichen ausgehenden Lumineszenzen erfolgt.
Eine andere mögliche Ausführangsform des Verfahrens besteht darin, dass die ortsaufgelöste Referenzierang der in den Messbereichen verfügbaren Anregungslichtintensität die gleichzeitige oder sequentielle Erstellung eines Bildes des von der Sensorplattform abgestrahlten Lichts bei der Lumineszenzwellenlänge umfasst.
Eine weitere Ausführangsform ist dadurch gekennzeichnet, dass die Vorkehrangen zur ortsaufgelösten Referenzierang der in den Messbereichen verfügbaren Anregungslichtintensität die gleichzeitige oder sequentielle Erstellung eines Bildes des von der Sensorplattform abgestrahlten Lichts bei einer anderen Anregungswellenlänge als zur Anregung einer Lumineszenz umfassen.
Es wird bevorzugt, dass die Ortsauflösung des Bildes des von der Sensoplattform abgestrahlten Anregungslichts auf der Sensorplattform besser als 100 μm, bevorzugt besser als 20 μm beträgt.
Weiterer Gegenstand des erfindungsgemässen Verfahrens ist, dass die ortsaufgelöste Referenzierang der in den Messbereichen verfügbaren Anregungslichtintensität mittels "Lumineszenzmarker-Spots", d.h. Bestimmung der Lumineszenzintensität aus Messbereichen mit präimmobilisierten (d.h. vor der Zugabe einer Probe bereits in diesen Messbereichen aufgebrachten) lumineszenzmarkierten Molekülen, erfolgt.
Dabei wird bevorzugt, dass die "Lumineszenzmarker-Spots" in einem Raster aufgebracht sind, das die ganze Sensorplattform überspannt.
Eine Weiterentwicklung des erfindungsgemässen Verfahrens besteht darin, dass die Dichte der lumineszenzmarkierten Moleküle mittels Mischung mit gleichartigen, unmarkierten Molekülen bei der Immobilisierung so ausgewählt ist, dass die Lumineszenzintensität aus den Bereichen der Lumineszenzmarkerspots von ähnlicher Grössenordnung wie die Lumineszenzintensität der aus den für einen Analytnachweis vorgesehenen Messbereiche ist.
Eine bevorzugte Ausführangsform des Verfahrens zeichnet sich dadurch aus, dass die Dichte und Konzentration der lumineszenzmarkierten Moleküle innerhalb der "Lumineszenzmarker-Spots" innerhalb eines Arrays, bevorzugt auf der gesamten Sensorplattform, einheitlich sind.
Weiterhin wird bevorzugt, dass die ortsaufgelöste Referenzierang der in den Messbereichen verfügbaren Anregungslichtintensität eine Durchschnittsbildung über mehrere ortsaufgelöste Referenzsignale umfasst. Im Falle von nicht statistisch, sondern systematisch variierender Anregungslichtintensitäten in Form eines über bestimmte Entfernungen vorliegenden Gradienten kann es vorteilhaft sein, wenn auf den zu erwartenden Wert der Anregungslichtintensität eines zwischen verschiedenen Bereichen zur ortsaufgelösten Referenzierang liegenden Messbereichs interpoliert wird.
Die Zugabe der einen oder mehreren Proben und der im Nachweisverfahren einzusetzenden Nachweisreagentien kann sequentiell in mehreren Schritten erfolgen. Es wird bevorzugt, dass die eine oder mehreren Proben mit einer Mischung aus den verschiedenen Nachweisreagentien zur Bestimmung der in besagten Proben nachzuweisenden Analyten vorinkubiert werden und diese Mischungen dann in einem einzigen Zugabeschritt den dafür vorgesehenen Arrays auf der Sensorplattform zugeführt werden.
Eine bevorzugte Ausführangsform des erfindungsgemässen Verfahrens zeichnet sich dadurch aus, dass die Konzentration der Nachweisreagentien, wie beispielsweise sekundärer Nachweisantikörper und / oder Lumineszenzlabel und optional zusätzlicher lumineszenzmarkierter Nachweisreagentien in einem Sandwich-Immunoassay, so ausgewählt ist, dass die Lumineszenzsignale beim Nachweis verschiedener Analyten in einem gemeinsamen Array von gleicher Grössenordnung sind, d.h., dass die zugehörigen Kalibrationskurven für die gleichzeitig durchzuführenden Analytbestimmungen ohne eine Änderung der optoelektronischen Systemeinstellungen aufgenommen werden können.
Weiterer Gegenstand einer erfindungsgemässen Ausführangsform des Verfahrens ist, dass die Kalibration von infolge der Bindung eines oder mehrerer Analyten oder infolge der spezifischen Wechselwirkung mit einem oder mehreren Analyten erzeugten Lumineszenzen die Zugabe von einer oder mehreren Kalibrationslösungen mit bekannten Konzentrationen besagter zu bestimmender Analyten auf die gleichen oder andere Messbereiche oder Segmente von Messbereichen oder Arrays von Messbereichen auf einer Sensorplattform umfasst, denen im gleichen oder einem separaten Zugabeschritt die eine oder die mehreren zu untersuchenden Proben zugeführt werden.
Eine andere bevorzugte Ausführangsform des Verfahrens ist dadurch gekennzeichnet, dass die Kalibration von infolge der Bindung eines oder mehrerer Analyten oder infolge der spezifischen Wechselwirkung mit einem oder mehreren Analyten erzeugten Lumineszenzen den Vergleich der Lumineszenzintensitäten nach Zugabe einer unbekannten und einer Kontroll-Probe, wie beispielsweise einer "wild type" -DNA-Probe und einer "mutant DNA"- Probe, umfasst. Es ist dabei möglich, dass die Zugabe der unbekannten Probe und der Kontrollprobe zu unterschiedlichen Arrays erfolgt.
Eine andere Variante dieses Verfahrens ist dadurch gekennzeichnet, dass die Zugabe der unbekannten Probe und der Kontrollprobe sequentiell zu dem gleichen Array erfolgt. Bei dieser Ausführangsform ist im allgemeinen zwischen der Zugabe der unbekannten Probe und der Kontrollprobe ein Regenerierungsschritt notwendig, d.h. die Dissoziation von nach Zugabe der ersten Probe gebildeten Erkennungselement- Analyt-Komplexen, gefolgt von der Entfernung der dissoziierten Analytmoleküle aus den Probenbehältnissen, bevor die Zugabe der zweiten Probe erfolgen kann. In ähnlicher Weise können in sequentieller Form auch mehrere Proben auf einem Array von Messbereichen auf ihre Analyten untersucht werden.
Eine andere mögliche Ausführangsform des Verfahrens besteht darin, dass die unbekannte Probe und die Kontrollprobe gemischt werden und dann die Mischung einem oder mehreren Arrays einer Sensorplattform zugeführt wird.
Eine Weiterentwicklung des erfindungsgemässen Verfahrens ist dadurch gekennzeichnet, dass die Detektion der in der unbekannten und der Kontrollprobe nachzuweisenden Analyten mittels Lumineszenzlabels von unterschiedlicher Anregungs- und / oder Lumineszenzwellenlänge für die unbekannte und die Kontrollprobe erfolgt. Beispielsweise wird bevorzugt, dass zur Bestimmung von Analyten aus verschiedenen Gruppen der Nachweis unter Verwendung von zwei oder mehr Lumineszenzlabeln mit unterschiedlichen Anregungs- und / oder Lumineszenzwellenlängen erfolgt.
Wie vorangehend beschrieben, eröffnet der erfindungsgemässe Kit mit der grossen Anzahl von Messbereichen auf einer Sensorplattform die Möglichkeit einer vereinfachten Form der Kalibration zur qualitativen und / oder quantitativen Bestimmung eines oder mehrere Analyten auf einem oder mehreren Arrays. Im besten Fall ist bei dieser neuen, erfindungsgemässen Form der Kalibration der Signale einer Sensorplattform die Zugabe nur einer einzigen Kalibrationslösung erforderlich. In dieser Weiterentwicklung des erfindungsgemässen Verfahrens wird daher bevorzugt, dass in einem oder mehreren Arrays jeweils mehrere Messbereiche mit dort in einer unterschiedlichen, kontrollierten Dichte immobilisierten biologischen oder biochemischen oder synthetischen Erkennungselementen zum Nachweis eines für diese Messbereiche gemeinsamen Analyten vorgesehen sind. Diese Weiterentwicklung des Verfahrens zeichnet sich dadurch aus, dass bei bekannter Konzentrationsabhängigkeit der Bindungssignale zwischen einem Analyten und seinen biologischen oder biochemischen oder synthtischen Erkennungselementen und einer ausreichend grossen "Variation" dieser in unterschiedlicher kontrollierter Dichte in verschiedenen Messbereichen eines Arrays immobilisierten Erkennungselemente bereits mittels Zugabe einer einzigen Kalibrationslösung zu diesem Array eine Kalibrationskurve für diesen Analyten erstellt werden kann.
Bestandteil der Erfindung ist ein Verfahren nach einer der vorgenannten Ausführangsformen zur gleichzeitigen oder sequentiellen, quantitativen oder qualitativen Bestimmung eines oder mehrerer Analyten aus der Grappe von Antikörpern oder Antigenen, Rezeptoren oder Liganden, Chelatoren oder "Histidin-tag-Komponenten", Oligonukleotiden, DNA- oder RNA-Strängen, DNA- oder RNA- Analoga, Enzymen, Enzymcofaktoren oder Inhibitoren, Lektinen und Kohlehydraten.
Mögliche Ausführangsformen des Verfahrens sind auch dadurch gekennzeichnet, dass die zu untersuchenden Proben natürlich vorkommende Körperflüssigkeiten wie Blut, Serum, Plasma, Lymphe oder Urin oder Eigelb oder optisch trübe Flüssigkeiten oder Gewebeflüssigkeiten oder Oberflächenwasser oder Boden- oder Pflanzenextrakte oder Bio- oder Syntheseprozessbrühen oder aus biologischen Gewebeteilen oder aus Zellkulturen oder - extrakten entnommen sind.
Weiterer Gegenstand der Erfindung ist die Verwendung eines erfindungsgemässen Kits und / oder eines erfindungsgemässen analytischen Systems und / oder eines erfindungsgemässen Verfahrens zu quantitativen oder qualitativen Analysen zur Bestimmung chemischer, biochemischer oder biologischer Analyten in Screeningverfahren in der Pharmaforschung, der Kombinatorischen Chemie, der Klinischen und Präklinischen Entwicklung, zu Echtzeitbin- dungsstudien und zur Bestimmung kinetischer Parameter im Affinitätsscreening und in der Forschung, zu qualitativen und quantitativen Analytbestimmungen, insbesondere für die DNA- und RNA- Analytik, für die Erstellung von Toxizitätsstudien sowie für die Bestimmung von Gen- oder Protein-Expressionsprofilen sowie zum Nachweis von Antikörpern, Antigenen, Pathogenen oder Bakterien in der pharmazeutischen Protduktentwicklung und - forschung, der Human- und Veterinärdiagnostik, der Agrochemischen Produktentwicklung und -forschung, der symptomatischen und präsymptomatischen Pflanzendiagnostik, zur Patientenstratifikation in der pharmazeutischen Produktentwicklung und für die therapeutische Medikamentenauswahl, zum Nachweis von Pathogenen, Schadstoffen und Erregern, insbesondere von Salmonellen, Prionen, Viren und Bakterien, in der Lebensmittel- und Umweltanalytik.
Die nachfolgenden Ausführungsbeispiele erläutern die Erfindung beispielhaft.
Beispiel 1;
1. Eignung von Nukleinsäuren als zu immobilisierende Erkennungselemente mit einer generellen Sequenz einer assoziierten signalgebenden Komponante als Label zu Zwecken der Referenzierung der Immobilisierungsdichte und unterschiedlichen spezifischen Sequenzen zur Erkennung und Bindung verschiedener Analyten
Zur Klonierang werden DNA-Fragmente (Inserts) des zu untersuchenden Organismus mit Hilfe von Restriktionsendonukleasen und Ligasen in Plasmid-DNA (zirkuläre DNA- Sequenzen in Bakterien oder anderen Mikroorganismen) eingebaut, um eine sogenannte rekombinante DNA zu erzeugen.
Mittels Endonukleasen werden sowohl die Vektoren (Plasmide ohne eingebaute Fremd- DNA) als auch die zu vermehrenden DNA-Fragmente in definierter und zueinander passender Weise „geschnitten" und mittels Ligasen zusammengefügt. Diese Vehikel werden in bakterielle Wirtszellen, meistens Ecoli-Zellen, beispielsweise mittels Elektro- poration eingeschleust. Aus der Gesamtheit aller dem Verfahren unterzogenen Zellen werden mittels eines Antibiotikum-Resistenzverfahrens diejenigen Wirtszellen selektiert, welche das „Vehikel" aufgenommen haben, und auf ein geeignetes festes Nährmedium aufgebracht und kultiviert oder auch in einem flüssigen Nährmedium kultiviert. Die „Vehikel" werden über das natürliche Wachstum dieser Bakterienkulturen vermehrt. In analoger Weise können anstelle von zirkulären Plasmiden lineare DNA-Konstrakte, sog. Bakteriophagen, Viren, die in der Lage sind, Bakterienzellen zu infizieren, als Vehikel benutzt werden.
Der Erfolg des Einbaus von DNA-Fragmenten in einen Vektor wird über das Ampicillin- Resistenzverfahren1, der Erfolg des Einschleusens in die Bakterienzelle über das Tetracyclin-Resistenzverfahren2 getestet.
1 Bakterien, in welche DNA-Fragmente als „Vehikel" eingebaut werden, sind nicht mehr resistent gegen dieses Antibiotikum.
2 Vektoren enthalten ein Gen für die Tetracyclin-Resistenz: wurde eine rekombinante DNA in die Bakterienzelle eingeschleust, so ist die Zelle gegen das Antibiotikum resistent. Die Identifizierung der Bakterienzellen, welche gewünschte rekombinante DNA enthält, erfolgt über Replika-Plattierang und Markierung über geeignete radioaktiv markierte - komplementäre - Nukleinsäuresonden. Die Isolierung und Aufreinigung der rekombinanten DNA erfolgt über etablierte Methoden: Lyse der Zellwand, Entfernung von zellulären Fragmenten über Zentrifugation, weitere Aufreinigung über Phenolextraktion, Ethanolfällung. Alternativ können kommerziell verfügbare DNA-Isolations-Kits verwendet werden.
Anstelle der vorangehend beschriebenen Verfahrensschritte kann auch ein Klonierangs- verfahren unter Verwendung sogenannter „T- Vektoren" [J. Sambrock und D. W. Russell, „Molecular Cloning - A Laboratory Manual", Vol. 2 (2001), Abschnitt 8.35, Cold Spring Harbor Laboratory Press, Cold Spring Harbor, New York] eingesetzt werden.
Kennzeichnend für alle auf diese Art hergestellten rekombinanten DNA Moleküle ist, dass die Basensequenz des Vektors bekannt ist. Damit ergibt sich die Möglichkeit, mittels geeigneter Endonukleasen aus diesen Plasmiden DNA-Stücke auszuschneiden, die im zentralen Bereich das gewünschte DNA-Fragment und an den seitlichen Rändern DNA- Sequenzen definierter Länge und definierter Basensequenz enthalten.
Ausgehend von diesen DNA-Sequenzen mit definierten Randbereichen wurden erfindungs- gemäss zwei verschiedene Verfahrensweisen für eine Referenzierung der Dichte auf einer Sensorplattform als Träger immobilisierter Erkennungselemente („Referenzierang der Immobilisierangsdichte") entwickelt: Jedes Erkennungselement, das auf eine Trägeroberfläche aufgebracht wird, trägt neben der spezifischen Erkennungsregion eine oder zwei allgemeine DNA-Sequenzen , die zur Referenzierung herangezogen werden können:
2.1. Herstellung, Immobilisierung und Bestimmung der Immobilisierungsdichte von Nukleinsäuren mit einem assoziierten Label als signalgebender Komponente für Zwecke der Referenzierung der Immobilisierungsdichte
Rekombinante DNA wird unter Verwendung der oben aufgeführten Verfahrensweisen als Plasmid oder Bakteriophage hergestellt.
Mittels der sog. Polymerasekettenreaktion (PCR) werden ausgewählte DNA-Stücke um einen Faktor von 104 bis 106, unter Anwendung geeigneter sog. Primer (Oligonukleotide, welche als Startmoleküle für die DNA-Polymerase dienen), vermehrt (amplifiziert). Die Basensequenzen dieser Primer sind so ausgewählt, dass die vermehrten (amplifizierten) DNA-Stücke sowohl die spezielle ursprünglich eingeschleuste DNA-Sequenz als auch am 3'- und 5 '-Ende Teile der Vektorsequenzen enthalten. Diese zusätzlichen DNA-Sequenzen sind typischerweise etwa 10 bis 40 Basen lang.
Bei der ersten beispielhaft dargestellten Variante zur „Referenzierang der Immobilisierangsdichte" enthalten der sogenannte „Forward Primer", der „Reverse Primer" oder beide Primer anstelle von nativen (nicht modifizierten) Nukleotiden solche, die an der Nukleobase mit Fluoreszenzfarbstoffen wie Cy3 oder Cy5 derivatisiert sind. Bevorzugt erfolgt der Markierangsschritt während der Oligonukleotidsynthese durch Einbau von fluoreszenzmarkiertem Uracil oder Cytosin. Typischerweise werden Primer mit jeweils 15 bis 25 Basenpaaren eingesetzt. Die Primer werden dabei so gewählt, dass eine Verlängerang von bevorzugt mehr als 5 Nukleotiden zuzüglich der Länge des Primers am 5' und am 3'- Ende der ursprüngliche in den Vektor eingebauten DNA entsteht. Die Polymerisationsreaktion selbst wird mit kommerziell erhältliche Taq-Polymerase Kits durchgeführt. Alternativ können vollsynthetische Erkennungselemente mit vergleichbaren Eigenschaften eingesetzt werden. In einer Abwandlung dieses Verfahrensteils können anstelle von Nukleo- basen, die selbst mit Fluoreszenzfarbstoffen derivatisiert sind, auch solche Nukleobasen verwendet werden, die mit einer reaktiven Grappe, beispielsweise einer Aminograppe, derivatisiert sind. In diesem Fall wird der als Fluoreszenzlabel einzusetzende Fluoreszenzfarbstoff erst nach Abschluss der Amplifikation, in einem zusätzlichen Schritt, an die reaktive Grappe der modifizierten Nukleotide kovalent gebunden und nachfolgend überschüssiger Fluoreszenzfarbstoff abgetrennt.
Das Aufbringen der Probe-Moleküle auf die chemisch aktivierte Oberfläche des Trägers erfolgt in gleicher Weise wie das von nicht markierten Probemolekülen, mittels mechanischer Pin- oder Pen-Spottingverfahren oder Ink-Jet analoger Aufbringung.
Da die Sequenz des Vektors bekannt ist und generell bei der Klonierang die Verwendung eines einheitlichen Vektors angestrebt wird, ist es möglich, die PCR-Reaktion auch sehr verschiedener „Inserts" mittels eines Primerpaares durchzuführen. Damit ist es möglich, eine sehr einheitliche, reproduzierbare und eine, nicht zuletzt, auch sehr grosse Anzahl verschiedener Probemoleküle zu erhalten. Durch Auswahl von Fluoreszenzlabeln mit geeigne- ten Anregungs- und Emissionsspektren (beispielsweise mit einer Emission des Fluoreszenz- labels zur „Referenzierung der Immobilisierangsdichte, d. h. zur Bestimmung der Dichte immobilisierter Erkennungselemente im Grünen und einer Emission des zum Analytnachweis eingesetzten Fluoreszenzlabels im Roten) kann die „Referenzierung der Immobilisierungsdichte" so durchgeführt werden, daß nach Beendigung der Hybridisierang die Detektion in kommerziellen Zweifarbenscannern durchgeführt werden kann und die erste Farbe für die Referenzierang, die zweite Farbe für die Messung des Hybridisierangslevels benutzt werden kann. Dieses Verfahren ermöglicht es, in jedem Messbereich die relative Anzahl immobilisierter „Probe-DNA" als immobilisiertes Erkennungselement zu bestimmen. Basierend auf dieser Messung können dann die beim Analytnachweis gemessenen Fluoreszenzsignale korrigiert werden (mittels Division durch das jeweilige Referenzsignal), um daraus das relative Bindungssignal, bezogen auf die pro Messbereich jeweils verfügbaren Erkennungselemente, zu erhalten. Da der Einbau der verwendeten Fluoreszenzlabel kovalent erfolgt, ist keinerlei Beeinträchtigung der Hybridisierangsfähigkeit (infolge sterischer Behinderungen) zu erwarten. Bei der Auswahl der Fluoreszenzlabel für die „Referenzierang der Immobilisierangsdichte" und für den Analytnachweis wird im allgemeinen bevorzugt, dass die Anregungs- und Emissionsspektren der unterschiedlichen eingesetzten Lumineszenzlabel nur wenig oder gar nicht überlappen.
2.2. Herstellung, Immobilisierung und Bestimmung der Immobilisierungsdichte von Nukleinsäuren mit einer generellen molekularen Sequenz für Zwecke der Referenzierung der Immobilisierungsdichte
Rekombinante DNA wird unter Verwendung der oben aufgeführten Verfahrensweisen als Plasmid oder Bakteriophage hergestellt.
Mittels der sog. Polymerasekettenreaktion (PCR) werden ausgewählte DNA-Stücke um einen Faktor von 104 bis 106, unter Anwendung geeigneter Primer vermehrt. Die Basensequenzen dieser Primer sind so ausgewählt, dass die vermehrten DNA-Stücke sowohl die spezielle ursprünglich eingeschleuste DNA-Sequenz als auch am 3'- und 5 '-Ende Teile der bekannten Vektorsequenzen enthalten. Diese zusätzlichen DNA-Sequenzen sind typischerweise etwa 10 bis 40 Basen lang. Typischerweise werden Primer mit jeweils 15 bis 25 Basen eingesetzt. Die Primer werden dabei so gewählt, dass eine Verlängerang von bevorzugt mehr als 5 Nukleotiden zuzüglich der Länge des Primers am 5' und am 3 '-Ende der ursprünglich in den Vektor eingebauten DNA entsteht. Die Polymerisationsreaktion selbst wird mit kommerziell erhältlichen Taq- Polymerase Kits durchgeführt. Alternativ können vollsynthetische Erkennungselemente mit vergleichbaren Eigenschaften eingesetzt werden.
Das Aufbringen der Probe-Moleküle auf die chemisch aktivierte Oberfläche des Trägers erfolgt in gleicher Weise wie das von nicht markierten Probemolekülen mittels mechanischer Pin- oder Pen-Spottingverfahren oder Ink-Jet analoger Aufbringung.
In einem Hybridisierungsschritt werden fluoreszenzmarkierte Oligonukleotidsequenzen, deren Sequenzen komplementär zu einem durch den Vektor definierten allgemeinen DNA- Teil sind, aufgebracht. Als Folge davon kann von jedem Messbereich eine Fluoreszenzintensität gemessen werden, deren Höhe im Wesentlichen der immobilisierten Probe-DNA Menge entspricht. Über thermische oder durch Ionenstärke induzierte Dehybridisierang kann - wenn erförderlich - das entstandene Hybrid aufgebrochen werden und die mit der Sonde eingebrachte Fluoreszenz ausgeschwemmt werden.
Dieses Verfahren ist besonders geeignet zur repräsentativen Qualitätskontrolle von Produktionslots, da - mit Ausnahme der Kenntnis der Sequenzen der vom Plasmidvektor stammenden DNA-Bereiche - keine Information über den Erkennungsteil des DNA-Fragments notwendig ist und die Messung - wenn sämtliche Erkennungs-DNA über das identische Klonierangsverfahren hergestellt wurde - nur eine Sorte von Nukleinsäuresonden benötigt.
2.3. Herstellung und Verwendung synthetischer Erkennungselemente für einen erfindungsgemässen Kit und ein erfindungsgemässes Verfahren zum Analytnachweis
Alternativ können kürzere Polymersequenzen (bzw. Oligonukleotidsequenzen) (< 100 Basen) unter kostengünstigen Rahmenbedingungen synthetisch aufgebaut werden. Es besteht die Möglichkeit, Polynukleotide aus zwei separaten Bausteinen - einer allgemeinen Sequenz und einer spezifischen, für die Erkennung individueller exprimierter Gene geeigneten Sequenz - aufzubauen. Die Basen der allgemeinen Sequenz können dabei aus nativen Nukleobasen oder teilweise oder vollständig aus fluoreszenzmarkierten Basen bestehen. Je nach der Natur dieser Bausteine können die Erkennungselemente analog zu Verfahren 2.1. und 2.2. eingesetzt werden.
Beispiel 3: Erfindungsgemässer Kit mit immobilisierten Antikörpern mit einem assoziierten Fluoreszenzlabel als signalgebender Komponente für Zwecke der Referenzierung der Immobilisierungsdichte und erfindungsgemässes Verfahren zum Analytnachweis
3.1. Sensorplattform
Es wird eine Sensorplattform mit den äusseren Abmessungen 57 mm Breite (parallel zu den Gitterlinien einer in der Schicht (a) der Sensorplattform modulierten Gitterstraktur (c)) x 14 mm Länge (senkrecht zu den Gitterstrakturen) x 0.7 mm Dicke verwendet, auf deren Fläche durch Kombination mit einer Platte aus Polycarbonat mit in Richtung der Sensorplattform offenen Ausnehmungen mit den Innendimensionen 5 mm Breite x 7 mm Länge x 0.15 mm Höhe 6 Mikroflusszellen im Raster einer Teilspalte einer klassischen Mikrotiterplatte (Raster 9 mm) erzeugt werden können. Die Polycarbonat-Platte kann mit der Sensorplattform derart verklebt werden, dass danach die Ausnehmungen gegeneinander dicht ver- schliessend abgedichtet sind. Diese Polycarbonat-Platte ist derart konstruiert, dass sie mit einem Träger ("Metaträger") mit den Grandabmessungen von Standardmikrotiterplatten derart zusammengefügt werden kann, dass das Raster (Aufeinanderfolge in Zeilen oder Spalten) der Zuläufe der Flusszellen dem Raster der Wells einer Standardmikrotiterplatte entspricht.
Das Substratmaterial (optisch transparente Schicht (b) besteht aus AF 45 Glas (Brechungsindex n = 1.52 bei 633 nm). Im Substrat ist ein Paar von Ein- und Auskoppelgittern mit parallel zur Breite der Sensorplattform verlaufenden Gitterlinien (318 nm Periode) von 12 +/- 3 nm Gittertiefe ausgeprägt, wobei die Gitterlinien über die gesamte Breite der Sensorplattform ausgeprägt sind. Der Abstand zwischen den beiden aufeinanderfolgenden Gittern beträgt 9 mm, die Länge der einzelnen Gitterstrakturen (parallel zur Länge der Sensorplatt- form) 0.5 mm. Der Abstand zwischen dem Ein- und Auskoppelgitter eines Gitterpaares ist so gewählt, dass die Einkopplung des Anregungslichts jeweils innerhalb des Bereichs der Probenbehältnisse, nach Kombination der Sensorplattform mit der oben beschriebenen Polycarbonatplatte, erfolgen kann, während die Auskopplung ausserhalb des Bereichs der Probenbehältnisse erfolgt. Die wellenleitende, optisch transparente Schicht (a) aus Ta2Ü5 auf der optisch transparenten Schicht (b) hat einen Brechungsindex von 2.15 bei 633 nm (Schichtdicke 150 nm).
Die von der Sensorplattform und der damit kombinierten Polycarbonatplatte gebildeten Probenbehältnisse weisen auf den der Sensorplattform gegenüberliegenden Begrenzungsflächen konisch ausgebohrte Öffnungen auf, so dass eine Befüllung oder Entleerung der Probenbehältnisse durch Einpressen von standardisierten, kommerziell erhältlichen Pipettenspitzen aus Polypropylen erfolgen kann.
Zur Vorbereitung auf die Immobilisierung der biochemischen oder biologischen oder synthetischen Erkennungselemente wird die Sensorplattformen zuerst mit Isopropanaol, dann mit konzentierter H2SO4, 2.5% Ammoniumperoxodisulfat im Ultraschallgerät gereinigt und anschliessend mit 0.5 mM Dodecylmonophosphat (Ammoniumsalz) 2 Stunden lang bei Raumtemperatur inkubiert, wobei die Lösung ständig gerührt wird. Dabei bildet sich mittels „Self-Assembly" eine homogene, hydrophobe Oberfläche.
3.2. Herstellung und Immobilisierung von Antikörpern mit einem assoziierten Fluoreszenzlabel als signalgebender Komponente für Zwecke der Referenzierung der Immobilisierungsdichte
Monoklonale Antikörper, im konkreten Beispiel gegen die 8 Interleukine IL# 1 bis EL#8, werden nach einem Standardverfahren mit Cy3 fluoreszenzmarkiert. Dabei wird der jeweils zu markierende Antikörper bei einer Konzentration von ca. 1 mg/ml in 0.1M Carbonat- puffer pH 9.2 gelöst, so dass die primären Amine von z.B. Lysinseitenketten des Proteins in einem vollständig deprotonierten Zustand vorliegen. Zu dieser Lösung wird einTeil eines in zuvor in DMSO gelösten Cy3-NHS-Esters gegeben und eine Stunde lang im Dunkeln bei Raumtemperatur unter leichtem Rühren inkubiert. Die Konzentration an DMSO in der Gesamtlösung darf dabei nicht höher als 1% liegen, um eine Denaturierung und somit den Funktionsverlust des zu markierenden Antikörpers zu vermeiden. Nach Beendigung der Reaktion, bei der eine kovalente Bindung zwischen Fluoreszenzlabel (Cy3) und den Lysinseitenketten des Proteins hergestellt wird, wird der Anteil des Farbstoffs, der keine Reaktion mit dem Protein eingegangen ist, chromatographisch abgetrennt. In einer Abwandlung des erfindungsgemässen Verfahrens bzw. des erfindungsgemässen Kits wird das molare Verhältnis von Antikörpern und Fluoreszenzlabeln (Cy3) während der Reaktion so gewählt, dass nicht jedes, sondern beispielsweise nur etwa jedes zehnte Antikörpermolekül kovalent markiert wird. Das Verhältnis zwischen Cy3-markierten und unmarkierten Antikörpern kann, entsprechend gängigen Verfahren, anhand des Absorptionsspektrums überprüft werden.
Die fluoreszenzmarkierten 8 verschiedenen (primären) Antikörper gegen die Interleukine IL#1 bis IL#8 (bzw. Mischungen von jeweils fluoreszenzmarkierten und unmarkierten Antikörpern gegen besagte Interleukine) werden in einer Konzentration von 50-150 μg/ml in phosphatgepufferter Salzlösung (pH 7.4), die zusätzlich geeignete Additive zum Erhalt der Funktionalität der immobilisierten Proteine enthält, mittels eines Inkjet-Spotters aufgetragen und getrocknet. Der Durchmesser der Spots, mit einem Abstand (Zentram-zu-Zentram) von 0.35 mm, beträgt im Mittel 0.15 mm. Acht verschiedene Antikörper zur Erkennung von Zytokinen, im speziellen von unterschiedlichen Interleukinen, werden in jeweils 20 Reihen eines Einzelarrays mit insgesamt 160 Spots verwendet. Um aus jeder Einzelmessung pro zuzuführender Probe zugleich bereits Daten zur statistischen Assayreproduzierbarkeit zu erhalten, werden pro Array jeweils 20 Messbereiche mit gleichen Literleukin- Antikörpern als biologische Erkennungselemente erzeugt.
Es werden 6 derartige Arrays gleicher Geometrie auf der Sensorplattform im Raster von 9 mm (in einer Spalte angeordnet) erzeugt.
Auf die so vorbereitete Sensorplattform wird die beschriebene Polycarbonatplatte so aufgebracht, dass die einzelnen Probenbehältnisse gegeneinander fluidisch dicht abgeschlossen sind und die erzeugten Protein-Micro-Arrays mit dem zugehörigen Einkoppelgittern (c) sich jeweils innerhalb eines der 6 Probenbehältnisse befinden. 3.3. Durchführung eines Multianalyt-Immunoassays zur Bestimmung von 8 Zytokinen, referenziert auf die Oberflächendichte der immobilisierten Erkennungselemente
Zur spezifischen Erkennung der nachzuweisenden Zytokine wird das Format eines Sandwich- Assays gewählt. Für die gewählten Zytokine (Interleukine EL#1 bis D.#8) werden 6 Kalibrationslösungen, welche jedes der 8 Interleukine in gleicher Konzentration in PBS- Puffer pH 7.4 mit einem Zusatz von 0.1% Seramalbumin und 0.05% Tween20 enthalten (hiterleukinmengen 0, 50, 125, 250, 500,1000 pg/ml), hergestellt. Dann werden die individuellen Konzentrationslösungen mit einem Gemisch, bestehend aus den entsprechenden (8 verschiedenen) spezifischen biotinylierten sekundären anti-Interleukin- Antikörpern (jeweils 1-2-nanomolar) sowie Cy5-markiertem Streptavidin (5-15 nM) eine Stunde lang bei 37°C vorinkubiert. Dann werden je 50 μl der 6 individuellen Kalibrationslösungen in jeweils eine der 6 Flusszellen auf der Sensorplattform gefüllt und für weitere 2 Stunden bei 37°C mit dem jeweiligen Array auf der Sensorplattform inkubiert, so dass die im Vorinkubationsschritt gebildeten Komplexe aus den jeweiligen Interleukinen, spezifischen sekundären, biotinylierten anti-Interleukin- Antikörpern und Cy-5 markiertem Streptavidin an die in den diskreten Messbereichen (Spots) immobilisierten primären anti-Interleukin- Antikörper binden können.
Nach Abschluss des Bindungsschrittes werden die Flusszellen mit Puffer (phosphatgepufferte Salzlösung mit einem Zusatz von 0.1% Seramalbumin und 0.05% Tween20) gewaschen.
Danach wird die Sensorplattform mit der damit zusammengefügten Polycarbonatplatte in einen „Metaträger", wie vorangehend beschrieben (Beispiel 3.1) eingefügt und, nach einer weiteren 15-minütigen Inkubationszeit (zur Equilibrierang bei Raumtemperatur) in Puffer, in ein erfindungsgemässes analytisches System eingesetzt und vermessen.
Durch Auswahl von Fluoreszenzlabeln mit geeigneten Anregungs- und Emissionsspektren (beispielsweise mit einer Emission des Fluoreszenzlabels zur Referenzierang der Immobilisierangsdichte, d. h. zur Bestimmung der Dichte immobilisierter Erkennungselemente im Grünen (z. B. Cy3) und einer Emission des zum Analytnachweis eingesetzten Fluoreszenzlabels im Roten (z. B. Cy5) kann die „Referenzierang der Immobilisierangsdichte" so durchgeführt werden, dass nach Beendigung des Assays die Detektion in einem erfindungs- gemässen analytischen System, beispielsweise mit kommerziellen Zweifarbenscannern oder auch ein einem optischen System, wie es in der PCT/EP 01/10012 beschrieben ist, erfolgt und die erste Farbe für die Referenzierang, die zweite Farbe für die Messung des spezifische Assaysignals benutzt werden kann. Dieses Verfahren ermöglicht es, in jedem Messbereich die relative Anzahl immobilisierter Antikörper als immobilisierte Erkennungselemente zu bestimmen. Basierend auf dieser Messung können dann die beim Analytnachweis gemessenen Fluoreszenzsignale korrigiert werden (mittels Division durch das jeweilige Referenzsignal), um daraus das relative Bindungssignal, bezogen auf die pro Messbereich jeweils verfügbaren Erkennungselemente, zu erhalten. Da der Einbau der verwendeten Fluoreszenzlabel für die Referenzierung der Immobilisierungsdichte kovalent erfolgt, ist keine Beeinträchtigung der Funktionalität (infolge sterischer Behinderungen durch das Fluoreszenzlabel), das heisst, der Fähigkeit des fluoreszenzmarkierten immobilisierten Antikörpers zur spezifischen Erkennung und Bindung des Antigens zu erwarten. Bei der Auswahl der Fluoreszenzlabel für die „Referenzierang der Immobilisierangsdichte" und für den Analytnachweis wird im allgemeinen bevorzugt, dass die Anregungs- und Emissionsspektren der unterschiedlichen eingesetzten Lumineszenzlabel nur wenig oder gar nicht überlappen.

Claims

Patentansprüche
1. Kit zum gleichzeitigen qualitativen und / oder quantitativen Nachweis einer Vielzahl von Analyten, umfassend
- eine Sensorplattform
- mindestens ein Array von in diskreten Messbereichen (d) direkt auf oder über eine Haftvermittlungsschicht auf der Sensorplattform immobilisierten biologischen oder biochemischen oder synthetischen Erkennungselementen zur spezifischen Erkennung und / oder Bindung besagter Analyten und / oder spezifischen Wechselwirkung mit besagten Analyten, wobei zu Zwecken der "Referenzierang der Immobilisierangsdichte", d.h. zur ortsaufgelösten Bestimmung der Dichte der immobilisierten Erkennungselemente in den Messbereichen, diese Erkennungselemente jeweils mit einer signalgebenden Komponente als Label assoziiert sind oder / und besagte biologische oder biochemische oder synthetische Erkennungselemente eine bestimmte molekulare Sequenz oder ein bestimmtes molekulares Epitop oder eine bestimmte molekulare Erkennungsgrappe aufweisen, woran ein Nachweisreagens (Referenzierangs-reagens), gegebenenfalls mit einer damit assoziierten signalgebenden Komponente als Label, zur Bestimmung besagter Dichte immobiliserter Erkennungselemente, bindet.
2. Kit nach Anspruch 1, dadurch gekennzeichnet, dass die immobilisierten Erkennungselemente in den Messbereichen jeweils eine generelle molekulare Sequenz oder ein generelles Epitop oder generelle molekulare Erkennungsgruppe zu Zwecken der Referenzierang der Immobilisierangsdichte und eine oder mehrere, zur Erkennung und / oder Bindung verschiedener Analyten, unterschiedliche Sequenz oder unterschiedliches Epitop oder unterschiedliche molekulare Erkennungsgrappe aufweisen.
3. Kit nach einem der Ansprüche 1 - 2, dadurch gekennzeichnet, dass zu besagten Zwecken der Referenzierang der Immobilisierungsdichte ein Referenzierungsreagens zur Erkennung und / oder Bindung an die besagte generelle Sequenz oder an das besagte generelle Epitop oder an die besagte generelle molekulare Erkennungsgrappe der im gleichen Messbereich immobilisierten biologischen oder biochemischen oder synthetischen Erkennungselemente auf der Sensorplattform co-immobilisiert ist, gegebenfalls assoziiert mit besagten immobilisierten Erkennungselementen.
. Kit nach einem der Ansprüche 1 - 2, dadurch gekennzeichnet, dass zu besagten Zwecken der Referenzierung der Immobilisierangsdichte ein Referenzierungsreagens zur Erkennung und / oder Bindung an die besagte generelle Sequenz oder an das besagte generelle Epitop oder an die besagte generelle molekulare Erkennungsgruppe der immobilisierten biologischen oder biochemischen oder synthetischen Erkennungselemente auf der Sensorplattform nach Immobilisierung der biologischen oder biochemischen oder synthetischen Erkennungselemente auf die Messbereiche der Sensorplattform aufgebracht wird.
5. Kit nach einem der Ansprüche 1 - 2, dadurch gekennzeichnet, dass zu besagten Zwecken der Referenzierung der Immobilisierungsdichte, als Bestandteil einer Qualitätskontrolle bei oder nach der Herstellung der Sensorplattform, ein Referenzierungsreagens zur Erkennung und / oder Bindung an die besagte generelle Sequenz oder an das besagte generelle Epitop oder an die besagte generelle molekulare Erkennungsgrappe der immobilisierten biologischen oder biochemischen oder synthetischen Erkennungselemente auf der Sensorplattform nach Immobilisierung der biologischen oder biochemischen oder synthetischen Erkennungselemente auf die Messbereiche der Sensorplattform aufgebracht wird.
6. Kit nach einem der Ansprüche 1 - 2, dadurch gekennzeichnet, dass zu besagten Zwecken der Referenzierung der Immobilisierangsdichte ein Referenzierungsreagens zur Erkennung und / oder Bindung an die besagte generelle Sequenz oder an das besagte generelle Epitop oder an die besagte generelle molekulare Erkennungsgruppe der immobilisierten biologischen oder biochemischen oder synthetischen Erkennungselemente auf der Sensorplattform im Laufe eines Nachweisverfahrens zur Bestimmung eines oder mehrerer Analyten auf die Messbereiche der Sensorplattform aufgebracht wird.
7. Kit nach einem der Ansprüche 1 - 6, dadurch gekennzeichnet, dass besagte generelle molekulare Sequenz oder besagtes generelles Epitop oder besagte generelle molekulare Erkennungsgrappe (wie z.B. Biotin) der immobilisierten biologischen oder biochemischen oder synthetischen Erkennungselemente ausgewählt aus der Grappe, die von Polynukleotiden, Polynukleotiden mit künstlichen Basen, PNAs („peptide nucleic acids"), PNA's mit künstlichen Basen, Proteinen. Antikörpern, Peptiden, Oligosacchariden, Lektinen, etc. gebildet wird.
8. Kit nach Ansprach 7, dadurch gekennzeichnet, dass besagte generelle Sequenz der immobilisierten biologischen oder biochemischen oder synthetischen Erkennungselemente eine Länge von 5 - 500, bevorzugt von 10 - 100 Basen hat.
9. Kit nach Ansprach 1, dadurch gekennzeichnet, dass die immobilisierten Erkennungselemente in den Messbereichen jeweils mit einer signalgebenden Komponente als Label assoziiert sind.
10. Kit nach Ansprach 9, dadurch gekennzeichnet, dass besagte signalgebende Komponente als Label bei Bindung eines Analyten an das jeweilige damit assoziierte Erkennungselement ihre signalgebenden Eigenschaften ändert.
11. Kit nach einem der Ansprüche 1 - 10, dadurch gekennzeichnet, dass besagte unterschiedliche Sequenzen oder unterschiedliche Epitope oder unterschiedliche molekulare Erkennungsgruppen der immobilisierten biologischen oder biochemischen oder synthetischen Erkennungselemente ausgewählt sind aus der Gruppe, die von Nukleinsäuren (beispielsweise DNA, RNA, Oligonukleotiden) und Nukleinsäureanalogen (z. B. PNA) sowie deren Derivaten mit künstlichen Basen, mono- oder polyklonalen Antikörpern, Peptiden, Enzymen, Aptameren, synthetischen Peptidstrukturen, Glycopeptiden, Glycoproteinen, Oligosacchariden, Lektinen, löslichen, membrangebundenen und aus einer Membran isolierten Proteinen, wie beispielsweise Rezeptoren, deren Liganden, Antigenen für Antikörper (z. B. Biotin für Streptavidin), "Histidin-Tag-Komponenten" und deren Komplexbildungspartnern, durch chemische Synthese erzeugten Kavitäten zur Aufnahme molekularer Imprints, etc. gebildet wird.
12. Kit nach einem der Ansprüche 1 - 11, dadurch gekennzeichnet, dass besagtes Referenzierungsreagens ein Label umfasst, welches ausgewählt ist aus der Grappe, die von beispielsweise Lumineszenzlabeln, insbesondere lumineszenten Interkalatoren oder "molecular beacons", Absorptionslabeln, Massenlabeln, insbesondere Metallkolloiden oder Plastikbeads, Spin-Labeln, wie ESR- oder NMR-Labeln, radioaktiven Labein gebildet wird.
13. Kit nach einem der Ansprüche 1 - 12, dadurch gekennzeichnet, dass besagtes Referenzierangsreagens ein Lumineszenzlabel oder Absorptionslabel umfasst.
14. Kit nach einem der Ansprüche 1 - 12, dadurch gekennzeichnet, dass besagtes Referenzierangsreagens einen Interkalator oder einen "molecular beacon" umfasst.
15. Kit nach Ansprach 14, dadurch gekennzeichnet, dass besagtes Referenzierangsreagens einen Interkalator oder einen "molecular beacon" umfasst, welcher in Anwesenheit des Referenzierangsreagens seine signalgebenden Eigenschaften ändert.
16. Kit nach einem der Ansprüche 1 - 15 dadurch gekennzeichnet, dass besagtes Referenzierangsreagens vor oder im Laufe eines analytischen Nachweisverfahrens abgespalten wird oder mit den Erkennungselementen assoziiert bleibt.
17. Kit nach einem der Ansprüche 1 - 16, dadurch gekennzeichnet, dass besagtes Referenzierungsreagens eine Komponente aus der Gruppe umfasst, die von Polynukleotiden, Polynukleotiden mit künstlichen Basen, PNAs („peptide nucleic acids"), PNA's mit künstlichen Basen, Proteinen. Antikörpern, Biotin, Streptavidin, Peptiden, Oligosacchariden, Lektinen, etc. gebildet wird
18. Kit nach einem der Ansprüche 1 - 17, dadurch gekennzeichnet, dass der quantitative und / oder qualitative Nachweis besagter Vielzahl von Analyten die Verwendung einer oder mehrerer signalgebender Komponenten als Label umfasst, welche ausgewählt sein können aus der Grappe, die von beispielsweise Lumineszenzlabeln, insbesondere lumineszenten Interkalatoren oder "molecular beacons", Absorptionslabeln, Massenlabeln, insbesondere Metallkolloiden oder Plastikbeads, Spin-Labeln, wie ESR- oder NMR-Labeln, radioaktiven Labein gebildet wird.
19. Kit nach einem der Ansprüche 12 - 18, dadurch gekennzeichnet, dass das Label des Referenzierangsreagens und / oder ein gegebenfalls auf Absorptions- und / oder Lumineszenznachweis beruhender Analytnachweis auf Einsatz von Labels mit gleicher oder unterschiedlicher Absorptions- und / oder Lumineszenzwellenlänge beruhen.
20. Kit nach einem der Ansprüche 1 - 19 und Anspruch 9, dadurch gekennzeichnet, dass besagtes Label zusätzlich zur Referenzierang der Immobilisierangsdichte der Erkennungselemente auch zu einem Analytnachweis dient.
21. Kit nach einem der Ansprüche 1 - 20, dadurch gekennzeichnet, dass der Analytnachweis auf der Bestimmung der Änderung einer oder mehrerer Lumineszenzen beruht.
22. Kit nach einem der Ansprüche 12 - 21, dadurch gekennzeichnet, dass das Anregungslicht von einer oder mehreren Lichtquellen zur Erzeugung von Signalen signalerzeugender Komponenten für Zwecke der Referenzierang der Immobilisierangsdichte und / oder für den Nachweis eines oder mehrerer Analyten in einer Auflichtanordnung eingestrahlt wird.
23. Kit nach einem der Ansprüche 1 - 22, dadurch gekennzeichnet, dass das mit den Messbereichen in Kontakt stehende Material der Sensorplattform innerhalb einer Tiefe von mindestens 200 nm von den Messbereichen bei mindestens einer Anregungswellenlänge transparent oder absorbierend ist.
24. Kit nach einem der Ansprüche 12 - 21, dadurch gekennzeichnet, dass das Anregungslicht von einer oder mehreren Lichtquellen zur Erzeugung von Signalen signalerzeugender Komponenten für Zwecke der Referenzierung der Immobilisierangsdichte und / oder für den Nachweis eines oder mehrerer Analyten in einer Transmissionslichtanordnung eingestrahlt wird.
25. Kit nach Ansprach 1 - 24, dadurch gekennzeichnet, dass das Material der Sensorplattform bei mindestens einer Anregungswellenlänge transparent ist.
26. Kit nach einem der Ansprüche 12 - 25, dadurch gekennzeichnet, dass die Sensorplattform als ein optischer Wellenleiter ausgebildet ist, welcher vorzugsweise im wesentlichen planar ist.
27. Kit nach Ansprach 26, dadurch gekennzeichnet, dass die Sensorplattform ein optisch transparentes Material aus der Grappe umfasst, die von Silikaten, z. B. Glas oder Quarz, transparenten thermoplastischen oder spritzbaren Kunststoff, beispielsweise Poly- carbonat, Polyimid, Acylaten, insbesondere Polymethylmethacrylat, oder Polystyrolen gebildet wird.
28. Kit nach Anspruch 27, dadurch gekennzeichnet, dass die Sensorplattform einen optischen Dünnschichtwellenleiter mit einer bei mindestens einer Anregungswellenlänge transparenten Schicht (a) auf einer bei mindestens dieser Anregungswellenlänge ebenfalls transparenten Schicht (b) mit niedrigerem Brechungsindex als Schicht (a) umfasst.
29. Kit nach einem der Ansprüche 26 - 28, dadurch gekennzeichnet, dass das Anregungslicht von einer oder mehrerer Lichtquellen eingekoppelt wird in den optischen Wellenleiter mittels eines Verfahrens, welches ausgewählt ist aus der Grappe, die von Stirnflächenkopplung, Einkopplung über angebrachte optische Fasern als Lichtleiter, Prismenkopplung, Gitterkopplung oder evaneszenter Kopplung durch Überlappung des evaneszenten Feldes besagten optischen Wellenleiters mit dem evaneszenten Feld eines weiteren, damit in Nahfeldkontakt gebrachten Wellenleiters gebildet wird.
30. Kit nach einem der Ansprüche 26 - 28, dadurch gekennzeichnet, dass die Einkopplung des Anregungslichts von einer oder mehreren Lichtquellen in den optischen Wellenleiter mittels eines damit in Kontakt stehenden optischen Koppelelements erfolgt, welches ausgewählt ist aus der Grappe von optischen Fasern als Lichtleiter, Prismen, gegebenenfalls über eine brechungsindexanpassende Flüssigkeit, und Gitterkopplern.
31. Kit nach Ansprach 30, dadurch gekennzeichnet, dass das Anregungslicht von einer oder mehreren Lichtquellen in die Schicht (a) mittels einer oder mehrerer in der Schicht (a) modulierten Gitterstrakturen (c) eingekoppelt wird.
32. Kit nach Ansprach 31, dadurch gekennzeichnet, dass die Sensorplattform gleichförmige, unmodulierte Bereiche der Schicht (a) umfasst, welche vorzugsweise in Ausbreitungsrichtung des über eine Gitterstraktur (c) eingekoppelten und in der Schicht (a) geführten Anregungslichts angeordnet sind.
33. Kit nach einem der Ansprüche 31 - 32, dadurch gekennzeichnet, dass Gitterstrakturen (c) der Einkopplung von Anregungslicht zu den Messbereichen (d) und / oder der Auskopplung von in die Schicht (a) rückgekoppeltem Lumineszenzlicht dienen.
34. Kit nach einem der Ansprüche 31 - 33, dadurch gekennzeichnet, das die Sensorplattform eine Vielzahl von Gitterstrakturen (c) gleicher oder unterschiedlicher Periode mit optional daran anschliessenden gleichförmigen, unmodulierten Bereichen der Schicht (a) auf einem gemeinsamen, durchgehenden Substrat umfasst.
35. Kit nach einem der Ansprüche 31 - 34, dadurch gekennzeichnet, dass jedem in Ausbreitungsrichtung des eingekoppelten Anregungslichts nachfolgenden Array von Messbereichen eine für dieses Array spezifische Gitterstraktur (c) zur Auskopplung
■ dieses Anregungslichts zugeordnet ist, wobei senkrecht zur Ausbreitungsrichtung des eingekoppelten Anregungslichts die Gitterstrakturen spezifisch für einzelne Arrays ausgebildet sein können oder sich auch über die ganze Sensorplattform in dieser Richtung erstrecken können.
36. Kit nach einem der Ansprüche 31 - 35, dadurch gekennzeichnet, dass die Sensorplattform eine Überlagerung von 2 oder mehreren Gitterstrakturen unterschiedlicher Periodizität mit zueinander paralleler oder nicht paralleler, vorzugsweise nicht paralleler Ausrichtung der Gitterlinien umfasst, welche der Einkopplung von Anregungslicht unterschiedlicher Wellenlänge dient, wobei im Falle von 2 überlagerten Gitterstrakturen deren Gitterlinien vorzugsweise senkrecht zueinander ausgerichtet sind.
37. Kit nach einem der Ansprüche 31 - 36, dadurch gekennzeichnet, dass eine Gitterstruktur (c) oder eine Überlagerung mehrerer Gitterstrakturen in der Schicht (a) im wesentlichen über die gesamte Fläche der Sensorplattform moduliert ist.
38. Kit nach einem der Ansprüche 1 - 37, dadurch gekennzeichnet, dass auf der Sensorplattform optisch oder mechanisch erkennbare Markierungen zur Erleichterung der Justierung in einem optischen System und / oder zur Verbindung mit Probenbehältnissen als Teil eines analytischen Systems aufgebracht sind.
39. Kit nach einem der Ansprüche 28 - 38, dadurch gekennzeichnet, dass sich zwischen den optisch transparenten Schichten (a) und (b) und in Kontakt mit Schicht (a) eine weitere optisch transparente Schicht (b') mit niedrigerem Brechungsindex als dem der Schicht (a) und einer Stärke von 5 nm - 10 000 nm, vorzugsweise von 10 nm - 1000 nm, befindet.
40. Kit nach einem der Ansprüche 1 - 39, dadurch gekennzeichnet, dass zur Immobilisierung der biologischen oder biochemischen oder synthetischen Erkennungselemente in den diskreten Messbereichen auf der Sensorplattform eine Haftvermittlungsschicht (f) mit einer Stärke von vorzugsweise weniger als 200 nm, besonders bevorzugt von weniger als 20 nm aufgebracht ist, und dass die Haftvermittlungsschicht (f) vorzugsweise eine chemische Verbindung aus den Gruppen umfasst, die Silane, funktionalisierte Silane, Epoxide, funktionalisierte, geladene oder polare Polymere und "selbstorganisierte passive oder funktionalisierte Mono- oder Mehrfachschichten" umfassen.
41. Kit nach einem der Ansprüche 1 - 40, dadurch gekennzeichnet, dass räumlich getrennte Messbereiche (d) durch räumlich selektive Aufbringung von biologischen oder biochemischen oder synthetischen Erkennungselementen auf besagter Sensorplattform erzeugt werden, vorzugsweise unter Verwendung eines oder mehrerer Verfahren aus der Grappe von Verfahren, die von "InkJet spotting", mechanischem Spotting mittels Stift, Feder oder Kapillare, "micro contact printing", fluidischer Kontaktierang der Messbereiche mit den biologischen oder biochemischen oder synthetischen Erkennungselementen durch deren Zufuhr in parallelen oder gekreuzten Mikrokanä en, unter Einwirkung von Drackunterschieden oder elektrischen oder elektromagnetischen Potentialen" sowie photochemischen oder photolithographischen Immobilisierangsverfahren gebildet werden.
42. Kit nach einem der Ansprüche 1 - 41, dadurch gekennzeichnet, dass die Dichte der in diskreten Messbereichen immobilisierten Erkennungselemente zum Nachweis unterschiedlicher Analyten auf unterschiedlichen Messbereichen so ausgewählt ist, dass die Signale beim Nachweis verschiedener Analyten in einem gemeinsamen Array von gleicher Grössenordnung sind, d.h., dass gegebenenfalls die zugehörigen Kalibrations- kurven für die gleichzeitig durchzuführenden Analytbestimmungen ohne eine Änderung der elektronischen oder optoelektronischen Systemeinstellungen aufgenommen werden können.
43. Kit nach einem der Ansprüche 1 - 42, dadurch gekenzeichnet, dass Arrays von Mess- breichen aufgeteilt sind in Segmente von ein oder mehrereren Messbereichen zur Bestimmung von Analyten und Bereichen zwischen diesen Messbereichen oder zusätzlichen Messbereichen zu Zwecken der physikalischen Referenzierang, wie beispielsweise der in den Messbereichen verfügbaren Anregungslichtintensität oder des Einflusses von Änderungen äusserer Parameter, wie beispielsweise der Temperatur, sowie zu Zwecken der Referenzierang des Einflusses zusätzlicher physikalischchemischer Parameter, wie beispielsweise unspezifischer Bindung an die Sensorplattform von Bestandteilen einer aufgebrachten Probe.
44. Kit nach einem der Ansprüche 1 - 43, dadurch gekennzeichnet, dass Bereiche zwischen den räumlich getrennten Messbereichen zur Minimierang unspezifischer Bindung von Analyten oder deren Nachweissubstanzen "passiviert werden", d.h. dass zwischen den räumlich getrennten Messbereichen (d) gegenüber dem Analyten "chemisch neutrale" Verbindungen aufgebracht sind, vorzugsweise beispielsweise bestehend aus den Gruppen, die von Albuminen, insbesondere Rinderseramalbumin oder Humanserumalbumin, Casein, unspezifischen, polyklonalen oder monoklonalen, artfremden oder empirisch für den oder die nachzuweisenden Analyten unspezifischen Antikörpern (insbesondere für Immunoassays), Detergentien - wie beispielsweise Tween 20 -, nicht mit zu analysierenden Polynukleotiden hybridisierender, fragmentierter natürlicher oder synthetischer DNA, wie beispielsweise ein Extrakt von Herings- oder Lachssperma (insbesondere für Polynukleotid-Hybridisierangsassays), oder auch ungeladenen, aber hydrophilen Polymeren, wie beispielsweise Polyethylenglycole oder Dextrane, gebildet werden.
45. Kit nach einem der Ansprüche 1 - 44, dadurch gekennzeichnet, dass in einer 2- dimensionalen Anordnung bis zu 100000 Messbereiche angeordnet sind und ein einzelner Messbereich eine Hache von 0.001 - 6 mm einnimmt
46. Kit nach einem der Ansprüche 1 - 45, dadurch gekennzeichnet, dass die Oberseite der Sensorplattform mit den darauf erzeugten Messbereichen über der optisch transparenten Schicht (a) mit einem weiteren Körper derart zusammengebracht ist, dass zwischen der Sensorplattform als Grandplatte und besagtem Körper eine oder mehrere räumliche Aussparungen zur Erzeugung eines oder mehrerer gegeneinander fluidisch abgedichteter Probenbehältnisse erzeugt werden, in denen jeweils ein oder mehrere Messbereiche oder Segmente oder Arrays von Messbereichen liegen.
47. Kit mit einer Anordnung von Probenbehältnissen gemäss Ansprach 46, dadurch gekennzeichnet, dass die Probenbehältnisse als gegeneinander fluidisch abgedichtete Flusszel- len mit jeweils mindestens einem Zulauf und mindestens einem Ablauf ausgebildet sind und gegebenenfalls zusätzlich mindestens ein Ablauf jeder Flusszelle in ein mit dieser Flusszelle fluidisch verbundenes Reservoir führt, welches aus der Flusszelle austretende Flüssigkeit aufnimmt.
48. Kit nach einem der Ansprüche 1 - 46, dadurch gekennzeichnet, dass die Probenbehältnisse auf der den Messbereichen gegenüberliegenden Seite des mit der Sensorplattform als Grundplatte zusammengebrachten Körpers offen sind.
49. Kit nach einem der Ansprüche 46 - 48, dadurch gekennzeichnet, dass die Anordnung von Probenbehältnissen 2 - 2000, vorzugsweise 2 - 400, besonders bevorzugt 2 - 100 einzelne Probenbehältnisse umfasst.
50. Kit nach einem der Ansprüche 46 - 49, dadurch gekennzeichnet, dass das Raster (Aufeinanderfolge in Zeilen und / oder Spalten) der Probenbehältnisse dem Raster der Wells einer Standardmikrotiterplatte entspricht.
51. Kit nach einem der Ansprüche 22 - 50, dadurch gekennzeichnet, dass zusätzliche Vorkehrangen zur ortsaufgelösten Referenzierang der in den Messbereichen verfügbaren Anregungslichtintensität vorhanden sind.
52. Kit nach einem der Anspruch 51, dadurch gekennzeichnet, dass die Vorkehrangen zur ortsaufgelösten Referenzierang der in den Messbereichen verfügbaren Anregungslichtintensität die gleichzeitige oder sequentielle Erstellung eines Bildes des von der Sensorplattform abgestrahlten Lichts bei der Anregungswellenlänge umfassen.
53. Kit nach einem der Ansprüche 51 - 52, dadurch gekennzeichnet, dass die Vorkehrungen zur ortsaufgelösten Referenzierang der in den Messbereichen verfügbaren Anregungslichtintensität die Bestimmung des Hintergrandsignals bei der jeweiligen Lumineszenzwellenlänge neben oder zwischen den Messbereichen umfassen.
54. Kit nach einem der Ansprüche 51 - 53, dadurch gekennzeichnet, dass die ortsaufgelöste Referenzierang der in den Messbereichen verfügbaren Anregungslichtintensität mittels "Lumineszenzmarker-Spots", d.h. Bestimmung der Lumineszenzintensität aus Messbereichen mit präimmobilisierten (d.h. vor der Zugabe einer Probe bereits in diesen Messbereichen aufgebrachten) lumineszenzmarkierten Molekülen, erfolgt.
55. Kit nach einem der Ansprüche 1 - 54 dadurch gekennzeichnet, dass zusätzlich Vorkehrangen zur Kalibration von infolge der Bindung eines oder mehrerer Analyten oder infolge der spezifischen Wechselwirkung mit einem oder mehreren Analyten erzeugten Lumineszenzen die Zugabe von Kalibrationslösungen mit bekannten Konzentrationen der nachzuweisenden Analyten auf eine vorbestimmte Anzahl von Arrays umfassen.
56. Kit nach einem der Ansprüche 1 - 55, dadurch gekennzeichnet, dass in einem oder mehreren Arrays jeweils mehrere Messbereiche mit dort in einer unterschiedlichen, kontrollierten Dichte immobilisierten biologischen oder biochemischen oder synthetischen Erkennungselementen zum Nachweis eines für diese Messbereiche gemeinsamen Analyten vorgesehen sind.
57. Kit nach Ansprach 56, dadurch gekennzeichnet, dass bei bekannter Konzentrationsabhängigkeit der Bindungssignale zwischen einem Analyten und seinen biologischen oder biochemischen oder synthtischen Erkennungselementen und einer ausreichend grossen "Variation" dieser in unterschiedlicher kontrollierter Dichte in verschiedenen Messbereichen eines Arrays immobilisierten Erkennungselemente bereits mittels Zugabe einer einzigen Kalibrationslösung zu diesem Array eine Kalibrationskurve für diesen Analyten erstellt werden kann.
58. Verwendung eines Kits nach einem der Ansprüche 1 - 57 in einem analytischen System zur Bestimmung einer oder mehrerer Lumineszenzen.
59. Verfahren zum gleichzeitigen qualitativen und / oder quantitativen Nachweis einer Vielzahl von Analyten mit einem Kit nach einem der Ansprüche 1 - 57, dadurch gekennzeichnet, dass zu Zwecken der "Referenzierang der Immobilisierangsdichte", d.h. zur ortsaufgelösten Bestimmung der Dichte der immobilisierten biologischen oder biochemischen oder synthetischen Erkennungselemente in den Messbereichen, diese Erkennungselemente jeweils mit einer signalgebenden Komponente als Label assoziiert sind oder / und besagte Erkennungselemente eine bestimmte molekulare Sequenz oder ein bestimmtes molekulares Epitop oder eine bestimmte molekulare Erkennungsgrappe aufweisen, woran ein Nachweisreagens (Referenzierangsreagens), gegebenenfalls mit einer damit assoziierten signalgebenden Komponente als Label, zur Bestimmung besagter Dichte immobiliserter Erkennungselemente, bindet, und dass die Signale besagter signalgebender Komponenten ortsaufgelöst aufgenommen werden.
60. Verfahren nach Ansprach 59, dadurch gekennzeichnet, dass die Bestimmung der Immobilisierangsdichte der biologischen oder biochemischen oder synthetischen Erkennungselemente auf der Sensorplattform und der Nachweis besagter Vielzahl von Analyten unabhängig voneinander durchgeführt werden.
61. Verfahren nach Ansprach 60, dadurch gekennzeichnet, dass die Bestimmung der Immobilisierangsdichte der biologischen oder biochemischen oder synthetischen Erkennungselemente auf der Sensorplattform als Bestandteil der Qualitätskontrolle bei oder nach Herstellung besagter Sensorplattform durchgeführt wird.
62. Verfahren nach einem der Ansprüche 59 - 61, dadurch gekennzeichnet, dass die immobilisierten Erkennungselemente in den Messbereichen jeweils eine generelle molekulare Sequenz oder ein generelles Epitop oder eine generelle molekulare Erkennungsgrappe zu Zwecken der Referenzierang der Immobilisierangsdichte und eine, zur Erkennung und / oder Bindung verschiedener Analyten, unterschiedliche Sequenz oder unterschiedliches Epitop oder unterschiedliche molekulare Erkennungsgrappe aufweisen.
63. Verfahren nach einem der Ansprüche 59 - 61, dadurch gekennzeichnet, dass zu besagten Zwecken der Referenzierang der Immobilisierungsdichte ein Referenzierungsreagens zur Erkennung und / oder Bindung an die besagte generelle Sequenz oder an das besagte generelle Epitop oder an die generelle molekulare Erkennungsgrappe der im gleichen Messbereich immobilisierten biologischen oder biochemischen oder synthetischen Erkennungselemente auf der Sensorplattform co-immobilisiert ist, gegebenfalls assoziiert mit besagten immobilisierten Erkennungselementen.
64. Verfahren nach einem der Ansprüche 59 - 62, dadurch gekennzeichnet, dass zu besagten Zwecken der Referenzierang der Immobilisierangsdichte ein Referenzierungsreagens zur Erkennung und / oder Bindung an die besagte generelle Sequenz oder an das besagte genereile Epitop oder an die besagte generelle molekulare Erkennungsgruppe der immobilisierten biologischen oder biochemischen oder synthetischen Erkennungselemente auf der Sensorplattform nach Immobilisierung der biologischen oder biochemischen oder synthetischen Erkennungselemente auf die Messbereiche der Sensorplattform aufgebracht wird.
65. Verfahren nach einem der Ansprüche 59 - 62, dadurch gekennzeichnet, dass zu besagten Zwecken der Referenzierang der Immobilisierangsdichte, als Bestandteil einer Qualitätskontrolle bei oder nach der Herstellung der Sensorplattform, ein Referenzierungsreagens zur Erkennung und / oder Bindung an die besagte generelle Sequenz oder an das besagte generelle Epitop oder an die besagte generelle molekulare Erkennungsgrappe der immobilisierten biologischen oder biochemischen oder synthetischen Erkennungselemente auf der Sensorplattform nach Immobilisierung der biologischen oder biochemischen oder synthetischen Erkennungselemente auf die Messbereiche der Sensorplattform aufgebracht wird.
66. Verfahren nach einem der Ansprüche 59 - 62, dadurch gekennzeichnet, dass zu besagten Zwecken der Referenzierang der Immobilisierangsdichte ein Referenzierungsreagens zur Erkennung und / oder Bindung an die besagte generelle Sequenz oder an das besagte generelle Epitop oder an die besagte generelle molekulare Erkennungsgruppe der immobilisierten biologischen oder biochemischen oder synthetischen Erkennungselemente auf der Sensorplattform im Laufe eines Nachweisverfahrens zur Bestimmung eines oder mehrerer Analyten auf die Messbereiche der Sensorplattform aufgebracht wird.
67. Verfahren nach einem der Ansprüche 63 - 66, dadurch gekennzeichnet, dass besagte generelle molekulare Sequenz oder besagtes generelles Epitop oder besagte generelle molekulare Erkennungsgrappe (wie z. B. Biotin) der immobilisierten biologischen oder biochemischen oder synthetischen Erkennungselemente ausgewählt ist aus der Grappe, die von Polynukleotiden, Polynukleotiden mit künstlichen Basen, PNAs („peptide nucleic acids"), PNA's mit künstlichen Basen, Proteinen. Antikörpern, Peptiden, Oligosacchariden, Lektinen, etc. gebildet wird.
68. Verfahren nach Anspruch 67, dadurch gekennzeichnet, dass besagte generelle Sequenz der immobilisierten biologischen oder biochemischen oder synthetischen Erkennungselemente eine Länge von 5 - 500, bevorzugt von 10 - 100 Basen hat.
69. Verfahren nach einem der Ansprüche 59 - 68, dadurch gekennzeichnet, dass die immobilisierten Erkennungselemente in den Messbereichen jeweils mit einer signalgebenden Komponente als Label assoziiert sind.
70. Verfahren nach Anspruch 69, dadurch gekennzeichnet, dass besagte signalgebende Komponente als Label bei Bindung eines Analyten an das jeweilige damit assoziierte Erkennungselement ihre signalgebenden Eigenschaften ändert.
71. Verfahren nach einem der Ansprüche 59 - 70, dadurch gekennzeichnet, dass besagte unterschiedliche Sequenzen der immobilisierten biologischen oder biochemischen oder synthetischen Erkennungselemente ausgewählt sind aus der Grappe, die von Nukleinsäuren (beispielsweise DNA, RNA, Oligonukleotiden) und Nukleinsäureanalogen (z. B. PNA) sowie deren Derivaten mit künstlichen Basen, mono- oder polyklonalen Antikörpern, Peptiden, Enzymen, Aptameren, synthetischen Peptidstrukturen, Glyco- peptiden, Glycoproteinen, Oligosacchariden, Lektinen, löslichen, membrangebundenen und aus einer Membran isolierten Proteinen, wie beispielsweise Rezeptoren, deren Liganden, Antigenen für Antikörper, "Histidin-Tag-Komponenten" und deren Komplexbildungspartnern, durch chemische Synthese erzeugten Kavitäten zur Aufnahme molekularer Imprints, etc. gebildet wird.
72. Verfahren nach einem der Ansprüche 59 - 71, dadurch gekennzeichnet, dass die Bestimmung der Immobilisierangsdichte der biologischen oder biochemischen oder synthetischen Erkennungselemente die ortsaufgelöste Bestimmung der Signale einer signalgebenden Komponente als Labels, als Bestandteil besagten Referenzierungsreagens, umfasst, welches ausgewählt ist aus der Grappe, die von beispielsweise Lumineszenzlabeln, insbesondere lumineszenten Interkalatoren oder "molecular beacons", Absorptionslabeln, Massenlabeln, insbesondere Metallkolloiden oder Plastikbeads, Spin-Labeln, wie ESR- oder NMR-Labeln, radioaktiven Labein gebildet wird.
73. Verfahren nach einem der Ansprüche 59 - 72, dadurch gekennzeichnet, dass besagtes Referenzierungsreagens ein Lumineszenzlabel oder Absorptionslabel umfasst.
74. Verfahren nach einem der Ansprüche 59 - 72, dadurch gekennzeichnet, dass besagtes Referenzierungsreagens einen Interkalator oder einen "molecular beacon" umfasst.
75. Verfahren nach einem der Ansprüche 59 - 74, dadurch gekennzeichnet, dass jeweils ein Label mit den in diskreten Messbereichen (d) immobilisierten biologischen oder biochemischen oder synthetischen Erkennungselementen assoziiert ist, wobei es sich vorzugsweise um einen Interkalator oder einen "molecular beacon" handelt, welcher in Anwesenheit des Referenzierangsreagens seine signalgebenden Eigenschaften ändert.
76. Verfahren nach einem der Ansprüche 59 - 75 dadurch gekennzeichnet, dass besagtes Referenzierangsreagens vor oder im Laufe eines analytischen Nachweisverfahrens abgespalten wird oder mit den Erkennungselementen assoziiert bleibt.
77. Verfahren nach einem der Ansprüche 59 - 76, dadurch gekennzeichnet, dass besagtes Referenzierungsreagens eine Komponente aus der Grappe umfasst, die von Polynukleotiden, Polynukleotiden mit künstlichen Basen, PNAs („peptide nucleic acids"), PNA's mit künstlichen Basen, Proteinen. Antikörpern, Biotin, Streptavidin, Peptiden, Oligosacchariden, Lektinen, etc. gebildet wird.
78. Verfahren nach einem der Ansprüche 59 - 77, dadurch gekennzeichnet, dass der quantitative und / oder qualitative Nachweis besagter Vielzahl von Analyten die Verwendung einer oder mehrerer signalgebender Komponenten als Label umfasst, welche ausgewählt sein können aus der Grappe, die von beispielsweise Lumineszenzlabeln, insbesondere lumineszenten Interkalatoren oder "molecular beacons", Absorptionslabeln, Massenlabeln, insbesondere Metallkolloiden oder Plastikbeads, Spin-Labeln, wie ESR- oder NMR-Labeln, radioaktiven Labein gebildet wird.
79. Verfahren nach einem der Ansprüche 72 - 78, dadurch gekennzeichnet, dass das Label des Referenzierangsreagens und / oder ein gegebenfalls auf Absorptions- und / oder Lumineszenznachweis beruhender Analytnachweis auf Einsatz von Labels mit gleicher oder unterschiedlicher Absorptions- und / oder Lumineszenzwellenlänge beruhen.
80. Verfahren nach einem der Ansprüche 59 -79 und Ansprach 74, dadurch gekennzeichnet, dass besagtes Label zusätzlich zur Referenzierang der Immobilisierangsdichte der Erkennungselemente auch zu einem Analytnachweis dient.
81. Verfahren nach einem der Ansprüche 59 - 80, dadurch gekennzeichnet, dass der Analytnachweis auf der Bestimmung der Änderung einer oder mehrerer Lumineszenzen beruht.
82. Verfahren nach einem der Ansprüche 72 - 81, dadurch gekennzeichnet, dass das Anregungslicht von einer oder mehreren Lichtquellen zur Erzeugung von Signalen signalerzeugender Komponenten für Zwecke der Referenzierang der Immobilisierangsdichte und / oder für den Nachweis eines oder mehrerer Analyten in einer Auflichtan- ordnung eingestrahlt wird.
83. Verfahren nach einem der Ansprüche 72 - 81, dadurch gekennzeichnet, dass das Anregungslicht von einer oder mehreren Lichtquellen zur Erzeugung von Signalen signalerzeugender Komponenten für Zwecke der Referenzierang der Immobilisierangsdichte und / oder für den Nachweis eines oder mehrerer Analyten in einer Transmissionslichtanordnung eingestrahlt wird.
84. Verfahren nach einem der Ansprüche 81 - 83, dadurch gekennzeichnet, dass die Sensorplattform als ein optischer Wellenleiter ausgebildet ist, welcher vorzugsweise im wesentlichen planar ist, und dass das Anregungslicht von einer oder mehrerer Lichtquellen eingekoppelt wird in den optischen Wellenleiter mittels eines Verfahrens, welches ausgewählt ist aus der Gruppe, die von Stirnflächenkopplung, Einkopplung über angebrachte optische Fasern als Lichtleiter, Prismenkopplung, Gitterkopplung oder evanes- zenter Kopplung durch Überlappung des evaneszenten Feldes besagten optischen Wellenleiters mit dem evaneszenten Feld eines weiteren, damit in Nahfeldkontakt gebrachten Wellenleiters gebildet wird.
85. Verfahren nach Ansprach 84, dadurch gekennzeichnet, dass die Einkopplung des Anregungslichts von einer oder mehreren Lichtquellen in den optischen Wellenleiter mittels eines damit in Kontakt stehenden optischen Koppelelements erfolgt, welches ausgewählt ist aus der Gruppe von optischen Fasern als Lichtleiter, Prismen, gegebenenfalls über eine brechungsindexanpassende Flüssigkeit, und Gitterkopplern.
86. Verfahren nach Ansprach 84, dadurch gekennzeichnet, dass die Sensorplattform einen optischen Dünnschichtwellenleiter mit einer bei mindestens einer Anregungswellenlänge transparenten Schicht (a) auf einer bei mindestens dieser Anregungswellenlänge ebenfalls transparenten Schicht (b) mit niedrigerem Brechungsindex als Schicht (a) umfasst und dass das Anregungslicht von einer oder mehreren Lichtquellen in die Schicht (a) mittels einer oder mehrerer in der Schicht (a) modulierten Gitterstrakturen (c) eingekoppelt wird.
87. Verfahren nach Ansprach 86, dadurch gekennzeichnet, dass eine oder mehrere auf besagte Analyten zu untersuchende flüssige Proben mit den Messbereichen auf der Sensorplattform in Kontakt gebracht werden, eine oder mehrere im Nahfeld der Schicht (a) erzeugte Lumineszenzen aus den mit besagter Probe oder besagten Proben in Kontakt gebrachten Messbereichen, als Folge der Bindung eines oder mehrerer Analyten an die in besagten Messbereichen immobilisierten biologischen oder biochemischen oder synthetischen Erkennungselemente oder der Wechselwirkung zwischen besagten Analyten und besagten immobilisierten Erkennungselementen, gemessen werden und gegebenenfalls zusätzlich in ortsaufgelöster Weise die in besagten Messbereichen verfügbare Anregungslichtintensität referenziert wird.
88. Verfahren nach einem der Ansprüche 86 - 87, dadurch gekennzeichnet, dass (1) die isotrop abgestrahlte Lumineszenz oder (2) in die optisch transparente Schicht (a) eingekoppelte und über Gitterstrakturen (c) ausgekoppelte Lumineszenz oder Lumineszenzen beider Anteile (1) und (2) gleichzeitig gemessen werden.
89. Verfahren nach einem der Ansprüche 81 - 88, dadurch gekennzeichnet, dass zur Erzeugung der Lumineszenz ein Lumineszenzfarbstoff oder lumineszentes Nanopartikel als Lumineszenzlabel verwendet wird, das bei einer Wellenlänge zwischen 300 nm und 1100 nm angeregt werden kann und emittiert.
90. Verfahren nach Ansprach 89, dadurch gekennzeichnet, dass das Lumineszenzlabel an den Analyten oder in einem kompetitiven Assay an einen Analogen des Analyten oder in einem mehrstufigen Assay an einen der Bindungspartner der immobilisierten biologischen oder biochemischen oder synthetischen Erkennungselementen oder an die biologischen oder biochemischen oder synthetischen Erkennungselemente gebunden ist.
91. Verfahren nach einem der Ansprüche 89 - 90, dadurch gekennzeichnet, dass ein zweites oder noch weitere Lumineszenzlabel mit gleicher oder unterschiedlicher Anregungswellenlänge wie das erste Lumineszenzlabel und gleicher oder unterschiedlicher Emissionswellenlänge verwendet werden
92. Verfahren nach einem der Ansprüche 81 - 91, dadurch gekennzeichnet, dass die einen oder mehreren Lumineszenzen und / oder Bestimmungen von Lichtsignalen bei der Anregungswellenlänge polarisationsselektiv vorgenommen werden, wobei vorzugsweise die einen oder mehreren Lumineszenzen bei einer anderen Polarisation als der des Anregungslichts gemessen werden.
93. Verfahren nach einem der Ansprüche 81 - 92, dadurch gekennzeichnet, dass neben der Bestimmung einer oder mehrerer Lumineszenzen Änderungen des effektiven Brechungsindex auf den Messbereichen bestimmt werden.
94. Verfahren nach einem der Ansprüche 59 - 93, dadurch gekennzeichnet, dass die Dichte der in diskreten Messbereichen immobilisierten Erkennungselemente zum Nachweis unterschiedlicher Analyten auf unterschiedlichen Messbereichen so ausgewählt ist, dass die Signale beim Nachweis verschiedener Analyten in einem gemeinsamen Array von gleicher Grössenordnung sind, d.h., dass die zugehörigen Kalibrationskurven für die gleichzeitig durchzuführenden Analytbestimmungen ohne eine Änderung der elektronischen oder optoelektronischen Systemeinstellungen aufgenommen werden können.
95. Verfahren nach einem der Ansprüche 59 - 94, dadurch gekenzeichnet, dass Arrays von Messbreichen aufgeteilt sind in Segmente von ein oder mehrereren Messbereichen zur Bestimmung von Analyten und Bereichen zwischen diesen Messbereichen oder zusätzlichen Messbereichen zu Zwecken der physikalischen Referenzierung, wie beispiels- weise der in den Messbereichen verfügbaren Anregungslichtintensität oder des Einflusses von Änderungen äusserer Parameter, wie beispielsweise der Temperatur, sowie zu Zwecken der Referenzierung des Einflusses zusätzlicher physikalisch-chemischer Parameter, wie beispielsweise unspezifischer Bindung an die Sensorplattform von Bestandteilen einer aufgebrachten Probe.
96. Verfahren nach einem der Ansprüche 59 - 95, dadurch gekennzeichnet, dass ein oder mehrere Messbereiche eines Segments oder eines Arrays der Bestimmung desselben Analyten zugeordnet sind und deren immobilisierte biologische oder biochemische oder synthetische Erkennungselemente unterschiedlich hohe Affinitäten zu besagtem Analyten aufweisen.
97. Verfahren nach einem der Ansprüche 72 - 96, dadurch gekennzeichnet, dass zusätzliche Vorkehrangen zur ortsaufgelösten Referenzierang der in den Messbereichen verfügbaren Anregungslichtintensität getroffen sind.
98. Verfahren nach Ansprach 97, dadurch gekennzeichnet, dass die ortsaufgelöste Referenzierang der in den Messbereichen verfügbaren Anregungslichtintensität die gleichzeitige oder sequentielle Erstellung eines Bildes des von der Sensorplattform abgestrahlten Lichts bei der Anregungswellenlänge umfasst.
99. Verfahren nach einem der Ansprüche 97 - 98, dadurch gekennzeichnet, dass die ortsaufgelöste Referenzierang der in den Messbereichen verfügbaren Anregungslichintensität mittels "Lumineszenzmarker-Spots", d.h. Bestimmung der Lumineszenzintensität aus Messbereichen mit präimmobilisierten (d.h. vor der Zugabe einer Probe bereits in diesen Messbereichen aufgebrachten) lumineszenzmarkierten Molekülen, erfolgt.
100. Verfahren nach einem der Ansprüche 59 - 99, dadurch gekennzeichnet, dass die eine oder mehreren Proben mit einer Mischung aus den verschiedenen Nachweisreagentien zur Bestimmung der in besagten Proben nachzuweisenden Analyten vorinkubiert werden und diese Mischungen dann in einem einzigen Zugabeschritt den dafür vorgesehenen Arrays auf der Sensorplattform zugeführt werden.
101. Verfahren nach einem der Ansprüche 59 - 100, dadurch gekennzeichnet, dass die Konzentration der Nachweisreagentien, wie beispielsweise sekundärer Nachweisantikörper und / oder Label und optional zusätzlicher labelmarkierter Nachweisreagentien in einem Sandwich-Immunoassay, so ausgewählt ist, dass die Signale beim Nachweis verschiedener Analyten in einem gemeinsamen Array von gleicher Grössenordnung sind, d.h., dass die zugehörigen Kalibrationskurven für die gleichzeitig durchzuführenden Analytbestimmungen ohne eine Änderung der elektronischen oder optoelektronischen Systemeinstellungen aufgenommen werden können.
102. Verfahren nach einem der Ansprüche 72 - 101, dadurch gekennzeichnet, dass die Kalibration von infolge der Bindung eines oder mehrerer Analyten oder infolge der spezifischen Wechselwirkung mit einem oder mehreren Analyten erzeugten Lumineszenzen die Zugabe von einer oder mehreren Kalibrationslösungen mit bekannten Konzentrationen besagter zu bestimmender Analyten auf die gleichen oder andere Messbereiche oder Segmente von Messbereichen oder Arrays von Messbereichen auf einer Sensorplattform umfasst, denen im gleichen oder einem separaten Zugabeschritt die eine oder die mehreren zu untersuchenden Proben zugeführt werden.
103. Verfahren nach einem der Ansprüche 72 - 102, dadurch gekennzeichnet, dass die Kalibration von infolge der Bindung eines oder mehrerer Analyten oder infolge der spezifischen Wechselwirkung mit einem oder mehreren Analyten erzeugten Lumineszenzen den Vergleich der Lumineszenzintensitäten nach Zugabe einer unbekannten und einer Kontroll-Probe, wie beispielsweise einer "wild type"-DNA- Probe und einer "mutant DNA"-Probe, umfasst.
104. Verfahren nach Ansprach 103, dadurch gekennzeichnet, dass die Zugabe der unbekannten Probe und der Kontrollprobe zu unterschiedlichen Arrays erfolgt.
105. Verfahren nach Ansprach 103, dadurch gekennzeichnet, dass die Zugabe der unbekannten Probe und der Kontrollprobe sequentiell zu dem gleichen Array erfolgt.
106. Verfahren nach Ansprach 103, dadurch gekennzeichnet, dass die unbekannte Probe und die Kontrollprobe gemischt werden und dann die Mischung einem oder mehreren Arrays einer Sensorplattform zugeführt wird.
107. Verfahren nach einem der Ansprüche 103 - 106, dadurch gekennzeichnet, dass die Detektion der in der unbekannten und der Kontrollprobe nachzuweisenden Analyten mittels Lumineszenzlabels von unterschiedlicher Anregungs- und / oder Lumineszenzwellenlänge für die unbekannte und die Kontrollprobe erfolgt.
108. Verfahren nach einem der Ansprüche 72 - 107, dadurch gekennzeichnet, dass in einem oder mehreren Arrays jeweils mehrere Messbereiche mit dort in einer unterschiedlichen, kontrollierten Dichte immobilisierten biologischen oder biochemischen oder synthetischen Erkennungselementen zum Nachweis eines für diese Messbereiche gemeinsamen Analyten vorgesehen sind.
109. Verfahren nach Ansprach 108, dadurch gekennzeichnet, dass bei bekannter Konzentrationsabhängigkeit der Bindungssignale zwischen einem Analyten und seinen biologischen oder biochemischen oder synthtischen Erkennungselementen und einer ausreichend grossen "Variation" dieser in unterschiedlicher kontrollierter Dichte in verschiedenen Messbereichen eines Arrays immobilisierten Erkennungselemente bereits mittels Zugabe einer einzigen Kalibrationslösung zu diesem Array eine Kalibrations- kurve für diesen Analyten erstellt werden kann.
110. Verfahren nach einem der Ansprüche 59 - 109 zur gleichzeitigen oder sequentiellen, quantitativen oder qualitativen Bestimmung eines oder mehrerer Analyten aus der Grappe von Antikörpern oder Antigenen, Rezeptoren oder Liganden, Chelatoren oder "Histidin-tag-Komponenten", Oligonukleotiden, DNA- oder RNA-Strängen, DNA- oder RNA- Analoga, Enzymen, Enymcofaktoren oder Inhibitoren, Lektinen und Kohlehydraten.
111. Verfahren nach einem der Ansprüche 59 - 110, dadurch gekennzeichnet, dass die zu untersuchenden Proben natürlich vorkommende Körperflüssigkeiten wie Blut, Serum, Plasma, Lymphe oder Urin oder Eigelb oder optisch trübe Flüssigkeiten oder Gewebe- flüssigkeiten oder Oberflächenwasser oder Boden- oder Pflanzenextrakte oder Bio- oder Syntheseprozessbrühen oder aus biologischen Gewebeteilen oder aus Zellkulturen oder -extrakten entnommen sind.
112. Verwendung eines Kits nach einem der Ansprüche 1 - 57 und / oder eines Verfahrens nach einem der Anspräche 59 - 111 zu quantitativen oder qualitativen Analysen zur Bestimmung chemischer, biochemischer oder biologischer Analyten in Screening- verfahren in der Pharmaforschung, der Kombinatorischen Chemie, der Klinischen und Präklinischen Entwicklung, zu Echtzeitbindungsstudien und zur Bestimmung kinetischer Parameter im Affinitätsscreening und in der Forschung, zu qualitativen und quantitativen Analytbestimmungen, insbesondere für die DNA- und RNA- Analytik, für die Erstellung von Toxizitätsstudien sowie für die Bestimmung von Gen- oder Protein- Expressionsprofilen sowie zum Nachweis von Antikörpern, Antigenen, Pathogenen oder Bakterien in der pharmazeutischen Protduktentwicklung und -forschung, der Human- und Veterinärdiagnostik, der Agrochemischen Produktentwicklung und -forschung, der symptomatischen und präsymptomatischen Pflanzendiagnostik, zur Patienten- stratifikation in der pharmazeutischen Produktentwicklung und für die therapeutische Medikamentenauswahl, zum Nachweis von Pathogenen, Schadstoffen und Erregern, insbesondere von Salmonellen, Prionen, Viren und Bakterien, in der Lebensmittel- und Umweltanalytik.
EP01994637A 2000-11-17 2001-11-05 Kit und verfahren zur multianalytbestimmung, mit vorkehrungen zur referenzierung der dichte immobilisierter erkennungselemente Withdrawn EP1334361A2 (de)

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CH224400 2000-11-17
CH22442000 2000-11-17
PCT/EP2001/012790 WO2002040998A2 (de) 2000-11-17 2001-11-05 Kit und verfahren zur multianalytbestimmung

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EP1334361A2 true EP1334361A2 (de) 2003-08-13

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